BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280K12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 51,809,292 - 51,985,924
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyo1b
Upstream geneTmeff2, Sdpr, LOC383504, Obfc2a
Downstream geneEG667010, LOC667014, Stat4, LOC100042634, Stat1, Gls, LOC546735, Nab1, LOC546736, Gm553, LOC100042094, EG433305, 5330401P04Rik, 2210010L05Rik, Inpp1, Hibch, 1700019D03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280K12.bB6Ng01-280K12.g
ACCGA080328GA080329
length1,2031,137
definitionB6Ng01-280K12.b B6Ng01-280K12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,809,292 - 51,810,493)(51,984,797 - 51,985,924)
sequence
gaattcagggcttgacccttgtcagcattgaggtaggtctctagcccctt
gtactggctggttttgtgtgtcaatttgacacaggctgctgttatcacag
agaaaggagcttcaattgaggagatgcctccatgagatccagctgtgggg
cattttctcaattagtgatcaagggaggggggccccttgtgggtgggacc
atccctgggctggtagtcttgggttctataattaagctgagcaagccaga
ggaagcaagctggtaagaaaaatccctccatggcctctgtatcagctcct
gcttcctgacctgcttgagttccagtcctgacttcctttggtgatgaaca
gcagtatggaagtgtaaactgaataaaccctttcctccccaacttgcttc
ttggtcctgatgtttgtgtaggaatagaaaccctgactaagacacccctc
agtgttgtaaaaggaccacagcattgacctttcaaacgggttcttgcttt
tcaactcaaagaagaaaactgtgatccaacattctcctatcagggatacg
tctctagtagatgttattgttattttcttcttgagacaaggtctcattat
gtagcctgggattgtctggacctcactatgtttatttctctggctttgaa
ctcccaaagttacaaggtgctctgattgaaggtatgagtcaatgtgcatg
cttggctccacctgtaattgcacttgtgtgccttcaaaaaagctttcaaa
tttaaaacagactcaaacatttcataagtcttatactttcttcaagctca
tggggcacaactaagattcactagggaaataatgatagctaaatgaaatt
ttataccatgaaccacacactgttcttggtcatttacagggacttagctt
taagacaattggggagaggttaactactattatttatttccatttcatag
aagagcaacctgaaagcattctccagacaacaagaatatgggatatatta
ttccacagtgtaatgggcatcagaactttcaaagttaaaggagtatgggt
agtcactgtcaccgatttcattgtttggtaacgttcacattcttgcatct
ttatttttatttattggttttcgagaacggaattctctgtggagagacct
tggctgccttgcactcatcccagtagacgagctagtccttgaactcataa
atc
gaattcaaagatttttttcttaattaaaaaggcaagttttagtttaatca
ttctagctatttgttgtatgtttgcttttggaaataagatattgcagaaa
aatattcttggggcattctataacaagatttaatctttcaaactgagtga
taaaaagctatgtaggaagtttgagggaagatagtgaagacactggcatc
cacttattcactcacccacacatgtagcaagcattattaattccttacta
tgtctagtcaggtttttctattgctgtgatgaaataccatgaccaaaagc
aacctggggaggagaagggcttatttccttttacacttttagttacactt
ccaggtaacagttcatcactaaaggaagttaaagcaggagcctgcagcag
gagctgatgcagaagacatggccgggtgctgcaggcttgaccttcatgtc
ttgctcagcctgcgttcttatagaagccaagactgtcattccaggggtgg
ctccacccacagtgggctgggccctcccacgtcaatcactaattaagaga
atgctctacaggcttgtcacagcccacttttgtttggtcggttggttggt
ttgtttttcaagacacagtttctctgtacagccctggccatcctggaact
cactctctagaccaggctggcctctgcctcccagggaagtaaagcaaatt
cttactgtgctgtgagtaaagattctgcttgcaccaccggctgaacctaa
tctatggaggcattttctcagctgtggttatccttgctcagatgacttta
acttatgttgagttggcataaaactagccaggacacctattatattctag
gaattatgttaaatataggaattaggggggtgaaaaacatggtttctgct
ctggattgtctcgatatagtgaggctaataattgattgtaataatatatt
aaaatatatttttatcagttctttaaaaatttcatgaatttgttttgatt
atattccctgcccccactattcttcataatacacccctgttccctaatct
tgtgtcctttaattttttaattcaatcaagacatatgttgcagctttaat
tttttccttgcctgtgtaagctcttccatttgagcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_51809292_51810493
seq2: B6Ng01-280K12.b_45_1247

seq1  GAATTCAGGGCTTGACCCTTGTCAGCATTGAGGTAGGTCTCTAGCCCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGCTTGACCCTTGTCAGCATTGAGGTAGGTCTCTAGCCCCTT  50

seq1  GTACTGGCTGGTTTTGTGTGTCAATTTGACACAGGCTGCTGTTATCACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGCTGGTTTTGTGTGTCAATTTGACACAGGCTGCTGTTATCACAG  100

seq1  AGAAAGGAGCTTCAATTGAGGAGATGCCTCCATGAGATCCAGCTGTGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGAGCTTCAATTGAGGAGATGCCTCCATGAGATCCAGCTGTGGGG  150

seq1  CATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGAGGGGGGCCCCTTGTGGGTGGGACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGAGGGGGGCCCCTTGTGGGTGGGACC  200

seq1  ATCCCTGGGCTGGTAGTCTTGGGTTCTATAATTAAGCTGAGCAAGCCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGGGCTGGTAGTCTTGGGTTCTATAATTAAGCTGAGCAAGCCAGA  250

seq1  GGAAGCAAGCTGGTAAGAAAAATCCCTCCATGGCCTCTGTATCAGCTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAAGCTGGTAAGAAAAATCCCTCCATGGCCTCTGTATCAGCTCCT  300

seq1  GCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTTGGTGATGAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTTGGTGATGAACA  350

seq1  GCAGTATGGAAGTGTAAACTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTATGGAAGTGTAAACTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTC  400

seq1  TTGGTCCTGATGTTTGTGTAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACACCCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCCTGATGTTTGTGTAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACACCCCTC  450

seq1  AGTGTTGTAAAAGGACCACAGCATTGACCTTTCAAACGGGTTCTTGCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGTAAAAGGACCACAGCATTGACCTTTCAAACGGGTTCTTGCTTT  500

seq1  TCAACTCAAAGAAGAAAACTGTGATCCAACATTCTCCTATCAGGGATACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTCAAAGAAGAAAACTGTGATCCAACATTCTCCTATCAGGGATACG  550

seq1  TCTCTAGTAGATGTTATTGTTATTTTCTTCTTGAGACAAGGTCTCATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGTAGATGTTATTGTTATTTTCTTCTTGAGACAAGGTCTCATTAT  600

seq1  GTAGCCTGGGATTGTCTGGACCTCACTATGTTTATTTCTCTGGCTTTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCTGGGATTGTCTGGACCTCACTATGTTTATTTCTCTGGCTTTGAA  650

seq1  CTCCCAAAGTTACAAGGTGCTCTGATTGAAGGTATGAGTCAATGTGCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAAAGTTACAAGGTGCTCTGATTGAAGGTATGAGTCAATGTGCATG  700

seq1  CTTGGCTCCACCTGTAATTGCACTTGTGTGCCTTCAAAAAAGCTTTCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTCCACCTGTAATTGCACTTGTGTGCCTTCAAAAAAGCTTTCAAA  750

seq1  TTTAAAACAGACTCAAACATTTCATAAGTCTTATACTTTCTTCAAGCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACAGACTCAAACATTTCATAAGTCTTATACTTTCTTCAAGCTCA  800

seq1  TGGGGCACAACTAAGATTCACTAGGGAAATAATGATAGCTAAATG-AATT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGGGGCACAACTAAGATTCACTAGGGAAATAATGATAGCTAAATGAAATT  850

seq1  TTATACCATGAACCACACACTGTTCTTGGTCATTTACAGGGACTTAGCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACCATGAACCACACACTGTTCTTGGTCATTTACAGGGACTTAGCTT  900

seq1  TAAGACAATTGGGGAGAGGTTAACTACTATTATTTATTTCCATTTCATAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACAATTGGGGAGAGGTTAACTACTATTATTTATTTCCATTTCATAG  950

seq1  AAGAGCAACCTGAAAAGCATTCTCCAGACAACAAGAATAT-GGATATATT  998
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGAGCAACCTG-AAAGCATTCTCCAGACAACAAGAATATGGGATATATT  999

seq1  ATTCCACAGTGTTAATGGCATCAGAACTTTCAAAAGTAAAAGGAGTATGG  1048
      |||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  ATTCCACAGTGTAATGGGCATCAGAACTTTC-AAAGTTAAAGGAGTATGG  1048

seq1  GTTAGTCACTGTCA-CGATTTCA-TGTT--GTAACGTCCACATTC-TGCA  1093
      | |||||||||||| |||||||| ||||  ||||||| ||||||| ||||
seq2  G-TAGTCACTGTCACCGATTTCATTGTTTGGTAACGTTCACATTCTTGCA  1097

seq1  TCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGATTTCTCTGTG  1143
      ||||| ||||| ||| ||      | |||||||||  ||| |||||||||
seq2  TCTTTATTTTTATTTATT------GGTTTTCGAGAACGGAATTCTCTGTG  1141

seq1  TAG---CCCTGGCTGTCCTGGAACTCA-CTCTGTAGACCAGGCTGGCCTT  1189
       ||   || |||||| ||| | ||||| | | |||||| ||   | ||||
seq2  GAGAGACCTTGGCTG-CCTTGCACTCATCCCAGTAGACGAGCTAGTCCTT  1190

seq1  GAACTCAGAAATC  1202
      ||||||| |||||
seq2  GAACTCATAAATC  1203

seq1: chr1_51984797_51985924
seq2: B6Ng01-280K12.g_67_1203 (reverse)

seq1  GTGCTCAAATGG-AGAGC-TACACAGGCAAG---AAAATTTAAGCTGC-A  44
      |||||||||||| ||||| ||||||||||||   |||||| ||||||| |
seq2  GTGCTCAAATGGAAGAGCTTACACAGGCAAGGAAAAAATTAAAGCTGCAA  50

seq1  CATATTGGTCTTGATGGATTTAAAAATTAAAAGGACAC-AGATTAGGGAA  93
      |||||  |||||||| || ||||||| | ||||||||| |||||||||||
seq2  CATAT--GTCTTGATTGAATTAAAAAATTAAAGGACACAAGATTAGGGAA  98

seq1  CAGGGGTGTA-TATG-AGAATAGTTGGGGGGCAGGGAATATAATCAAAAC  141
      |||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGTGTATTATGAAGAATAGT--GGGGGCAGGGAATATAATCAAAAC  146

seq1  AAATTCATGAAATTTTTAAAGAACTGAT-AAAATATATTTTAATATATTA  190
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCATGAAATTTTTAAAGAACTGATAAAAATATATTTTAATATATTA  196

seq1  -TACAATCAATTATTAGCCTCACTATATCGAGACAATCCAGAGCAG-AAC  238
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTACAATCAATTATTAGCCTCACTATATCGAGACAATCCAGAGCAGAAAC  246

seq1  CATGTTTTTCA-CCCCCTAATTCCTATATTTAACATAATTCCTAGAATAT  287
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTTCACCCCCCTAATTCCTATATTTAACATAATTCCTAGAATAT  296

seq1  AATAGGTGTCCTGGCTAGTTTTATGCCAACTCAACATAAGTTAAAGTCAT  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGTGTCCTGGCTAGTTTTATGCCAACTCAACATAAGTTAAAGTCAT  346

seq1  CTGAGCAAGGATAACCACAGCTGAGAAAATGCCTCCATAGATTAGGTTCA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCAAGGATAACCACAGCTGAGAAAATGCCTCCATAGATTAGGTTCA  396

seq1  GCCGGTGGTGCAAGCAGAATCTTTACTCACAGCACAGTAAGAATTTGCTT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGTGGTGCAAGCAGAATCTTTACTCACAGCACAGTAAGAATTTGCTT  446

seq1  TACTTCCCTGGGAGGCAGAGGCCAGCCTGGTCTAGAGAGTGAGTTCCAGG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCCTGGGAGGCAGAGGCCAGCCTGGTCTAGAGAGTGAGTTCCAGG  496

seq1  ATGGCCAGGGCTGTACAGAGAAACTGTGTCTTGAAAAACAAACCAACCAA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCAGGGCTGTACAGAGAAACTGTGTCTTGAAAAACAAACCAACCAA  546

seq1  CCGACCAAACAAAAGTGGGCTGTGACAAGCCTGTAGAGCATTCTCTTAAT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGACCAAACAAAAGTGGGCTGTGACAAGCCTGTAGAGCATTCTCTTAAT  596

seq1  TAGTGATTGACGTGGGAGGGCCCAGCCCACTGTGGGTGGAGCCACCCCTG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATTGACGTGGGAGGGCCCAGCCCACTGTGGGTGGAGCCACCCCTG  646

seq1  GAATGACAGTCTTGGCTTCTATAAGAACGCAGGCTGAGCAAGACATGAAG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGACAGTCTTGGCTTCTATAAGAACGCAGGCTGAGCAAGACATGAAG  696

seq1  GTCAAGCCTGCAGCACCCGGCCATGTCTTCTGCATCAGCTCCTGCTGCAG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGCCTGCAGCACCCGGCCATGTCTTCTGCATCAGCTCCTGCTGCAG  746

seq1  GCTCCTGCTTTAACTTCCTTTAGTGATGAACTGTTACCTGGAAGTGTAAC  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGCTTTAACTTCCTTTAGTGATGAACTGTTACCTGGAAGTGTAAC  796

seq1  TAAAAGTGTAAAAGGAAATAAGCCCTTCTCCTCCCCAGGTTGCTTTTGGT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTGTAAAAGGAAATAAGCCCTTCTCCTCCCCAGGTTGCTTTTGGT  846

seq1  CATGGTATTTCATCACAGCAATAGAAAAACCTGACTAGACATAGTAAGGA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTATTTCATCACAGCAATAGAAAAACCTGACTAGACATAGTAAGGA  896

seq1  ATTAATAATGCTTGCTACATGTGTGGGTGAGTGAATAAGTGGATGCCAGT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAATGCTTGCTACATGTGTGGGTGAGTGAATAAGTGGATGCCAGT  946

seq1  GTCTTCACTATCTTCCCTCAAACTTCCTACATAGCTTTTTATCACTCAGT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCACTATCTTCCCTCAAACTTCCTACATAGCTTTTTATCACTCAGT  996

seq1  TTGAAAGATTAAATCTTGTTATAGAATGCCCCAAGAATATTTTTCTGCAA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGATTAAATCTTGTTATAGAATGCCCCAAGAATATTTTTCTGCAA  1046

seq1  TATCTTATTTCCAAAAGCAAACATACAACAAATAGCTAGAATGATTAAAC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTATTTCCAAAAGCAAACATACAACAAATAGCTAGAATGATTAAAC  1096

seq1  TAAAACTTGCCTTTTTAATTAAGAAAAAAATCTTTGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTTGCCTTTTTAATTAAGAAAAAAATCTTTGAATTC  1137