BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282P17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 192,986,405 - 193,092,180
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933417M04Rik, Atf3
Upstream geneProx1, LOC100039394, EG666975, Rps6kc1, Angel2, Vash2, LOC100039445, LOC666987, 9630055N22Rik, 1700022P22Rik, Tatdn3, Nsl1, 9130211I03Rik
Downstream geneNenf, 2310028N02Rik, Ppp2r5a, LOC100039501, LOC667044, Dtl, Ints7, Lpgat1, Nek2, 4930557M11Rik, Slc30a1, 3322402L07Rik, LOC100042611, Traf5, Traf5, LOC100042625, Rcor3, Kcnh1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282P17.bB6Ng01-282P17.g
ACCGA082056GA082057
length1,146737
definitionB6Ng01-282P17.b B6Ng01-282P17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(192,986,405 - 192,987,548)(193,091,449 - 193,092,180)
sequence
gaattcactatgaggtcactcctgaacttccaggtatgaaaatgcagaca
gcccttttcaggtagtcctttatttaaactgcactgagaaaactggagtg
gattccagggatttgccctgggccctgggtccctttgcagtttttggctc
tgagttatactttaatgagcttcaaaggtcactgtctccatgacctcgga
tgtcacagaatcaatgatttccaggccctggccatcctctgcctccatga
tggcctttacgtcggttgtctctaatgtcttagtcatgatgcccacatct
tggccacgtggtgccaggctttttccagccaagctggctctgatgtttct
caggaacaagctgattctgcccaccctcttgctcgtagaggcagagctgg
cagtggagatggtccgggacagtttgtgagagctccgggactcctttgtg
atggggacatggctgacccctttgtgccacctattgcgcttgctgccttt
gtccttgtcatcgccaacacctctgtgactggttgatttttgaaactcct
tgtccccttctgtcttgtgaccttctcctgtcctctggtgctgctcactc
ctgctgccaactctttcctttgctctctggtcccttctcgacctcctttc
cttatgggctttggtactggtctcataggctttccgacgtccagtctctt
catttgagtggctttcgcttggcaaggtcaaggcgaggacaactgggact
gggtcatttgctgtttctccaacagactttcctgtagtctcaatcctgga
atttgttacagtcatgatctctttgcgggagaggctggcaggtgaactgg
gaatatactccaaggacttgcttgccatccctgccaaggcaatcttcatg
ctctttggcgacattttgccagtgcttgctatggtcaaatggcttttgct
ttcctcttgctcccaaggcagcctcctctactgtagctttgtttatctgt
cccaagcctttcagcatgtttgctgccaagctcaaagagtctactagtca
ccacactattgcctctgaatgccgactcttctgcaggaacttttgaagct
tactttgggccgtgatattcctggacacaatatgatatgtgagaat
gaattcaccaagaaggtgggggctggaagacccaagtgctaagcactggg
gcacagctgcattcacacagaggcacaggggccagccgggaagctgcccc
ctgtagctgtgccacagagctctgtgcacagatttgcagtttctgtgctg
gtgtgtgacactctaatttacaaccctggaattacgacacagggcaatgt
ggccaaggagaatgtcaagaattcagaagggcaaaggtgactgaggagag
ctggaatcctgtgatgttttgagcagagagggagagctcacatccatgaa
aacagcaagatgacatttagaacgaggaagcagctccagcaagggcctgg
agatgacattccaaggaggaggaagtagggtggagtgtggaagacagcag
cccattctttctggctggtccctaaaggggaacgtagacgtgaagctgac
cggaagacactttactgttggggattggtcctattgctttgaattagtcc
agcccccccaaatggaaatctgcctgttcaaaccgctgaaggttcttgtc
cccaattggctttttgatcaaccaataaagagccaacagccaatggctgg
gtaggtaaactgaggtgggacctttggatctgcacaggctaggaactggg
gaggaaggagaaggagattcgccatgattcggagggagatggattagatt
tagagctgcagataggaaaatcatccgaaaatgtagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_192986405_192987548
seq2: B6Ng01-282P17.b_48_1193

seq1  GAATTCACTATGAGGTCACTCCTGAACTTCCAGGTATGAAAATGCAGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGAGGTCACTCCTGAACTTCCAGGTATGAAAATGCAGACA  50

seq1  GCCCTTTTCAGGTAGTCCTTTATTTAAACTGCACTGAGAAAACTGGAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTTCAGGTAGTCCTTTATTTAAACTGCACTGAGAAAACTGGAGTG  100

seq1  GATTCCAGGGATTTGCCCTGGGCCCTGGGTCCCTTTGCAGTTTTTGGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCAGGGATTTGCCCTGGGCCCTGGGTCCCTTTGCAGTTTTTGGCTC  150

seq1  TGAGTTATACTTTAATGAGCTTCAAAGGTCACTGTCTCCATGACCTCGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTATACTTTAATGAGCTTCAAAGGTCACTGTCTCCATGACCTCGGA  200

seq1  TGTCACAGAATCAATGATTTCCAGGCCCTGGCCATCCTCTGCCTCCATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACAGAATCAATGATTTCCAGGCCCTGGCCATCCTCTGCCTCCATGA  250

seq1  TGGCCTTTACGTCGGTTGTCTCTAATGTCTTAGTCATGATGCCCACATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTTACGTCGGTTGTCTCTAATGTCTTAGTCATGATGCCCACATCT  300

seq1  TGGCCACGTGGTGCCAGGCTTTTTCCAGCCAAGCTGGCTCTGATGTTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACGTGGTGCCAGGCTTTTTCCAGCCAAGCTGGCTCTGATGTTTCT  350

seq1  CAGGAACAAGCTGATTCTGCCCACCCTCTTGCTCGTAGAGGCAGAGCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACAAGCTGATTCTGCCCACCCTCTTGCTCGTAGAGGCAGAGCTGG  400

seq1  CAGTGGAGATGGTCCGGGACAGTTTGTGAGAGCTCCGGGACTCCTTTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGAGATGGTCCGGGACAGTTTGTGAGAGCTCCGGGACTCCTTTGTG  450

seq1  ATGGGGACATGGCTGACCCCTTTGTGCCACCTATTGCGCTTGCTGCCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGACATGGCTGACCCCTTTGTGCCACCTATTGCGCTTGCTGCCTTT  500

seq1  GTCCTTGTCATCGCCAACACCTCTGTGACTGGTTGATTTTTGAAACTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGTCATCGCCAACACCTCTGTGACTGGTTGATTTTTGAAACTCCT  550

seq1  TGTCCCCTTCTGTCTTGTGACCTTCTCCTGTCCTCTGGTGCTGCTCACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCCTTCTGTCTTGTGACCTTCTCCTGTCCTCTGGTGCTGCTCACTC  600

seq1  CTGCTGCCAACTCTTTCCTTTGCTCTCTGGTCCCTTCTCGACCTCCTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCCAACTCTTTCCTTTGCTCTCTGGTCCCTTCTCGACCTCCTTTC  650

seq1  CTTATGGGCTTTGGTACTGGTCTCATAGGCTTTCCGACGTCCAGTCTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGGGCTTTGGTACTGGTCTCATAGGCTTTCCGACGTCCAGTCTCTT  700

seq1  CATTTGAGTGGCTTTCGCTTGGCAAGGTCAAGGCGAGGACAACTGGGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAGTGGCTTTCGCTTGGCAAGGTCAAGGCGAGGACAACTGGGACT  750

seq1  GGGTCATTTGCTGTTTCTCCAACAGACTTTCCTGTAGTCTCAATCCTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATTTGCTGTTTCTCCAACAGACTTTCCTGTAGTCTCAATCCTGGA  800

seq1  ATTTGTTACAGTCATGATCTCTTTGCGGGAGAGGCTGGCAGGTGAACTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTACAGTCATGATCTCTTTGCGGGAGAGGCTGGCAGGTGAACTGG  850

seq1  GAATATACTCCAAGGACTTGCTTGCCATCCCTGCCAAGGCAATCTTCATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATACTCCAAGGACTTGCTTGCCATCCCTGCCAAGGCAATCTTCATG  900

seq1  CTCTTTGGCGACATTTTGCCAGTGCTTGCTATGGTCAAATGGCTTTTGC-  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCTTTGGCGACATTTTGCCAGTGCTTGCTATGGTCAAATGGCTTTTGCT  950

seq1  TTCCTCTTGCTCCCAAGGCAGCCTCCTCTACTGTAGCTTTGTTTATCTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTTGCTCCCAAGGCAGCCTCCTCTACTGTAGCTTTGTTTATCTGT  1000

seq1  CCCAAGCCTTCAGGCATGTTTGCTGCCAAGCTCAAAGAGTCTACTAGGTC  1049
      ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCCAAGCCTTTCAGCATGTTTGCTGCCAAGCTCAAAGAGTCTACTA-GTC  1049

seq1  A-CACACTATTGCCTCTG-ATGCCGACTCTCTGGCAAGGACTTTTG-AGC  1096
      | |||||||||||||||| |||||||||||   ||| | ||||||| |||
seq2  ACCACACTATTGCCTCTGAATGCCGACTCTTCTGCAGGAACTTTTGAAGC  1099

seq1  TTACTTTGGG-CGTGGGTATCCTGGACACAATAGTGGATATGTGAGAAT  1144
      |||||||||| ||||    ||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  TTACTTTGGGCCGTGATATTCCTGGACACAATA--TGATATGTGAGAAT  1146

seq1: chr1_193091449_193092180
seq2: B6Ng01-282P17.g_70_805 (reverse)

seq1  CTACA-TTTCGGATGATTTTCCT-TCTGCAGCTCTAAATCTAATCCATCT  48
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTTTCGGATGATTTTCCTATCTGCAGCTCTAAATCTAATCCATCT  50

seq1  CCCTCCGAATCATGGCGATTCTCCTTCTCCTTCCT-CCCAGTTCCTAGCC  97
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCCTCCGAATCATGGCGAATCTCCTTCTCCTTCCTCCCCAGTTCCTAGCC  100

seq1  TGTGCAGATCCAAAGGTCCCACCTCAGTTTACCTACCCAGCCATTGGCTG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGATCCAAAGGTCCCACCTCAGTTTACCTACCCAGCCATTGGCTG  150

seq1  TTGGCTCTTTATTGGTTGATC-AAAAGCCAATTGGGGACAAGAACCTTCA  196
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCTTTATTGGTTGATCAAAAAGCCAATTGGGGACAAGAACCTTCA  200

seq1  GCGGTTTGAACAGGCAGATTTCCATTTGGGGGGGCTGGACTAATTCAAAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGTTTGAACAGGCAGATTTCCATTTGGGGGGGCTGGACTAATTCAAAG  250

seq1  CAATAGGACCAATCCCCAACAGTAAAGTGTCTTCCGGTCAGCTTCACGTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGGACCAATCCCCAACAGTAAAGTGTCTTCCGGTCAGCTTCACGTC  300

seq1  TACGTTCCCCTTTAGGGACCAGCCAGAAAGAATGGGCTGCTGTCTTCCAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTTCCCCTTTAGGGACCAGCCAGAAAGAATGGGCTGCTGTCTTCCAC  350

seq1  ACTCCACCCTACTTCCTCCTCCTTGGAATGTCATCTCCAGGCCCTTGCTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACCCTACTTCCTCCTCCTTGGAATGTCATCTCCAGGCCCTTGCTG  400

seq1  GAGCTGCTTCCTCGTTCTAAATGTCATCTTGCTGTTTTCATGGATGTGAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCTTCCTCGTTCTAAATGTCATCTTGCTGTTTTCATGGATGTGAG  450

seq1  CTCTCCCTCTCTGCTCAAAACATCACAGGATTCCAGCTCTCCTCAGTCAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCTCTCTGCTCAAAACATCACAGGATTCCAGCTCTCCTCAGTCAC  500

seq1  CTTTGCCCTTCTGAATTCTTGACATTCTCCTTGGCCACATTGCCCTGTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCCTTCTGAATTCTTGACATTCTCCTTGGCCACATTGCCCTGTGT  550

seq1  CGTAATTCCAGGGTTGTAAATTAGAGTGTCACACACCAGCACAGAAACTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAATTCCAGGGTTGTAAATTAGAGTGTCACACACCAGCACAGAAACTG  600

seq1  CAAATCTGTGCACAGAGCTCTGTGGCACAGCTACAGGGGGCAGCTTCCCG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTGTGCACAGAGCTCTGTGGCACAGCTACAGGGGGCAGCTTCCCG  650

seq1  GCTGGCCCCTGTGCCTCTGTGTGAATGCAGCTGTGCCCCAGTGCTTAGCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCCCTGTGCCTCTGTGTGAATGCAGCTGTGCCCCAGTGCTTAGCA  700

seq1  CTTGGGTCTTCCAGCCCCCACCTTCTTGGTGAATTC  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTCTTCCAGCCCCCACCTTCTTGGTGAATTC  736