BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283M21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 171,264,306 - 171,265,361
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream genePbx1
Downstream geneEG383613, Nuf2, Rgs5, Rgs4, LOC100039960, 1700084C01Rik, Hsd17b7, Ddr2, LOC100040571, Uap1, Uhmk1, Sh2d1b2, EG622708, Sh2d1b1, EG665574, 1700015E13Rik, Nos1ap
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283M21.bB6Ng01-283M21.g
ACCGA082671GA082672
length1,0851,145
definitionB6Ng01-283M21.b B6Ng01-283M21.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattctatcccaaaacaagactgcagaaacacccagaataacacttaag
caaatattgggtacccagggtactacaacttgactgagttgacataaaat
taactattacactccccttacattgcagtctgatattttcttgaggtggg
cattcaggaaattccagggataagcttattggcttttcaaagtttcaaaa
gagtaatcacatatttgtttcttgatgtttagggtcttgtatcataggcg
cacatgtgtaatacacacgcatctattatctatctatctatctacctatt
atctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatctacctacctatctatctaccatatatctgcctatcatctatctat
atttctatctctttatctatcaatcatttgtttgtcatctatcatctttc
atctatctatctgtctgtctatctatcatcacttatcatcccgttactta
tcttcctcttgtttttttttttttgctgtttcagttaaaacatatatcta
atctctttcactttatgctatcacataaacacgacaaaacatctgatatt
atttttgatagttttctatatgttgtattgtctccagattctctgttctt
ttcctatgcatacctaatctgttgtttatcttattcaactaattaatttc
agacattgtagttgttgtctcttgaatcccagctagggatttttaaatac
acgttccatgtgttaaacatagattttcaatctttaattcgtcaaagata
ggaaaagtcataataactattttaattgcttacctactatttgcaccttc
tccatcagatcttgattactttctgctgattgagtttctctttaatgtgg
gacacatttatctatgtgttgggtcagacactgttggatgggatgctaag
catttggaatgtcatctttgtgtgatcatgttacattgtttctagagcat
tctgagctttgattggagaggctttatactcaagtagtaaatactcttgg
gaatctggcttttatttttttattaagtgatctaa
gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaagcacctgaaaaaatg
ctcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tccacctcacaccagtcagaatggctaagatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcgtggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtg
ggattgcaggcttgtacaaccactctggagatcagtctggcggttcctca
gaaaactggatatagtactaccggaggatccagcaatacctctcctgggc
atatatccagaagatgccccaactggtaagaaggacacatgctccactat
gttcatagcagccttatttataatagccagaagctggaaggaacccagat
gcccctcaacagaggaatggatacagaagatgtggtacatctacacaatg
gagtactactcagctattaaaaagaatgaatttatgaaattcctggccaa
atggatggacctggagggcatcatcctgagtgaggtaacacattcacaaa
ggaactcacacaatatgtactcactgataagtggatattagcccaaaacc
taagatacccaagatataagatacaatttcctaaacacatgaaactcaag
aaaaatgaagactgaagtgtgaacactatgcccctccttagaagtgggag
caaaacacccttggaaggagttacagagacaaagtttggagttgagataa
aaggatggaccatgttacactaccatatccggggatccatcccataatca
gcttccaaatgctgacaccattgcatacactagcaagattatgctgaaag
gactctgatatagctgtctcttgtcagagtatgcctgggcctagcaaaca
tagaagtggatgctcacagtcgctatgggatggatcacatggcccccatg
aagagctagagaaagtacaaagagctaaggatctgcaccctataggtgga
cacattatgactacagtacccggagctctgactctagctgcatatgcatc
aaagatggcttagtcggtcatcacttggagaaggccacttgcactgctac
tttatgctcagtcggtacgtctaggcccataaccggaagatgtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_171264306_171265361
seq2: B6Ng01-283M21.b_89_1134 (reverse)

seq1  TTAGATTCCACTTAATAAAAAAATAAAAGCAAGAT--CCCAGAGTATTTA  48
      ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||| 
seq2  TTAGAT--CACTTAATAAAAAAATAAAAGCCAGATTCCCAAGAGTATTT-  47

seq1  ACTACTTTGGAGTAATACAGCCTCTCCAATCAAAGCTCAGAATTGCTCTT  98
      |||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  ACTACTT--GAGT-ATAAAGCCTCTCCAATCAAAGCTCAGAA-TGCTC-T  92

seq1  AGGAAAACAATGTAACATGAATCACACAAAAGATGACATTCCAAATGCTT  148
      ||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AG--AAACAATGTAACATG-ATCACAC-AAAGATGACATTCCAAATGCTT  138

seq1  AGCATCCCATCCAACAGTGTCTGACCCAACACATAGATAAATGTGTCCCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCCATCCAACAGTGTCTGACCCAACACATAGATAAATGTGTCCCA  188

seq1  CATTAAAGAGAAACTCAATCAGCAGAAAGTAATCAAGATCTGATGGAGAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAGAGAAACTCAATCAGCAGAAAGTAATCAAGATCTGATGGAGAA  238

seq1  GGTGCAAATAGTAGGTAAGCAATTAAAATAGTTATTATGACTTTTCCTAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAAATAGTAGGTAAGCAATTAAAATAGTTATTATGACTTTTCCTAT  288

seq1  CTTTGACGAATTAAAGATTGAAAATCTATGTTTAACACATGGAACGTGTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACGAATTAAAGATTGAAAATCTATGTTTAACACATGGAACGTGTA  338

seq1  TTTAAAAATCCCTAGCTGGGATTCAAGAGACAACAACTACAATGTCTGAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAATCCCTAGCTGGGATTCAAGAGACAACAACTACAATGTCTGAA  388

seq1  ATTAATTAGTTGAATAAGATAAACAACAGATTAGGTATGCATAGGAAAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTAGTTGAATAAGATAAACAACAGATTAGGTATGCATAGGAAAAG  438

seq1  AACAGAGAATCTGGAGACAATACAACATATAGAAAACTATCAAAAATAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGAATCTGGAGACAATACAACATATAGAAAACTATCAAAAATAAT  488

seq1  ATCAGATGTTTTGTCGTGTTTATGTGATAGCATAAAGTGAAAGAGATTAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATGTTTTGTCGTGTTTATGTGATAGCATAAAGTGAAAGAGATTAG  538

seq1  ATATATGTTTTAACTGAAACAGCAAAAAAAAAAAAACAAGAGGAAGATAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTTTTAACTGAAACAGCAAAAAAAAAAAAACAAGAGGAAGATAA  588

seq1  GTAACGGGATGATAAGTGATGATAGATAGACAGACAGATAGATAGATGAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACGGGATGATAAGTGATGATAGATAGACAGACAGATAGATAGATGAA  638

seq1  AGATGATAGATGACAAACAAATGATTGATAGATAAAGAGATAGAAATATA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATAGATGACAAACAAATGATTGATAGATAAAGAGATAGAAATATA  688

seq1  GATAGATGATAGGCAGATATATGGTAGATAGATAGGTAGGTAGATAGATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATGATAGGCAGATATATGGTAGATAGATAGGTAGGTAGATAGATA  738

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAAT  788

seq1  AGGTAGATAGATAGATAGATAATAGATGCGTGTGTATTACACATGTGCGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGATAGATAGATAGATAATAGATGCGTGTGTATTACACATGTGCGC  838

seq1  CTATGATACAAGACCCTAAACATCAAGAAACAAATATGTGATTACTCTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATACAAGACCCTAAACATCAAGAAACAAATATGTGATTACTCTTT  888

seq1  TGAAACTTTGAAAAGCCAATAAGCTTATCCCTGGAATTTCCTGAATGCCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTTTGAAAAGCCAATAAGCTTATCCCTGGAATTTCCTGAATGCCC  938

seq1  ACCTCAAGAAAATATCAGACTGCAATGTAAGGGGAGTGTAATAGTTAATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAAGAAAATATCAGACTGCAATGTAAGGGGAGTGTAATAGTTAATT  988

seq1  TTATGTCAACTCAGTCAAGTTGTAGTACCCTGGGTACCCAATATTTGCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCAACTCAGTCAAGTTGTAGTACCCTGGGTACCCAATATTTGCTT  1038

seq1  AAGTGTTA  1056
      ||||||||
seq2  AAGTGTTA  1046