BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284P04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 131,313,131 - 131,440,073
singlet/doubletdoublet
Overlap geneThsd7b
Upstream geneDars, LOC620659, Cxcr4, LOC100042732
Downstream geneLOC100042745, LOC100042740, Daf2, Cd55
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284P04.bB6Ng01-284P04.g
ACCGA083523GA083524
length1,1911,124
definitionB6Ng01-284P04.b B6Ng01-284P04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,313,131 - 131,314,329)(131,438,948 - 131,440,073)
sequence
gaattcaggcatgcaaaatggagaatctattatcccttacaatggctcct
catacaatcttgtttggacacttcagaggtcataggaatgctgattgggc
tttcaacaatgtatgcctctatcaggaaagatctcaaataagtcatttgt
accatgcccatagtaaggaaacaggaatgcgttctgactgtgtctataag
gccttgcatttgcagttggcagcttgtggtaagtgttgactcctttgagt
tctccaaaggcctcacctctatgtgcacttcagaactctcccttgtattt
tctaagatcagcatgttaagaaatgcattcccaccctaccattattcaat
gactcttctttgctcatacccacagtgtctgcacttataatggagactga
caggtttagacatcctttccagagtgtaatagttttcaagactatcgtaa
atagttttaatgaactgtgggtaacagtaaaattatttcacagaagagat
ccatcctattgctgcttaattaaaatctctccgctggtgaaaagttctct
ctctggtgttttctttaatgcattcacggtgcatctgtctgggctccctc
actagagatatctttcattataatccacttatctaagtttataattaaac
ttccaaatgtaaaatttccagtggcaaattgccaggttatccagtgaact
tttgtctttctctgagagaaaacactctttaaaaatgtgggtttggtaac
ttgtgcagtttatcattttagaagtatttgtttgcactatttatggggat
ataaatcaagacagccattatgcaaacagacacctccaaaaagcaaaatc
agaaaaaacataaacacggctattctactccctgggtgtatacccatagg
aagtagaatgagcatgctaaagagatacctgtacaccggtctttactgtc
ttactgccacaacatccacatagcccaaaatatggaatttaactgagtat
gtatcagtggctgtatagaaaatgagatgtgttatatttataccttgcta
cgcatgataaatgaaatgtactgcatgacattgctgtgagactgggtgag
tttggtcaaattaacatcgaattccacaaaagaaagtgaacttgtctttg
aaaccatagttgactgaagatattgctataagtgataaaat

gaattcattgtttttgatgggtgggcaagccaatcactactggaatctac
tagtctctaactcgcagtgctcagttacagggtcacagacacaaaccatg
acacagggttcatatgtaaatgagtgctgggcacctcaacttgaaacctc
atgtcaacccacaccatctagccagctctggattatgttaaatacgatgg
cagttttgagcacccattgttaacacggctgtgctttctcactgctactt
ggcttctgttcctttatctatgagatagaaatagatgctgttctcctcag
agtctagtgggatgagttgttgagctaatagaagacagacttagctcagc
tcaggaccctgaaaacaggtgcttaatttagccttgctgggtgaagatga
gcacctgggagaagatgcttacgggagcttttcaggagtgagggcctctc
taggtccacggagatgctctcctttagtggtttcctgtcagcacagcagc
caccatttgggtttccttctaatccaaacagaggagctttgggcatcagg
aacttaagcaatactttcattgctaagcctccctcacctcaacaatcctc
taacttctgtgcaagccaggaaataagagtaacaacaagagcattttttt
ttttttgcattcatgggttggtttttctacttcctgttgtgaaactttca
aattccattctggccagcagagtatgcctctgagtttatatgctctgcat
gcataaaaagcaacatgggctctcctgtttcatcagcaccaaaacaatgt
gactatatgagcttttccggtgaggcagaccatcctacagtgactcacaa
cccaaaaaacagactttcctagcaaagtgtcagacattcataagttcaat
cagataaaagacttgacttgggacaaaataaatgagtttaattcatacaa
acaccatctaaattggttctcagtgacttcaataataaccagctgcccgt
ttgctgctggtgtccttgactgtctacaaaggaagtagaagttaaaaaac
aaaacaaccagcactatcaaccttgtgttttttctgactcaatttggtca
tggattcttgggtcagaacctgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_131313131_131314329
seq2: B6Ng01-284P04.b_48_1238

seq1  GAATTCAGGCATGCAAAATGGAGAATCTATTATCCCTTACAATGGCTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCATGCAAAATGGAGAATCTATTATCCCTTACAATGGCTCCT  50

seq1  CATACAATCTTGTTTGGACACTTCAGAGGTCATAGGAATGCTGATTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAATCTTGTTTGGACACTTCAGAGGTCATAGGAATGCTGATTGGGC  100

seq1  TTTCAACAATGTATGCCTCTATCAGGAAAGATCTCAAATAAGTCATTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACAATGTATGCCTCTATCAGGAAAGATCTCAAATAAGTCATTTGT  150

seq1  ACCATGCCCATAGTAAGGAAACAGGAATGCGTTCTGACTGTGTCTATAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCCCATAGTAAGGAAACAGGAATGCGTTCTGACTGTGTCTATAAG  200

seq1  GCCTTGCATTTGCAGTTGGCAGCTTGTGGTAAGTGTTGACTCCTTTGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCATTTGCAGTTGGCAGCTTGTGGTAAGTGTTGACTCCTTTGAGT  250

seq1  TCTCCAAAGGCCTCACCTCTATGTGCACTTCAGAACTCTCCCTTGTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAAGGCCTCACCTCTATGTGCACTTCAGAACTCTCCCTTGTATTT  300

seq1  TCTAAGATCAGCATGTTAAGAAATGCATTCCCACCCTACCATTATTCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGATCAGCATGTTAAGAAATGCATTCCCACCCTACCATTATTCAAT  350

seq1  GACTCTTCTTTGCTCATACCCACAGTGTCTGCACTTATAATGGAGACTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTCTTTGCTCATACCCACAGTGTCTGCACTTATAATGGAGACTGA  400

seq1  CAGGTTTAGACATCCTTTCCAGAGTGTAATAGTTTTCAAGACTATCGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTAGACATCCTTTCCAGAGTGTAATAGTTTTCAAGACTATCGTAA  450

seq1  ATAGTTTTAATGAACTGTGGGTAACAGTAAAATTATTTCACAGAAGAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTTAATGAACTGTGGGTAACAGTAAAATTATTTCACAGAAGAGAT  500

seq1  CCATCCTATTGCTGCTTAATTAAAATCTCTCCGCTGGTGAAAAGTTCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTATTGCTGCTTAATTAAAATCTCTCCGCTGGTGAAAAGTTCTCT  550

seq1  CTCTGGTGTTTTCTTTAATGCATTCACGGTGCATCTGTCTGGGCTCCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTGTTTTCTTTAATGCATTCACGGTGCATCTGTCTGGGCTCCCTC  600

seq1  ACTAGAGATATCTTTCATTATAATCCACTTATCTAAGTTTATAATTAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAGATATCTTTCATTATAATCCACTTATCTAAGTTTATAATTAAAC  650

seq1  TTCCAAATGTAAAATTTCCAGTGGCAAATTGCCAGGTTATCCAGTGAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAATGTAAAATTTCCAGTGGCAAATTGCCAGGTTATCCAGTGAACT  700

seq1  TTTGTCTTTCTCTGAGAGAAAACACTCTTTAAAAATGTGGGTTTGGTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTTCTCTGAGAGAAAACACTCTTTAAAAATGTGGGTTTGGTAAC  750

seq1  TTGTGCAGTTTATCATTTTAGAAGTATTTGTTTGCACTATTTATGGGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCAGTTTATCATTTTAGAAGTATTTGTTTGCACTATTTATGGGGAT  800

seq1  ATAAATCAAGACAGCCATTATGCAAACAGACACCTCCAAAAAGCAAAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCAAGACAGCCATTATGCAAACAGACACCTCCAAAAAGCAAAATC  850

seq1  AGAAAAAACATAAACACGGCTATTCTACTCCCTGGGTGTATACCCATAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAACATAAACACGGCTATTCTACTCCCTGGGTGTATACCCATAGG  900

seq1  AAGTAGAATGAGCATGCTAAAGAGATACCTGTACACCGGTCTTTACTGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAATGAGCATGCTAAAGAGATACCTGTACACCGGTCTTTACTGTC  950

seq1  TTACTGCCACAACATCCACAATAG-CCAAAATATGGAA-TTAACTGAGGT  998
      ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||
seq2  TTACTGCCACAACATCCAC-ATAGCCCAAAATATGGAATTTAACTGA-GT  998

seq1  ATGTATCAGTGGCTGTATAGAAAATGAGATGTGTTATATTTATACCTTGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCAGTGGCTGTATAGAAAATGAGATGTGTTATATTTATACCTTGC  1048

seq1  TAGGGCATTGATAAATGAAATGTACTGCATGACAATTGCTGTGAGACTGG  1098
      ||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TA-CGCA-TGATAAATGAAATGTACTGCATGAC-ATTGCTGTGAGACTGG  1095

seq1  GTGAGTTTGTTCAAAATAACATCGAAT--CACAAAAAGAAATGAAATCTT  1146
      ||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||  || ||||  |||
seq2  GTGAGTTTGGTCAAATTAACATCGAATTCCACAAAAGAAAGTGAA--CTT  1143

seq1  GTCTTTTGAAAACCATAGGTGGAACTGGAGAGTATTGTATTAAGTGATAA  1196
      ||||||   ||||||||| ||  |||| ||| |||||   ||||||||||
seq2  GTCTTT--GAAACCATAGTTG--ACTGAAGA-TATTGCTATAAGTGATAA  1188

seq1  AAT  1199
      |||
seq2  AAT  1191


seq1: chr1_131438948_131440073
seq2: B6Ng01-284P04.g_68_1191 (reverse)

seq1  ATCAGTTTCTGACCCAAGAATACCATGACAAAATTTGAGTCAG-AAAAAC  49
      ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||
seq2  ATCAGGTTCTGACCCAAGAAT-CCATGACCAAA-TTGAGTCAGAAAAAAC  48

seq1  ACAAGTTTGATAGTGCTGGTTGTTTTGTTTTTTAAACTTTTCTACTT-CT  98
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| ||
seq2  ACAAGGTTGATAGTGCTGGTTGTTTTGTTTTTTAA---CTTCTACTTCCT  95

seq1  TTGTAGACAGTCAAGGACAACCAGCAGCAAACCGGCAGCTGGTTATTATT  148
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTGTAGACAGTCAAGGAC-ACCAGCAGCAAACGGGCAGCTGGTTATTATT  144

seq1  GAAGTCACTGAGAA-CAATTTAGATGGTGTTTGTATGAATTAACCTCATT  197
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAAGTCACTGAGAACCAATTTAGATGGTGTTTGTATGAATTAAACTCATT  194

seq1  TA-TTTGTCCCAAGTCAAGTCTTTTATCTGATTGAACTTATGAATGTCTG  246
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTCCCAAGTCAAGTCTTTTATCTGATTGAACTTATGAATGTCTG  244

seq1  ACACTTTGCTAGG-AAGTCTGTTTTTTTGGGTTGTGAGTCACTGTAGGAT  295
      ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTGCTAGGAAAGTCTG-TTTTTTGGGTTGTGAGTCACTGTAGGAT  293

seq1  GGTCTGCCTCACCGGAAAAGCTCATATAGTCACATTGTTTTGGTGCTGAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGCCTCACCGGAAAAGCTCATATAGTCACATTGTTTTGGTGCTGAT  343

seq1  GAAACAGGAGAGCCCATGTTGCTTTTTATGCATGCAGAGCATATAAACTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGGAGAGCCCATGTTGCTTTTTATGCATGCAGAGCATATAAACTC  393

seq1  AGAGGCATACTCTGCTGGCCAGAATGGAATTTGAAAGTTTCACAACAGGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCATACTCTGCTGGCCAGAATGGAATTTGAAAGTTTCACAACAGGA  443

seq1  AGTAGAAAAACCAACCCATGAATGCAAAAAAAAAAAAATGCTCTTGTTGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAAAACCAACCCATGAATGCAAAAAAAAAAAAATGCTCTTGTTGT  493

seq1  TACTCTTATTTCCTGGCTTGCACAGAAGTTAGAGGATTGTTGAGGTGAGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTTATTTCCTGGCTTGCACAGAAGTTAGAGGATTGTTGAGGTGAGG  543

seq1  GAGGCTTAGCAATGAAAGTATTGCTTAAGTTCCTGATGCCCAAAGCTCCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTAGCAATGAAAGTATTGCTTAAGTTCCTGATGCCCAAAGCTCCT  593

seq1  CTGTTTGGATTAGAAGGAAACCCAAATGGTGGCTGCTGTGCTGACAGGAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGGATTAGAAGGAAACCCAAATGGTGGCTGCTGTGCTGACAGGAA  643

seq1  ACCACTAAAGGAGAGCATCTCCGTGGACCTAGAGAGGCCCTCACTCCTGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTAAAGGAGAGCATCTCCGTGGACCTAGAGAGGCCCTCACTCCTGA  693

seq1  AAAGCTCCCGTAAGCATCTTCTCCCAGGTGCTCATCTTCACCCAGCAAGG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCCCGTAAGCATCTTCTCCCAGGTGCTCATCTTCACCCAGCAAGG  743

seq1  CTAAATTAAGCACCTGTTTTCAGGGTCCTGAGCTGAGCTAAGTCTGTCTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTAAGCACCTGTTTTCAGGGTCCTGAGCTGAGCTAAGTCTGTCTT  793

seq1  CTATTAGCTCAACAACTCATCCCACTAGACTCTGAGGAGAACAGCATCTA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAGCTCAACAACTCATCCCACTAGACTCTGAGGAGAACAGCATCTA  843

seq1  TTTCTATCTCATAGATAAAGGAACAGAAGCCAAGTAGCAGTGAGAAAGCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATCTCATAGATAAAGGAACAGAAGCCAAGTAGCAGTGAGAAAGCA  893

seq1  CAGCCGTGTTAACAATGGGTGCTCAAAACTGCCATCGTATTTAACATAAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCGTGTTAACAATGGGTGCTCAAAACTGCCATCGTATTTAACATAAT  943

seq1  CCAGAGCTGGCTAGATGGTGTGGGTTGACATGAGGTTTCAAGTTGAGGTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCTGGCTAGATGGTGTGGGTTGACATGAGGTTTCAAGTTGAGGTG  993

seq1  CCCAGCACTCATTTACATATGAACCCTGTGTCATGGTTTGTGTCTGTGAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACTCATTTACATATGAACCCTGTGTCATGGTTTGTGTCTGTGAC  1043

seq1  CCTGTAACTGAGCACTGCGAGTTAGAGACTAGTAGATTCCAGTAGTGATT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAACTGAGCACTGCGAGTTAGAGACTAGTAGATTCCAGTAGTGATT  1093

seq1  GGCTTGCCCACCCATCAAAAACAATGAATTC  1126
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCCCACCCATCAAAAACAATGAATTC  1124


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |