BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287A05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 191,339,588 - 191,480,454
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCenpf
Upstream geneUsh2a, Kctd3, Kcnk2, LOC100042424, LOC100039307
Downstream genePtpn14, LOC100042438, Smyd2, Prox1, LOC100039394
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287A05.bB6Ng01-287A05.g
ACCGA085055GA085056
length1,1891,118
definitionB6Ng01-287A05.b B6Ng01-287A05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(191,339,588 - 191,340,805)(191,479,335 - 191,480,454)
sequence
gaattctttagatcaccaatgcacttcagcagagaagccaagaagaaaag
aaagtgctgacctggaatgccgctctctctagtgaggttggaagaacagt
ccatgtgtacgtgcgtaacctctccccacacacaatgatcccagctgtgc
tatcacacacggtgccaatgatgggaagactgtcctttctgcaggagaga
gagactggggaagcagaagtcacagacaaggtgagctgtgcctagctcct
gagtcacaggtgtgaaatgtacatgcgtgtgagcgcgcacacagaagcta
acgtagagaggctatgtgtgctaaatttctgtactttcaagacataggat
aacaggacagaaagaagaacccttatgcacattgcaggggctgtgggggt
tgttggagtttgcaccaactccagggctgcaatggtgcagaaatgatctg
ttctaccctgtggtgaagaacggctgcctgactcagcctccacaagttcc
tccaagcccagcatgctccatacctcttcacaatccttcactgggtggca
atggctctatgaggggctcccagagccctgagctagcataatagctgctg
cccactctggctgatcattagccactgccgataacagaccaactgccaga
cactttgaatatcagcttcatgctcatgaatcagcaactaaaggagccac
ttttaggtttggattttgtaaggactataaaggagttggtgcagaatcac
cacgttaccagaattggcaatgtttcctgtctgttcatctccttccaaaa
gctttgcacacaatgtacacataacatgcatcccattgctctctctcctt
catagctaaagaagtcaccactttacaaagtcaagtcttgctcccaaatc
tgagagagcacgtgttacaggcagtggatcctggtaacatgagcctattt
ccctgctcagagtggtgcaatagtcttatcagtttctccatgtgtctcca
ttcttgctctggccagagtggttccagtcagtattaagatataagaaaga
ttcttgcttcttactaaaatgggcagtgggtggagtagggatgatgctgt
gcagaccaacggcttgagctctccaccatccatataataagataattttc
ccagaatggcaaggcacttctgtcatcatagccttgtca

gaattcatatgaaatcaaaattggagtatttttagggtttaaagaaataa
atgaaaacgtaaccaaaaccttcctagagcgaaccaggactcaaaaaagt
gaggaagctatttgaggaataaatgtccattgtgacttgttttaaatatt
ttatggaaaagcaccaaaaaatgtttttaaagtctgaagttgtaaatctt
tagaatgtatgctgtcttagtcactgttttattgttgtaaaagagacact
aaccacagcaactcttacaaaggaaagcatttagttaggctggcttacag
tttatcagtttagggaattatcagtatggtagggagtatcgtagcacaca
ggtagagatggtgctgcagaggtagctgagagttctagatccagatcgtc
aggcagcaggaagagaaagagatactgggccttgcttgaacatttgaaac
cccagcgcgcccccctccccccccccccagtgacatacttcctctaacaa
ggctacagctaatccctgttaaatatcaccactccctaatgaccaagcat
tcaaatatattagcctgtggggaaaccatttctattcaaaacaccacata
tactggaaattaataaggtacacttaaatattaagaacttatgatcagtg
agtgatgtgttagggaggcttagctttatgcctttcagactattttagat
gttatagtattagttattaagctagatataagaaattatttaaatgttat
tttttgtttttagcagttagcagttaacaatggtatcagttgcttaaaga
gatttattttatattttagttccttgtggttttgtcttttctagttgacc
agcttaaaataccaataatgcagtacagttttggaattctgtgaggtgaa
ggtcatagatcattttgaggtggtgggtagggggtggtcataatcagagt
gccctagtttataatgaaattgaagacaaaacatgcagtttatccaagaa
agtactgactaggatgtaaggtctttgggcgaaaaatctgctaataaaca
ctactgctttcttagtagtaatgagacttagacctggaggactaggatca
aacttaaccatttatctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_191339588_191340805
seq2: B6Ng01-287A05.b_42_1230

seq1  GAATTCTTTAGATCACCAATGCACTTCAGCAGAGAAGCCAAGAAGAAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGATCACCAATGCACTTCAGCAGAGAAGCCAAGAAGAAAAG  50

seq1  AAAGTGCTGACCTGGAATGCCGCTCTCTCTAGTGAGGTTGGAAGAACAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCTGACCTGGAATGCCGCTCTCTCTAGTGAGGTTGGAAGAACAGT  100

seq1  CCATGTGTACGTGCGTAACCTCTCCCCACACACAATGATCCCAGCTGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGTACGTGCGTAACCTCTCCCCACACACAATGATCCCAGCTGTGC  150

seq1  TATCACACACGGTGCCAATGATGGGAAGACTGTCCTTTCTGCAGGAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACACACGGTGCCAATGATGGGAAGACTGTCCTTTCTGCAGGAGAGA  200

seq1  GAGACTGGGGAAGCAGAAGTCACAGACAAGGTGAGCTGTGCCTAGCTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGGGGAAGCAGAAGTCACAGACAAGGTGAGCTGTGCCTAGCTCCT  250

seq1  GAGTCACAGGTGTGAAATGTACATGCGTGTGAGCGCGCACACAGAAGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACAGGTGTGAAATGTACATGCGTGTGAGCGCGCACACAGAAGCTA  300

seq1  ACGTAGAGAGGCTATGTGTGCTAAATTTCTGTACTTTCAAGACATAGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAGAGAGGCTATGTGTGCTAAATTTCTGTACTTTCAAGACATAGGAT  350

seq1  AACAGGACAGAAAGAAGAACCCTTATGCACATTGCAGGGGCTGTGGGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGACAGAAAGAAGAACCCTTATGCACATTGCAGGGGCTGTGGGGGT  400

seq1  TGTTGGAGTTTGCACCAACTCCAGGGCTGCAATGGTGCAGAAATGATCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGAGTTTGCACCAACTCCAGGGCTGCAATGGTGCAGAAATGATCTG  450

seq1  TTCTACCCTGTGGTGAAGAACGGCTGCCTGACTCAGCCTCCACAAGTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCCTGTGGTGAAGAACGGCTGCCTGACTCAGCCTCCACAAGTTCC  500

seq1  TCCAAGCCCAGCATGCTCCATACCTCTTCACAATCCTTCACTGGGTGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCCCAGCATGCTCCATACCTCTTCACAATCCTTCACTGGGTGGCA  550

seq1  ATGGCTCTATGAGGGGCTCCCAGAGCCCTGAGCTAGCATAATAGCTGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCTATGAGGGGCTCCCAGAGCCCTGAGCTAGCATAATAGCTGCTG  600

seq1  CCCACTCTGGCTGATCATTAGCCACTGCCGATAACAGACCAACTGCCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTCTGGCTGATCATTAGCCACTGCCGATAACAGACCAACTGCCAGA  650

seq1  CACTTTGAATATCAGCTTCATGCTCATGAATCAGCAACTAAAGGAGCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGAATATCAGCTTCATGCTCATGAATCAGCAACTAAAGGAGCCAC  700

seq1  TTTTAGGTTTGGATTTTGTAAGGACTATAAAGGAGTTGGTGCAGAATCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGTTTGGATTTTGTAAGGACTATAAAGGAGTTGGTGCAGAATCAC  750

seq1  CACGTTACCAGAATTGGCAATGTTTCCTGTCTGTTCATCTCCTTCCAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTTACCAGAATTGGCAATGTTTCCTGTCTGTTCATCTCCTTCCAAAA  800

seq1  GCTTTGCACACAATGTACACATAACATGCATCCCATTGCTCTCTCTCCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCACACAATGTACACATAACATGCATCCCATTGCTCTCTCTCCTT  850

seq1  CATAGCTAAAGAAGTCACCACTTTACAAAGTCAAGTCTTGCTCCCAAATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTAAAGAAGTCACCACTTTACAAAGTCAAGTCTTGCTCCCAAATC  900

seq1  TGAGAGAGCACGTGTTACAGGGCAGTGGATCCTGGTAACAATGAGCCTAT  950
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGAGAGAGCACGTGTTACA-GGCAGTGGATCCTGGTAAC-ATGAGCCTAT  948

seq1  TTCCCTGCTCAGAAGTGGTGCAATAGTCTTATCAGGTTTCTCCATGTGTC  1000
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTCCCTGCTCAG-AGTGGTGCAATAGTCTTATCA-GTTTCTCCATGTGTC  996

seq1  TCCA-TCTTGCTCTTGGCCAGAGTGG-TCCAGTCAGTATTAAGATATAAG  1048
      |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTCTTGCTC-TGGCCAGAGTGGTTCCAGTCAGTATTAAGATATAAG  1045

seq1  AAAGATTCTTGCTTCTTACT-AAATGGGCAGT-GGTTGAGTAGGGAATGG  1096
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||| 
seq2  AAAGATTCTTGCTTCTTACTAAAATGGGCAGTGGGTGGAGTAGGG-ATGA  1094

seq1  TGCTGTGCAGACCAGGGGCTGGGTCT-TCCCACATCAATTAGTAATTAAG  1145
      ||||||||||||||  |||| |  || |||  |||| ||   ||| ||||
seq2  TGCTGTGCAGACCAACGGCTTGAGCTCTCCACCATCCAT--ATAA-TAAG  1141

seq1  ATAATTTCCCACAGATATGGCACAGGCACTTCTGTCAATCATAGCATCTC  1195
      ||||||| || |||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |   
seq2  ATAATTTTCC-CAGA-ATGGCA-AGGCACTTCTGTC-ATCATAGCCT---  1184

seq1  TGTCAGTCATGGTAGCCTTGTCA  1218
      |||||                  
seq2  TGTCA------------------  1189


seq1: chr1_191479335_191480454
seq2: B6Ng01-287A05.g_66_1183 (reverse)

seq1  CAGATAAAATGGTTAATGTTTTGATCCTTAGTCCTCATGTTCTAAGTTCT  50
      ||||| ||||||||||   |||||||| ||||||||  | |||||| |||
seq2  CAGAT-AAATGGTTAA--GTTTGATCC-TAGTCCTCCAGGTCTAAG-TCT  45

seq1  CATTTACTTACTAAGAAAAGCAGTAGTGTTTATTAGCAGATTGTCTGCCC  100
      || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||
seq2  CA-TTAC-TACTAAG-AAAGCAGTAGTGTTTATTAGCAGATTTTTCGCCC  92

seq1  AAAGACCT--CATCCTAGTCAGTACTTTCTTGGATAAACTGCATGTTTTT  148
      ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAAGACCTTACATCCTAGTCAGTACTTTCTTGGATAAACTGCATG-TTTT  141

seq1  GTC-TCAATTTCA-TATAAACTAGGGCACTCTGATTATGACCA-CCCCTA  195
      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTCTTCAATTTCATTATAAACTAGGGCACTCTGATTATGACCACCCCCTA  191

seq1  -CCACCACCTCAAAATGATCTATGACCTTCACCTCACAGAATTCCAAAAC  244
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCACCTCAAAATGATCTATGACCTTCACCTCACAGAATTCCAAAAC  241

seq1  TGTACTGCATTATTGGTA-TTTAAGCTGGTCAACTAGAAAAGACAAAACC  293
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTGCATTATTGGTATTTTAAGCTGGTCAACTAGAAAAGACAAAACC  291

seq1  ACAAGGAACTAAAATATAAAATAAATCTCTTTAAGCAACTGATACCATTG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGAACTAAAATATAAAATAAATCTCTTTAAGCAACTGATACCATTG  341

seq1  TTAACTGCTAACTGCTAAAAACAAAAAATAACATTTAAATAATTTCTTAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGCTAACTGCTAAAAACAAAAAATAACATTTAAATAATTTCTTAT  391

seq1  ATCTAGCTTAATAACTAATACTATAACATCTAAAATAGTCTGAAAGGCAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGCTTAATAACTAATACTATAACATCTAAAATAGTCTGAAAGGCAT  441

seq1  AAAGCTAAGCCTCCCTAACACATCACTCACTGATCATAAGTTCTTAATAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTAAGCCTCCCTAACACATCACTCACTGATCATAAGTTCTTAATAT  491

seq1  TTAAGTGTACCTTATTAATTTCCAGTATATGTGGTGTTTTGAATAGAAAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTGTACCTTATTAATTTCCAGTATATGTGGTGTTTTGAATAGAAAT  541

seq1  GGTTTCCCCACAGGCTAATATATTTGAATGCTTGGTCATTAGGGAGTGGT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCCCACAGGCTAATATATTTGAATGCTTGGTCATTAGGGAGTGGT  591

seq1  GATATTTAACAGGGATTAGCTGTAGCCTTGTTAGAGGAAGTATGTCACTG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTAACAGGGATTAGCTGTAGCCTTGTTAGAGGAAGTATGTCACTG  641

seq1  GGGGGGGGGGGAGGGGGGCGCGCTGGGGTTTCAAATGTTCAAGCAAGGCC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGGGGAGGGGGGCGCGCTGGGGTTTCAAATGTTCAAGCAAGGCC  691

seq1  CAGTATCTCTTTCTCTTCCTGCTGCCTGACGATCTGGATCTAGAACTCTC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATCTCTTTCTCTTCCTGCTGCCTGACGATCTGGATCTAGAACTCTC  741

seq1  AGCTACCTCTGCAGCACCATCTCTACCTGTGTGCTACGATACTCCCTACC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACCTCTGCAGCACCATCTCTACCTGTGTGCTACGATACTCCCTACC  791

seq1  ATACTGATAATTCCCTAAACTGATAAACTGTAAGCCAGCCTAACTAAATG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGATAATTCCCTAAACTGATAAACTGTAAGCCAGCCTAACTAAATG  841

seq1  CTTTCCTTTGTAAGAGTTGCTGTGGTTAGTGTCTCTTTTACAACAATAAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTTGTAAGAGTTGCTGTGGTTAGTGTCTCTTTTACAACAATAAA  891

seq1  ACAGTGACTAAGACAGCATACATTCTAAAGATTTACAACTTCAGACTTTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGACTAAGACAGCATACATTCTAAAGATTTACAACTTCAGACTTTA  941

seq1  AAAACATTTTTTGGTGCTTTTCCATAAAATATTTAAAACAAGTCACAATG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTTTTTGGTGCTTTTCCATAAAATATTTAAAACAAGTCACAATG  991

seq1  GACATTTATTCCTCAAATAGCTTCCTCACTTTTTTGAGTCCTGGTTCGCT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTATTCCTCAAATAGCTTCCTCACTTTTTTGAGTCCTGGTTCGCT  1041

seq1  CTAGGAAGGTTTTGGTTACGTTTTCATTTATTTCTTTAAACCCTAAAAAT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAAGGTTTTGGTTACGTTTTCATTTATTTCTTTAAACCCTAAAAAT  1091

seq1  ACTCCAATTTTGATTTCATATGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAATTTTGATTTCATATGAATTC  1118


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |