BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287N05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 81,407,610 - 81,537,540
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700016L21Rik, Dock10, LOC665092, 9430031J16Rik
Downstream geneEG621020, LOC433328, EG665145, Irs1, Rhbdd1, Col4a4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287N05.bB6Ng01-287N05.g
ACCGA085645GA085646
length5341,044
definitionB6Ng01-287N05.b B6Ng01-287N05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,407,610 - 81,408,149)(81,536,494 - 81,537,540)
sequence
atgttgctcaaattacaaatataatgtgatttgttccaaggcttatgacc
cacaaaaggctaaaacaacagatatatctggttttttttttttaagcatc
ttccaaatctttaaaagtactgaattgctcatactattttttcttaaata
aaattctctactaacttattaaaaaaaataactgacctacagcaagattc
ttacacaggttatattagtatgcaattagtagaacaaatttcttaaacta
actaaaaaaactatctcgcaagttttattttgtctgattccttttctctt
tctcatccccttgctcatctggtgaccctggctaagaatcttgggcatcc
tgtgggatccacatggtgcttggcacttgtgtcatgatcatgtgaaatct
cagcctcagtcctgagaaacagccttactttgaccccttggattctaatc
agagccaaaattttactgtgaaagtagatagatagatagatagatagata
gatagatagatagatagatagatggatggatgga

gaattctcttaaaaataattattttcttattttgatgtataatttttggt
atataatttttaagtttggggtattgattattatagagactacagtgatg
gcatttttattcagaagactcacccttggcttaattaactatgcaactca
aatccaagacaactggaatttgaaatcacagaggccctgtcacttaagga
cctcagacacttcattgcagtttataatccatgagaggttttttgttttt
gtttttgttttgttttgtttttttaggttttttgtttgtttgtttttcat
tgtattttaaggggtggaaacattaaaacattcattggcattcagggatt
tagccaaaaaacgtgaacaaaactaccaatcatgaataatccctgaatga
ctggtaccctgtaaagaaaggatagagtcagagacaaaaattctgcaaat
ccatagcatatcatgcacacatagaaagactcatgggaagggagtaagaa
aagcatctcattctcactgcaaatgggcagagaaccctgcggtgctggtg
aagtccatcaggactgctgacagtgactcaaattaaagacagtcaatcca
ataattgcctgtgctgcggttttgtacccataatagtgtcatcacctctt
aaccgaacaaactgtggcacctttacttaggggctcaaagtctattgggg
gaaacagatgtaccacgaaccctaatgttctcttgccatgtgggcaccaa
cagatttcattcttagtttatcaaaccagtgtggtgtttatctcaacaaa
acagccaactgttcccctgtgccatcttccagattccttggaacagcatc
ctgaagattctggacaccttcccaaaaaaccagtttccaagtggttttac
acatgaacagcaagtgtgtagatacataactaagtttaccctaacagtaa
atatagtcattccttgtgctatttctgtgaagctaatcgttcagattaca
aatcatatcatatagagtaccatgttccaaaaatcaaaataaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_81407610_81408149
seq2: B6Ng01-287N05.b_48_587

seq1  GAATTCATGTTGCTCAAATTACAAATATAATGTGATTTGTTCCAAGGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTTGCTCAAATTACAAATATAATGTGATTTGTTCCAAGGCTT  50

seq1  ATGACCCACAAAAGGCTAAAACAACAGATATATCTGGTTTTTTTTTTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCCACAAAAGGCTAAAACAACAGATATATCTGGTTTTTTTTTTTTA  100

seq1  AGCATCTTCCAAATCTTTAAAAGTACTGAATTGCTCATACTATTTTTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTTCCAAATCTTTAAAAGTACTGAATTGCTCATACTATTTTTTCT  150

seq1  TAAATAAAATTCTCTACTAACTTATTAAAAAAAATAACTGACCTACAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAATTCTCTACTAACTTATTAAAAAAAATAACTGACCTACAGCA  200

seq1  AGATTCTTACACAGGTTATATTAGTATGCAATTAGTAGAACAAATTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTTACACAGGTTATATTAGTATGCAATTAGTAGAACAAATTTCTT  250

seq1  AAACTAACTAAAAAAACTATCTCGCAAGTTTTATTTTGTCTGATTCCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAACTAAAAAAACTATCTCGCAAGTTTTATTTTGTCTGATTCCTTT  300

seq1  TCTCTTTCTCATCCCCTTGCTCATCTGGTGACCCTGGCTAAGAATCTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCTCATCCCCTTGCTCATCTGGTGACCCTGGCTAAGAATCTTGG  350

seq1  GCATCCTGTGGGATCCACATGGTGCTTGGCACTTGTGTCATGATCATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCTGTGGGATCCACATGGTGCTTGGCACTTGTGTCATGATCATGTG  400

seq1  AAATCTCAGCCTCAGTCCTGAGAAACAGCCTTACTTTGACCCCTTGGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCAGCCTCAGTCCTGAGAAACAGCCTTACTTTGACCCCTTGGATT  450

seq1  CTAATCAGAGCCAAAATTTTACTGTGAAAGTAGATAGATAGATAGATAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCAGAGCCAAAATTTTACTGTGAAAGTAGATAGATAGATAGATAGA  500

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATGGATGGA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATGGATGGA  540


seq1: chr1_81536494_81537540
seq2: B6Ng01-287N05.g_66_1109 (reverse)

seq1  TTTTAATTTTTGATTTTTGGAACATGGTACTTCTATATGATATGATTTGT  50
      |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTTA--TTTTGATTTTTGGAACATGGTAC-TCTATATGATATGATTTGT  47

seq1  AATTCTGAACGATTAGCTTCACAG-AATAGCACAAGGAAATGACTATATT  99
      || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  AA-TCTGAACGATTAGCTTCACAGAAATAGCACAAGG-AATGACTATATT  95

seq1  TACTG-TAGGGTAAACTTAGTTATGTATCTACACACTTGCTGTTCATGTG  148
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTAGGGTAAACTTAGTTATGTATCTACACACTTGCTGTTCATGTG  145

seq1  TAAAACCACTTGGAAACTTGTTTTTTGGGAAGGTGTCCAGAATCTTCAGG  198
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCACTTGGAAACTGGTTTTTTGGGAAGGTGTCCAGAATCTTCAGG  195

seq1  ATGCTGTTCCAAGGAATCTGGAAGATGGCACAGGGGAACAGTTGGCTGTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTTCCAAGGAATCTGGAAGATGGCACAGGGGAACAGTTGGCTGTT  245

seq1  TTGTTGAGATAAACACCACACTGGTTTGATAAACTAAGAATGAAATCTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGAGATAAACACCACACTGGTTTGATAAACTAAGAATGAAATCTGT  295

seq1  TGGTGCCCACATGGCAAGAGAACATTAGGGTTCGTGGTACATCTGTTTCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCCACATGGCAAGAGAACATTAGGGTTCGTGGTACATCTGTTTCC  345

seq1  CCCAATAGACTTTGAGCCCCTAAGTAAAGGTGCCACAGTTTGTTCGGTTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATAGACTTTGAGCCCCTAAGTAAAGGTGCCACAGTTTGTTCGGTTA  395

seq1  AGAGGTGATGACACTATTATGGGTACAAAACCGCAGCACAGGCAATTATT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGATGACACTATTATGGGTACAAAACCGCAGCACAGGCAATTATT  445

seq1  GGATTGACTGTCTTTAATTTGAGTCACTGTCAGCAGTCCTGATGGACTTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGACTGTCTTTAATTTGAGTCACTGTCAGCAGTCCTGATGGACTTC  495

seq1  ACCAGCACCGCAGGGTTCTCTGCCCATTTGCAGTGAGAATGAGATGCTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCACCGCAGGGTTCTCTGCCCATTTGCAGTGAGAATGAGATGCTTT  545

seq1  TCTTACTCCCTTCCCATGAGTCTTTCTATGTGTGCATGATATGCTATGGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTCCCTTCCCATGAGTCTTTCTATGTGTGCATGATATGCTATGGA  595

seq1  TTTGCAGAATTTTTGTCTCTGACTCTATCCTTTCTTTACAGGGTACCAGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGAATTTTTGTCTCTGACTCTATCCTTTCTTTACAGGGTACCAGT  645

seq1  CATTCAGGGATTATTCATGATTGGTAGTTTTGTTCACGTTTTTTGGCTAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGGGATTATTCATGATTGGTAGTTTTGTTCACGTTTTTTGGCTAA  695

seq1  ATCCCTGAATGCCAATGAATGTTTTAATGTTTCCACCCCTTAAAATACAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGAATGCCAATGAATGTTTTAATGTTTCCACCCCTTAAAATACAA  745

seq1  TGAAAAACAAACAAACAAAAAACCTAAAAAAACAAAACAAAACAAAAACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAACAAACAAACAAAAAACCTAAAAAAACAAAACAAAACAAAAACA  795

seq1  AAAACAAAAAACCTCTCATGGATTATAAACTGCAATGAAGTGTCTGAGGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAAAACCTCTCATGGATTATAAACTGCAATGAAGTGTCTGAGGT  845

seq1  CCTTAAGTGACAGGGCCTCTGTGATTTCAAATTCCAGTTGTCTTGGATTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAGTGACAGGGCCTCTGTGATTTCAAATTCCAGTTGTCTTGGATTT  895

seq1  GAGTTGCATAGTTAATTAAGCCAAGGGTGAGTCTTCTGAATAAAAATGCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGCATAGTTAATTAAGCCAAGGGTGAGTCTTCTGAATAAAAATGCC  945

seq1  ATCACTGTAGTCTCTATAATAATCAATACCCCAAACTTAAAAATTATATA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTAGTCTCTATAATAATCAATACCCCAAACTTAAAAATTATATA  995

seq1  CCAAAAATTATACATCAAAATAAGAAAATAATTATTTTTAAGAGAATTC  1047
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAATTATACATCAAAATAAGAAAATAATTATTTTTAAGAGAATTC  1044


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |