BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294O24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 94,196,732 - 94,292,557
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040419
Upstream geneScly, Espnl, Klhl30, BC056923, Ilkap, 1700020N18Rik, Hes6, Per2, Traf3ip1, Asb1, Twist2, Hdac4
Downstream geneLOC665883, Ndufa10, Olfr1416, Olfr1415, Olfr1414, Olfr1413, Olfr1412, Olfr1411, Olfr1410, Olfr12, Myeov2, Otos, Gpc1, Ankmy1, Dusp28, LOC100040511, Rnpepl1, Capn10, Gpr35, Aqp12, Kif1a, Agxt, 2310007B03Rik, E030010N08Rik, Sned1, Mterfd2, LOC665966, Pask, Ppp1r7, Tmem16g
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294O24.bB6Ng01-294O24.g
ACCGA090935GA090936
length1,107396
definitionB6Ng01-294O24.b B6Ng01-294O24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,196,732 - 94,197,963)(94,292,183 - 94,292,557)
sequence
gaattctcatcctaatgttggcaagaataggactgcttccttccccctgc
ccagtatctccaccttcgcctgtcagaagtcactgtagccggtaaccagg
ttaaatttcttctccctttatagggtcatgtccagcagcacctgagatcc
ctctttatgcaaataaggcatcctcagcatcctggcataggccaacaatg
tacacttacccctccatggtttaaatagcctttattccccctccctttat
tccccccacccattgaaatgagctgtctctctgaagcctgtctccctgac
agactgtttttacagggctcacttgtcacctgaggtgtccatcccccagt
cactttctgcagttcaccctctcaggatccaccgctttaagggcataaca
gctatatggcttacaggcctaggcctggctgtatcctcttcagagatcaa
gtctttgagaaccttggcattggccccttactggctccctctttggaggt
gcctgaagtttgttttctggttctagcctatgtctcctcccaagagcttt
ggggactctgtgtggttgacaacaccttgaatttgatttcccaatcaggc
ctatgtggaccactgatgtctgggactgactgggtccttggcatgtcttc
acactgtctactcccggggaactagggacttctgggtttactgagtcagc
tgtaagtacctgcaaggctgcccaaagctgtttaaccttaggaagagagc
cgaactctcagcatttcccaatggcatggcaggtacacaggcaaggacat
cctctgggtttcactgggcagcccagtcagagctgagtctgtagaaatcc
tgatcgccccagctccactagcactgaccctttcctcccctgactccccc
accccactcctgtgaggaatagagtgcccagccccagggcaaatcagatg
ccactctcacttcttttgaccatctgagtagaaaagagttgtggatgaat
atgcctgcttctgacatggctctgtaggtgctggcgagactcacactcac
tgtactcagctcactcagatggaagctggactttcagtgtgtgtgcatgt
atgtgtg
ttcctggaccttgctgaggatctatgacaacaatgtaggcgctactgaga
tgtcaggtgggtcccctggtgccactgcccacagatgccgtggctaaaac
acaggtcccaggaggctgaattgctaaaataataaggctgaattggagct
agaaatttaacccagacaaattcaaaaaagacaccagaacctttggaagg
aacagcaagtgccattctaagtcagcaggggagaggggtgctgtgcacac
cttgcctcctagcagcagcctgtggggtgagcacaaatcagagatcaggg
agcactcagggagcaggtgctccttgcaggggatggggtgggcagcaggt
ggggggggcagtgggggatgtttaagttggaattggggcagtgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_94196732_94197963
seq2: B6Ng01-294O24.b_47_1153

seq1  GAATTCTCATCCTAATGTTGGCAAGAATAGGACTGCTTCCTTCCCCCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATCCTAATGTTGGCAAGAATAGGACTGCTTCCTTCCCCCTGC  50

seq1  CCAGTATCTCCACCTTCGCCTGTCAGAAGTCACTGTAGCCGGTAACCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTATCTCCACCTTCGCCTGTCAGAAGTCACTGTAGCCGGTAACCAGG  100

seq1  TTAAATTTCTTCTCCCTTTATAGGGTCATGTCCAGCAGCACCTGAGATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTCTTCTCCCTTTATAGGGTCATGTCCAGCAGCACCTGAGATCC  150

seq1  CTCTTTATGCAAATAAGGCATCCTCAGCATCCTGGCATAGGCCAACAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTATGCAAATAAGGCATCCTCAGCATCCTGGCATAGGCCAACAATG  200

seq1  TACACTTACCCCTCCATGGTTTAAATAGCCTTTATTCCCCCTCCCTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTACCCCTCCATGGTTTAAATAGCCTTTATTCCCCCTCCCTTTAT  250

seq1  TCCCCCCACCCATTGAAATGAGCTGTCTCTCTGAAGCCTGTCTCCCTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCACCCATTGAAATGAGCTGTCTCTCTGAAGCCTGTCTCCCTGAC  300

seq1  AGACTGTTTTTACAGGGCTCACTTGTCACCTGAGGTGTCCATCCCCCAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTTTTTACAGGGCTCACTTGTCACCTGAGGTGTCCATCCCCCAGT  350

seq1  CACTTTCTGCAGTTCACCCTCTCAGGATCCACCGCTTTAAGGGCATAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCTGCAGTTCACCCTCTCAGGATCCACCGCTTTAAGGGCATAACA  400

seq1  GCTATATGGCTTACAGGCCTAGGCCTGGCTGTATCCTCTTCAGAGATCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATATGGCTTACAGGCCTAGGCCTGGCTGTATCCTCTTCAGAGATCAA  450

seq1  GTCTTTGAGAACCTTGGCATTGGCCCCTTACTGGCTCCCTCTTTGGAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGAGAACCTTGGCATTGGCCCCTTACTGGCTCCCTCTTTGGAGGT  500

seq1  GCCTGAAGTTTGTTTTCTGGTTCTAGCCTATGTCTCCTCCCAAGAGCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAAGTTTGTTTTCTGGTTCTAGCCTATGTCTCCTCCCAAGAGCTTT  550

seq1  GGGGACTCTGTGTGGTTGACAACACCTTGAATTTGATTTCCCAATCAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACTCTGTGTGGTTGACAACACCTTGAATTTGATTTCCCAATCAGGC  600

seq1  CTATGTGGACCACTGATGTCTGGGACTGACTGGGTCCTTGGCATGTCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGGACCACTGATGTCTGGGACTGACTGGGTCCTTGGCATGTCTTC  650

seq1  ACACTGTCTACTCCCGGGGAACTAGGGACTTCTGGGTTTACTGAGTCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTCTACTCCCGGGGAACTAGGGACTTCTGGGTTTACTGAGTCAGC  700

seq1  TGTAAGTACCTGCAAGGCTGCCCAAAGCTGTTTAACCTTAGGAAGAGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTACCTGCAAGGCTGCCCAAAGCTGTTTAACCTTAGGAAGAGAGC  750

seq1  CGAACTCTCAGCATTTCCCAATGGCATGGCAGGTACACAGGCAAGGACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACTCTCAGCATTTCCCAATGGCATGGCAGGTACACAGGCAAGGACAT  800

seq1  CCTCTGGGTTTCACTGGGCAGCCCAGTCAGAGCTGAGTCTGTAGAAATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGGTTTCACTGGGCAGCCCAGTCAGAGCTGAGTCTGTAGAAATCC  850

seq1  TGATCGCCCCAGCTCCACTAGCACTGACCC-TTCCTCCCCTGACTCCCCC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGATCGCCCCAGCTCCACTAGCACTGACCCTTTCCTCCCCTGACTCCCCC  900

seq1  ACCCCACTCCTGTGAGGAATAGAGTGCCCAGCCCCAGGGCAAATCAGAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 
seq2  ACCCCACTCCTGTGAGGAATAGAGTGCCCAGCCCCAGGGCAAATCAG-AT  949

seq1  GCCACCTTCTCACTTCTTTTG-CCCTCTGAGGTAGGAAAAGGAGTTTGTG  998
      |||||  |||||||||||||| || ||||| ||||  ||| ||| |||||
seq2  GCCAC--TCTCACTTCTTTTGACCATCTGA-GTAG--AAAAGAG-TTGTG  993

seq1  GATAAATATGGCCTGGCTTCTGACATGGCTCTGTAGGGTGGCTGGGGAGA  1048
      ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||   ||||| ||||
seq2  GATGAATAT-GCCT-GCTTCTGACATGGCTCTGTAGG--TGCTGGCGAGA  1039

seq1  CTCCACACTCACTGGAACTCAGCTCACTCAGAAATGAAAGCCTGGGACTT  1098
      || |||||||||| | |||||||||||||||  ||| ||||   ||||||
seq2  CT-CACACTCACT-GTACTCAGCTCACTCAG--ATGGAAGC--TGGACTT  1083

seq1  CAGGTGTGTGTGCAAATGTGAGTGTGTGATAGAATGTGTCAGTGTGTGTG  1148
         ||||||||||  ||||  |||||                        
seq2  TCAGTGTGTGTGC--ATGTATGTGTG------------------------  1107

seq1  GGAGTGAGCAACAGTGTGAACACATGAAGGACACAAATGTGACAAAGCAC  1198
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1107

seq1  AGCTGGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTATGTGTG  1232
                                        
seq2  ----------------------------------  1107

seq1: chr1_94292183_94292557
seq2: B6Ng01-294O24.g_70_444 (reverse)

seq1  ATCCCCCACTGCCCCCCCCACCTGCTGCCCACCCCATCCCCTGCAAGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCCACTGCCCCCCCCACCTGCTGCCCACCCCATCCCCTGCAAGGAG  50

seq1  CACCTGCTCCCTGAGTGCTCCCTGATCTCTGATTTGTGCTCACCCCACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCTCCCTGAGTGCTCCCTGATCTCTGATTTGTGCTCACCCCACAG  100

seq1  GCTGCTGCTAGGAGGCAAGGTGTGCACAGCACCCCTCTCCCCTGCTGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGCTAGGAGGCAAGGTGTGCACAGCACCCCTCTCCCCTGCTGACT  150

seq1  TAGAATGGCACTTGCTGTTCCTTCCAAAGGTTCTGGTGTCTTTTTTGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGGCACTTGCTGTTCCTTCCAAAGGTTCTGGTGTCTTTTTTGAAT  200

seq1  TTGTCTGGGTTAAATTTCTAGCTCCAATTCAGCCTTATTATTTTAGCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGGGTTAAATTTCTAGCTCCAATTCAGCCTTATTATTTTAGCAAT  250

seq1  TCAGCCTCCTGGGACCTGTGTTTTAGCCACGGCATCTGTGGGCAGTGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTCCTGGGACCTGTGTTTTAGCCACGGCATCTGTGGGCAGTGGCA  300

seq1  CCAGGGGACCCACCTGACATCTCAGTAGCGCCTACATTGTTGTCATAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGGACCCACCTGACATCTCAGTAGCGCCTACATTGTTGTCATAGAT  350

seq1  CCTCAGCAAGGTCCAGGAAGAATTC  375
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCAAGGTCCAGGAAGAATTC  375