BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296O10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 131,209,023 - 131,373,306
singlet/doubletdoublet
Overlap geneThsd7b
Upstream geneLct, Mcm6, Dars, LOC620659, Cxcr4, LOC100042732
Downstream geneLOC100042745, LOC100042740, Daf2, Cd55
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296O10.bB6Ng01-296O10.g
ACCGA092395GA092396
length1,1351,126
definitionB6Ng01-296O10.b B6Ng01-296O10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,372,165 - 131,373,306)(131,209,023 - 131,210,147)
sequence
gaattccaactgtctagaatcaaagtggaatgtgtttgtggctcttctgg
attcaattttgcaaatgactgtctaccaaaaacaaacaaacaaacaaaac
aaaacaaaacaaaacaaacaaacaaacaaaatcctctgtgttctaccatc
taatgtttctcctataagcctaactcattctacaattaaagaaaatgaaa
ataatttttttaatgtctcaaaaatcaagaaaatgttgaaatgaaattat
cacccagtccttcagagaggtaacacatggaacaaattctaaaccttcta
ctttttttcacaaactatatattttaccttcctcagctgagctcatctta
cttgttctgttatcagactaataatagaatcaaaatttgatatatttaac
tatacataaaagcagcctccagtataaacataataaggatgctgcctgaa
gcaactatttgtgggtccccagagggataactgccctatacatccattag
tactgacctactggtgagatcacagattctgatctttcagtcaaaggctt
ccacatttagaacagaactattgtaaggagtattcctatgaagaccaaca
aatattgtgaagtcgtcattataattttatctaaaagtaatctgttctcc
tatgtaacaaactgttaagacataagaaatgtggtcacaaaggcaaagga
aatgctattaaaggaaattctcaatttgtatgctgtccaaggctacttct
aattacgaagaaatgatcaagagtatattttggcaaaagaaaaaaacctg
tacactttggcatgacttttcagggattggcagctctgaggtcaatttag
gagtgctccatcattagtctagagcttggagagagtacaaaaggactgaa
gccattggtgtgcacattacttactatcactgtcctaaactgcatgcctt
cttaagtcattcatcactgggaggtgttcctgctttagggccttgcaaag
catcatagacgagacccacatatagttataagtaagtgcatgtggaggaa
tactgggtaatactgctctgagagagatgccatgtccctacttctgtcaa
acaatttcatgttccaagttcactcagtgaaagag

gaattctctggagatagaattataggtttgtgagttgcccgatgtggggg
tgctgagatcaaaattctggaagaatattttctggaagaatagccactgt
tcttgacttctgggacatctttccagcccttgaatattttaatttttaaa
agataattaaagttaattttttagccaaagtatcaatactatttaacatt
tttgctaacaatgtatggtgtgtgcagatagttttgattttacttattct
tgcaggtatgatatagtttgggtatgacgtagaaggtctgtgttgaaagc
ttggtgccctgctagttcacccaatcactgagaggttattgatggcccta
atctaatcagtatacccctctatcagtggattgataacctgctgacattg
ttgggagatgagagattaggaagtggggcttcatctggcaaagtgtctct
ttgagcgtgtatttagttcaaggaccccttgtgtctttctctctgccttc
tgactgccacaaagtcaccagcctcctctaacaaacaatcccaccatggt
attctgcctgcccggaagcaaactgccaagcagaacacctgagctgggga
ctgtgaaagaaaccactggatccttgggtgcagattcatggaagagaaga
tttaactatcacacgctgcaccttgcttcagttttatctgctgatgacag
atggacgaaacatcttttaatgtgatttgtttcccacctttcctaacatt
tctattcttttgggtgtttcttttttaaatttttaaaaagtattggctta
tatgattccctatacctcccagataaagtccttgatgatttacatgactc
atgaatgttttccataatgtgagaaatcattcagttttggtacagtaaac
ctcatctgtcattcatgccacattgactgggaggttgaactcacctgcgt
ttggacactaaaagccactcaatctcttgtcttctgccttgatatagtac
tgtacatttaatttgctaatatttggttaaggatttttgtatgtatggtg
cacagcaatgataattgcactttttcctttcctataatgtactctcttta
gaggtgtcagtaccatgattagtctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_131372165_131373306
seq2: B6Ng01-296O10.b_48_1182 (reverse)

seq1  CTCTTTCACTGAGTGACCTTGGGACATGAAATTGGTTTGACAGAAGTAGG  50
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCACTGAGTGAACTTGGAACATGAAATT-GTTTGACAGAAGTAGG  49

seq1  GACATGGCATTCTCTCTCAGAGGCAGTTATACCCCAAGTATTCCTCCACA  100
      ||||||||| ||||||||||| |||||  |||||  ||||||||||||||
seq2  GACATGGCA-TCTCTCTCAGA-GCAGTATTACCC--AGTATTCCTCCACA  95

seq1  TGCACTTACCTTATAACTATATGTGGGTCTCGTTCTATTGATGCTTTGCA  150
      |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  TGCACTTA-CTTATAACTATATGTGGGTCTCG-TCTA-TGATGCTTTGCA  142

seq1  A-GCCCTAAAGCAGGAACACCTCCCAGTGATGAATGACTTAAGAAGGCAT  199
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTAAAGCAGGAACACCTCCCAGTGATGAATGACTTAAGAAGGCAT  192

seq1  GCAGTTTAGGACAGTGATAGTAAGTAATGTGCACACCAATGGCTTCAGTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTAGGACAGTGATAGTAAGTAATGTGCACACCAATGGCTTCAGTC  242

seq1  CTTTTGTACTCTCTCCAAGCTCTAGACTAATGATGGAGCACTCCTAAATT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTACTCTCTCCAAGCTCTAGACTAATGATGGAGCACTCCTAAATT  292

seq1  GACCTCAGAGCTGCCAATCCCTGAAAAGTCATGCCAAAGTGTACAGGTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCAGAGCTGCCAATCCCTGAAAAGTCATGCCAAAGTGTACAGGTTT  342

seq1  TTTTCTTTTGCCAAAATATACTCTTGATCATTTCTTCGTAATTAGAAGTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTTGCCAAAATATACTCTTGATCATTTCTTCGTAATTAGAAGTA  392

seq1  GCCTTGGACAGCATACAAATTGAGAATTTCCTTTAATAGCATTTCCTTTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGACAGCATACAAATTGAGAATTTCCTTTAATAGCATTTCCTTTG  442

seq1  CCTTTGTGACCACATTTCTTATGTCTTAACAGTTTGTTACATAGGAGAAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTGACCACATTTCTTATGTCTTAACAGTTTGTTACATAGGAGAAC  492

seq1  AGATTACTTTTAGATAAAATTATAATGACGACTTCACAATATTTGTTGGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTACTTTTAGATAAAATTATAATGACGACTTCACAATATTTGTTGGT  542

seq1  CTTCATAGGAATACTCCTTACAATAGTTCTGTTCTAAATGTGGAAGCCTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAGGAATACTCCTTACAATAGTTCTGTTCTAAATGTGGAAGCCTT  592

seq1  TGACTGAAAGATCAGAATCTGTGATCTCACCAGTAGGTCAGTACTAATGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGAAAGATCAGAATCTGTGATCTCACCAGTAGGTCAGTACTAATGG  642

seq1  ATGTATAGGGCAGTTATCCCTCTGGGGACCCACAAATAGTTGCTTCAGGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAGGGCAGTTATCCCTCTGGGGACCCACAAATAGTTGCTTCAGGC  692

seq1  AGCATCCTTATTATGTTTATACTGGAGGCTGCTTTTATGTATAGTTAAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCTTATTATGTTTATACTGGAGGCTGCTTTTATGTATAGTTAAAT  742

seq1  ATATCAAATTTTGATTCTATTATTAGTCTGATAACAGAACAAGTAAGATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAAATTTTGATTCTATTATTAGTCTGATAACAGAACAAGTAAGATG  792

seq1  AGCTCAGCTGAGGAAGGTAAAATATATAGTTTGTGAAAAAAAGTAGAAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGCTGAGGAAGGTAAAATATATAGTTTGTGAAAAAAAGTAGAAGG  842

seq1  TTTAGAATTTGTTCCATGTGTTACCTCTCTGAAGGACTGGGTGATAATTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAATTTGTTCCATGTGTTACCTCTCTGAAGGACTGGGTGATAATTT  892

seq1  CATTTCAACATTTTCTTGATTTTTGAGACATTAAAAAAATTATTTTCATT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAACATTTTCTTGATTTTTGAGACATTAAAAAAATTATTTTCATT  942

seq1  TTCTTTAATTGTAGAATGAGTTAGGCTTATAGGAGAAACATTAGATGGTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAATTGTAGAATGAGTTAGGCTTATAGGAGAAACATTAGATGGTA  992

seq1  GAACACAGAGGATTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAGAGGATTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGT  1042

seq1  TTGTTTGTTTGTTTTTGGTAGACAGTCATTTGCAAAATTGAATCCAGAAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTGTTTTTGGTAGACAGTCATTTGCAAAATTGAATCCAGAAG  1092

seq1  AGCCACAAACACATTCCACTTTGATTCTAGACAGTTGGAATTC  1142
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAAACACATTCCACTTTGATTCTAGACAGTTGGAATTC  1135


seq1: chr1_131209023_131210147
seq2: B6Ng01-296O10.g_71_1196

seq1  GAATTCTCTGGAGATAGAATTATAGGTTTGTGAGTTGCCCGATGTGGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGAGATAGAATTATAGGTTTGTGAGTTGCCCGATGTGGGGG  50

seq1  TGCTGAGATCAAAATTCTGGAAGAATATTTTCTGGAAGAATAGCCACTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGATCAAAATTCTGGAAGAATATTTTCTGGAAGAATAGCCACTGT  100

seq1  TCTTGACTTCTGGGACATCTTTCCAGCCCTTGAATATTTTAATTTTTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGACTTCTGGGACATCTTTCCAGCCCTTGAATATTTTAATTTTTAAA  150

seq1  AGATAATTAAAGTTAATTTTTTAGCCAAAGTATCAATACTATTTAACATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATTAAAGTTAATTTTTTAGCCAAAGTATCAATACTATTTAACATT  200

seq1  TTTGCTAACAATGTATGGTGTGTGCAGATAGTTTTGATTTTACTTATTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTAACAATGTATGGTGTGTGCAGATAGTTTTGATTTTACTTATTCT  250

seq1  TGCAGGTATGATATAGTTTGGGTATGACGTAGAAGGTCTGTGTTGAAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGTATGATATAGTTTGGGTATGACGTAGAAGGTCTGTGTTGAAAGC  300

seq1  TTGGTGCCCTGCTAGTTCACCCAATCACTGAGAGGTTATTGATGGCCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGCCCTGCTAGTTCACCCAATCACTGAGAGGTTATTGATGGCCCTA  350

seq1  ATCTAATCAGTATACCCCTCTATCAGTGGATTGATAACCTGCTGACATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAATCAGTATACCCCTCTATCAGTGGATTGATAACCTGCTGACATTG  400

seq1  TTGGGAGATGAGAGATTAGGAAGTGGGGCTTCATCTGGCAAAGTGTCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGATGAGAGATTAGGAAGTGGGGCTTCATCTGGCAAAGTGTCTCT  450

seq1  TTGAGCGTGTATTTAGTTCAAGGACCCCTTGTGTCTTTCTCTCTGCCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCGTGTATTTAGTTCAAGGACCCCTTGTGTCTTTCTCTCTGCCTTC  500

seq1  TGACTGCCACAAAGTCACCAGCCTCCTCTAACAAACAATCCCACCATGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCCACAAAGTCACCAGCCTCCTCTAACAAACAATCCCACCATGGT  550

seq1  ATTCTGCCTGCCCGGAAGCAAACTGCCAAGCAGAACACCTGAGCTGGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCCTGCCCGGAAGCAAACTGCCAAGCAGAACACCTGAGCTGGGGA  600

seq1  CTGTGAAAGAAACCACTGGATCCTTGGGTGCAGATTCATGGAAGAGAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAAAGAAACCACTGGATCCTTGGGTGCAGATTCATGGAAGAGAAGA  650

seq1  TTTAACTATCACACGCTGCACCTTGCTTCAGTTTTATCTGCTGATGACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTATCACACGCTGCACCTTGCTTCAGTTTTATCTGCTGATGACAG  700

seq1  ATGGACGAAACATCTTTTAATGTGATTTGTTTCCCACCTTTCCTAACATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACGAAACATCTTTTAATGTGATTTGTTTCCCACCTTTCCTAACATT  750

seq1  TCTATTCTTTTGGGTGTTTCTTTTTTAAATTTTTAAAAAGTATTGGCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCTTTTGGGTGTTTCTTTTTTAAATTTTTAAAAAGTATTGGCTTA  800

seq1  TATGATTCCCTATACCTCCCAGATAAAGTCCTTGATGATTTACATGACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTCCCTATACCTCCCAGATAAAGTCCTTGATGATTTACATGACTC  850

seq1  ATGAATGTTTTCCATAATGTGAGAAATCATTCAGTTTTGGTACAGTAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGTTTTCCATAATGTGAGAAATCATTCAGTTTTGGTACAGTAAAC  900

seq1  CTCATCTGTCATTCATGCCACATTGACTGGAAGGTTGAACTCACCCTGCG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  CTCATCTGTCATTCATGCCACATTGACTGGGAGGTTGAACTCA-CCTGCG  949

seq1  TTTGGACACTAAAAGCCACTCAATCTCTTGTCTTCTGCCTTGATATAGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGACACTAAAAGCCACTCAATCTCTTGTCTTCTGCCTTGATATAGTA  999

seq1  CTGTTACATTTAATTTGCTAATATTTGGTTAAGGATTTTTGTATGTAT-G  1049
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTG-TACATTTAATTTGCTAATATTTGGTTAAGGATTTTTGTATGTATGG  1048

seq1  TGCACAAGCAATGATAATTTGCACTTTT--CTTTCTTATAATGTA--CTC  1095
      ||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||  |||
seq2  TGCAC-AGCAATGATAA-TTGCACTTTTTCCTTTCCTATAATGTACTCTC  1096

seq1  CTTAGGAGTGTCAGTACCATGATTAGTCTG  1125
       ||||  |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAGGTGTCAGTACCATGATTAGTCTG  1126


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |