BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298C02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 80,933,744 - 81,081,396
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9430031J16Rik
Upstream geneEG433326, LOC665064, LOC100039325, A830043J08Rik, 2310015K22Rik, Cul3, EG620899, 1700016L21Rik, Dock10, LOC665092
Downstream geneEG621020, LOC433328, EG665145
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298C02.bB6Ng01-298C02.g
ACCGA093319GA093320
length1,1301,112
definitionB6Ng01-298C02.b B6Ng01-298C02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,933,744 - 80,934,878)(81,080,285 - 81,081,396)
sequence
gaattcctttgtgcttatgaacatacaaatacagctttgtgaagtcctgc
ctaagcatgatatgtggtactacagggaaatctttgtcctaagcagctga
agtttgttttcacggaatcacttatttcaaaattaaaagaaacttgctct
ataatgatcagtctctatattcgttactttgattgtagtgatgacttctg
gatgtacatacacaccaattagatccattggctttatatactatggacag
ttttaataaactatatacaataaagatgttaaaaactaaaatgaggtaaa
atggatgataaacattatatttaaaaccaaactatttttagaatttacca
gtctaatatatatgctacaagcaaaacacattatgttataaaatatttac
tgataattcttcaagtgaaattgtgtcatctcttcctggggacatcaaat
aggccttagtgaggataggtcccttgcttaaaataagctggtgaaatgaa
ggtcagattcatcattagtgattctcttctcttagtaccagaatggaatc
acatcttggtttgcatgggaactgtgtctagatccatggttctcaacctt
ctaatgctgtgactcttaaaacagtttcttatattgttttggaccccagc
cctgaaattatatttgttgatgcttcataactgtaattttatgttatgtg
ttatgaatcacagggtaaatatctgtgtttgccagtggccttaggtgatc
cttgtgaaagggtcatttgatcccaaaggggtcacaacctacaggttgag
aattgctggtccagaatgtcagcatcttactggattcctgaggaatgctt
attgtatagctccttctgggtagctgaatcattccttctgaagagaggct
tgttctcattcatagaacaaacaaaggtagactacttaggaagaaaaaaa
ccttaggggtccacagggttataaaagcagtaatatctctgagagaggag
atttcagctgctcagtagggaccccacgcagatggtttctcagtcactgt
tctgctaaggtggggtttttgaatgatcagctgctttatgatctgtaacc
caggtgaaagttcaccaagtgccagcaagc

gaattccattttggtgagaggagtgcaggaaagtgttttttctctatcta
aaacattaccagtgtcagaaattcacttgtatgaagaacatctatagtag
gtactccaagctaaaaaaaaaagaccagcctaaatttatgacaattaatc
ttgtctcagttaagcaagccagctcagttttataagtgtgctagaggtaa
tacctcaggctagaattcctcccactatgccctccaggaaaactgtattt
tccccaggtgcaagaagcatgattatgcaatggactttatttatgtattt
atttatttagctgaggttttccaccaatgcaagtaatttttacacagtca
acatattgtaattattaacaaggttagtttatcatctctgaacattaatt
gtcattattaataacctgcctaattaccaggggtttaaattgttgttctg
agaaaatgtaaaataatatttattgctaaatatttatacatacaaaaggt
attttttaaatcctacagatttctttgagatgaaaatcaatcatattttc
aacttaaacatcatattataaacatgggttgcatgtttatgtatgtgccc
atacccacctctaagaaggtattagtcatataatcatccatttatttaaa
ttctattgggcacctgttaccaataaggcactgataaatgtcaaattgca
gtagaagactagaatgaataatgcatcttttctaattctagtactgttta
tgtcaccagatggccatgcaaccttacttccactattttggggacaaata
gataaaacttctcaacatttacacatgttctttaaaataagaatagcatt
ctgtcaatgatcaagctcacagtacctgctttgctggtacctgtggaaat
cagcatataatgtattagaattctgaagaagtcctgtaggcacaggtgaa
agattgtccatgtactctaaaatctcaaataagttgtttctaggtcttat
gtttttgcataactaatattgtttaagcttcaccttacatttaaacatca
atggcagttgaaatggacttacatcatgtggattgggttaaaactgaata
atgtgtttcaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_80933744_80934878
seq2: B6Ng01-298C02.b_48_1177

seq1  GAATTCCTTTGTGCTTATGAACATACAAATACAGCTTTGTGAAGTCCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGTGCTTATGAACATACAAATACAGCTTTGTGAAGTCCTGC  50

seq1  CTAAGCATGATATGTGGTACTACAGGGAAATCTTTGTCCTAAGCAGCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCATGATATGTGGTACTACAGGGAAATCTTTGTCCTAAGCAGCTGA  100

seq1  AGTTTGTTTTCACGGAATCACTTATTTCAAAATTAAAAGAAACTTGCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGTTTTCACGGAATCACTTATTTCAAAATTAAAAGAAACTTGCTCT  150

seq1  ATAATGATCAGTCTCTATATTCGTTACTTTGATTGTAGTGATGACTTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGATCAGTCTCTATATTCGTTACTTTGATTGTAGTGATGACTTCTG  200

seq1  GATGTACATACACACCAATTAGATCCATTGGCTTTATATACTATGGACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTACATACACACCAATTAGATCCATTGGCTTTATATACTATGGACAG  250

seq1  TTTTAATAAACTATATACAATAAAGATGTTAAAAACTAAAATGAGGTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATAAACTATATACAATAAAGATGTTAAAAACTAAAATGAGGTAAA  300

seq1  ATGGATGATAAACATTATATTTAAAACCAAACTATTTTTAGAATTTACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGATAAACATTATATTTAAAACCAAACTATTTTTAGAATTTACCA  350

seq1  GTCTAATATATATGCTACAAGCAAAACACATTATGTTATAAAATATTTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAATATATATGCTACAAGCAAAACACATTATGTTATAAAATATTTAC  400

seq1  TGATAATTCTTCAAGTGAAATTGTGTCATCTCTTCCTGGGGACATCAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATTCTTCAAGTGAAATTGTGTCATCTCTTCCTGGGGACATCAAAT  450

seq1  AGGCCTTAGTGAGGATAGGTCCCTTGCTTAAAATAAGCTGGTGAAATGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTAGTGAGGATAGGTCCCTTGCTTAAAATAAGCTGGTGAAATGAA  500

seq1  GGTCAGATTCATCATTAGTGATTCTCTTCTCTTAGTACCAGAATGGAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGATTCATCATTAGTGATTCTCTTCTCTTAGTACCAGAATGGAATC  550

seq1  ACATCTTGGTTTGCATGGGAACTGTGTCTAGATCCATGGTTCTCAACCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTGGTTTGCATGGGAACTGTGTCTAGATCCATGGTTCTCAACCTT  600

seq1  CTAATGCTGTGACTCTTAAAACAGTTTCTTATATTGTTTTGGACCCCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGCTGTGACTCTTAAAACAGTTTCTTATATTGTTTTGGACCCCAGC  650

seq1  CCTGAAATTATATTTGTTGATGCTTCATAACTGTAATTTTATGTTATGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAATTATATTTGTTGATGCTTCATAACTGTAATTTTATGTTATGTG  700

seq1  TTATGAATCACAGGGTAAATATCTGTGTTTGCCAGTGGCCTTAGGTGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAATCACAGGGTAAATATCTGTGTTTGCCAGTGGCCTTAGGTGATC  750

seq1  CTTGTGAAAGGGTCATTTGATCCCAAAGGGGTCACAACCTACAGGTTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGAAAGGGTCATTTGATCCCAAAGGGGTCACAACCTACAGGTTGAG  800

seq1  AATTGCTGGTCCAGAATGTCAGCATCTTACTGGATTCCTGAGGAATGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTGGTCCAGAATGTCAGCATCTTACTGGATTCCTGAGGAATGCTT  850

seq1  ATTGTATAGCTCCTTCTGGGTAGCTGAATCATTCCTTCTGAAGAGAGGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATAGCTCCTTCTGGGTAGCTGAATCATTCCTTCTGAAGAGAGGCT  900

seq1  TGTTCTCATTCATAGAACAAACAAAGGTAGACTACTTAGGAAGAAAAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCATTCATAGAACAAACAAAGGTAGACTACTTAGGAAGAAAAAAA  950

seq1  CCTTAGGGGGTCCACAGGGTTATAAAAGCAGTAATATCTCTGAGGAGAGG  1000
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTTA-GGGGTCCACAGGGTTATAAAAGCAGTAATATCTCTGA-GAGAGG  998

seq1  AGAATTTCCAGCTGCCTCAGGTAGGGGACCCCACGCAGATGGTTTTCTCA  1050
      |||  || |||||| |||| ||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGA--TTTCAGCTG-CTCA-GTA-GGGACCCCACGCAGATGG-TTTCTCA  1042

seq1  GTCACTGTTCTTGCTAAGGT-GGGTTTTTGAGTGATTCAGCTGCTTTTAT  1099
      |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||
seq2  GTCACTGTTC-TGCTAAGGTGGGGTTTTTGAATGA-TCAGCTGC-TTTAT  1089

seq1  GATCTGTAAACCA-GTGAA--GTCACC-AGTG-CAGCAAGC  1135
      ||||||||| ||| |||||   ||||| |||| ||||||||
seq2  GATCTGTAACCCAGGTGAAAGTTCACCAAGTGCCAGCAAGC  1130


seq1: chr1_81080285_81081396
seq2: B6Ng01-298C02.g_65_1176 (reverse)

seq1  ATTG-AACACATAATACAGTTTTTAAACCAAATCCACATGATGT-AGTCC  48
      |||| ||||||| || |||||||  |||| |||||||||||||| |||||
seq2  ATTGAAACACATTATTCAGTTTT--AACCCAATCCACATGATGTAAGTCC  48

seq1  ATTTCAACTGCCATTGATGTTTAAATGTAAAGTGAAGCTTAAAC-ATATT  97
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  ATTTCAACTGCCATTGATGTTTAAATGTAAGGTGAAGCTTAAACAATATT  98

seq1  AGTTAATGCAAAAACAT-AGACCTAGAAACAACTTATTTGAGATTTTTAG  146
      |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGTT-ATGCAAAAACATAAGACCTAGAAACAACTTATTTGAGA-TTTTAG  146

seq1  AGTACATGGACAATCTTTCACCTGTGCCTACAGGACTTCTTCAGAATTCT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATGGACAATCTTTCACCTGTGCCTACAGGACTTCTTCAGAATTCT  196

seq1  AATACATTATATGCTGATTTCCACAGGTACCAGCAAAGCAGGTACTGTGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATTATATGCTGATTTCCACAGGTACCAGCAAAGCAGGTACTGTGA  246

seq1  GCTTGATCATTGACAGAATGCTATTCTTATTTTAAAGAACATGTGTAAAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGATCATTGACAGAATGCTATTCTTATTTTAAAGAACATGTGTAAAT  296

seq1  GTTGAGAAGTTTTATCTATTTGTCCCCAAAATAGTGGAAGTAAGGTTGCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGAAGTTTTATCTATTTGTCCCCAAAATAGTGGAAGTAAGGTTGCA  346

seq1  TGGCCATCTGGTGACATAAACAGTACTAGAATTAGAAAAGATGCATTATT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATCTGGTGACATAAACAGTACTAGAATTAGAAAAGATGCATTATT  396

seq1  CATTCTAGTCTTCTACTGCAATTTGACATTTATCAGTGCCTTATTGGTAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTAGTCTTCTACTGCAATTTGACATTTATCAGTGCCTTATTGGTAA  446

seq1  CAGGTGCCCAATAGAATTTAAATAAATGGATGATTATATGACTAATACCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGCCCAATAGAATTTAAATAAATGGATGATTATATGACTAATACCT  496

seq1  TCTTAGAGGTGGGTATGGGCACATACATAAACATGCAACCCATGTTTATA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGAGGTGGGTATGGGCACATACATAAACATGCAACCCATGTTTATA  546

seq1  ATATGATGTTTAAGTTGAAAATATGATTGATTTTCATCTCAAAGAAATCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATGTTTAAGTTGAAAATATGATTGATTTTCATCTCAAAGAAATCT  596

seq1  GTAGGATTTAAAAAATACCTTTTGTATGTATAAATATTTAGCAATAAATA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGATTTAAAAAATACCTTTTGTATGTATAAATATTTAGCAATAAATA  646

seq1  TTATTTTACATTTTCTCAGAACAACAATTTAAACCCCTGGTAATTAGGCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTACATTTTCTCAGAACAACAATTTAAACCCCTGGTAATTAGGCA  696

seq1  GGTTATTAATAATGACAATTAATGTTCAGAGATGATAAACTAACCTTGTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATTAATAATGACAATTAATGTTCAGAGATGATAAACTAACCTTGTT  746

seq1  AATAATTACAATATGTTGACTGTGTAAAAATTACTTGCATTGGTGGAAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTACAATATGTTGACTGTGTAAAAATTACTTGCATTGGTGGAAAA  796

seq1  CCTCAGCTAAATAAATAAATACATAAATAAAGTCCATTGCATAATCATGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTAAATAAATAAATACATAAATAAAGTCCATTGCATAATCATGC  846

seq1  TTCTTGCACCTGGGGAAAATACAGTTTTCCTGGAGGGCATAGTGGGAGGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCACCTGGGGAAAATACAGTTTTCCTGGAGGGCATAGTGGGAGGA  896

seq1  ATTCTAGCCTGAGGTATTACCTCTAGCACACTTATAAAACTGAGCTGGCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGCCTGAGGTATTACCTCTAGCACACTTATAAAACTGAGCTGGCT  946

seq1  TGCTTAACTGAGACAAGATTAATTGTCATAAATTTAGGCTGGTCTTTTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAACTGAGACAAGATTAATTGTCATAAATTTAGGCTGGTCTTTTTT  996

seq1  TTTTAGCTTGGAGTACCTACTATAGATGTTCTTCATACAAGTGAATTTCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCTTGGAGTACCTACTATAGATGTTCTTCATACAAGTGAATTTCT  1046

seq1  GACACTGGTAATGTTTTAGATAGAGAAAAAACACTTTCCTGCACTCCTCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGGTAATGTTTTAGATAGAGAAAAAACACTTTCCTGCACTCCTCT  1096

seq1  CACCAAAATGGAATTC  1112
      ||||||||||||||||
seq2  CACCAAAATGGAATTC  1112


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |