BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300D07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 115,831,852 - 115,971,357
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300D07.bB6Ng01-300D07.g
ACCGA094842GA094843
length1,1191,081
definitionB6Ng01-300D07.b B6Ng01-300D07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,831,852 - 115,832,988)(115,970,269 - 115,971,357)
sequence
gaattcctgtgcatacttgtaatcccagtatgatggcggtggagactgga
atataagaagttcaaggtcacattcagttatatagtgtgtttgaggcaaa
tatgagattcatatgaccctgtgtttaaaaagaaccttcttaacattatg
cagaaaatatgaaggatgttttcaggacatggtattgtgatttttttttt
ttttgatttgtgttctagctactttttactttcaatttgacacagcctag
acccttctacaaagagggagccccaacctgaattatttgttcaaagtgtt
ctgtggccatggctgttcaatgttgttttgactgatgaattatgtgagga
ggcccagcccatggaggaagcaggatttccagacaggtgggccacggcaa
taataataaaacaagctgagcatgagccagtgagtgagtctgtagcagaa
ttcttccatagtttttgttccaacgtactgccttttgtttctgccttggt
atccttcaatgatggattaacctctacaatgaaataaaccatttcctctc
ataaattgcttttggtcagattgttttgatcatagcaacagaaaactatt
agagtagtactttcaacaagagatgctgaagtgagtagggccttgcttcc
actaaaggaatcaaagtggctgattataatcacaggcaaggcagttatgc
ctgttggaactgggtaccagcaggctagttattgtgaagaggtgagtatt
gtgcaggtatggatgagaagagctgacaggtcatgtttcatggtctgtgg
ttctgtagcatcagggcttgatcagaattttgaggctttgcagtcatttg
cttttgctagggggacacatctccccattttcacttttgtatactttcag
cccagtgctgtcccaggaggttgggtttgtgtattcagaattcggcatct
aagtcatagagaaaggaaaatagtccttggacaggagtcctgatatctct
cagcaggtgacatttggatgtttctatactctgagtccctgttccctgta
agataatatactactacactgaatattataattactcctacctgtagctg
aggaaaggtcaactggtaa
gaattccactgcaagttgagaatcttctgtattttattaccagtagtcat
agcaatggttaaacaatgacagacagtgcacaggaagctgagcttttctc
atgtactattaaaccacagaagcaagataggatgtgctcagggtataatg
accacagaacaaaggatgttaaaagacatggcccaccacaccctcttttt
acatagtgtcctatgtctatggttttgctcatatatgtcctgcagatatt
ttgattatgagccaacaaggcagactggaagatgttcactgctgaactct
tctcagtcttctttttatcctcactcagaggaatagaaaatactcaaagt
tgtagccactctgcaagtgcaccttaacatcctgaagactcagataagtg
caatgctagagctgtctgcaggaccagggaccagctccccaggtctgaga
tttttttcctcgcagaacagctggtcagtttcatccctagaaaggtccac
ttctactgtaacctgggtggtgggtgtcaaagaggcagagcggggatgga
gattcaaaggtggagctctagagaatcctccaacttttagcttcctcagc
cttatgagcccccacatctacctggggaaaaggcttaaactcaaaggaag
ctattgtgcaaaatccttgaactagtggttttatgcacattttcccctca
taatcacaacaactacatgaacttgggtttctattttctacagatgcttt
acatgatgcaaatgttcagggaacacatgcctagaaaacctactattatc
tgttacttcacattaaaactttggttcccatcacagacaggtaggcacag
ttctaatctatacagaaaaatgaagaggaattacagctttttgcttatta
ctgatgataagtaacaatatatgaacaaacacaaaagacttgtatttctg
ccatgcacaacttctaagcattcaatttaaccgtgcacattttaacttag
agatagattttttttttattcagttttctttctagtctctagagttatag
aatcttatcataggacctctttcagtcatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_115831852_115832988
seq2: B6Ng01-300D07.b_43_1161

seq1  GAATTCCTGTGCATACTTGTAATCCCAGTATGATGGCGGTGGAGACTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTGCATACTTGTAATCCCAGTATGATGGCGGTGGAGACTGGA  50

seq1  ATATAAGAAGTTCAAGGTCACATTCAGTTATATAGTGTGTTTGAGGCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGAAGTTCAAGGTCACATTCAGTTATATAGTGTGTTTGAGGCAAA  100

seq1  TATGAGATTCATATGACCCTGTGTTTAAAAAGAACCTTCTTAACATTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGATTCATATGACCCTGTGTTTAAAAAGAACCTTCTTAACATTATG  150

seq1  CAGAAAATATGAAGGATGTTTTCAGGACATGGTATTGTGATTTTTTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAATATGAAGGATGTTTTCAGGACATGGTATTGTGATTTTTTTTTT  200

seq1  TTTTGATTTGTGTTCTAGCTACTTTTTACTTTCAATTTGACACAGCCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATTTGTGTTCTAGCTACTTTTTACTTTCAATTTGACACAGCCTAG  250

seq1  ACCCTTCTACAAAGAGGGAGCCCCAACCTGAATTATTTGTTCAAAGTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCTACAAAGAGGGAGCCCCAACCTGAATTATTTGTTCAAAGTGTT  300

seq1  CTGTGGCCATGGCTGTTCAATGTTGTTTTGACTGATGAATTATGTGAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCCATGGCTGTTCAATGTTGTTTTGACTGATGAATTATGTGAGGA  350

seq1  GGCCCAGCCCATGGAGGAAGCAGGATTTCCAGACAGGTGGGCCACGGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGCCCATGGAGGAAGCAGGATTTCCAGACAGGTGGGCCACGGCAA  400

seq1  TAATAATAAAACAAGCTGAGCATGAGCCAGTGAGTGAGTCTGTAGCAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATAAAACAAGCTGAGCATGAGCCAGTGAGTGAGTCTGTAGCAGAA  450

seq1  TTCTTCCATAGTTTTTGTTCCAACGTACTGCCTTTTGTTTCTGCCTTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCATAGTTTTTGTTCCAACGTACTGCCTTTTGTTTCTGCCTTGGT  500

seq1  ATCCTTCAATGATGGATTAACCTCTACAATGAAATAAACCATTTCCTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCAATGATGGATTAACCTCTACAATGAAATAAACCATTTCCTCTC  550

seq1  ATAAATTGCTTTTGGTCAGATTGTTTTGATCATAGCAACAGAAAACTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTGCTTTTGGTCAGATTGTTTTGATCATAGCAACAGAAAACTATT  600

seq1  AGAGTAGTACTTTCAACAAGAGATGCTGAAGTGAGTAGGGCCTTGCTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAGTACTTTCAACAAGAGATGCTGAAGTGAGTAGGGCCTTGCTTCC  650

seq1  ACTAAAGGAATCAAAGTGGCTGATTATAATCACAGGCAAGGCAGTTATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAGGAATCAAAGTGGCTGATTATAATCACAGGCAAGGCAGTTATGC  700

seq1  CTGTTGGAACTGGGTACCAGCAGGCTAGTTATTGTGAAGAGGTGAGTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGAACTGGGTACCAGCAGGCTAGTTATTGTGAAGAGGTGAGTATT  750

seq1  GGGCAGGTATGGATGAGAAGAGCTGACAGGTCATGTTTCATGGTCTGTGG  800
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGTATGGATGAGAAGAGCTGACAGGTCATGTTTCATGGTCTGTGG  800

seq1  TTCTGTAGCATCAGGGCTTGATCAGAATTTTGAGGCTTTGCAGTCATTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTAGCATCAGGGCTTGATCAGAATTTTGAGGCTTTGCAGTCATTTG  850

seq1  CTTTTGCTAGGGGGACACATCTCCCCATTTTCACTTTTGTATACTTTCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGCTAGGGGGACACATCTCCCCATTTTCACTTTTGTATACTTTCAG  900

seq1  CCCAGTGCTGTCCCAGGAGGTT-GGTTTGTGTATTCAGAATTCGGCATCT  949
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGCTGTCCCAGGAGGTTGGGTTTGTGTATTCAGAATTCGGCATCT  950

seq1  AAGTCATAGAGAAAAGGAAAATAGTTCCTTGGACAGGAGTCCTGATATCT  999
      ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATAGAG-AAAGGAAAATAG-TCCTTGGACAGGAGTCCTGATATCT  998

seq1  CTCAGCAGGGTGACATTTGGATGTTTCCTTAATAACTCTGAGTCCCTGTT  1049
      ||||||| |||||||||||||||||||  |    |||||||||||||| |
seq2  CTCAGCA-GGTGACATTTGGATGTTTCTAT----ACTCTGAGTCCCTG-T  1042

seq1  TCCCTGTAAAGAAATAAATATACCTACTACACTGAAATATTATAAATAAT  1099
      ||||||| ||||    |||||| ||||||||||| |||||||||| ||  
seq2  TCCCTGT-AAGA---TAATATA-CTACTACACTG-AATATTATAATTA--  1084

seq1  TTCTTAACTGGTAGCTGAAGAAAAAGGTCAACTGGTAA  1137
       || || || |||||||| |  ||||||||||||||||
seq2  CTCCTACCT-GTAGCTGAGG--AAAGGTCAACTGGTAA  1119

seq1: chr1_115970269_115971357
seq2: B6Ng01-300D07.g_65_1145 (reverse)

seq1  GGATGACTGAAAAGAAGGTCCTAATGATAAGGATTCTAATAACCTCCTAG  50
      ||||||||||||   ||||||| ||||||| |||||| |||||   ||||
seq2  GGATGACTGAAA--GAGGTCCT-ATGATAA-GATTCT-ATAAC--TCTAG  43

seq1  AGACTAGAAAGAAAACTGAATAAAAAAAAATTCTATCTCTAAGTTAAAAT  100
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGACTAGAAAGAAAACTGAATAAAAAAAAAATCTATCTCTAAGTTAAAAT  93

seq1  GTGCACGGTTAAAATTGAATGCTTAGAAGTTGTGCATGGCAGAAATACAA  150
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACGGTT-AAATTGAATGCTTAGAAGTTGTGCATGGCAGAAATACAA  142

seq1  GTCTTTTGTGTTTGTTCATATATTGTTACTTATCATCAGTAATAAGCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTGTGTTTGTTCATATATTGTTACTTATCATCAGTAATAAGCAAA  192

seq1  AAGCTGTAATTCCTCTTCATTTTTCTGTATAGATTAGAACTGTGCCTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTAATTCCTCTTCATTTTTCTGTATAGATTAGAACTGTGCCTACC  242

seq1  TGTCTGTGATGGGAACCAAAGTTTTAATGTGAAGTAACAGATAATAGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGATGGGAACCAAAGTTTTAATGTGAAGTAACAGATAATAGTAG  292

seq1  GTTTTCTAGGCATGTGTTCCCTGAACATTTGCATCATGTAAAGCATCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTAGGCATGTGTTCCCTGAACATTTGCATCATGTAAAGCATCTGT  342

seq1  AGAAAATAGAAACCCAAGTTCATGTAGTTGTTGTGATTATGAGGGGAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATAGAAACCCAAGTTCATGTAGTTGTTGTGATTATGAGGGGAAAA  392

seq1  TGTGCATAAAACCACTAGTTCAAGGATTTTGCACAATAGCTTCCTTTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATAAAACCACTAGTTCAAGGATTTTGCACAATAGCTTCCTTTGAG  442

seq1  TTTAAGCCTTTTCCCCAGGTAGATGTGGGGGCTCATAAGGCTGAGGAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCCTTTTCCCCAGGTAGATGTGGGGGCTCATAAGGCTGAGGAAGC  492

seq1  TAAAAGTTGGAGGATTCTCTAGAGCTCCACCTTTGAATCTCCATCCCCGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTTGGAGGATTCTCTAGAGCTCCACCTTTGAATCTCCATCCCCGC  542

seq1  TCTGCCTCTTTGACACCCACCACCCAGGTTACAGTAGAAGTGGACCTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCTTTGACACCCACCACCCAGGTTACAGTAGAAGTGGACCTTTC  592

seq1  TAGGGATGAAACTGACCAGCTGTTCTGCGAGGAAAAAAATCTCAGACCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGATGAAACTGACCAGCTGTTCTGCGAGGAAAAAAATCTCAGACCTG  642

seq1  GGGAGCTGGTCCCTGGTCCTGCAGACAGCTCTAGCATTGCACTTATCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCTGGTCCCTGGTCCTGCAGACAGCTCTAGCATTGCACTTATCTGA  692

seq1  GTCTTCAGGATGTTAAGGTGCACTTGCAGAGTGGCTACAACTTTGAGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCAGGATGTTAAGGTGCACTTGCAGAGTGGCTACAACTTTGAGTAT  742

seq1  TTTCTATTCCTCTGAGTGAGGATAAAAAGAAGACTGAGAAGAGTTCAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTCCTCTGAGTGAGGATAAAAAGAAGACTGAGAAGAGTTCAGCA  792

seq1  GTGAACATCTTCCAGTCTGCCTTGTTGGCTCATAATCAAAATATCTGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACATCTTCCAGTCTGCCTTGTTGGCTCATAATCAAAATATCTGCAG  842

seq1  GACATATATGAGCAAAACCATAGACATAGGACACTATGTAAAAAGAGGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATATGAGCAAAACCATAGACATAGGACACTATGTAAAAAGAGGGT  892

seq1  GTGGTGGGCCATGTCTTTTAACATCCTTTGTTCTGTGGTCATTATACCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGGCCATGTCTTTTAACATCCTTTGTTCTGTGGTCATTATACCCT  942

seq1  GAGCACATCCTATCTTGCTTCTGTGGTTTAATAGTACATGAGAAAAGCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATCCTATCTTGCTTCTGTGGTTTAATAGTACATGAGAAAAGCTC  992

seq1  AGCTTCCTGTGCACTGTCTGTCATTGTTTAACCATTGCTATGACTACTGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCCTGTGCACTGTCTGTCATTGTTTAACCATTGCTATGACTACTGG  1042

seq1  TAATAAAATACAGAAGATTCTCAACTTGCAGTGGAATTC  1089
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAATACAGAAGATTCTCAACTTGCAGTGGAATTC  1081