BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300H15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 195,803,905 - 195,922,534
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSyt14, AA408296, Irf6, A130010J15Rik, Traf3ip3, Hsd11b1, G0s2, Lamb3, Camk1g, LOC667208
Downstream geneEG623172, Plxna2, Cd34, Cd46
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300H15.bB6Ng01-300H15.g
ACCGA095043GA095044
length1,2001,069
definitionB6Ng01-300H15.b B6Ng01-300H15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(195,803,905 - 195,805,109)(195,921,458 - 195,922,534)
sequence
gaattcaccagtgacccagcctcacatgttctctatactctggatatttg
aagagcatcataagattcgaattgtcacctaggagactagtaaaggtgcg
tacactgggcatctacctcagttcacctgagtgaggagctcaatgtggga
gaagctgtggcttaaggcttctaggtgactgtaacattattagagcttca
gaagcacagcttgagtcaatatagaatattctttctatcagatagtagga
gtctagggagcttcccctttaggtcaagtccctttgccatgagtctgttt
agtttccaagtgtttgaaaaagtcacactaacatacctagacatgcacct
cttgtcaacagcacacatttctctgtcaagctgtagtgtagaatagccag
aggtctctctcagttttgttctgatgtatctctgactcctgcgatagtac
ctggcacatcatacttgctcagttagtatttattgaattaataaatggcc
atcccttgcatgtcagactccacagtgtatttggtgcattatgcagctaa
cattttccacaaaatgttcttttaacagtcatctttaagcaaaaagatgg
catatatcataaaaagtatagatgttttaaagtgagctttattacatgga
atgagtaaatctgtaaagtacctctgtctctctcagttcttctttttcca
tgaatttgtgaatctaccatctctagttcccacaactgaccaacttccct
gtcttcagagcacaggaatattctcaacaatacatattcacatacatata
cacatacacatatgcatatatgcacatatgcccatatacacatatacaca
tatatacatatacaactgatattaaaacttaccgttgaagtgttaagaca
gaacagatgagcacaacctcagttcccaaaagggagaattctacttgccc
aattagattggtactcttaccccaataactttcagctttggttaagtcgt
gtacaaccttcattttacaacatggttgcctctgccctttctaaccagtt
gatgagatggaagattattgataaaacaaagagtaacagaattataaaag
taccagaatacctcgtgtctcctttccattagtagagctattaaatattt
ttaaaaacctatttgattaatggcctatggtatcctattgttacctgtac


gaattcatgtggattacatgcttcagttccctgaggtctgcctgcaccag
caccctcccggcttctgggccttgagtaccaatgtgggccctatcactgt
agctactcccactccttgctcttggagacctctgatttgccacttgagag
atatggaagggatgctgtttttaactctaagatcccagcaaaaactggag
atgaagctcaaaggcagatcacttgtttgtccagtatgtctaaaggctga
tgttggtgactcattagcctagtattctccgtggctaatagtgtggagta
gtgtgttagaaattcttgaaatctgtaaggaaagagaattaaacatccat
tcagaggagctacagttacttaacataaataaatgtcaggtgtgagtatg
gctggaagagagcctagaacaggaggcaatttgggagggagtataaggaa
actgattttgtaggcagggcaggtagatgtgctctgtggcagaaacattt
gtaatacaacatttctgaaattgtggaagtaagattgcatgcttgctgag
ccagcgatcctgcaaggatgcctgccagaatgagggagaagttattgaga
ttgctggtcactggtaagttagtgtaacaaagaaaatctaaggatacaag
tggctgctttttaattaaagcaaaagcaaaacaaatagcagaaatttgtt
gcttgaaggaagagccctgtggcctgcagacttaaaagggaaatagcatt
ggtagctgtccttcatgaggacagcatagacatacttcacagctgaacac
tgaggctattcccagtgaccagagtgagtctaagggtgtgcctttccagt
ctttccccagggtgttgaggtgaataaataatcaattaataaataaaggt
atggggtaagagataagaatttgagaacttatctggaaaaatgaatctgg
tttctgacacaggaagcaaataaataaggagcttgcttaaatttttagat
atatatactagagcaaaatacagtgagtcaagacagaataatctgtgaga
aactaaagcaatagttacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_195803905_195805109
seq2: B6Ng01-300H15.b_44_1243

seq1  GAATTCACCAGTGACCCAGCCTCACATGTTCTCTATACTCTGGATATTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCAGTGACCCAGCCTCACATGTTCTCTATACTCTGGATATTTG  50

seq1  AAGAGCATCATAAGATTCGAATTGTCACCTAGGAGACTAGTAAAGGTGCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCATCATAAGATTCGAATTGTCACCTAGGAGACTAGTAAAGGTGCG  100

seq1  TACACTGGGCATCTACCTCAGTTCACCTGAGTGAGGAGCTCAATGTGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGGGCATCTACCTCAGTTCACCTGAGTGAGGAGCTCAATGTGGGA  150

seq1  GAAGCTGTGGCTTAAGGCTTCTAGGTGACTGTAACATTATTAGAGCTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGTGGCTTAAGGCTTCTAGGTGACTGTAACATTATTAGAGCTTCA  200

seq1  GAAGCACAGCTTGAGTCAATATAGAATATTCTTTCTATCAGATAGTAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCACAGCTTGAGTCAATATAGAATATTCTTTCTATCAGATAGTAGGA  250

seq1  GTCTAGGGAGCTTCCCCTTTAGGTCAAGTCCCTTTGCCATGAGTCTGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGGGAGCTTCCCCTTTAGGTCAAGTCCCTTTGCCATGAGTCTGTTT  300

seq1  AGTTTCCAAGTGTTTGAAAAAGTCACACTAACATACCTAGACATGCACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCAAGTGTTTGAAAAAGTCACACTAACATACCTAGACATGCACCT  350

seq1  CTTGTCAACAGCACACATTTCTCTGTCAAGCTGTAGTGTAGAATAGCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCAACAGCACACATTTCTCTGTCAAGCTGTAGTGTAGAATAGCCAG  400

seq1  AGGTCTCTCTCAGTTTTGTTCTGATGTATCTCTGACTCCTGCGATAGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTCTCTCAGTTTTGTTCTGATGTATCTCTGACTCCTGCGATAGTAC  450

seq1  CTGGCACATCATACTTGCTCAGTTAGTATTTATTGAATTAATAAATGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCACATCATACTTGCTCAGTTAGTATTTATTGAATTAATAAATGGCC  500

seq1  ATCCCTTGCATGTCAGACTCCACAGTGTATTTGGTGCATTATGCAGCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTGCATGTCAGACTCCACAGTGTATTTGGTGCATTATGCAGCTAA  550

seq1  CATTTTCCACAAAATGTTCTTTTAACAGTCATCTTTAAGCAAAAAGATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCCACAAAATGTTCTTTTAACAGTCATCTTTAAGCAAAAAGATGG  600

seq1  CATATATCATAAAAAGTATAGATGTTTTAAAGTGAGCTTTATTACATGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATCATAAAAAGTATAGATGTTTTAAAGTGAGCTTTATTACATGGA  650

seq1  ATGAGTAAATCTGTAAAGTACCTCTGTCTCTCTCAGTTCTTCTTTTTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTAAATCTGTAAAGTACCTCTGTCTCTCTCAGTTCTTCTTTTTCCA  700

seq1  TGAATTTGTGAATCTACCATCTCTAGTTCCCACAACTGACCAACTTCCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTGTGAATCTACCATCTCTAGTTCCCACAACTGACCAACTTCCCT  750

seq1  GTCTTCAGAGCACAGGAATATTCTCAACAATACATATTCACATACATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCAGAGCACAGGAATATTCTCAACAATACATATTCACATACATATA  800

seq1  CACATACACATATGCATATATGCACATATGCCCATATACACATATACACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACACATATGCATATATGCACATATGCCCATATACACATATACACA  850

seq1  TATATACATATACAACTGATATTAAAACTTACCGTTGAAGTGTTAAGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACATATACAACTGATATTAAAACTTACCGTTGAAGTGTTAAGACA  900

seq1  GAACAGATGAGCACAACCTCAGGTTCCCAAAAGGGGAGAATTCTACTTGC  950
      ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAACAGATGAGCACAACCTCA-GTTCCCAAAA-GGGAGAATTCTACTTGC  948

seq1  CCAATTAGATTGGTACTCTTACCCCAATAACTTTCAGCTTTGGTTAAGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCAATTAGATTGGTACTCTTACCCCAATAACTTTCAGCTTTGGTTAA-GT  997

seq1  CGTGTACAACCTTCATTTTACAACATGGTTGCCTCTGCCCTTTCTAACCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTACAACCTTCATTTTACAACATGGTTGCCTCTGCCCTTTCTAACCA  1047

seq1  GTTGGATGAGGATGGAAGA-TATTGAATAAAAACCAAAGAGGTACAGAAT  1099
      ||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||  |||||||  |||||||
seq2  GTT-GATGA-GATGGAAGATTATTG-ATAAAA--CAAAGAGTAACAGAAT  1092

seq1  ATAAAAAGTACCAG-ATACCTCGTGTCTC---TTCATTAGTTAAGAGCTT  1145
         ||||||||||| ||||||||||||||   | |||||||  |||||| 
seq2  TATAAAAGTACCAGAATACCTCGTGTCTCCTTTCCATTAGT--AGAGCT-  1139

seq1  AATTAAATA-TTTTAAAAAACTATTTGATATAATGGTCTAT-GTATCCTA  1193
       |||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||
seq2  -ATTAAATATTTTTAAAAACCTATTTGAT-TAATGGCCTATGGTATCCTA  1187

seq1  -TGTACCCTGTAC  1205
       |||  |||||||
seq2  TTGTTACCTGTAC  1200


seq1: chr1_195921458_195922534
seq2: B6Ng01-300H15.g_67_1135 (reverse)

seq1  GGTAACTATTTGCTTTTAGTTTCTCACAGATTTATTCTGTCTTGACTCAC  50
      |||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGTAACTA-TTGC-TTTAGTTTCTCACAGA-TTATTCTGTCTTGACTCAC  47

seq1  TGTATTTTGCTCTAGTATATAATTATCTAAAAATTTTAGCAAGCTCCTTA  100
      |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGTATTTTGCTCTAGTATATA--TATCTAAAAATTTAAGCAAGCTCCTTA  95

seq1  TTTATTTGCTTCCTGTGTCAGAAACCAGATTCATTTTTTCCAGATAAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  TTTATTTGCTTCCTGTGTCAGAAACCAGATTCA-TTTTTCCAGAT-AAGT  143

seq1  TCTCAAATTTCTTATCTCTTACCCCATACCTTTATTTATTAATTGATTAT  200
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAA-TTCTTATCTCTTACCCCATACCTTTATTTATTAATTGATTAT  192

seq1  TTATTCACCTCAACACCCTGGGGAAAGACTGGAAAGGCACACCCTTAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCACCTCAACACCCTGGGGAAAGACTGGAAAGGCACACCCTTAGAC  242

seq1  TCACTCTGGTCACTGGGAATAGCCTCAGTGTTCAGCTGTGAAGTATGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTGGTCACTGGGAATAGCCTCAGTGTTCAGCTGTGAAGTATGTCT  292

seq1  ATGCTGTCCTCATGAAGGACAGCTACCAATGCTATTTCCCTTTTAAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTCCTCATGAAGGACAGCTACCAATGCTATTTCCCTTTTAAGTCT  342

seq1  GCAGGCCACAGGGCTCTTCCTTCAAGCAACAAATTTCTGCTATTTGTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCACAGGGCTCTTCCTTCAAGCAACAAATTTCTGCTATTTGTTTT  392

seq1  GCTTTTGCTTTAATTAAAAAGCAGCCACTTGTATCCTTAGATTTTCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGCTTTAATTAAAAAGCAGCCACTTGTATCCTTAGATTTTCTTTG  442

seq1  TTACACTAACTTACCAGTGACCAGCAATCTCAATAACTTCTCCCTCATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACTAACTTACCAGTGACCAGCAATCTCAATAACTTCTCCCTCATTC  492

seq1  TGGCAGGCATCCTTGCAGGATCGCTGGCTCAGCAAGCATGCAATCTTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGCATCCTTGCAGGATCGCTGGCTCAGCAAGCATGCAATCTTACT  542

seq1  TCCACAATTTCAGAAATGTTGTATTACAAATGTTTCTGCCACAGAGCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAATTTCAGAAATGTTGTATTACAAATGTTTCTGCCACAGAGCACA  592

seq1  TCTACCTGCCCTGCCTACAAAATCAGTTTCCTTATACTCCCTCCCAAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTGCCCTGCCTACAAAATCAGTTTCCTTATACTCCCTCCCAAATT  642

seq1  GCCTCCTGTTCTAGGCTCTCTTCCAGCCATACTCACACCTGACATTTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTGTTCTAGGCTCTCTTCCAGCCATACTCACACCTGACATTTATT  692

seq1  TATGTTAAGTAACTGTAGCTCCTCTGAATGGATGTTTAATTCTCTTTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTAAGTAACTGTAGCTCCTCTGAATGGATGTTTAATTCTCTTTCCT  742

seq1  TACAGATTTCAAGAATTTCTAACACACTACTCCACACTATTAGCCACGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATTTCAAGAATTTCTAACACACTACTCCACACTATTAGCCACGGA  792

seq1  GAATACTAGGCTAATGAGTCACCAACATCAGCCTTTAGACATACTGGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTAGGCTAATGAGTCACCAACATCAGCCTTTAGACATACTGGACA  842

seq1  AACAAGTGATCTGCCTTTGAGCTTCATCTCCAGTTTTTGCTGGGATCTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGTGATCTGCCTTTGAGCTTCATCTCCAGTTTTTGCTGGGATCTTA  892

seq1  GAGTTAAAAACAGCATCCCTTCCATATCTCTCAAGTGGCAAATCAGAGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAAAAACAGCATCCCTTCCATATCTCTCAAGTGGCAAATCAGAGGT  942

seq1  CTCCAAGAGCAAGGAGTGGGAGTAGCTACAGTGATAGGGCCCACATTGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGAGCAAGGAGTGGGAGTAGCTACAGTGATAGGGCCCACATTGGT  992

seq1  ACTCAAGGCCCAGAAGCCGGGAGGGTGCTGGTGCAGGCAGACCTCAGGGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAGGCCCAGAAGCCGGGAGGGTGCTGGTGCAGGCAGACCTCAGGGA  1042

seq1  ACTGAAGCATGTAATCCACATGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGCATGTAATCCACATGAATTC  1069


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |