BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304N10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 70,325,862 - 70,441,274
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpag16
Upstream geneEG241084, Ikzf2
Downstream geneA830006F12Rik, LOC100043210, EG667884, EG666083, LOC100042804, LOC100042809, Bard1, LOC667900, Abca12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304N10.bB6Ng01-304N10.g
ACCGA098281GA098282
length1,1171,169
definitionB6Ng01-304N10.b B6Ng01-304N10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,325,862 - 70,326,994)(70,440,093 - 70,441,274)
sequence
gaattcccaccatctctcaccggtatattttattgtgaataggctttagg
tctacttgttgttgaaagctacttatgtaagagttgattttgacttccag
aagaacagatgttaatattgacagagaaatcattgtggtagcaataggaa
actgagagtcacactcatacaggaagcagacagaataagaatagggtatg
ggacaaggctataaaccttcaaatcctgcacaaagtgacacacttcctcc
agctagtctatggcttctaaaagttccattacctcatcaaaggtctctag
ccactggggaccaagggactggatacagcaggctaccgggaagatttctc
actcaaattgccacaagatctgatccatgtttgcattggcaagctgacct
atgacactgctattctatccttttctttccaactctcttaaaagactcca
tcaaattctccacataacccacttagacagctcagtaaccataatcaaag
tagtttcaagacagcaagcactcctagtaggtattattgtcaacacacag
ggacagtaatggagagactcggttatctattcagtatgccataatttgtt
tttgttgttacatttgtcactggagaaactaaagtttttcttagcaatgg
ctgacccacaggtaaatagcaatagaaaactttagggaaagcatacctct
tgtagaggactaattaaaagaaggagaggttgcaaagactactaaaggtg
tattaatataatccagaagactggggaaagcctgtcgatattttctacct
cgcttcttcagtggaatttacctaaaactaactatttgaatgacatgcat
tccactgtttaattcttgttgaggaggaggtaaattaacagattacattc
agtggctggattaacctactacaatgtaatgttccagctagcacactgtg
gtgaagtcaattgaaacagagggaaacaatggcttacaagaagtcctaaa
gattggttgactatgaaacgtctcaaactgggactggggagatgagaatt
ctatgatctgtttcattcaagctaagttctagatagactatgtgtacagg
atgtatcagtagaaatt

gaattcatgtgagaaagctatgaatgtacactagtcaaatatgccagagg
agaagcaattaaatgagttgaatgcatttacctttaacagatttattaaa
ctgcaattgatataaagatgcatatatgttgtgtatagagcttgatagtt
ttggacataagcataaatacgtacctgttaccacaacaaccacacttttc
tctctcaagggtttctttttatatttttgttggctttgctaagtgctaag
acacttaacgagagagagagagagggagagagagagaggagattccctta
acaattaacaattttttgatgcacaatatgtttaccatcagtcattctgt
tatatagcaaatctttaagactcatacctactgagcagccatttcctacc
tctttcacccaacgcccacagttaccttctatttccttcttgtgagttgg
actatgttaaccacctcatgtcaaggaaagcatacagtatcacattacct
gtctccctgaacttgattatttcacatataacaatgtctactgatttcag
ttcatctatgttgtcacaaatggtagtatctcatttttaatagttgtgtg
catatgcataattaggcaattccaaaacgtgtgtcttgctgtgatgaaaa
aggcatacagaatatgtatactgtgtgtctatgtatgtctgtgtatgtgt
ctgtgtgtgtgtgtgtgcatgtgtctgtgtgtgtctgtgtagtgtgtgtg
tacactcatttattcagcacagtttattcatgatagttgagctatgaaag
cccaggtgcccatcaataaatgaatggataaacagttttatcttcctttt
tactttggcaccatggagtgtccttgtgaaaagaacaattttcaatttgt
acaattttatgtattatataaagggctactacttttttgatggcatagtt
aggaatttggacacatgcctgaaatcaatgcaaaaattgcaaagatttct
tccaataattctgtctttctagtgagatcggtcttgcagttttcatgtta
tactggactagcaactgtgctgacagcttccaggccacatctatcaagct
tccttctgcatccatggcatctgcctggtctaagttagtaaagttagtga
attcaaaatttaggatgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_70325862_70326994
seq2: B6Ng01-304N10.b_51_1167

seq1  GAATTCCCACCATCTCTCACCGGTATATTTTATTGTGAATAGGCTTTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCACCATCTCTCACCGGTATATTTTATTGTGAATAGGCTTTAGG  50

seq1  TCTACTTGTTGTTGAAAGCTACTTATGTAAGAGTTGATTTTGACTTCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTGTTGTTGAAAGCTACTTATGTAAGAGTTGATTTTGACTTCCAG  100

seq1  AAGAACAGATGTTAATATTGACAGAGAAATCATTGTGGTAGCAATAGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACAGATGTTAATATTGACAGAGAAATCATTGTGGTAGCAATAGGAA  150

seq1  ACTGAGAGTCACACTCATACAGGAAGCAGACAGAATAAGAATAGGGTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGAGTCACACTCATACAGGAAGCAGACAGAATAAGAATAGGGTATG  200

seq1  GGACAAGGCTATAAACCTTCAAATCCTGCACAAAGTGACACACTTCCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAGGCTATAAACCTTCAAATCCTGCACAAAGTGACACACTTCCTCC  250

seq1  AGCTAGTCTATGGCTTCTAAAAGTTCCATTACCTCATCAAAGGTCTCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGTCTATGGCTTCTAAAAGTTCCATTACCTCATCAAAGGTCTCTAG  300

seq1  CCACTGGGGACCAAGGGACTGGATACAGCAGGCTACCGGGAAGATTTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGGGACCAAGGGACTGGATACAGCAGGCTACCGGGAAGATTTCTC  350

seq1  ACTCAAATTGCCACAAGATCTGATCCATGTTTGCATTGGCAAGCTGACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAATTGCCACAAGATCTGATCCATGTTTGCATTGGCAAGCTGACCT  400

seq1  ATGACACTGCTATTCTATCCTTTTCTTTCCAACTCTCTTAAAAGACTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACACTGCTATTCTATCCTTTTCTTTCCAACTCTCTTAAAAGACTCCA  450

seq1  TCAAATTCTCCACATAACCCACTTAGACAGCTCAGTAACCATAATCAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTCTCCACATAACCCACTTAGACAGCTCAGTAACCATAATCAAAG  500

seq1  TAGTTTCAAGACAGCAAGCACTCCTAGTAGGTATTATTGTCAACACACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCAAGACAGCAAGCACTCCTAGTAGGTATTATTGTCAACACACAG  550

seq1  GGACAGTAATGGAGAGACTCGGTTATCTATTCAGTATGCCATAATTTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTAATGGAGAGACTCGGTTATCTATTCAGTATGCCATAATTTGTT  600

seq1  TTTGTTGTTACATTTGTCACTGGAGAAACTAAAGTTTTTCTTAGCAATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTTACATTTGTCACTGGAGAAACTAAAGTTTTTCTTAGCAATGG  650

seq1  CTGACCCACAGGTAAATAGCAATAGAAAACTTTAGGGAAAGCATACCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCCACAGGTAAATAGCAATAGAAAACTTTAGGGAAAGCATACCTCT  700

seq1  TGTAGAGGACTAATTAAAAGAAGGAGAGGTTGCAAAGACTACTAAAGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGGACTAATTAAAAGAAGGAGAGGTTGCAAAGACTACTAAAGGTG  750

seq1  TATTAATATAATCCAGAAGACTGGGGAAAGCCTGTCGATATTTTCTACCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATATAATCCAGAAGACTGGGGAAAGCCTGTCGATATTTTCTACCT  800

seq1  CGCTTCTTCAGTGGAATTTACCTAAAACTAACTATTTGAATGACATGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTCTTCAGTGGAATTTACCTAAAACTAACTATTTGAATGACATGCAT  850

seq1  TCCACTGTTTAATTCTTGTTGAGGAGGAGGTAAATTAACAGATTACATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGTTTAATTCTTGTTGAGGAGGAGGTAAATTAACAGATTACATTC  900

seq1  AGTGGCTGGATTAACCTACTACAATGTAATGTTCCAGCTAGCACACTGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTGGATTAACCTACTACAATGTAATGTTCCAGCTAGCACACTGTG  950

seq1  GTGAAGTCAATTGAAACAGAGGGAAACAATGGCTTACAAAGAAGTCCTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGAAGTCAATTGAAACAGAGGGAAACAATGGCTTAC-AAGAAGTCCTAA  999

seq1  AGATTGGTTGACTATGAAAAGGTCTCAAACTGGGACTGGGGAAGAATGAG  1050
      |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||   |||||
seq2  AGATTGGTTGACTATG-AAACGTCTCAAACTGGGACTGGGGA--GATGAG  1046

seq1  AATTCTATGATTCCTTGTTTTCAATTCAAAGGCTAAAGTTCTAGGATAAG  1100
      |||||||||||    |||||   ||||||  ||| |||||||| ||||  
seq2  AATTCTATGAT---CTGTTT--CATTCAA--GCT-AAGTTCTA-GATA--  1085

seq1  AACTATGTGTACAAGAATGTATCAGTAGAAATT  1133
       ||||||||||| || |||||||||||||||||
seq2  GACTATGTGTAC-AGGATGTATCAGTAGAAATT  1117


seq1: chr1_70440093_70441274
seq2: B6Ng01-304N10.g_67_1235 (reverse)

seq1  TTCATCTTAAA-TTTGAA-TCACTAAACTTTACTAACTTAAGGGACCCAG  48
      | |||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||   || ||||
seq2  TCCATCCTAAATTTTGAATTCACT-AACTTTACTAACTTA---GA-CCAG  45

seq1  GCAGAGATGCCAAGGGATGCAGAAGAAAAGCCTTGATAAGGGATGTGGCC  98
      ||  ||||||| | ||||||||||| ||   |||||||   ||||||| |
seq2  GC--AGATGCC-ATGGATGCAGAAGGAA--GCTTGATA---GATGTGG-C  86

seq1  CTGGGAGCTGTCCAGCACAG-TGCTAGTCCAGTATAAACAATGAAAACTG  147
      |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||   ||||||||| 
seq2  CTGGAAGCTGT-CAGCACAGTTGCTAGTCCAGTATAA--CATGAAAACT-  132

seq1  GCAGGACGGATCTCACTAGAAAGACAGAAATTATTGGAAGAAATCTTTGC  197
      ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACCGATCTCACTAGAAAGACAG-AATTATTGGAAGAAATCTTTGC  181

seq1  AATTTTTGCATTGATTTCAGGCATGTGT-CAAATTCCTAACTATGCCATC  246
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTGCATTGATTTCAGGCATGTGTCCAAATTCCTAACTATGCCATC  231

seq1  -AAAAAGTAGTAGCCCTTTATATAATACATAAAATTGTACAAATTG-AAA  294
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAAAAAGTAGTAGCCCTTTATATAATACATAAAATTGTACAAATTGAAAA  281

seq1  TTGTTCTTTTCACAAGGACACTCCATGGTGCCAAAGTAAAAAGGAAGATA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTTTCACAAGGACACTCCATGGTGCCAAAGTAAAAAGGAAGATA  331

seq1  AAACTGTTTATCCATTCATTTATTGATGGGCACCTGGGCTTTCATAGCTC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTTTATCCATTCATTTATTGATGGGCACCTGGGCTTTCATAGCTC  381

seq1  AACTATCATGAATAAACTGTGCTGAATAAATGAGTGTACACACACACTAC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATCATGAATAAACTGTGCTGAATAAATGAGTGTACACACACACTAC  431

seq1  ACAGACACACACAGACACATGCACACACACACACACAGACACATACACAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACACACACAGACACATGCACACACACACACACAGACACATACACAG  481

seq1  ACATACATAGACACACAGTATACATATTCTGTATGCCTTTTTCATCACAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATAGACACACAGTATACATATTCTGTATGCCTTTTTCATCACAG  531

seq1  CAAGACACACGTTTTGGAATTGCCTAATTATGCATATGCACACAACTATT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACACACGTTTTGGAATTGCCTAATTATGCATATGCACACAACTATT  581

seq1  AAAAATGAGATACTACCATTTGTGACAACATAGATGAACTGAAATCAGTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGAGATACTACCATTTGTGACAACATAGATGAACTGAAATCAGTA  631

seq1  GACATTGTTATATGTGAAATAATCAAGTTCAGGGAGACAGGTAATGTGAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGTTATATGTGAAATAATCAAGTTCAGGGAGACAGGTAATGTGAT  681

seq1  ACTGTATGCTTTCCTTGACATGAGGTGGTTAACATAGTCCAACTCACAAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATGCTTTCCTTGACATGAGGTGGTTAACATAGTCCAACTCACAAG  731

seq1  AAGGAAATAGAAGGTAACTGTGGGCGTTGGGTGAAAGAGGTAGGAAATGG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAATAGAAGGTAACTGTGGGCGTTGGGTGAAAGAGGTAGGAAATGG  781

seq1  CTGCTCAGTAGGTATGAGTCTTAAAGATTTGCTATATAACAGAATGACTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCAGTAGGTATGAGTCTTAAAGATTTGCTATATAACAGAATGACTG  831

seq1  ATGGTAAACATATTGTGCATCAAAAAATTGTTAATTGTTAAGGGAATCTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAAACATATTGTGCATCAAAAAATTGTTAATTGTTAAGGGAATCTC  881

seq1  CTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCGTTAAGTGTCTTAGCACTTAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCGTTAAGTGTCTTAGCACTTAG  931

seq1  CAAAGCCAACAAAAATATAAAAAGAAACCCTTGAGAGAGAAAAGTGTGGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCAACAAAAATATAAAAAGAAACCCTTGAGAGAGAAAAGTGTGGT  981

seq1  TGTTGTGGTAACAGGTACGTATTTATGCTTATGTCCAAAACTATCAAGCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGGTAACAGGTACGTATTTATGCTTATGTCCAAAACTATCAAGCT  1031

seq1  CTATACACAACATATATGCATCTTTATATCAATTGCAGTTTAATAAATCT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACACAACATATATGCATCTTTATATCAATTGCAGTTTAATAAATCT  1081

seq1  GTTAAAGGTAAATGCATTCAACTCATTTAATTGCTTCTCCTCTGGCATAT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGGTAAATGCATTCAACTCATTTAATTGCTTCTCCTCTGGCATAT  1131

seq1  TTGACTAGTGTACATTCATAGCTTTCTCACATGAATTC  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTAGTGTACATTCATAGCTTTCTCACATGAATTC  1169


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |