BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306F08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 91,635,697 - 91,790,529
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCentg2
Upstream gene2410088K16Rik, LOC208347, Sh3bp4, LOC383542, EG665688
Downstream geneGbx2, Asb18, Iqca, Cxcr7, Cops8, Col6a3
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306F08.bB6Ng01-306F08.g
ACCGA099399GA099400
length1,0091,065
definitionB6Ng01-306F08.b B6Ng01-306F08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,635,697 - 91,636,701)(91,789,474 - 91,790,529)
sequence
gaattctccatatccggaatgatccggaacgcagaggcactaatggcccc
tcgtctttctcctaaggccaccctacagaaggcaggagccacgttaaact
gtgcttctgtcagcaagctgaaagctctgggtctctgacgtggctctcaa
ttgcaagcaggtctctctcattgcacctcatttgcatctgggacatcaat
tagcatgtttgttgaggctaattgaatgaaactcaatcatagctcttaat
tgcttgactatgtgaaaagaaatcacattaatgcagctaattaagtgtac
ggcaatagatgcaacgtaattaggagcaaaatgtaaaaaactggggaagg
caaaggtgcaggcatgggtgcaggggacagcaagcatggctgcggagctg
ttggcgcgttcgggaacgggtccctttgctctggtgccagcttggaaaaa
ggaatccacatgataagcgtggacaagttgaggagaaaaatgcaaatagg
tttgcaattactactttttcaagctgttgaggggcgggagatggcacctc
tggggggcctggctcttgagtgggccccagggacttgttaagtgctgttt
aaaagtacttggctttgaattaccctcatgccttgttaaaggtttttttc
ccctcttttatcttcgatcagcattttctgcagctaacatggagaagggt
agctgagtagtatttgcatatcaaaataagcttgctgtctttattttacc
cagcaaggtccctgcctcacactcacccaggatccgcacaccctgtcagc
ttctgaagacaccacattgtttagtgatcccggctttaattcctcaagaa
ccaagccaggcagagatgaaagggccatgctcttgcagaagcaggatcaa
actcacaacagtttcttctcctgggataggaaaccaggcagaatggaaat
acaggagttgcccagatgaatattctgggtttctgttctattgaattggt
gtgtgtgtc
gaattccagatcagtcctccctttggcaggagagtctatcttatggcttg
attcccgacccctgggggggtccccaaaagatgccacgtgcccagcaaaa
taaagacaagccctgagctgacctctctcctctctccttcctctctctct
ctctctctctctctctctctctctctctctctcgctcacttgctccctga
ggcccttgcttggaccctcgagtagctgccagtgctgggtatccacaccc
acctgaggctcactatggaagaggaaggcctcagttaagatgctctgacc
agacaggagcaaactcaaactaaatactgttcttctataggaaacttggc
ctcttgagacgaggggcgggaggtcagcttctccctggatcctcagtgtg
cactgccttgggcagggagccaccaggcttatggcacttaagcaggcctg
acccagatctgctaaaacctaaggacacagagccttgttggctgtctaga
attatccatgatgaaaccttctctcactgcaactctgacccagggtccaa
agaacagcaggtccagaaactaagtggggtctcagcatctgaaagagccc
tgtcagggcaggacttctgagcagaaggagtctgtgcctcttcaaacact
gaggccccagatggtatctttccccatgaagtgagagatgagccccgact
ccaggcactggaatctctaatcaactgtccctgcttcttgcttccagggg
tgggactaaaagcccatggtctatggtcgactgctgggtggcaccagcag
agtagcctggccctctcccctttcccttttctcacctctcaaggaggaat
gtgacattttggctaaaaaccccattcatctcagctgctttaaagagaaa
gggcctcaaacaggccagatacaaagagttggggtcatgtggttctctta
aaccgggatatgacttggtctggtaatgtcccagcacacatcctgggtgg
tgctgcctagccaggcctggtcaggagtagggtccattttgaattctaag
aacaatggaagagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_91635697_91636701
seq2: B6Ng01-306F08.b_50_1058

seq1  GAATTCTCCATATCCGGAATGATCCGGAACGCAGAGGCACTAATGGCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATATCCGGAATGATCCGGAACGCAGAGGCACTAATGGCCCC  50

seq1  TCGTCTTTCTCCTAAGGCCACCCTACAGAAGGCAGGAGCCACGTTAAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCTTTCTCCTAAGGCCACCCTACAGAAGGCAGGAGCCACGTTAAACT  100

seq1  GTGCTTCTGTCAGCAAGCTGAAAGCTCTGGGTCTCTGACGTGGCTCTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCTGTCAGCAAGCTGAAAGCTCTGGGTCTCTGACGTGGCTCTCAA  150

seq1  TTGCAAGCAGGTCTCTCTCATTGCACCTCATTTGCATCTGGGACATCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAGCAGGTCTCTCTCATTGCACCTCATTTGCATCTGGGACATCAAT  200

seq1  TAGCATGTTTGTTGAGGCTAATTGAATGAAACTCAATCATAGCTCTTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATGTTTGTTGAGGCTAATTGAATGAAACTCAATCATAGCTCTTAAT  250

seq1  TGCTTGACTATGTGAAAAGAAATCACATTAATGCAGCTAATTAAGTGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGACTATGTGAAAAGAAATCACATTAATGCAGCTAATTAAGTGTAC  300

seq1  GGCAATAGATGCAACGTAATTAGGAGCAAAATGTAAAAAACTGGGGAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATAGATGCAACGTAATTAGGAGCAAAATGTAAAAAACTGGGGAAGG  350

seq1  CAAAGGTGCAGGCATGGGTGCAGGGGACAGCAAGCATGGCTGCGGAGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTGCAGGCATGGGTGCAGGGGACAGCAAGCATGGCTGCGGAGCTG  400

seq1  TTGGCGCGTTCGGGAACGGGTCCCTTTGCTCTGGTGCCAGCTTGGAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCGCGTTCGGGAACGGGTCCCTTTGCTCTGGTGCCAGCTTGGAAAAA  450

seq1  GGAATCCACATGATAAGCGTGGACAAGTTGAGGAGAAAAATGCAAATAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCCACATGATAAGCGTGGACAAGTTGAGGAGAAAAATGCAAATAGG  500

seq1  TTTGCAATTACTACTTTTTCAAGCTGTTGAGGGGCGGGAGATGGCACCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAATTACTACTTTTTCAAGCTGTTGAGGGGCGGGAGATGGCACCTC  550

seq1  TGGGGGGCCTGGCTCTTGAGTGGGCCCCAGGGACTTGTTAAGTGCTGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGGCCTGGCTCTTGAGTGGGCCCCAGGGACTTGTTAAGTGCTGTTT  600

seq1  AAAAGTACTTGGCTTTGAATTACCCTCATGCCTTGTTAAAGGTTTTTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTACTTGGCTTTGAATTACCCTCATGCCTTGTTAAAGGTTTTTTTC  650

seq1  CCCTCTTTTATCTTCGATCAGCATTTTCTGCAGCTAACATGGAGAAGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTTTATCTTCGATCAGCATTTTCTGCAGCTAACATGGAGAAGGGT  700

seq1  AGCTGAGTAGTATTTGCATATCAAAATAAGCTTGCTGTCTTTATTTTACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGTAGTATTTGCATATCAAAATAAGCTTGCTGTCTTTATTTTACC  750

seq1  CAGCAAGGTCCCTGCCTCACACTCACCCAGGATCCGCACACCCTGTCAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGGTCCCTGCCTCACACTCACCCAGGATCCGCACACCCTGTCAGC  800

seq1  TTCTGAAGACACCACATTGTTTAGTGATCCCGGCTTTAATTCCTCAAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAGACACCACATTGTTTAGTGATCCCGGCTTTAATTCCTCAAGAA  850

seq1  CCAAGCCAGGCAGAGATGAAAGGGCCATGCTCTTGCAGAAGCAGGATCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCAGGCAGAGATGAAAGGGCCATGCTCTTGCAGAAGCAGGATCAA  900

seq1  ACTCACAACAGTTTC-TCTCCTGGGATAGGAAACAAGGCAGAATGGAAAT  949
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACTCACAACAGTTTCTTCTCCTGGGATAGGAAACCAGGCAGAATGGAAAT  950

seq1  ACAGGAGTTG-CCAGATGAATATTCT-GGTTTCTGTTCTATTG-ATTGGT  996
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  ACAGGAGTTGCCCAGATGAATATTCTGGGTTTCTGTTCTATTGAATTGGT  1000

seq1  GTGTGTGTC  1005
      |||||||||
seq2  GTGTGTGTC  1009

seq1: chr1_91789474_91790529
seq2: B6Ng01-306F08.g_67_1131 (reverse)

seq1  TTCTCTTTCCATTGTCTCTTAG-ATTCTAAATGG-CCCTACTCCTG-CCA  47
      ||||| ||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||| |||
seq2  TTCTC-TTCCATTGT-TCTTAGAATTCAAAATGGACCCTACTCCTGACCA  48

seq1  GGCCCTGGCTA-GCAGCAC--ACCAAGATGTGTGCCTGGGACATAACAGG  94
      || |||||||| |||||||   ||| |||||||| ||||||||| ||  |
seq2  GG-CCTGGCTAGGCAGCACCACCCAGGATGTGTG-CTGGGACATTACCAG  96

seq1  ACCAAGTCATAT-CCGGTCTAAGAGAACCACATGA-CCCAACTCTTTGTA  142
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACCAAGTCATATCCCGGTTTAAGAGAACCACATGACCCCAACTCTTTGTA  146

seq1  TCTGGCCTGTTTTGGGCCC-TTCTCTTTAAAGCAGCTGAGATGAATGGGG  191
      ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCTGTTTGAGGCCCTTTCTCTTTAAAGCAGCTGAGATGAATGGGG  196

seq1  -TTTTAGCCAAAATGTCACATTCCTCCTTGAGAGGTGAGAAA--GGGAAG  238
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||
seq2  TTTTTAGCCAAAATGTCACATTCCTCCTTGAGAGGTGAGAAAAGGGAAAG  246

seq1  GGGAGA-GGCCAGGCTACTCTGCTGGTGCCACCCAGCAGTCGACCATAGA  287
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGGGCCAGGCTACTCTGCTGGTGCCACCCAGCAGTCGACCATAGA  296

seq1  CCATGGGCTTTTAGTCCCACCCCTGGAAGCAAGAAGCAGGGACAGTTGAT  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGCTTTTAGTCCCACCCCTGGAAGCAAGAAGCAGGGACAGTTGAT  346

seq1  TAGAGATTCCAGTGCCTGGAGTCGGGGCTCATCTCTCACTTCATGGGGAA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATTCCAGTGCCTGGAGTCGGGGCTCATCTCTCACTTCATGGGGAA  396

seq1  AGATACCATCTGGGGCCTCAGTGTTTGAAGAGGCACAGACTCCTTCTGCT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCATCTGGGGCCTCAGTGTTTGAAGAGGCACAGACTCCTTCTGCT  446

seq1  CAGAAGTCCTGCCCTGACAGGGCTCTTTCAGATGCTGAGACCCCACTTAG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTCCTGCCCTGACAGGGCTCTTTCAGATGCTGAGACCCCACTTAG  496

seq1  TTTCTGGACCTGCTGTTCTTTGGACCCTGGGTCAGAGTTGCAGTGAGAGA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGACCTGCTGTTCTTTGGACCCTGGGTCAGAGTTGCAGTGAGAGA  546

seq1  AGGTTTCATCATGGATAATTCTAGACAGCCAACAAGGCTCTGTGTCCTTA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCATCATGGATAATTCTAGACAGCCAACAAGGCTCTGTGTCCTTA  596

seq1  GGTTTTAGCAGATCTGGGTCAGGCCTGCTTAAGTGCCATAAGCCTGGTGG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTAGCAGATCTGGGTCAGGCCTGCTTAAGTGCCATAAGCCTGGTGG  646

seq1  CTCCCTGCCCAAGGCAGTGCACACTGAGGATCCAGGGAGAAGCTGACCTC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGCCCAAGGCAGTGCACACTGAGGATCCAGGGAGAAGCTGACCTC  696

seq1  CCGCCCCTCGTCTCAAGAGGCCAAGTTTCCTATAGAAGAACAGTATTTAG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCCCTCGTCTCAAGAGGCCAAGTTTCCTATAGAAGAACAGTATTTAG  746

seq1  TTTGAGTTTGCTCCTGTCTGGTCAGAGCATCTTAACTGAGGCCTTCCTCT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTTTGCTCCTGTCTGGTCAGAGCATCTTAACTGAGGCCTTCCTCT  796

seq1  TCCATAGTGAGCCTCAGGTGGGTGTGGATACCCAGCACTGGCAGCTACTC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAGTGAGCCTCAGGTGGGTGTGGATACCCAGCACTGGCAGCTACTC  846

seq1  GAGGGTCCAAGCAAGGGCCTCAGGGAGCAAGTGAGCGAGAGAGAGAGAGA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTCCAAGCAAGGGCCTCAGGGAGCAAGTGAGCGAGAGAGAGAGAGA  896

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGGAGAGAGGAGAGAGGTC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGGAGAGAGGAGAGAGGTC  946

seq1  AGCTCAGGGCTTGTCTTTATTTTGCTGGGCACGTGGCATCTTTTGGGGAC  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGGGCTTGTCTTTATTTTGCTGGGCACGTGGCATCTTTTGGGGAC  996

seq1  CCCCCCAGGGGTCGGGAATCAAGCCATAAGATAGACTCTCCTGCCAAAGG  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCAGGGGTCGGGAATCAAGCCATAAGATAGACTCTCCTGCCAAAGG  1046

seq1  GAGGACTGATCTGGAATTC  1056
      |||||||||||||||||||
seq2  GAGGACTGATCTGGAATTC  1065