BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309F04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 88,363,781 - 88,552,482
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040414, Ptma, Pde6d, Cops7b
Upstream geneLOC100040213, LOC100039794, EG665338, Sp110, Sp140, Sp100, A630001G21Rik, Cab39, Itm2c, 4933407L21Rik, Gpr55, Spata3, 2810459M11Rik, Psmd1, Htr2b, Armc9, B3gnt7, EG383538, Ncl, Snord82, Nmur1, 1700019O17Rik
Downstream geneNppc, 4930429A22Rik, EG620213, LOC208256, Akp5, Alpi, Akp3, Ecel1, 1700027L20Rik, Chrnd, Chrng, Eif4e2, Efhd1, Tnrc15, LOC100040600, LOC100040591, 3110079O15Rik, Ngef, LOC620454, Neu2, Inpp5d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309F04.bB6Ng01-309F04.g
ACCGA101592GA101593
length1,001843
definitionB6Ng01-309F04.b B6Ng01-309F04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,551,490 - 88,552,482)(88,363,781 - 88,364,619)
sequence
gaattcccagagctgcagagtggaccacacctcgaagggcagttcctagc
atctcccagaggccaggagacaccctctgagagatggtgcggtggtggtg
ctccctggatagcgaccggtggtgctcccttgacagcaacctaagagcat
tgaaggctatagtactgcagctttattgaccagactaatcagcaagaaca
catcagtggaacctgtccagccccagtggggtccagctgcctagagccgg
gtgtggggacctcatcgttcccccttgagtgccccgagaacctagcctta
tccctgctccaggccctcgctcaagtgaaggactgcaggggtgagttccc
acagcaccaggacatgaacgttctacctcaccattacccatccttcctaa
cttcaagcaaatgctaaaacagtgacacgcaagtcacacacacacacaca
cacacacacacacactcacacactcacagcatcatcttgtcacccaggaa
atcccagaagcactacacctctagacaacaccaacccacaccacacactc
tcctttccctccaaactaacaggcagttgagagctcaccagcttctcaag
ggtgactggccactatctgcagtgtgcttcagggacggtactctgtggtg
gagccatctgcagctttcttggtacccaaggctagagctgggatggctct
ggtctcaaatggccaagacaggactgttgggccaagtccatggtctctat
aaacacctctcctggttctgttcccagcctctggacattcagcccccaag
tcagacccctatagcgggaggttggggggcggcacactgcccagctattc
ctcctttcctcttcacgtccttatctctgtcctttgaagggtccttcaca
ccccacccaacattcccccattatttcttccttacttctatcaagaaaca
aaggtctcgggggctggtgagatggctcaatgtggtaaagagcatcccga
c
gaattcactttgtaaaccaggctggccttgaactcagaaatccgcctgcc
tctgcctcccgactgctgggattaaaggcgtgcgccaccacgcccgacga
aaatatttttcagggcagaatcgggggaaataaaccgtcaacgcattgaa
tgtaagtgttacagttctgagggggaaaggtttccccagtcaagtgttgc
tgttctgaagaggaaggtaaggaataccacaaagaagcgcggcaaaacaa
acccgacgcaaaagtcaaagacagacaaatgagagcggctgcctctctga
gtgaaaggcagggacagagatttccagggcagggattggtgggatttcag
gtcctgagcttgggcagttcagggattggtggatttttgagctcagtgat
tggtgggtcttcaaaacccggaagtgattcctttgtacgcactaccagat
ctcccagaggctgtgcaccataaaaggctgttaagggaggggaaataaag
gggtacttggaacaccggggtcaagaccagctagtctgggtctgctgtcc
tagctgcctgagttcaagctgttttgttgcagagaggaagttggacaggt
ctgggcagctttaggaaacaagtggacattaagaagaatgaatttgggct
ggtgagatggctcagtgggtaagagcacccgactgctcttccaaaggtcc
ggagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaacccatccataaca
atgatctgatgcccttcttctggagtgtctgagacagctacagtgtactt
tacatataataaattaattaaattaatctttaaaaaaaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_88551490_88552482
seq2: B6Ng01-309F04.b_48_1048 (reverse)

seq1  GTCGGG-TGCTCTTACCCAC--TGAGCCATCTCACCAG-CCCCGAGACCT  46
      |||||| |||||||  ||||  |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTCGGGATGCTCTTTACCACATTGAGCCATCTCACCAGCCCCCGAGACCT  50

seq1  TTGTTTCTTGATAGAAGT-AGGAAG-AATTATGGGGGAATGTTGGGTGGG  94
      |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCTTGATAGAAGTAAGGAAGAAATAATGGGGGAATGTTGGGTGGG  100

seq1  GTGTG-AGGACCCTTCAAAGGACAGAGATAAGGACGTGAAGAGG-AAGGA  142
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTGTGAAGGACCCTTCAAAGGACAGAGATAAGGACGTGAAGAGGAAAGGA  150

seq1  GGAATAGCTGGGCAGTGTGCCGCCCCCCAACCTCCCGCTATAGGGGTCTG  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAGCTGGGCAGTGTGCCGCCCCCCAACCTCCCGCTATAGGGGTCTG  200

seq1  ACTTGGGGGCTGAATGTCCAGAGGCTGGGAACAGAACCAGGAGAGGTGTT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGGGCTGAATGTCCAGAGGCTGGGAACAGAACCAGGAGAGGTGTT  250

seq1  TATAGAGACCATGGACTTGGCCCAACAGTCCTGTCTTGGCCATTTGAGAC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAGACCATGGACTTGGCCCAACAGTCCTGTCTTGGCCATTTGAGAC  300

seq1  CAGAGCCATCCCAGCTCTAGCCTTGGGTACCAAGAAAGCTGCAGATGGCT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCATCCCAGCTCTAGCCTTGGGTACCAAGAAAGCTGCAGATGGCT  350

seq1  CCACCACAGAGTACCGTCCCTGAAGCACACTGCAGATAGTGGCCAGTCAC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACAGAGTACCGTCCCTGAAGCACACTGCAGATAGTGGCCAGTCAC  400

seq1  CCTTGAGAAGCTGGTGAGCTCTCAACTGCCTGTTAGTTTGGAGGGAAAGG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGAAGCTGGTGAGCTCTCAACTGCCTGTTAGTTTGGAGGGAAAGG  450

seq1  AGAGTGTGTGGTGTGGGTTGGTGTTGTCTAGAGGTGTAGTGCTTCTGGGA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTGTGGTGTGGGTTGGTGTTGTCTAGAGGTGTAGTGCTTCTGGGA  500

seq1  TTTCCTGGGTGACAAGATGATGCTGTGAGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGGGTGACAAGATGATGCTGTGAGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGT  550

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGACTTGCGTGTCACTGTTTTAGCATTTGCTTGAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGACTTGCGTGTCACTGTTTTAGCATTTGCTTGAA  600

seq1  GTTAGGAAGGATGGGTAATGGTGAGGTAGAACGTTCATGTCCTGGTGCTG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGAAGGATGGGTAATGGTGAGGTAGAACGTTCATGTCCTGGTGCTG  650

seq1  TGGGAACTCACCCCTGCAGTCCTTCACTTGAGCGAGGGCCTGGAGCAGGG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACTCACCCCTGCAGTCCTTCACTTGAGCGAGGGCCTGGAGCAGGG  700

seq1  ATAAGGCTAGGTTCTCGGGGCACTCAAGGGGGAACGATGAGGTCCCCACA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGCTAGGTTCTCGGGGCACTCAAGGGGGAACGATGAGGTCCCCACA  750

seq1  CCCGGCTCTAGGCAGCTGGACCCCACTGGGGCTGGACAGGTTCCACTGAT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGCTCTAGGCAGCTGGACCCCACTGGGGCTGGACAGGTTCCACTGAT  800

seq1  GTGTTCTTGCTGATTAGTCTGGTCAATAAAGCTGCAGTACTATAGCCTTC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTTGCTGATTAGTCTGGTCAATAAAGCTGCAGTACTATAGCCTTC  850

seq1  AATGCTCTTAGGTTGCTGTCAAGGGAGCACCACCGGTCGCTATCCAGGGA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTCTTAGGTTGCTGTCAAGGGAGCACCACCGGTCGCTATCCAGGGA  900

seq1  GCACCACCACCGCACCATCTCTCAGAGGGTGTCTCCTGGCCTCTGGGAGA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACCACCGCACCATCTCTCAGAGGGTGTCTCCTGGCCTCTGGGAGA  950

seq1  TGCTAGGAACTGCCCTTCGAGGTGTGGTCCACTCTGCAGCTCTGGGAATT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGAACTGCCCTTCGAGGTGTGGTCCACTCTGCAGCTCTGGGAATT  1000

seq1  C  993
      |
seq2  C  1001

seq1: chr1_88363781_88364619
seq2: B6Ng01-309F04.g_66_908

seq1  GAATTCACTTTGTAAACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAAACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCGACTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGACGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCGACTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGACGA  100

seq1  AAATATTTTTCAGGGCAGAATCGGGGGAAATAAACCGTCAACGCATTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTTCAGGGCAGAATCGGGGGAAATAAACCGTCAACGCATTGAA  150

seq1  TGTAAGTGTTACAGTTCTGAGGGGGAAAGGTTTCCCCAGTCAAGTGTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTGTTACAGTTCTGAGGGGGAAAGGTTTCCCCAGTCAAGTGTTGC  200

seq1  TGTTCTGAAGAGGAAGGTAAGGAATACCACAAAGAAGCGCGGCAAAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGAAGAGGAAGGTAAGGAATACCACAAAGAAGCGCGGCAAAACAA  250

seq1  ACCCGACGCAAAAGTCAAAGACAGACAAATGAGAGCGGCTGCCTCTCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGACGCAAAAGTCAAAGACAGACAAATGAGAGCGGCTGCCTCTCTGA  300

seq1  GTGAAAGGCAGGGACAGAGATTTCCAGGGCAGGGATTGGTGGGATTTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGGCAGGGACAGAGATTTCCAGGGCAGGGATTGGTGGGATTTCAG  350

seq1  GTCCTGAGCTTGGGCAGTTCAGGGATTGGTGGATTTTTGAGCTCAGTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAGCTTGGGCAGTTCAGGGATTGGTGGATTTTTGAGCTCAGTGAT  400

seq1  TGGTGGGTCTTCAAAACCCGGAAGTGATTCCTTTGTACGCACTACCAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGGTCTTCAAAACCCGGAAGTGATTCCTTTGTACGCACTACCAGAT  450

seq1  CTCCCAGAGGCTGTGCACCATAAAAGGCTGTTAAGGGAGGGGAAATAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGAGGCTGTGCACCATAAAAGGCTGTTAAGGGAGGGGAAATAAAG  500

seq1  GGGTACTTGGAACACCGGGGTCAAGACCAGCTAGTCTGGGTCTGCTGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACTTGGAACACCGGGGTCAAGACCAGCTAGTCTGGGTCTGCTGTCC  550

seq1  TAGCTGCCTGAGTTCAAGCTGTTTTGTTGCAGAGAGGAAGTTGGACAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGCCTGAGTTCAAGCTGTTTTGTTGCAGAGAGGAAGTTGGACAGGT  600

seq1  CTGGGCAGCTTTAGGAAACAAGTGGACATTAAGAAGAATGAATTTGGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAGCTTTAGGAAACAAGTGGACATTAAGAAGAATGAATTTGGGCT  650

seq1  GGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGTCC  700

seq1  GGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAA-CCATCCATAACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCCATCCATAACA  750

seq1  A-GATCTGATGCCC-TCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTAC-  796
      | |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  ATGATCTGATGCCCTTCTTCTGGAGTGTCTG-AGACAGCTACAGTGTACT  799

seq1  TTACATATAATAAA-TAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAAAA  839
      |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTACATATAATAAATTAATTAAATTAATCTTTAAAAAAAAAAAA  843