BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309J13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 143,639,414 - 143,695,385
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG226472
Downstream geneLOC639376
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309J13.bB6Ng01-309J13.g
ACCGA101799GA101800
length1,1281,077
definitionB6Ng01-309J13.b B6Ng01-309J13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,694,285 - 143,695,385)(143,639,414 - 143,640,504)
sequence
gaattcttgtgtgcagctggtctgctctgtccaaagacattgtttcctta
tagttattttcagctcaggctcttatacatttcctggtacttaatcaata
atatcctcattcttcaggactaggttttattccttacattatgtttaaag
ttgaagatattgccttttccttttcttaatttttctcttttataatacaa
tctttttttccattttttattaggtatttagctcatttacatttccaatg
ctataccaaaagtcccccatacccacccacccccactcccctacccaccc
actccccctttttggccctggcgttcccctgtactggggcatataaagtt
tgcaagtccaatgggcctctctttccagtgatggccgactaggccatctt
ttgatacatatgcagctagagtcaagagctccggggtactggttagttca
taatgttgtttcacctatagggttgcagatccctttagctccttgggtac
tttctctagctcctccattgggagccctgtgatccatccattagctgact
gtgagcatccacttctgtgtttgctaggccccggcatagtctcacaagag
acagctacatctgggtcctttcaataaaatcttgctagtgtatgcaatgg
tgtcagcgtttggatgctgattatggggtggatccctggatatggcagtc
tctacgtggtccatcctttcatctcagctccaaactttgtctctgtaact
ccttcaatgggtgttttgttcccaattctaaggaggggcatagtgtccac
actttcagtctttcattcttctttgagttttcatgtaaggcaggctgcac
gggttgacggtgtggaaatacagaggccagccgttctgggacaggcgaga
gctcacagagcttctgaggcagcgccatcttccggctccagacaaccggg
caacctttcctggtgagtgcacagggaatcccgtcattcccgaggaggtt
tggtgccctcatggccctcgggcggcggagttctccgtgggctccaggga
ctttccgttgaaggatactgaagcagcacctctcagtctaaattttccag
aactgtctccatctctccttcctccccc
gaattctatgtagccctgaaacaaactttcaagctacagtagatgaattt
gtgagctatggtttaagtaaaacacccttcttcactgtataaagtagaaa
gcaatagaggaagatacacaatgtcaacttttaacattcacatacttgaa
tacatgcataaacacacacatcatggcacaaacacacattcacatgtgca
tgtgaacacacacatttgtaaaacaatcaaaatctatatttagagtatgg
ctctaatttatgtaccttctggctttgtaaatttttaaaacttttacatt
ctaactttcttaataactgttttgagcacagttaaatatagtcagtattc
ttaagaaactttttaatcctaaatattgactcaggagctacaagaacgaa
ccccatgatcctatgctataacaaacacctaggtgacacaaacacatacc
aaattgatcagtcaatcaagctgagcaaactgcatgagatttcaatcaat
tttatctactgcactttggaaaatttatagataatgaccatgtctgaaac
tgaaattaaagagcccattgattgtgctcactttgctgaaacttgctctc
aatcctatgaacattttcagcagtgaatagaaatcagaggagataaagac
aaaatttcaaatagcagtttacaggataatgacaaatataacaaagactg
ggaaatatcattatactactaagagaattgccttatattttaacactgct
ttggagtttcaaagcacaatcaaatattctgtttgattctcacagttgaa
tatgcctgggaatataattcatattcttctttctgtgaataaagaagtta
aaggagcaagatagatgtacttcgtgtcacctttcagtttgggagtgaac
agagctgttcagatactgctgaggacccctggggcatatctacagaaaag
gagaggtgctttgtttagttagatgaaaattttgaaagtcagtggcaatt
gataaatgttactcttagcagactaaacagaaacatttcagaatttctag
tctggaggagatagtagtttatgacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_143694285_143695385
seq2: B6Ng01-309J13.b_44_1171 (reverse)

seq1  GGGGGAG--AAGAGAGATGGAGACAGTTCTGGAAAA-ATAGA-TGAGAGG  46
      |||||||  | |||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||
seq2  GGGGGAGGAAGGAGAGATGGAGACAGTTCTGGAAAATTTAGACTGAGAGG  50

seq1  TGCTGCTTCAGTATCC-TCCACGG--AGT-CCTGGAG-CCAAGGAGACTC  91
      |||||||||||||||| || ||||  ||| ||||||| ||| |||||   
seq2  TGCTGCTTCAGTATCCTTCAACGGAAAGTCCCTGGAGCCCACGGAGAACT  100

seq1  CCGCCGCC---GGGGCCTGA-GGCA-CAAACCT-CTCGGG-ATGGCGG--  132
      ||||||||   ||| | ||| |||| ||||||| |||||| ||| |||  
seq2  CCGCCGCCCGAGGGCCATGAGGGCACCAAACCTCCTCGGGAATGACGGGA  150

seq1  ATCCCTGTGCACTCACCAGGAA--GGTGGCCGGTTGTCTGGAGCC-GAAG  179
       |||||||||||||||||||||  | || |||||||||||||||| ||||
seq2  TTCCCTGTGCACTCACCAGGAAAGGTTGCCCGGTTGTCTGGAGCCGGAAG  200

seq1  ATGGCGCTGCCTCAGAAGCTCTGTG-GCTCTCGCCTGTCCCAGAAACGGC  228
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGGCGCTGCCTCAGAAGCTCTGTGAGCTCTCGCCTGTCCCAG-AACGGC  249

seq1  TGGCCTCTGTA-TTCCACACCGTC-ACCCGTGCAGCCTGCCCTACATG-A  275
      ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |
seq2  TGGCCTCTGTATTTCCACACCGTCAACCCGTGCAGCCTGCCTTACATGAA  299

seq1  AACTC-AAGAAGAATG-AAGACTG-AAGTGTGGACACTATGCCCCTCCTT  322
      ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAAAGAAGAATGAAAGACTGAAAGTGTGGACACTATGCCCCTCCTT  349

seq1  AGAATTGGGAACAAAACACCCATTGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGG  372
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGGGAACAAAACACCCATTGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGG  399

seq1  AGCTGAGATGAAAGGATGGACCACGTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCC  422
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGATGAAAGGATGGACCACGTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCC  449

seq1  ACCCCATAATCAGCATCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGA  472
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCATAATCAGCATCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGA  499

seq1  TTTTATTGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGG  522
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGG  549

seq1  GCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCA  572
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCA  599

seq1  CAGGGCTCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGA  622
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGA  649

seq1  TCTGCAACCCTATAGGTGAAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGA  672
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAACCCTATAGGTGAAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGA  699

seq1  GCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATC  722
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATC  749

seq1  ACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACA  772
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACA  799

seq1  GGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGG  822
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGG  849

seq1  TGGGTGGGTATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCT  872
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGGTATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCT  899

seq1  AAATACCTAATAAAAAATGGAAAAAAAGATTGTATTATAAAAGAGAAAAA  922
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCTAATAAAAAATGGAAAAAAAGATTGTATTATAAAAGAGAAAAA  949

seq1  TTAAGAAAAGGAAAAGGCAATATCTTCAACTTTAAACATAATGTAAGGAA  972
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAAAGGAAAAGGCAATATCTTCAACTTTAAACATAATGTAAGGAA  999

seq1  TAAAACCTAGTCCTGAAGAATGAGGATATTATTGATTAAGTACCAGGAAA  1022
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCTAGTCCTGAAGAATGAGGATATTATTGATTAAGTACCAGGAAA  1049

seq1  TGTATAAGAGCCTGAGCTGAAAATAACTATAAGGAAACAATGTCTTTGGA  1072
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAAGAGCCTGAGCTGAAAATAACTATAAGGAAACAATGTCTTTGGA  1099

seq1  CAGAGCAGACCAGCTGCACACAAGAATTC  1101
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAGACCAGCTGCACACAAGAATTC  1128

seq1: chr1_143639414_143640504
seq2: B6Ng01-309J13.g_66_1142

seq1  GAATTCTATGTAGCCCTGAAACAAACTTTCAAGCTACAGTAGATGAATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGTAGCCCTGAAACAAACTTTCAAGCTACAGTAGATGAATTT  50

seq1  GTGAGCTATGGTTTAAGTAAAACACCCTTCTTCACTGTATAAAGTAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTATGGTTTAAGTAAAACACCCTTCTTCACTGTATAAAGTAGAAA  100

seq1  GCAATAGAGGAAGATACACAATGTCAACTTTTAACATTCACATACTTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAGAGGAAGATACACAATGTCAACTTTTAACATTCACATACTTGAA  150

seq1  TACATGCATAAACACACACATCATGGCACAAACACACATTCACATGTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCATAAACACACACATCATGGCACAAACACACATTCACATGTGCA  200

seq1  TGTGAACACACACATTTGTAAAACAATCAAAATCTATATTTAGAGTATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACACACACATTTGTAAAACAATCAAAATCTATATTTAGAGTATGG  250

seq1  CTCTAATTTATGTACCTTCTGGCTTTGTAAATTTTTAAAACTTTTACATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATTTATGTACCTTCTGGCTTTGTAAATTTTTAAAACTTTTACATT  300

seq1  CTAACTTTCTTAATAACTGTTTTGAGCACAGTTAAATATAGTCAGTATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTTCTTAATAACTGTTTTGAGCACAGTTAAATATAGTCAGTATTC  350

seq1  TTAAGAAACTTTTTAATCCTAAATATTGACTCAGGAGCTACAAGAACGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAACTTTTTAATCCTAAATATTGACTCAGGAGCTACAAGAACGAA  400

seq1  CCCCATGATCCTATGCTATAACAAACACCTAGGTGACACAAACACATACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGATCCTATGCTATAACAAACACCTAGGTGACACAAACACATACC  450

seq1  AAATTGATCAGTCAATCAAGCTGAGCAAACTGCATGAGATTTCAATCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGATCAGTCAATCAAGCTGAGCAAACTGCATGAGATTTCAATCAAT  500

seq1  TTTATCTACTGCACTTTGGAAAATTTATAGATAATGACCATGTCTGAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTACTGCACTTTGGAAAATTTATAGATAATGACCATGTCTGAAAC  550

seq1  TGAAATTAAAGAGCCCATTGATTGTGCTCACTTTGCTGAAACTTGCTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTAAAGAGCCCATTGATTGTGCTCACTTTGCTGAAACTTGCTCTC  600

seq1  AATCCTATGAACATTTTCAGCAGTGAATAGAAATCAGAGGAGATAAAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTATGAACATTTTCAGCAGTGAATAGAAATCAGAGGAGATAAAGAC  650

seq1  AAAATTTCAAATAGCAGTTTACAGGATAATGACAAATATAACAAAGACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTCAAATAGCAGTTTACAGGATAATGACAAATATAACAAAGACTG  700

seq1  GGAAATATCATTATACTACTAAGAGAATTGCCTTATATTTTAACACTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATATCATTATACTACTAAGAGAATTGCCTTATATTTTAACACTGCT  750

seq1  TTGGAGTTTCAAAGCACAATCAAATATTCTGTTTGATTCTCACAGTTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTTTCAAAGCACAATCAAATATTCTGTTTGATTCTCACAGTTGAA  800

seq1  TATGCCTGGGAATATAATTCATATTCTTCTTTCTGTGAATAAAGAAGTT-  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TATGCCTGGGAATATAATTCATATTCTTCTTTCTGTGAATAAAGAAGTTA  850

seq1  AAGGAGCAAGATAGATGTACTTCGTGTCACCTTTCAGTTTGGGAGTGAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGCAAGATAGATGTACTTCGTGTCACCTTTCAGTTTGGGAGTGAAC  900

seq1  AGAGCTGTTCAGATACTGCTGAGGACCCCTGGGGCATATCTACAGAAAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGTTCAGATACTGCTGAGGACCCCTGGGGCATATCTACAGAAAAG  950

seq1  GAGAGGTGCTTTGTTTTAGTTAGATGGAAAATTTTGAAAGTCAGTGGCAA  999
      ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGTGCTTTG-TTTAGTTAGAT-GAAAATTTTGAAAGTCAGTGGCAA  998

seq1  TTGGTTAAAATGTTACCTCCTTTAGCAGAAGGTAAAACAGGAAAACATTT  1049
      ||| |  |||||||| |||  ||||||||     ||||||  ||||||||
seq2  TTGAT--AAATGTTA-CTC--TTAGCAGA---CTAAACAG--AAACATTT  1038

seq1  CAGAAATTTCTAGTCTGAAGGAGAATAGTTAGTTTATGACAA  1091
      ||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||
seq2  CAG-AATTTCTAGTCTGGAGGAG-ATAG-TAGTTTATGACAA  1077