BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310M06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 79,467,920 - 79,606,930
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAp1s3
Upstream geneFarsb, Mogat1, Acsl3, Utp14b, LOC620521, Kcne4, LOC100039260, EG545332, Scg2
Downstream geneWdfy1, Mrpl44, Serpine2, EG433326, LOC665064, LOC100039325, A830043J08Rik, 2310015K22Rik, Cul3, EG620899, 1700016L21Rik, Dock10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310M06.bB6Ng01-310M06.g
ACCGA102655GA102656
length1,2021,183
definitionB6Ng01-310M06.b B6Ng01-310M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,467,920 - 79,469,092)(79,605,756 - 79,606,930)
sequence
ggaattctaaaagcattcatgagacaaccaattataagtttagaaaaatc
agaacctctgtcttaatcagagtttctattcctacacaaacatgaccaag
aagcaagttggggagaaaagggtttattcagcttacacttccatactgct
gttcattaccaaaggaagttgggactggaactcaagcaggtcaggaagca
ggacctgatgcagaggccatggagggatgttattacttactggcttgctt
cccctggcttgctcagcttgttttcttatagaacccaagactaccagccc
agggatggcaccacccacaatgggccctaccacccttgaccactaattga
gaaaaatgtcttacagctggatctcatggaggcatttcctcaaaagaggc
tcctttatctgtgataactccacttgtgtcaaactgacacacaaaaccag
ccagtacagcctccattcatgtattttgtgttaaaaatataagacgtata
gccaaccttgttggtacagcatataatcctaattactcagtctgaggtat
gaataccacaagcctatattataaagtgagtttaaggccagccttggcaa
cttggtgagaccctgcctcagaaaatgtaaatataaatgtcagaattgcc
agaaatgaaacatactattttttaactatgcttcaaactaaaaggtgaac
attataaaagtactatgaaagcatttcttgaaaactattacaagaagctt
gcaccaagggatcgacagggatagtttctgcgagacatactagaaaatgt
tatattaaaagagaaatcctttacctccaacaaaggtccacagacatatg
ctgttttctcagtgcagatatcagcatggaagatgctcattagagccctt
ttattctatacccactctggacagcagattggtgatcatatgggaccatt
attaattacttgggaggttcaaatgtgtgttaaagcaactatataaaccc
acctgccctcagcatctcttggtggggttcctggtcaaccaccctaattt
ttcattcctcagcctgtttgcagttattccctccacctatgactggccat
gatatttaaaagcttttatgaagtctaatgacattatccattcactactt
tccgttgttaaactttgaataacacaagaaggtatcaagccactgagatt
gg
gaattctaaggagacacaggaagcagttaaaaaccctgatttctgatttg
ggcatcctctagatgagtggttaccaaactttctaatgctgtggctcttt
atcacagtccctaatgttgtggtgacctctcaaccatcaaattattattc
actactataattttactactgttatgaataatatgaatatatgataggca
ggatatctggtgtgtgatccttgtgtggtcacaggttttgctgctctaga
caatcttgttggccactagccttgatctctttggcctacgctgtcactct
cttctgggatgttcaaaggtggcacacgtgttggggtggatatttaagca
ttgattgctaagcaagttgacagtgactcatagtgacttaaggtattgtc
taaggataatttgctgttcccttcttcccctcattgatataaactggacc
atggtttttcacacatgtgcacctagttcagtaagacggagtttgcagtg
ccactgtggaattctacttgtaaccaggaggtacaaacacttaaaagatg
aagacaggaaagtaaaacgctggggcttattagcaaatttagtaactgaa
agagcgtctggatgctttggagaaactctcttccaaaaagcatggcagaa
atcctccagactcatgacatgtttatcccctctgattgggcaataggttt
aatgaagaggttctgcacagtatagaaaacaatgtatatgctacattgtc
tacttggggcttctatagcccgtgtgcgtgcgcgcgcgtgcgcacacaca
cacacacacacacacctacatgcagtcctcacaaccattttagacacatg
aactttaaatctgtagtggtgtctccccattccaacatctctcttctcaa
acatccactgcctggtcaagcttagcccttttcaattaaagtgatacatt
tacaaccatgtgtacatgtagacaaatgattattcaaacttgtagaagtc
gccttcagcagagtgcaaattgttttaatgttctctgtattgtttttgaa
tttttttttcattcttgcaaaaatgtaattcaagagatgaaaaaccaatc
tatggtcctgcctaacgcctatgccttgatggaatattgctcttagtccg
tttccttttcagaccatggagaattcctgaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_79467920_79469092
seq2: B6Ng01-310M06.b_47_1248

seq1  GGAATTCTAAAAGCATTCATGAGACAACCAATTATAAGTTTAGAAAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCTAAAAGCATTCATGAGACAACCAATTATAAGTTTAGAAAAATC  50

seq1  AGAACCTCTGTCTTAATCAGAGTTTCTATTCCTACACAAACATGACCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTCTGTCTTAATCAGAGTTTCTATTCCTACACAAACATGACCAAG  100

seq1  AAGCAAGTTGGGGAGAAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTCCATACTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGTTGGGGAGAAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTCCATACTGCT  150

seq1  GTTCATTACCAAAGGAAGTTGGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTACCAAAGGAAGTTGGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCA  200

seq1  GGACCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTATTACTTACTGGCTTGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTATTACTTACTGGCTTGCTT  250

seq1  CCCCTGGCTTGCTCAGCTTGTTTTCTTATAGAACCCAAGACTACCAGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGCTTGCTCAGCTTGTTTTCTTATAGAACCCAAGACTACCAGCCC  300

seq1  AGGGATGGCACCACCCACAATGGGCCCTACCACCCTTGACCACTAATTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGGCACCACCCACAATGGGCCCTACCACCCTTGACCACTAATTGA  350

seq1  GAAAAATGTCTTACAGCTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAAAAGAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATGTCTTACAGCTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAAAAGAGGC  400

seq1  TCCTTTATCTGTGATAACTCCACTTGTGTCAAACTGACACACAAAACCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTATCTGTGATAACTCCACTTGTGTCAAACTGACACACAAAACCAG  450

seq1  CCAGTACAGCCTCCATTCATGTATTTTGTGTTAAAAATATAAGACGTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTACAGCCTCCATTCATGTATTTTGTGTTAAAAATATAAGACGTATA  500

seq1  GCCAACCTTGTTGGTACAGCATATAATCCTAATTACTCAGTCTGAGGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACCTTGTTGGTACAGCATATAATCCTAATTACTCAGTCTGAGGTAT  550

seq1  GAATACCACAAGCCTATATTATAAAGTGAGTTTAAGGCCAGCCTTGGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACCACAAGCCTATATTATAAAGTGAGTTTAAGGCCAGCCTTGGCAA  600

seq1  CTTGGTGAGACCCTGCCTCAGAAAATGTAAATATAAATGTCAGAATTGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGAGACCCTGCCTCAGAAAATGTAAATATAAATGTCAGAATTGCC  650

seq1  AGAAATGAAACATACTATTTTTTAACTATGCTTCAAACT-AAAGGTGAAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGAAATGAAACATACTATTTTTTAACTATGCTTCAAACTAAAAGGTGAAC  700

seq1  ATTATAAAAGTACTATGAAAGCATTTCTTGAAAACTATTACAAGAAGCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAAAGTACTATGAAAGCATTTCTTGAAAACTATTACAAGAAGCTT  750

seq1  GCACCAAGGGATCGACAGGGATAGTTTCTGCGAGACATACTAGAAAATGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAAGGGATCGACAGGGATAGTTTCTGCGAGACATACTAGAAAATGT  800

seq1  TATATTAAAAGAGAAATCCTTTACCTCCAACAAAGGT-CACAGACATATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATATTAAAAGAGAAATCCTTTACCTCCAACAAAGGTCCACAGACATATG  850

seq1  CTG-TTTCTCAGTGCAGATATCAGCATGGAAGATGCTCATTAGAGCCCTT  897
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCTCAGTGCAGATATCAGCATGGAAGATGCTCATTAGAGCCCTT  900

seq1  TTATTCTATACCCACTCTGGACAGCAGATTGGTGATCATATGG--ACATT  945
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  TTATTCTATACCCACTCTGGACAGCAGATTGGTGATCATATGGGACCATT  950

seq1  ATTAATTACTTGGGAGGTTC-AATGTGTGTT-AAGC-ACTATATAAA-CC  991
      |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||
seq2  ATTAATTACTTGGGAGGTTCAAATGTGTGTTAAAGCAACTATATAAACCC  1000

seq1  ACCTG-CCTCAGCATCTCCTG--GGGGTT-CTTGTCAAC--ACCTA--TT  1033
      ||||| |||||||||||| ||  |||||| || ||||||   ||||  ||
seq2  ACCTGCCCTCAGCATCTCTTGGTGGGGTTCCTGGTCAACCACCCTAATTT  1050

seq1  TTCATT-CTCAG-CTG-TTGCAG-TATTCACTC--ACTATGACCTGCCAT  1077
      |||||| ||||| ||| |||||| ||||| |||   |||||||  |||||
seq2  TTCATTCCTCAGCCTGTTTGCAGTTATTCCCTCCACCTATGACTGGCCAT  1100

seq1  GATA-TTAAAAGC-TTTATGAAGCCAAAGGACATTAT-CATTCACTACTT  1124
      |||| |||||||| ||||||||| | || |||||||| ||||||||||||
seq2  GATATTTAAAAGCTTTTATGAAGTCTAATGACATTATCCATTCACTACTT  1150

seq1  --CGTTGTTAACTTTTGAATAACACCAAGAAGGTATAAAG-CACTGAG-T  1170
        |||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| |
seq2  TCCGTTGTTAAACTTTGAATAACA-CAAGAAGGTATCAAGCCACTGAGAT  1199

seq1  TGG  1173
      |||
seq2  TGG  1202

seq1: chr1_79605756_79606930
seq2: B6Ng01-310M06.g_71_1253 (reverse)

seq1  TGTTCATGTATTCTTCCATTGTCTGAAAGAGAACAGTGACTAAGAGCAAT  50
      |||||| | |||| ||||| |||||||| || | |  |||||||||||||
seq2  TGTTCAGGAATTC-TCCATGGTCTGAAA-AGGAAACGGACTAAGAGCAAT  48

seq1  ATTCCCTTCAAGCCATAGGCGTTA-GCA-GACCAT-GATTTGTTTTTCAT  97
      ||| || ||||| ||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||| 
seq2  ATT-CCATCAAGGCATAGGCGTTAGGCAGGACCATAGATTGGTTTTTCA-  96

seq1  TCTTTTTGATT-CA-TTTTGCAAGATTG-AAAAAAAATTCAAAAAC-ATA  143
      ||| ||  ||| || |||||||||| || ||||||||||||||||| |||
seq2  TCTCTTGAATTACATTTTTGCAAGAATGAAAAAAAAATTCAAAAACAATA  146

seq1  CAGAG-ACAT--AAAC-ATTTGCACTCTGCTGAAGGCGAC-TCTACAAGT  188
      ||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAGAGAACATTAAAACAATTTGCACTCTGCTGAAGGCGACTTCTACAAGT  196

seq1  TTGAAT-ATCATTTGTCTACATGTACACATGGTTGTAAATGTATCACTTT  237
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTGAATAATCATTTGTCTACATGTACACATGGTTGTAAATGTATCAC-TT  245

seq1  TAATTGAAAAGGGCTAAGCTTGACCAGGCAGTGGATGTTTGAGAAGAGAG  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGAAAAGGGCTAAGCTTGACCAGGCAGTGGATGTTTGAGAAGAGAG  295

seq1  ATGTTGGAATGGGGAGACACCACTACAGATTTAAAGTTCATGTGTCTAAA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGAATGGGGAGACACCACTACAGATTTAAAGTTCATGTGTCTAAA  345

seq1  ATGGTTGTGAGGACTGCATGTAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTGTGAGGACTGCATGTAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCA  395

seq1  CGCGCGCGCACGCACACGGGCTATAGAAGCCCCAAGTAGACAATGTAGCA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGCGCGCACGCACACGGGCTATAGAAGCCCCAAGTAGACAATGTAGCA  445

seq1  TATACATTGTTTTCTATACTGTGCAGAACCTCTTCATTAAACCTATTGCC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATTGTTTTCTATACTGTGCAGAACCTCTTCATTAAACCTATTGCC  495

seq1  CAATCAGAGGGGATAAACATGTCATGAGTCTGGAGGATTTCTGCCATGCT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAGAGGGGATAAACATGTCATGAGTCTGGAGGATTTCTGCCATGCT  545

seq1  TTTTGGAAGAGAGTTTCTCCAAAGCATCCAGACGCTCTTTCAGTTACTAA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAAGAGAGTTTCTCCAAAGCATCCAGACGCTCTTTCAGTTACTAA  595

seq1  ATTTGCTAATAAGCCCCAGCGTTTTACTTTCCTGTCTTCATCTTTTAAGT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTAATAAGCCCCAGCGTTTTACTTTCCTGTCTTCATCTTTTAAGT  645

seq1  GTTTGTACCTCCTGGTTACAAGTAGAATTCCACAGTGGCACTGCAAACTC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTACCTCCTGGTTACAAGTAGAATTCCACAGTGGCACTGCAAACTC  695

seq1  CGTCTTACTGAACTAGGTGCACATGTGTGAAAAACCATGGTCCAGTTTAT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTTACTGAACTAGGTGCACATGTGTGAAAAACCATGGTCCAGTTTAT  745

seq1  ATCAATGAGGGGAAGAAGGGAACAGCAAATTATCCTTAGACAATACCTTA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGAGGGGAAGAAGGGAACAGCAAATTATCCTTAGACAATACCTTA  795

seq1  AGTCACTATGAGTCACTGTCAACTTGCTTAGCAATCAATGCTTAAATATC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTATGAGTCACTGTCAACTTGCTTAGCAATCAATGCTTAAATATC  845

seq1  CACCCCAACACGTGTGCCACCTTTGAACATCCCAGAAGAGAGTGACAGCG  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCAACACGTGTGCCACCTTTGAACATCCCAGAAGAGAGTGACAGCG  895

seq1  TAGGCCAAAGAGATCAAGGCTAGTGGCCAACAAGATTGTCTAGAGCAGCA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCAAAGAGATCAAGGCTAGTGGCCAACAAGATTGTCTAGAGCAGCA  945

seq1  AAACCTGTGACCACACAAGGATCACACACCAGATATCCTGCCTATCATAT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGTGACCACACAAGGATCACACACCAGATATCCTGCCTATCATAT  995

seq1  ATTCATATTATTCATAACAGTAGTAAAATTATAGTAGTGAATAATAATTT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATATTATTCATAACAGTAGTAAAATTATAGTAGTGAATAATAATTT  1045

seq1  GATGGTTGAGAGGTCACCACAACATTAGGGACTGTGATAAAGAGCCACAG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTGAGAGGTCACCACAACATTAGGGACTGTGATAAAGAGCCACAG  1095

seq1  CATTAGAAAGTTTGGTAACCACTCATCTAGAGGATGCCCAAATCAGAAAT  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGAAAGTTTGGTAACCACTCATCTAGAGGATGCCCAAATCAGAAAT  1145

seq1  CAGGGTTTTTAACTGCTTCCTGTGTCTCCTTAGAATTC  1175
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTTTTAACTGCTTCCTGTGTCTCCTTAGAATTC  1183