BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311E02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 177,832,621 - 178,022,644
singlet/doubletdoublet
Overlap geneExo1, Gm104, Pld5, B020018G12Rik
Upstream geneGrem2, Rgs7, Fh1, Kmo, Opn3, Chml, Wdr64
Downstream geneCep170, Sdccag8, LOC666235, Akt3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311E02.bB6Ng01-311E02.g
ACCGA103019GA103020
length1,130839
definitionB6Ng01-311E02.b B6Ng01-311E02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,832,621 - 177,833,750)(178,021,809 - 178,022,644)
sequence
gaattcctatgattaggctcactctttacagatgtccccaagccacagga
ctgttgaactgttgagttttgctctctttttatttgttattactgtcttt
ggaccttgttttgaatattagttttcactgtgtacttatgaagatcggca
gtgtcggagccttcctgaaaaggtcattgttaaaaggcagcaactagagc
cagctattcaccaaacatgatcttaagtaatctcagaatctccctcatga
ccctcttgtaagaaactcttcagacagttgggcatgcatggcgcagcgat
ttagtctcagattttgagggctgcaaattagtccacaacttgggctacac
aacaacatcctatctgaaaaataaatcatttaagatgggtgttacagtat
atttccataatctcagacattaggaagcaaggtgagaaggttgctctaag
tttgccactggcttggtctaggtaatgagttcctgaccatttggggcttg
agggcgatagagatcttgtctccaaaaagaaaatagccgaattcactcaa
caccactactgttagctacagcagagaaataggtaagacacaggcagtct
cgtcttgctcttgagtcctgatacactgtagagaatcccaggaaacctta
gagacatgccaggtgccgtccccacttactgaccttcctatttggtgtat
aggagaaaacactgagagaaatttcactatatggagagccttgtgaatgg
aactgaggcatagggagccctcaaagtcactgctaaagtaagcggagcac
ttgacacagcacctcagagtagggcccacctggaaggaagacgcatcttt
gtcttcagtgtccaccattttacagctcagctaagagatggtagaacagt
gctggtttggctttctgtagtcggtgactgagagttgtcagatggccgga
gaacccagcccctcctacttcagcatacttgttttagtcattgagaattc
atatacatcatgaaatatgaccctttccctgccctcccccaacttcgtct
caccctatgcccccaccctagcaccccctactctactccaatgttctttt
ttttgtcattcagttaagtgtattagtgct
gaattcactctttcaaatgattagtccaaccatggggggggggaaatggt
ttgaaaaagagcacaaggccctgtcaggaaaccattggtggtgactctag
agccagctcagagtcagcatgtagtccttgcaggaacatgagtccacgtg
acctgtctggttcttgtttacatgtttctgtacttccaaaatgcctgctg
catgcttttcattcctatgtacttaattcaaacctcctgtttttcttgcc
agaagtatttcaacctcctccaccctattctagtcaacagctaatccccc
atgtctcccttcaggtcacatgcaggtttgctgccagagttagcccttag
aaacccatccacttgctgccaaatgcattgaaaccatgtccgagctcctc
ctctctgtccacagtctccattggattggctctttggatgtttctggtct
cctccacctcatgagttgctacctcactctcttaccttacttgcttcttg
gctcaccaattcacaaatgtccagatgtactaatcctttccctcaaccct
gagcaactttgtcttctggcttactcgtcaaagctcccgtgtctcagatt
tcatgtcaactccagtctcctccaattccaggtgccctgcctagaattac
cattttcctctcttgctcatgttccaatcaatcacttcttacctacccac
atcttatctcttactatggtatgcttcctactcaaatcagtgtgtctggt
actagctctctatctggtgtaagttcctgaggggctaggaggacttacag
tcactcttggtgtcatatttgtgtgacttgatttgttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_177832621_177833750
seq2: B6Ng01-311E02.b_46_1175

seq1  GAATTCCTATGATTAGGCTCACTCTTTACAGATGTCCCCAAGCCACAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATGATTAGGCTCACTCTTTACAGATGTCCCCAAGCCACAGGA  50

seq1  CTGTTGAACTGTTGAGTTTTGCTCTCTTTTTATTTGTTATTACTGTCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAACTGTTGAGTTTTGCTCTCTTTTTATTTGTTATTACTGTCTTT  100

seq1  GGACCTTGTTTTGAATATTAGTTTTCACTGTGTACTTATGAAGATCGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTTGTTTTGAATATTAGTTTTCACTGTGTACTTATGAAGATCGGCA  150

seq1  GTGTCGGAGCCTTCCTGAAAAGGTCATTGTTAAAAGGCAGCAACTAGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCGGAGCCTTCCTGAAAAGGTCATTGTTAAAAGGCAGCAACTAGAGC  200

seq1  CAGCTATTCACCAAACATGATCTTAAGTAATCTCAGAATCTCCCTCATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATTCACCAAACATGATCTTAAGTAATCTCAGAATCTCCCTCATGA  250

seq1  CCCTCTTGTAAGAAACTCTTCAGACAGTTGGGCATGCATGGCGCAGCGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTGTAAGAAACTCTTCAGACAGTTGGGCATGCATGGCGCAGCGAT  300

seq1  TTAGTCTCAGATTTTGAGGGCTGCAAATTAGTCCACAACTTGGGCTACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCTCAGATTTTGAGGGCTGCAAATTAGTCCACAACTTGGGCTACAC  350

seq1  AACAACATCCTATCTGAAAAATAAATCATTTAAGATGGGTGTTACAGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACATCCTATCTGAAAAATAAATCATTTAAGATGGGTGTTACAGTAT  400

seq1  ATTTCCATAATCTCAGACATTAGGAAGCAAGGTGAGAAGGTTGCTCTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCATAATCTCAGACATTAGGAAGCAAGGTGAGAAGGTTGCTCTAAG  450

seq1  TTTGCCACTGGCTTGGTCTAGGTAATGAGTTCCTGACCATTTGGGGCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCACTGGCTTGGTCTAGGTAATGAGTTCCTGACCATTTGGGGCTTG  500

seq1  AGGGCGATAGAGATCTTGTCTCCAAAAAGAAAATAGCCGAATTCACTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCGATAGAGATCTTGTCTCCAAAAAGAAAATAGCCGAATTCACTCAA  550

seq1  CACCACTACTGTTAGCTACAGCAGAGAAATAGGTAAGACACAGGCAGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTACTGTTAGCTACAGCAGAGAAATAGGTAAGACACAGGCAGTCT  600

seq1  CGTCTTGCTCTTGAGTCCTGATACACTGTAGAGAATCCCAGGAAACCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTTGCTCTTGAGTCCTGATACACTGTAGAGAATCCCAGGAAACCTTA  650

seq1  GAGACATGCCAGGTGCCGTCCCCACTTACTGACCTTCCTATTTGGTGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATGCCAGGTGCCGTCCCCACTTACTGACCTTCCTATTTGGTGTAT  700

seq1  AGGAGAAAACACTGAGAGAAATTTCACTATATGGAGAGCCTTGTGAATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAAACACTGAGAGAAATTTCACTATATGGAGAGCCTTGTGAATGG  750

seq1  AACTGAGGCATAGGGAGCCCTCAAAGTCACTGCTAAAGTAAGCGGAGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGGCATAGGGAGCCCTCAAAGTCACTGCTAAAGTAAGCGGAGCAC  800

seq1  TTGACACAGCACCTCAGAGTAGGGCCCACCTGGAAGGAAGACGCATCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACACAGCACCTCAGAGTAGGGCCCACCTGGAAGGAAGACGCATCTTT  850

seq1  GTCTTCAGTGTCCACCATTTTACAGCTCAGCTAAGAGATGGTAGAACAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCAGTGTCCACCATTTTACAGCTCAGCTAAGAGATGGTAGAACAGT  900

seq1  GCTGGTTTGGCTTTCTGTAGTCGGTGACTGAGAGTTGTCAGGATGGCCGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCTGGTTTGGCTTTCTGTAGTCGGTGACTGAGAGTTGTCA-GATGGCCGG  949

seq1  AGAACCCAGCCCCTCCTACTTCAGCATACTTGTTTTAGTCATTGAGAATT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGAACCCAGCCCCTCCTACTTCAGCATACTTGTTTTAGTCATTGAGAA-T  998

seq1  TCATATACATCATGAAATATGACCC-TTCCCTGCCCTCCCCCCAACTTCG  1049
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCATATACATCATGAAATATGACCCTTTCCCTGCCCT-CCCCCAACTTCG  1047

seq1  TCTCACCCTATG-CCCCACCCTAGCACCCCCTACTCCTAACTCC-ATGT-  1096
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||| |||| 
seq2  TCTCACCCTATGCCCCCACCCTAGCACCCCCTACTC--TACTCCAATGTT  1095

seq1  -CTTTTTTTGT-AATCCGGTAAGTGTAATTAGTGCT  1130
        ||||||||| | || | ||||||| |||||||||
seq2  CTTTTTTTTGTCATTCAGTTAAGTGT-ATTAGTGCT  1130

seq1: chr1_178021809_178022644
seq2: B6Ng01-311E02.g_67_905 (reverse)

seq1  AGAAC-AATCAAGTCACA-AAATATGACA-CAAAAGTGACTGTTAACGTC  47
      ||||| |||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||  | |||
seq2  AGAACAAATCAAGTCACACAAATATGACACCAAGAGTGACTGT--AAGTC  48

seq1  CTCCTTGCCCCTCAGGAACTTACAACAGATAGAGAGCTTGTCCCAGACAC  97
      ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||
seq2  CTCCTAGCCCCTCAGGAACTTACACCAGATAGAGAGCTAGTACCAGACAC  98

seq1  ACTGATTTGAGTAGGAAGCATACCATAGTAAGAGATAAGATGTGGGTAGG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATTTGAGTAGGAAGCATACCATAGTAAGAGATAAGATGTGGGTAGG  148

seq1  TAAGAAGTGATTGATTGGAACATGAGC-AGAGAGGAAAATGGTAATTCTA  196
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGTGATTGATTGGAACATGAGCAAGAGAGGAAAATGGTAATTCTA  198

seq1  GGCAGGGCACCTGGAATTGGAGGAGACTGGATCTGACATG-AATCTGAGA  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||
seq2  GGCAGGGCACCTGGAATTGGAGGAGACTGGAGTTGACATGAAATCTGAGA  248

seq1  CACGGGAGCTTTGACGAGTAAGCCAGAAGACAAAGTTGCTCAGGGTTGAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGGAGCTTTGACGAGTAAGCCAGAAGACAAAGTTGCTCAGGGTTGAG  298

seq1  GGAAAGGATTAGTACATCTGGACATTTGTGAATTGGTGAGCCAAGAAGCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGATTAGTACATCTGGACATTTGTGAATTGGTGAGCCAAGAAGCA  348

seq1  AGTAAGGTAAGAGAGTGAGGTAGCAACTCATGAGGTGGAGGAGACCAGAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGGTAAGAGAGTGAGGTAGCAACTCATGAGGTGGAGGAGACCAGAA  398

seq1  ACATCCAAAGAGCCAATCCAATGGAGACTGTGGACAGAGAGGAGGAGCTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCAAAGAGCCAATCCAATGGAGACTGTGGACAGAGAGGAGGAGCTC  448

seq1  GGACATGGTTTCAATGCATTTGGCAGCAAGTGGATGGGTTTCTAAGGGCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGGTTTCAATGCATTTGGCAGCAAGTGGATGGGTTTCTAAGGGCT  498

seq1  AACTCTGGCAGCAAACCTGCATGTGACCTGAAGGGAGACATGGGGGATTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGGCAGCAAACCTGCATGTGACCTGAAGGGAGACATGGGGGATTA  548

seq1  GCTGTTGACTAGAATAGGGTGGAGGAGGTTGAAATACTTCTGGCAAGAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGACTAGAATAGGGTGGAGGAGGTTGAAATACTTCTGGCAAGAAA  598

seq1  AACAGGAGGTTTGAATTAAGTACATAGGAATGAAAAGCATGCAGCAGGCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAGGTTTGAATTAAGTACATAGGAATGAAAAGCATGCAGCAGGCA  648

seq1  TTTTGGAAGTACAGAAACATGTAAACAAGAACCAGACAGGTCACGTGGAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAAGTACAGAAACATGTAAACAAGAACCAGACAGGTCACGTGGAC  698

seq1  TCATGTTCCTGCAAGGACTACATGCTGACTCTGAGCTGGCTCTAGAGTCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTCCTGCAAGGACTACATGCTGACTCTGAGCTGGCTCTAGAGTCA  748

seq1  CCACCAATGGTTTCCTGACAGGGCCTTGTGCTCTTTTTCAAACCATTTCC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAATGGTTTCCTGACAGGGCCTTGTGCTCTTTTTCAAACCATTTCC  798

seq1  CCCCCCCCATGGTTGGACTAATCATTTGAAAGAGTGAATTC  836
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCATGGTTGGACTAATCATTTGAAAGAGTGAATTC  839