BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315D22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 170,863,351 - 171,021,439
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039879, Pbx1
Downstream geneEG383613, Nuf2, Rgs5, Rgs4, LOC100039960, 1700084C01Rik, Hsd17b7, Ddr2, LOC100040571
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315D22.bB6Ng01-315D22.g
ACCGA105945GA105946
length1,1441,110
definitionB6Ng01-315D22.b B6Ng01-315D22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(171,020,305 - 171,021,439)(170,863,351 - 170,864,474)
sequence
gaattctcaaaagaatcttgtcattgccacaggcaccaggcatggagatt
tcagcttttgacaagtctgggcttgtccagagaagacaaggaaagggtac
aattaaaaagcagtccagagttttgttttaaaaaaaaaaaactagccgtt
gttggtagaatgcctattaagggccagtcttcctctgcacctttcatttg
cctacagctgagttgtggagatgaacactggagaccatttaacttggaat
tgtcctgcaggtgggaagagataagcaaattctcagagttcattaatctt
cttttcccttacaggcaagataaaaaagaggtggacaacagctgaagagc
cacaacttaggttgtcctctcgattttgcatagacatatacatacatgca
tacatacaaacatacatacatgcatacatacatgcatacatacatgcata
catacatacacgtgcacctgcacataaatgagcaaacacacacacacaca
cacaaactagacatcccacaaaaatttatccttttagattcttcaaagga
tgagattttaaaatattttctgcacaattctagttgattgttcataaata
agcaaaggaattacctgctatcattttttaggatgttagctagacacagc
ataaagtcttctattattattaaatccttaatcccaaccatgaggcatca
tttcttaacactacccatcaccttgctgtctcctgaacttgggtgagcta
ctcaacccctcatcctaccactttcgtttattgttggaccccacattctg
ttagaactcttatttaatcttgcattttgtacttccctttctttacctaa
cacaagctaaagccactgcctctgggtcctcccacatcatttcaccttcc
aatctctcctggtcccaccaacaaactggaaatctcccaggacatcccaa
gaaagcacatccttctgagtcttcttctcttgtctactactcagtgggtt
tgctttttcttcttttcacatctcattctcttgatgctcaagaagctctt
tacatcatgagaatcaggatgtggcttttctgatgtagagaaccactaaa
accatttccaactcatatggactgaatgatctctggaatttgat

gaattctctaaataatgagtaatattgtttcccaactggccatctcttgt
catggaacaaagcttccagggccaagactgggctacatctaattgagtat
tggccaaaagggtttcatggaaatcttcaaacaattcaagctattgtcaa
gattataggttgctctcagcaaactgacagcatgttcccactactaaaga
caccacccacacaactaattgaacagagagaggtcaagcttgtacctaca
ttctattggctttggtatagaaatagttttaaatatatttgtcacagttt
ggttggtgttgaaaatggcaaagagaagtaatttttcaaactataaataa
ccttttatgcacatttcatctcctaaattaatgatagattcaattgcaat
atttctcacctaggcagataatgtggtgttagcaccattatttgagatat
caaacccccagatataaattaaattatagaaatacaattgaacactatta
atagttctttcttgcccctgacactgagtcacaaaaaaagcaggggtagt
aggagaaaacaaattactgatttacctttatgtaatttatgtaaaaataa
atatatatcatatagttggaatgtgggaagttgacatgaaggaaatgata
agaatgtgataaacagtgatgagagataagagaatatggaattgagatgt
tttatcatatctttccaaggatatattatatgtgtctgttagacaggcat
aatcttatgaatatctaggaattctccattccaggcaatggaagtaggcc
agaatgtctaagctatgaatgaactacctatgttacagaaatgaatgttc
tgagcacttagaatgagcaggtaagtggagggtatgggactccgcatact
cacaacaatgagtatgaattagaatgtagcaagagtgtagaagtgagaaa
gtttaagtaagaatttaaatatcattctgaagtcagagcaaacattgaaa
catttgccactgtgtaaaaattatttttgagttagcatagaaagtagaaa
ccaagaaggagatgagtcaaagtgccttgcagaatgataattgcagtgaa
tttataatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_171020305_171021439
seq2: B6Ng01-315D22.b_48_1191 (reverse)

seq1  ATCAAA----GGAGATCACTCA-TTCATATGAGTTG--AATGTGTTTAGT  43
      ||||||     ||||||| ||| | |||||||||||  ||||  ||||||
seq2  ATCAAATTCCAGAGATCATTCAGTCCATATGAGTTGGAAATGGTTTTAGT  50

seq1  -GTTCTCTACCATCAG-AAAGCCACATCCTGATTCTCATGATGTAAAGAG  91
       |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCTA-CATCAGAAAAGCCACATCCTGATTCTCATGATGTAAAGAG  99

seq1  CTTCTTTGAGCATCAAGAGAATGGAGATGTGAAAAGAAG-AAAAGC-AAC  139
      |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||
seq2  CTTC-TTGAGCATCAAGAGAAT-GAGATGTGAAAAGAAGAAAAAGCAAAC  147

seq1  CCACTGAGTAGTAGACAAGAGAAG-AGACTCAGAAGGATGGTGCTTTCTT  188
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCACTGAGTAGTAGACAAGAGAAGAAGACTCAGAAGGAT-GTGCTTTCTT  196

seq1  GGGATGTCCTGGGAGATTTCCAGTTTGTTGGTGGGACCAGGAGAGATTGG  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTCCTGGGAGATTTCCAGTTTGTTGGTGGGACCAGGAGAGATTGG  246

seq1  AAGGTG-AATGATGTGGGAGGACCCAGAGGCAGTGGCTTTAGCTTGTGTT  287
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGAAATGATGTGGGAGGACCCAGAGGCAGTGGCTTTAGCTTGTGTT  296

seq1  AGGTAAAGAAAGGGAAGTACAAAATGCAAGATTAAATAAGAGTTCTAACA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAAGAAAGGGAAGTACAAAATGCAAGATTAAATAAGAGTTCTAACA  346

seq1  GAATGTGGGGTCCAACAATAAACGAAAGTGGTAGGATGAGGGGTTGAGTA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGGGGTCCAACAATAAACGAAAGTGGTAGGATGAGGGGTTGAGTA  396

seq1  GCTCACCCAAGTTCAGGAGACAGCAAGGTGATGGGTAGTGTTAAGAAATG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACCCAAGTTCAGGAGACAGCAAGGTGATGGGTAGTGTTAAGAAATG  446

seq1  ATGCCTCATGGTTGGGATTAAGGATTTAATAATAATAGAAGACTTTATGC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCATGGTTGGGATTAAGGATTTAATAATAATAGAAGACTTTATGC  496

seq1  TGTGTCTAGCTAACATCCTAAAAAATGATAGCAGGTAATTCCTTTGCTTA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTAGCTAACATCCTAAAAAATGATAGCAGGTAATTCCTTTGCTTA  546

seq1  TTTATGAACAATCAACTAGAATTGTGCAGAAAATATTTTAAAATCTCATC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAACAATCAACTAGAATTGTGCAGAAAATATTTTAAAATCTCATC  596

seq1  CTTTGAAGAATCTAAAAGGATAAATTTTTGTGGGATGTCTAGTTTGTGTG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAGAATCTAAAAGGATAAATTTTTGTGGGATGTCTAGTTTGTGTG  646

seq1  TGTGTGTGTGTGTTTGCTCATTTATGTGCAGGTGCACGTGTATGTATGTA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTTTGCTCATTTATGTGCAGGTGCACGTGTATGTATGTA  696

seq1  TGCATGTATGTATGCATGTATGTATGCATGTATGTATGTTTGTATGTATG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTATGTATGCATGTATGTATGCATGTATGTATGTTTGTATGTATG  746

seq1  CATGTATGTATATGTCTATGCAAAATCGAGAGGACAACCTAAGTTGTGGC  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATGTATATGTCTATGCAAAATCGAGAGGACAACCTAAGTTGTGGC  796

seq1  TCTTCAGCTGTTGTCCACCTCTTTTTTATCTTGCCTGTAAGGGAAAAGAA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGCTGTTGTCCACCTCTTTTTTATCTTGCCTGTAAGGGAAAAGAA  846

seq1  GATTAATGAACTCTGAGAATTTGCTTATCTCTTCCCACCTGCAGGACAAT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAATGAACTCTGAGAATTTGCTTATCTCTTCCCACCTGCAGGACAAT  896

seq1  TCCAAGTTAAATGGTCTCCAGTGTTCATCTCCACAACTCAGCTGTAGGCA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTTAAATGGTCTCCAGTGTTCATCTCCACAACTCAGCTGTAGGCA  946

seq1  AATGAAAGGTGCAGAGGAAGACTGGCCCTTAATAGGCATTCTACCAACAA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAGGTGCAGAGGAAGACTGGCCCTTAATAGGCATTCTACCAACAA  996

seq1  CGGCTAGTTTTTTTTTTTTAAAACAAAACTCTGGACTGCTTTTTAATTGT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTAGTTTTTTTTTTTTAAAACAAAACTCTGGACTGCTTTTTAATTGT  1046

seq1  ACCCTTTCCTTGTCTTCTCTGGACAAGCCCAGACTTGTCAAAAGCTGAAA  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTCCTTGTCTTCTCTGGACAAGCCCAGACTTGTCAAAAGCTGAAA  1096

seq1  TCTCCATGCCTGGTGCCTGTGGCAATGACAAGATTCTTTTGAGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATGCCTGGTGCCTGTGGCAATGACAAGATTCTTTTGAGAATTC  1144


seq1: chr1_170863351_170864474
seq2: B6Ng01-315D22.g_68_1177

seq1  GAATTCTCTAAATAATGAGTAATATTGTTTCCCAACTGGCCATCTCTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAAATAATGAGTAATATTGTTTCCCAACTGGCCATCTCTTGT  50

seq1  CATGGAACAAAGCTTCCAGGGCCAAGACTGGGCTACATCTAATTGAGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAACAAAGCTTCCAGGGCCAAGACTGGGCTACATCTAATTGAGTAT  100

seq1  TGGCCAAAAGGGTTTCATGGAAATCTTCAAACAATTCAAGCTATTGTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAAAAGGGTTTCATGGAAATCTTCAAACAATTCAAGCTATTGTCAA  150

seq1  GATTATAGGTTGCTCTCAGCAAACTGACAGCATGTTCCCACTACTAAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATAGGTTGCTCTCAGCAAACTGACAGCATGTTCCCACTACTAAAGA  200

seq1  CACCACCCACACAACTAATTGAACAGAGAGAGGTCAAGCTTGTACCTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCCACACAACTAATTGAACAGAGAGAGGTCAAGCTTGTACCTACA  250

seq1  TTCTATTGGCTTTGGTATAGAAATAGTTTTAAATATATTTGTCACAGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTGGCTTTGGTATAGAAATAGTTTTAAATATATTTGTCACAGTTT  300

seq1  GGTTGGTGTTGAAAATGGCAAAGAGAAGTAATTTTTCAAACTATAAATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGTGTTGAAAATGGCAAAGAGAAGTAATTTTTCAAACTATAAATAA  350

seq1  CCTTTTATGCACATTTCATCTCCTAAATTAATGATAGATTCAATTGCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTATGCACATTTCATCTCCTAAATTAATGATAGATTCAATTGCAAT  400

seq1  ATTTCTCACCTAGGCAGATAATGTGGTGTTAGCACCATTATTTGAGATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCACCTAGGCAGATAATGTGGTGTTAGCACCATTATTTGAGATAT  450

seq1  CAAACCCCCAGATATAAATTAAATTATAGAAATACAATTGAACACTATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCCCCAGATATAAATTAAATTATAGAAATACAATTGAACACTATTA  500

seq1  ATAGTTCTTTCTTGCCCCTGACACTGAGTCACAAAAAAAGCAGGGGTAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTCTTTCTTGCCCCTGACACTGAGTCACAAAAAAAGCAGGGGTAGT  550

seq1  AGGAGAAAACAAATTACTGATTTACCTTTATGTAATTTATGTAAAAATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAAACAAATTACTGATTTACCTTTATGTAATTTATGTAAAAATAA  600

seq1  ATATATATCATATAGTTGGAATGTGGGAAGTTGACATGAAGGAAATGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATCATATAGTTGGAATGTGGGAAGTTGACATGAAGGAAATGATA  650

seq1  AGAATGTGATAAACAGTGATGAGAGATAAGAGAATATGGAATTGAGATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTGATAAACAGTGATGAGAGATAAGAGAATATGGAATTGAGATGT  700

seq1  TTTATCATATCTTTCCAAGGATATATTATATGTGTCTGTTAGACAGGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCATATCTTTCCAAGGATATATTATATGTGTCTGTTAGACAGGCAT  750

seq1  AATCTTATGAATATCTAGGAATTCTCCATTCCAGGCAATGGAAGTAGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTATGAATATCTAGGAATTCTCCATTCCAGGCAATGGAAGTAGGCC  800

seq1  AGAATGTCTAAGCTATGAATGAACTACCTATGTTACAGAAATGAATGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTCTAAGCTATGAATGAACTACCTATGTTACAGAAATGAATGTTC  850

seq1  TGAGCACTTAGAATGAGCAGGTAAGTGGAGGGTATGGGACTCCGCATACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCACTTAGAATGAGCAGGTAAGTGGAGGGTATGGGACTCCGCATACT  900

seq1  CACAACAATGAGTATGAATTAGAATGTTAGCAAGAGTGTAGAAGTGAGAA  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACAATGAGTATGAATTAGAATG-TAGCAAGAGTGTAGAAGTGAGAA  949

seq1  AGTTTAAGTAAGGAATTTAAATATCATTCTGAAGTCAAGAAGCAAACAAT  1000
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||| |
seq2  AGTTTAAGTAA-GAATTTAAATATCATTCTGAAGTCA--GAGCAAACATT  996

seq1  GAAACATTTGCCACTGTGTAAAAAT--ATTTTGAGTTTAAGGGAATAAGA  1048
      |||||||||||||||||||||||||   |||||||||     | || |||
seq2  GAAACATTTGCCACTGTGTAAAAATTATTTTTGAGTT----AGCAT-AGA  1041

seq1  AAGTAGGATACCAAGAAGAAGAATGAAGTTAAAAGTGCCTTGCAGAATGA  1098
      ||||| || ||||||||| || ||||   | |||||||||||||||||||
seq2  AAGTA-GAAACCAAGAAGGAG-ATGA--GTCAAAGTGCCTTGCAGAATGA  1087

seq1  TAAATTTGGCAGTGATTTTATAATGT  1124
      |||   | ||||||| ||||||||||
seq2  TAA---TTGCAGTGAATTTATAATGT  1110


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |