BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315I12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 156,248,933 - 156,376,224
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna1e
Upstream geneEG626058, 1700012A16Rik, Dhx9, Npl, LOC626096, Rgs8, Rgs16, Rnasel, LOC100043347, Rgsl1, 5830403L16Rik, EG433365, Teddm1, LOC100043357, Glul, LOC100043359
Downstream geneLOC671336, Ier5, Mr1, Stx6, EG667867, BC034090, Xpr1, EG433367
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315I12.bB6Ng01-315I12.g
ACCGA106158GA106159
length1,1911,105
definitionB6Ng01-315I12.b B6Ng01-315I12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(156,375,044 - 156,376,224)(156,248,933 - 156,250,048)
sequence
gaattcagcgagtcacattggaggagagctggaagggagcataggtaggt
gatgactcagagcagatgtgccacatggcaattctgcccacgtttcatga
gtcggagctagtcacctggctgtctaacagcaaggggaaaagaacagctt
ggaagaactggatgatcttctcttggtctgggagaaatgccgggtccccc
agagggagtgttagctgcctgtgccttgtataaggtctcatttgccacct
cagctaccagctagccctgtctttagggtcctcggatcatatcctaacac
ttggcctttcctgtgccaaacagccctccatgtaacccaattttcaactt
tgagatccatctgaggtgcttttattccagtacccccacctcctctttct
aatgaccccccaaccccatttagttatcttggggagacagttctttggaa
ttcctggttcttcctttcatggtctgcagaagccttttcattctctgaga
aatctattgacctttccatcctcctgtctgtttttcagtctctttaattg
tgttgcatccgtgtaccaaatgacatcatctccccatctatagttcttgg
cacaaacataactaatttcctaaaaaatagatctaatcacgcttctcccc
tatgtgaaaccactatggttttcctgtaactcacagaataaagcgagtca
catggagtcaccagagagataaaactgttgacaggaactagatagacata
gatttgaatcctaagttgctacccactagcttgagttatgtaatatcact
ttccagtccatgagacaaagataatttctttctccacaggattgtatcat
atgtctttcattacacatgtctgccacctgattagtgagggactctggaa
aagtcatctaaaacacccaattaaaaacctaggctattggggcttgccat
tctctgggtccgatctgtctcagccacatatctcctgattgtcatggggg
gaaagaaaacttcaaggagaatttgctctggccatggaattattcttaac
acatacctgacatactaggtcatgtgattccatttcattaggcatgggct
aaagaactaaagtcaaaaatattttttatggagcaacatgatacctggac
ttgtctacctaaggctggatcaagctctgtatatttgggtt
gaattcctgccacttctgaatctgcaagcacagaacagccagtctctgtg
ttcagtggttatctcttgtgaacatcaggagctgaggtcccagaggctga
catgaggcaatggaagccccttctagtacagcattccacccttccctgac
ctgctagaggctcaacttctctatattcacctgtctattgggggtctgtg
accttccttcactgggtgacctggactggcgacgttctggggactcccag
tcggcctgggtccctcgctcttcagaattgcagcgggagacatctggaga
gaggaggtgctttcgttctttggatcggcctctctccctgcctcctgatc
ggtgagtgtcagacttgtgacctgtgaaaggtgataacaattggttattg
ttaatcagcccattctggcttgatgaccctgaactccaagccacagattc
taccctaaccagggatttgagccattgtgaactgattgtgtttgttcaga
attcagtgttgaattctaacctccagtggaatggagagaggatgtacagc
ctttggtaagtgactatcttaggacggtgaagctcttactattagaataa
gtatcccagagatagtttgcttcctgtccctgttatctctcctgtgagga
catgatgagaagaggaagtccccaccagacactgttgtcccattgagctc
atatttcatggcctcctgaactgactgaagtgccctggcttctccaggca
gatcaacaggtgacataaaagggaaatgggacagaaaaaggtagaaaatt
ccacttttagtgagcaagtgagtctgccaggtaccactgaaaagacaggt
atcaacgagtggcaactgttttctctgcttcctttatgccagatacagta
aacagtatctctgccagatggctcaggattgtctgtgtccagcacttgac
ttagaggatggcacagaaggggatttggagggttcaatgaacgaaatgct
agccacatctatgtaatgttagggtgagaactatgatctacttgaaggat
ctcatctagtctttatgacgccacattcctggctctcattggggagatca
ctggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_156375044_156376224
seq2: B6Ng01-315I12.b_49_1239 (reverse)

seq1  AACCCAAATAT-CAGAGCTTGATCCAGCTAGAGGTAGCCCAAAGGGTCAG  49
      ||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||   | | |  |||
seq2  AACCCAAATATACAGAGCTTGATCCAGCCTTAGGTAG---ACAAGTCCAG  47

seq1  TTATCAATGTTGCT-CAT-AAAAATATTTTTGGCTTT-GTCTTCTAGGCC  96
       |||| |||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||  | ||| ||
seq2  GTATC-ATGTTGCTCCATAAAAAATATTTTTGACTTTAGTTCTTTAGCCC  96

seq1  ATG-CTATTG-AATGGAATCACATGA-CTAGTTATGTCAGGTATGT-TTA  142
      ||| ||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||
seq2  ATGCCTAATGAAATGGAATCACATGACCTAG-TATGTCAGGTATGTGTTA  145

seq1  AG-ATAATT-CATTGCCAGAGCAAAATTCTCCT--GAGTTTTCTTT-CCC  187
      || |||||| ||| |||||||| ||||||||||   |||||||||| |||
seq2  AGAATAATTCCATGGCCAGAGC-AAATTCTCCTTGAAGTTTTCTTTCCCC  194

seq1  CCATGACAATCAGGAGATATGTGGCTGAGACAGATCGGA-CCAGAGAATG  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCATGACAATCAGGAGATATGTGGCTGAGACAGATCGGACCCAGAGAATG  244

seq1  GCAAG-CCCAATAGCCTAGGTTTTTAATTGGGTGTTTTAGATGACTTTTC  285
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCCCCAATAGCCTAGGTTTTTAATTGGGTGTTTTAGATGACTTTTC  294

seq1  CAGAGTCCCTCACTAATCAGGTGGCAGACATGTGTAATGAAAGACATATG  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCCCTCACTAATCAGGTGGCAGACATGTGTAATGAAAGACATATG  344

seq1  ATACAATCCTGTGGAG-AAGAAATTATCTTTGTCTCATGGACTGGAAAGT  384
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATCCTGTGGAGAAAGAAATTATCTTTGTCTCATGGACTGGAAAGT  394

seq1  GATATTACATAACTCAAGCTAGTGGGTAGCAACTTAGGATTCAAATCTAT  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTACATAACTCAAGCTAGTGGGTAGCAACTTAGGATTCAAATCTAT  444

seq1  GTCTATCTAGTTCCTGTCAACAGTTTTATCTCTCTGGTGACTCCATGTGA  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATCTAGTTCCTGTCAACAGTTTTATCTCTCTGGTGACTCCATGTGA  494

seq1  CTCGCTTTATTCTGTGAGTTACAGGAAAACCATAGTGGTTTCACATAGGG  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCTTTATTCTGTGAGTTACAGGAAAACCATAGTGGTTTCACATAGGG  544

seq1  GAGAAGCGTGATTAGATCTATTTTTTAGGAAATTAGTTATGTTTGTGCCA  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCGTGATTAGATCTATTTTTTAGGAAATTAGTTATGTTTGTGCCA  594

seq1  AGAACTATAGATGGGGAGATGATGTCATTTGGTACACGGATGCAACACAA  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTATAGATGGGGAGATGATGTCATTTGGTACACGGATGCAACACAA  644

seq1  TTAAAGAGACTGAAAAACAGACAGGAGGATGGAAAGGTCAATAGATTTCT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAGACTGAAAAACAGACAGGAGGATGGAAAGGTCAATAGATTTCT  694

seq1  CAGAGAATGAAAAGGCTTCTGCAGACCATGAAAGGAAGAACCAGGAATTC  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAATGAAAAGGCTTCTGCAGACCATGAAAGGAAGAACCAGGAATTC  744

seq1  CAAAGAACTGTCTCCCCAAGATAACTAAATGGGGTTGGGGGGTCATTAGA  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAACTGTCTCCCCAAGATAACTAAATGGGGTTGGGGGGTCATTAGA  794

seq1  AAGAGGAGGTGGGGGTACTGGAATAAAAGCACCTCAGATGGATCTCAAAG  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGAGGTGGGGGTACTGGAATAAAAGCACCTCAGATGGATCTCAAAG  844

seq1  TTGAAAATTGGGTTACATGGAGGGCTGTTTGGCACAGGAAAGGCCAAGTG  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATTGGGTTACATGGAGGGCTGTTTGGCACAGGAAAGGCCAAGTG  894

seq1  TTAGGATATGATCCGAGGACCCTAAAGACAGGGCTAGCTGGTAGCTGAGG  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGATATGATCCGAGGACCCTAAAGACAGGGCTAGCTGGTAGCTGAGG  944

seq1  TGGCAAATGAGACCTTATACAAGGCACAGGCAGCTAACACTCCCTCTGGG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAATGAGACCTTATACAAGGCACAGGCAGCTAACACTCCCTCTGGG  994

seq1  GGACCCGGCATTTCTCCCAGACCAAGAGAAGATCATCCAGTTCTTCCAAG  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCGGCATTTCTCCCAGACCAAGAGAAGATCATCCAGTTCTTCCAAG  1044

seq1  CTGTTCTTTTCCCCTTGCTGTTAGACAGCCAGGTGACTAGCTCCGACTCA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTTTTCCCCTTGCTGTTAGACAGCCAGGTGACTAGCTCCGACTCA  1094

seq1  TGAAACGTGGGCAGAATTGCCATGTGGCACATCTGCTCTGAGTCATCACC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACGTGGGCAGAATTGCCATGTGGCACATCTGCTCTGAGTCATCACC  1144

seq1  TACCTATGCTCCCTTCCAGCTCTCCTCCAATGTGACTCGCTGAATTC  1181
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTATGCTCCCTTCCAGCTCTCCTCCAATGTGACTCGCTGAATTC  1191

seq1: chr1_156248933_156250048
seq2: B6Ng01-315I12.g_68_1172

seq1  GAATTCCTGCCACTTCTGAATCTGCAAGCACAGAACAGCCAGTCTCTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCCACTTCTGAATCTGCAAGCACAGAACAGCCAGTCTCTGTG  50

seq1  TTCAGTGGTTATCTCTTGTGAACATCAGGAGCTGAGGTCCCAGAGGCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGGTTATCTCTTGTGAACATCAGGAGCTGAGGTCCCAGAGGCTGA  100

seq1  CATGAGGCAATGGAAGCCCCTTCTAGTACAGCATTCCACCCTTCCCTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGCAATGGAAGCCCCTTCTAGTACAGCATTCCACCCTTCCCTGAC  150

seq1  CTGCTAGAGGCTCAACTTCTCTATATTCACCTGTCTATTGGGGGTCTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGAGGCTCAACTTCTCTATATTCACCTGTCTATTGGGGGTCTGTG  200

seq1  ACCTTCCTTCACTGGGTGACCTGGACTGGCGACGTTCTGGGGACTCCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCCTTCACTGGGTGACCTGGACTGGCGACGTTCTGGGGACTCCCAG  250

seq1  TCGGCCTGGGTCCCTCGCTCTTCAGAATTGCAGCGGGAGACATCTGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCCTGGGTCCCTCGCTCTTCAGAATTGCAGCGGGAGACATCTGGAGA  300

seq1  GAGGAGGTGCTTTCGTTCTTTGGATCGGCCTCTCTCCCTGCCTCCTGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGTGCTTTCGTTCTTTGGATCGGCCTCTCTCCCTGCCTCCTGATC  350

seq1  GGTGAGTGTCAGACTTGTGACCTGTGAAAGGTGATAACAATTGGTTATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGTGTCAGACTTGTGACCTGTGAAAGGTGATAACAATTGGTTATTG  400

seq1  TTAATCAGCCCATTCTGGCTTGATGACCCTGAACTCCAAGCCACAGATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCAGCCCATTCTGGCTTGATGACCCTGAACTCCAAGCCACAGATTC  450

seq1  TACCCTAACCAGGGATTTGAGCCATTGTGAACTGATTGTGTTTGTTCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTAACCAGGGATTTGAGCCATTGTGAACTGATTGTGTTTGTTCAGA  500

seq1  ATTCAGTGTTGAATTCTAACCTCCAGTGGAATGGAGAGAGGATGTACAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTGTTGAATTCTAACCTCCAGTGGAATGGAGAGAGGATGTACAGC  550

seq1  CTTTGGTAAGTGACTATCTTAGGACGGTGAAGCTCTTACTATTAGAATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTAAGTGACTATCTTAGGACGGTGAAGCTCTTACTATTAGAATAA  600

seq1  GTATCCCAGAGATAGTTTGCTTCCTGTCCCTGTTATCTCTCCTGTGAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCCAGAGATAGTTTGCTTCCTGTCCCTGTTATCTCTCCTGTGAGGA  650

seq1  CATGATGAGAAGAGGAAGTCCCCACCAGACACTGTTGTCCCATTGAGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGAGAAGAGGAAGTCCCCACCAGACACTGTTGTCCCATTGAGCTC  700

seq1  ATATTTCATGGCCTCCTGAACTGACTGAAGTGCCCTGGCTTCTCCAGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCATGGCCTCCTGAACTGACTGAAGTGCCCTGGCTTCTCCAGGCA  750

seq1  GATCAACAGGTGACATAAAAGGGAAATGGGACAGAAAAAGGTAGAAAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAACAGGTGACATAAAAGGGAAATGGGACAGAAAAAGGTAGAAAATT  800

seq1  CCACTTTTAGTGAGCAAGTGAGTCTGCCAGGTACCACTGAAAAGACAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTTAGTGAGCAAGTGAGTCTGCCAGGTACCACTGAAAAGACAGGT  850

seq1  ATCAACGAGTGGCAACTGTTTTCTCTGCTTCCTTTATGCCAGATACAGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACGAGTGGCAACTGTTTTCTCTGCTTCCTTTATGCCAGATACAGTA  900

seq1  AACAGTATCTCTGCCAGATGGCTCAGGGATTGTCTGTGTCCAGCACTTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTATCTCTGCCAGATGGCTCA-GGATTGTCTGTGTCCAGCACTTGA  949

seq1  CTTAAGAAGATGGCACAAGGAAGGGGATTTGGAGGGTTCAATGAACGAAA  1000
      ||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTT-AGAGGATGGCACA--GAAGGGGATTTGGAGGGTTCAATGAACGAAA  996

seq1  TGCTAG-CACATCTAATGTAATGTTAGGGTGAGAACCTATGGATCTAACT  1049
      |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||
seq2  TGCTAGCCACATCT-ATGTAATGTTAGGGTGAGAA-CTAT-GATCT-ACT  1042

seq1  TGAAGGATCTCCATTCTAGTCTTTATGACGCCACA-TCCTGGCTCTCAAT  1098
      |||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  
seq2  TGAAGGATCTC--ATCTAGTCTTTATGACGCCACATTCCTGGCTCTCA--  1088

seq1  TTGGGGAAGATCACTGGT  1116
      |||||| |||||||||||
seq2  TTGGGG-AGATCACTGGT  1105