BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315O06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 151,395,246 - 151,544,418
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042792, LOC435647
Downstream geneLOC100042813, Pla2g4a, Ptgs2, LOC676712, LOC100043257, LOC100043261, Pdc, BC003331, Tpr, EG625534
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315O06.bB6Ng01-315O06.g
ACCGA106421GA106422
length1,1401,076
definitionB6Ng01-315O06.b B6Ng01-315O06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,543,268 - 151,544,418)(151,395,246 - 151,396,327)
sequence
gaattccttctggaagacaagataagtctctaccactgaacactgataac
tgcattgaaggagaacggcaagattatctggttcctggcttcccatcaga
cagtcctgacttcactcaaattccattcctgcctctttcctgttaactac
tgaacaaatttccatttttatggaattgtttctgccataaccctggccat
ccattccttccacctacccattcttgtttttcaatgtgaccatttaaatt
tgtctagtatttaaaccagtgaaaatatgaaggcataaactgaagtaaaa
agcaagccaactttattttcttaactacatacaacatatctattatttac
atacaagactgattctacagctaaaatactagctctttagaaatcatttt
ctacttctgtcattctactgagcaagtctacctttctctagagctcctcc
aaacctaagaggactcctttgctctctttctttgaatactatcttacttg
tatcctgccagctgattatctgttggatctgcaaatacaaatctaactct
tacctcaggcatccttaaagagtgtgtgtgagagagagggaggggcagag
acaaagatagagagaaagagtgaggggagggaagacaggaagggaaggcg
ggagagctctatcaaaggttcaacgaaatacaaaagaagtctctagctcc
ttctgtacacccttgttaggcagaaccatgtcacctcatggtggaaaggc
tccaagccaagtcagtagggactgtagggactgaacaatttcagttttat
gtgggttagatcaaggccatccagctgactttgggtcatagagcaaagaa
ccatagagcatagacctatcccaagcaacttgctttaaaataggcaggaa
ctttccattctttaccacttctatctaaggaggcttttagaggcttactc
aacaacatcttttcagacagatttagttgcaactgacaaagcaataatat
ctgtttgagctttaacattttttttttacatagtttctatgtacaataat
caaattattatgtgaacatccacccaacagatgagcctcgttgggagaaa
tgatggaaaaggctgcttttggcttagcctacagtgaaaa

gaattcttaacctgaatgaagggaagacacaacttgtatatttattcctg
aacctaataagtcatgaacctatcaaatccagttgagagtgcattgacac
tcaaacacttcattaaaacaagtatcctgtgacatatatgtaaggaatga
atatgtgcatagtttaataatttgtccaactgtatggtttccttaaattt
tcactgttatcagtgaatacccaactattaccaactcaatctctttttca
atttgataaaaaccttaagaacaattcactctgaggttttggctaaataa
cttttactcaaaaaaaaaaataatgcagctgttttttattagtttagtgt
tgttagagacatataaaaagtgaaatcaggactagatattgatctcacag
ttaattaagtcctatcctggagttagtatctccctaattaatggcgtgca
tgctaataaagaaaaatgtcccttgtaatagatgtgtctttgatttttct
acattttatgtgaagagaagaaactagtgaaagttaaatttcttttctct
tagcttcaagagttattcctggtgttactctcaatttaaatcctaaaacc
aaacaactttagtcttcatttaggcagcatgtgctcaatagaacatcagt
aaaatgcggagtgatgtaggtgtccctcatagttggtagtgaagaattcc
cttttgcttataatatgaaactggaactctttcttatctaaaatttggtc
catatgaaggacatctaagttatatatcttgcgattcttaatgcttaaat
catcatcattatttcaaaactgttacctagagtatgtagctacatttaaa
ttaataatatgcatctctctcttttttttttagggtggaaaatcacttac
cataaagacctgggttcatgtatgtatgaacgttcaaaagtcctggtggt
ctgcagaccattcttcaggtttttgttttgtttggttgtttactttgttg
ttttgtttgtttgttttaactatttaggacttaatacttttatggctacc
tattcttgatcatatggttagtgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_151543268_151544418
seq2: B6Ng01-315O06.b_47_1186 (reverse)

seq1  TTTTCACTGTAGGCGTTAAGCAAAAAGGCAGCCTTTTTCATCATTTTCTT  50
      ||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||| ||||| ||||| 
seq2  TTTTCACTGTAGGC--TAAGCCAAAA-GCAGCCTTTTCCATCA-TTTCTC  46

seq1  CCCACGAAGCTCATCTGTTGGGTTGGGATG-TCACATAAT-ATTTGATTA  98
      || |||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||
seq2  CCAACGAGGCTCATCTGTTGGGT--GGATGTTCACATAATAATTTGATTA  94

seq1  TTGTACATAGAAAACCTAATTGTTAAAAAAAAAATG-TAAAGCTCAAACA  147
      |||||||||||||  |||  || ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTGTACATAGAAA--CTA--TG-TAAAAAAAAAATGTTAAAGCTCAAACA  139

seq1  GATATTATTGCCTTTGTCAGTTGCAACTAAATCTGTCCTGAAAAGATGTT  197
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GATATTATTG-CTTTGTCAGTTGCAACTAAATCTGT-CTGAAAAGATGTT  187

seq1  GTTTGAGTAAGCCTCTAAAAGCCTCCTTAGATAGAAGTGGTAAAGAATGG  247
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-TTGAGTAAGCCTCTAAAAGCCTCCTTAGATAGAAGTGGTAAAGAATGG  236

seq1  AAAGTTCCTGCCTATTTTAAAGCAAGTTGCTTGGGATAGGTCTATGCTCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTCCTGCCTATTTTAAAGCAAGTTGCTTGGGATAGGTCTATGCTCT  286

seq1  ATGGTTCTTTGCTCTATGACCCAAAGTCAGCTGGATGGCCTTGATCTAAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTCTTTGCTCTATGACCCAAAGTCAGCTGGATGGCCTTGATCTAAC  336

seq1  CCACATAAAACTGAAATTGTTCAGTCCCTACAGTCCCTACTGACTTGGCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAAAACTGAAATTGTTCAGTCCCTACAGTCCCTACTGACTTGGCT  386

seq1  TGGAGCCTTTCCACCATGAGGTGACATGGTTCTGCCTAACAAGGGTGTAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCCTTTCCACCATGAGGTGACATGGTTCTGCCTAACAAGGGTGTAC  436

seq1  AGAAGGAGCTAGAGACTTCTTTTGTATTTCGTTGAACCTTTGATAGAGCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAGCTAGAGACTTCTTTTGTATTTCGTTGAACCTTTGATAGAGCT  486

seq1  CTCCCGCCTTCCCTTCCTGTCTTCCCTCCCCTCACTCTTTCTCTCTATCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCGCCTTCCCTTCCTGTCTTCCCTCCCCTCACTCTTTCTCTCTATCT  536

seq1  TTGTCTCTGCCCCTCCCTCTCTCTCACACACACTCTTTAAGGATGCCTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCTGCCCCTCCCTCTCTCTCACACACACTCTTTAAGGATGCCTGA  586

seq1  GGTAAGAGTTAGATTTGTATTTGCAGATCCAACAGATAATCAGCTGGCAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGAGTTAGATTTGTATTTGCAGATCCAACAGATAATCAGCTGGCAG  636

seq1  GATACAAGTAAGATAGTATTCAAAGAAAGAGAGCAAAGGAGTCCTCTTAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAAGTAAGATAGTATTCAAAGAAAGAGAGCAAAGGAGTCCTCTTAG  686

seq1  GTTTGGAGGAGCTCTAGAGAAAGGTAGACTTGCTCAGTAGAATGACAGAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGAGGAGCTCTAGAGAAAGGTAGACTTGCTCAGTAGAATGACAGAA  736

seq1  GTAGAAAATGATTTCTAAAGAGCTAGTATTTTAGCTGTAGAATCAGTCTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAATGATTTCTAAAGAGCTAGTATTTTAGCTGTAGAATCAGTCTT  786

seq1  GTATGTAAATAATAGATATGTTGTATGTAGTTAAGAAAATAAAGTTGGCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTAAATAATAGATATGTTGTATGTAGTTAAGAAAATAAAGTTGGCT  836

seq1  TGCTTTTTACTTCAGTTTATGCCTTCATATTTTCACTGGTTTAAATACTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTTACTTCAGTTTATGCCTTCATATTTTCACTGGTTTAAATACTA  886

seq1  GACAAATTTAAATGGTCACATTGAAAAACAAGAATGGGTAGGTGGAAGGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATTTAAATGGTCACATTGAAAAACAAGAATGGGTAGGTGGAAGGA  936

seq1  ATGGATGGCCAGGGTTATGGCAGAAACAATTCCATAAAAATGGAAATTTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGGCCAGGGTTATGGCAGAAACAATTCCATAAAAATGGAAATTTG  986

seq1  TTCAGTAGTTAACAGGAAAGAGGCAGGAATGGAATTTGAGTGAAGTCAGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTAGTTAACAGGAAAGAGGCAGGAATGGAATTTGAGTGAAGTCAGG  1036

seq1  ACTGTCTGATGGGAAGCCAGGAACCAGATAATCTTGCCGTTCTCCTTCAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTGATGGGAAGCCAGGAACCAGATAATCTTGCCGTTCTCCTTCAA  1086

seq1  TGCAGTTATCAGTGTTCAGTGGTAGAGACTTATCTTGTCTTCCAGAAGGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTTATCAGTGTTCAGTGGTAGAGACTTATCTTGTCTTCCAGAAGGA  1136

seq1  ATTC  1151
      ||||
seq2  ATTC  1140


seq1: chr1_151395246_151396327
seq2: B6Ng01-315O06.g_68_1143

seq1  GAATTCTTAACCTGAATGAAGGGAAGACACAACTTGTATATTTATTCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAACCTGAATGAAGGGAAGACACAACTTGTATATTTATTCCTG  50

seq1  AACCTAATAAGTCATGAACCTATCAAATCCAGTTGAGAGTGCATTGACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAATAAGTCATGAACCTATCAAATCCAGTTGAGAGTGCATTGACAC  100

seq1  TCAAACACTTCATTAAAACAAGTATCCTGTGACATATATGTAAGGAATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACACTTCATTAAAACAAGTATCCTGTGACATATATGTAAGGAATGA  150

seq1  ATATGTGCATAGTTTAATAATTTGTCCAACTGTATGGTTTCCTTAAATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGCATAGTTTAATAATTTGTCCAACTGTATGGTTTCCTTAAATTT  200

seq1  TCACTGTTATCAGTGAATACCCAACTATTACCAACTCAATCTCTTTTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTTATCAGTGAATACCCAACTATTACCAACTCAATCTCTTTTTCA  250

seq1  ATTTGATAAAAACCTTAAGAACAATTCACTCTGAGGTTTTGGCTAAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATAAAAACCTTAAGAACAATTCACTCTGAGGTTTTGGCTAAATAA  300

seq1  CTTTTACTCAAAAAAAAAAATAATGCAGCTGTTTTTTATTAGTTTAGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACTCAAAAAAAAAAATAATGCAGCTGTTTTTTATTAGTTTAGTGT  350

seq1  TGTTAGAGACATATAAAAAGTGAAATCAGGACTAGATATTGATCTCACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGAGACATATAAAAAGTGAAATCAGGACTAGATATTGATCTCACAG  400

seq1  TTAATTAAGTCCTATCCTGGAGTTAGTATCTCCCTAATTAATGGCGTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAAGTCCTATCCTGGAGTTAGTATCTCCCTAATTAATGGCGTGCA  450

seq1  TGCTAATAAAGAAAAATGTCCCTTGTAATAGATGTGTCTTTGATTTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAATAAAGAAAAATGTCCCTTGTAATAGATGTGTCTTTGATTTTTCT  500

seq1  ACATTTTATGTGAAGAGAAGAAACTAGTGAAAGTTAAATTTCTTTTCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTATGTGAAGAGAAGAAACTAGTGAAAGTTAAATTTCTTTTCTCT  550

seq1  TAGCTTCAAGAGTTATTCCTGGTGTTACTCTCAATTTAAATCCTAAAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCAAGAGTTATTCCTGGTGTTACTCTCAATTTAAATCCTAAAACC  600

seq1  AAACAACTTTAGTCTTCATTTAGGCAGCATGTGCTCAATAGAACATCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACTTTAGTCTTCATTTAGGCAGCATGTGCTCAATAGAACATCAGT  650

seq1  AAAATGCGGAGTGATGTAGGTGTCCCTCATAGTTGGTAGTGAAGAATTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCGGAGTGATGTAGGTGTCCCTCATAGTTGGTAGTGAAGAATTCC  700

seq1  CTTTTGCTTATAATATGAAACTGGAACTCTTTCTTATCTAAAATTTGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGCTTATAATATGAAACTGGAACTCTTTCTTATCTAAAATTTGGTC  750

seq1  CATATGAAGGACATCTAAGTTATATATCTTGCGATTCTTAATGCTTAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGAAGGACATCTAAGTTATATATCTTGCGATTCTTAATGCTTAAAT  800

seq1  CATCATCATTATTTCAAAACTGTTACCTAGAGTATGTAGCTACATTTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATCATTATTTCAAAACTGTTACCTAGAGTATGTAGCTACATTTAAA  850

seq1  TTAATAATATGCATCTCTCTC-TTTTTTTTTAGGGTGGAAAATCACTTAC  899
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAATATGCATCTCTCTCTTTTTTTTTTAGGGTGGAAAATCACTTAC  900

seq1  CATAAAGACCTGGGTTCATGTATGTATGAACGTTCAAAAGTCCT-GTGGT  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATAAAGACCTGGGTTCATGTATGTATGAACGTTCAAAAGTCCTGGTGGT  950

seq1  CTGCAGACCATTCTTCAGGGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTACTTT  998
      |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |  |||||||||| 
seq2  CTGCAGACCATTCTTCAGG--TTTTTGTTTTGTTTGG--TTGTTTACTT-  995

seq1  TGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTACTATTTAGGACTTAATACTTT  1048
        | |||||||| |||||||   |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  --TGTTGTTTTG-TTTGTTT--GTTTTAACTATTTAGGACTTAATACTTT  1040

seq1  TATGGCTACCTAT--CTGATCATATTGGTAGTGTTT  1082
      |||||||||||||   ||||||||| | ||||||||
seq2  TATGGCTACCTATTCTTGATCATATGGTTAGTGTTT  1076


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |