BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320E18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 150,661,553 - 150,721,961
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC100042792, LOC435647, LOC100042813, Pla2g4a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320E18.bB6Ng01-320E18.g
ACCGA109703GA109704
length1,0831,119
definitionB6Ng01-320E18.b B6Ng01-320E18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(150,661,553 - 150,662,632)(150,720,839 - 150,721,961)
sequence
gaattcatatacaaggagaactttcagagtaataactgaatactgtgcct
tctctgaagtcttatcttaaaacatgatccctagtgtattaggattagag
atgagagctttgcaggtagaagtggagctgtcagcgatgagatctcatcc
cttatgaagggagccaaaggagctacctttaaccttcctttatgcacaat
tctcttttcgttttctttattctctaatagataaatcctggagccattcc
ccacttcttcacctcctcccagcaccctcttccctctccccaagatgtat
tgctcacccatatcctatctgaaaagagaagagcttccagtaataacaaa
catggcctaccatgaaataacactagacataaattatcatatcaatgctg
gatgaggcaacacagtaggaggaaaaacaatgtgcagacaggtaaagagt
caaagatttccccactcacagtctaaggtgtcccacaaaaactgcaagct
aaacaaccacagcatgtatgcagagggcctagttcagacacattcaggat
ccatggctgccacatcagtctcaaacagtcatagttttaaaacactgtga
tctgcaaatcaagcagtagctctcaatttgtaagcaggcctattgatcta
tgaaatcatgttggcaacaggtatatttacaaaatgctagcagggatgtg
tttcaggtttcagaggtattgaagatgaaagaataacaagtgaataggac
caaaaacattgtatgctagctataaattttcaaagaataactgcaaagta
ttttttaaatacaattttcagaagaaagcctgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
catgtgtgtgtgtgtgtgtgcaacttagagaacataaattcttagcatac
attaaaaggtttttaataaatgtaaatacatagtgatcaaaaggagagag
gaaatttatcttttatgagtaaaaaaagtgcaaaaagctattaatacttt
tataagcttgtattcttttaacttatcaatatgttacacataggaatatt
aaaatagagatgatttaagaaaaaattatgtgg

gaattctaggttttgtcattgttgcttatctgttcatttcatcatataaa
taacatttatttatgatataaagcatagtttcacttgaaccctatcaaat
attacatagtttattttagtaagaaatgcacattctgttatatacctaac
agacatgtatagtatttcaatataaagaaattggtttatttgaatttggc
tttcaggaaaattagtcaatgtttggtatattttaataattttcttgtaa
atatattttaatatttatggatatttaatcatctttccttcacattattc
tcagtttgctaatttaattatagaaggtgatatttttgcaagacagtgaa
aatgccttattgtatttctttttgatctaacagtctagaatgatttctcc
taatcataaaaatacccaagcacattcagtggggacatttgacaccatca
tgatacactcttttgttcatgcaacactcagaactcatttgattcatggg
cagtattttcaagagttgtatattaaaatctatgcttccactttgtttct
gcgtgaaaataatttcatctcaatatactaaataagttccattaaactac
attttaccagaaacacatcactgtgatctaaaagaaaggaactaccttct
atgtaaattatagcaacagtttagattaagagtagagaattaaatatata
aatgaatttcctcaaataaaatatagctcatcaaattaatgacctgtcca
tcatacatcttttacattacattacatgattcaaaaaaataaagaattat
gactataattcaaatttacattgattagcttcagtagggcaaatgtccta
tgacagcgtaggtatagcatgacaccctgtggtgatttggataggaatgg
cctccatagacttgtggataaaaaatgtttggcccatatcgccttgttgg
aggaagtgtgtcactggagacggtattaaggtatctttcaagtgctcatg
ctagcctagtgtgtcaccttctcctgttgctgtgatcagatgtagactcc
ctgctacctctcaggcacaatgtctgccatgcaattcttgccatttccct
gccagataccatgtaatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_150661553_150662632
seq2: B6Ng01-320E18.b_47_1129

seq1  GAATTCATATACAAGGAGAACTTTCAGAGTAATAACTGAATACTGTGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATACAAGGAGAACTTTCAGAGTAATAACTGAATACTGTGCCT  50

seq1  TCTCTGAAGTCTTATCTTAAAACATGATCCCTAGTGTATTAGGATTAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAAGTCTTATCTTAAAACATGATCCCTAGTGTATTAGGATTAGAG  100

seq1  ATGAGAGCTTTGCAGGTAGAAGTGGAGCTGTCAGCGATGAGATCTCATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGCTTTGCAGGTAGAAGTGGAGCTGTCAGCGATGAGATCTCATCC  150

seq1  CTTATGAAGGGAGCCAAAGGAGCTACCTTTAACCTTCCTTTATGCACAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGAAGGGAGCCAAAGGAGCTACCTTTAACCTTCCTTTATGCACAAT  200

seq1  TCTCTTTTCGTTTTCTTTATTCTCTAATAGATAAATCCTGGAGCCATTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTTCGTTTTCTTTATTCTCTAATAGATAAATCCTGGAGCCATTCC  250

seq1  CCACTTCTTCACCTCCTCCCAGCACCCTCTTCCCTCTCCCCAAGATGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCTTCACCTCCTCCCAGCACCCTCTTCCCTCTCCCCAAGATGTAT  300

seq1  TGCTCACCCATATCCTATCTGAAAAGAGAAGAGCTTCCAGTAATAACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACCCATATCCTATCTGAAAAGAGAAGAGCTTCCAGTAATAACAAA  350

seq1  CATGGCCTACCATGAAATAACACTAGACATAAATTATCATATCAATGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCTACCATGAAATAACACTAGACATAAATTATCATATCAATGCTG  400

seq1  GATGAGGCAACACAGTAGGAGGAAAAACAATGTGCAGACAGGTAAAGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGGCAACACAGTAGGAGGAAAAACAATGTGCAGACAGGTAAAGAGT  450

seq1  CAAAGATTTCCCCACTCACAGTCTAAGGTGTCCCACAAAAACTGCAAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATTTCCCCACTCACAGTCTAAGGTGTCCCACAAAAACTGCAAGCT  500

seq1  AAACAACCACAGCATGTATGCAGAGGGCCTAGTTCAGACACATTCAGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACCACAGCATGTATGCAGAGGGCCTAGTTCAGACACATTCAGGAT  550

seq1  CCATGGCTGCCACATCAGTCTCAAACAGTCATAGTTTTAAAACACTGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCTGCCACATCAGTCTCAAACAGTCATAGTTTTAAAACACTGTGA  600

seq1  TCTGCAAATCAAGCAGTAGCTCTCAATTTGTAAGCAGGCCTATTGATCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAATCAAGCAGTAGCTCTCAATTTGTAAGCAGGCCTATTGATCTA  650

seq1  TGAAATCATGTTGGCAACAGGTATATTTACAAAATGCTAGCAGGGATGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCATGTTGGCAACAGGTATATTTACAAAATGCTAGCAGGGATGTG  700

seq1  TTTCAGGTTTCAGAGGTATTGAAGATGAAAGAATAACAAGTGAATAGGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGTTTCAGAGGTATTGAAGATGAAAGAATAACAAGTGAATAGGAC  750

seq1  CAAAAACATTGTATGCTAGCTATAAATTTTCAAAGAATAACTGCAAAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACATTGTATGCTAGCTATAAATTTTCAAAGAATAACTGCAAAGTA  800

seq1  TTTTTTAAATACAATTTTCAGAAGAAAGCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAATACAATTTTCAGAAGAAAGCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  850

seq1  CATGTGTGTGTGTGTGTGTGCAACTTAGAGAACATAAATTCTTAGCATAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGTGTGTGTGTGTGCAACTTAGAGAACATAAATTCTTAGCATAC  900

seq1  ATTAAAGGTTTTTAAATAAATGTAAATACATAGTGATCAAAAGGAGAGAG  950
      |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAGGTTTTTAATAAATGTAAATACATAGTGATCAAAAGGAGAGAG  950

seq1  GAAAATTTATCTTTTATGAGT-AAAAAAGTGCAAAAAGCTATTAATAACT  999
      | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  G-AAATTTATCTTTTATGAGTAAAAAAAGTGCAAAAAGCTATTAAT-ACT  998

seq1  TTTATAAGC-TGTAT--CTTTAACTTATCAATATGTAACACATA-GAATA  1045
      ||||||||| |||||   |||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  TTTATAAGCTTGTATTCTTTTAACTTATCAATATGTTACACATAGGAATA  1048

seq1  -TAAAATAGAGAATGAATTTAAG-AAAAATAATGTGG  1080
       |||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||
seq2  TTAAAATAGAG-ATG-ATTTAAGAAAAAATTATGTGG  1083


seq1: chr1_150720839_150721961
seq2: B6Ng01-320E18.g_64_1182 (reverse)

seq1  TCATTACCATTGTATCTGCAAGGGAAATGGC-AGAA-TGCAT-GCAGACA  47
      |||||| ||| |||||||  ||||||||||| |||| ||||| |||||||
seq2  TCATTA-CATGGTATCTGGCAGGGAAATGGCAAGAATTGCATGGCAGACA  49

seq1  TGGTGCTGGAGAGGTAGCAGGGAGTTCTACATCTTGATCCACAGGCAACA  97
      | ||||  |||||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||
seq2  TTGTGCCTGAGAGGTAGCAGGGAG-TCTACATC-TGAT-CACA-GCAACA  95

seq1  GGAGAAGGTTGACACACTAGGCTTAGCATGAGCACTTGAAAGATACCTTA  147
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGG-TGACACACTAGGC-TAGCATGAGCACTTGAAAGATACCTTA  143

seq1  ATACCCGTCTCCAGTGACACACTTCCTCCAACAAGGCGATATGGGCCAAA  197
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATA-CCGTCTCCAGTGACACACTTCCTCCAACAAGGCGATATGGGCCAAA  192

seq1  CA-TTTTTATCCACAAGTCTATGGAGGCCATTCCTATCCAAATCACCACA  246
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTTATCCACAAGTCTATGGAGGCCATTCCTATCCAAATCACCACA  242

seq1  GGGTGTCATGCTATACCTACGCTGTCATAGGACATTTGCCCTACTGAAGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTCATGCTATACCTACGCTGTCATAGGACATTTGCCCTACTGAAGC  292

seq1  TAATCAATGTAAATTTGAATTATAGTCATAATTCTTTATTTTTTTGAATC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAATGTAAATTTGAATTATAGTCATAATTCTTTATTTTTTTGAATC  342

seq1  ATGTAATGTAATGTAAAAGATGTATGATGGACAGGTCATTAATTTGATGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATGTAATGTAAAAGATGTATGATGGACAGGTCATTAATTTGATGA  392

seq1  GCTATATTTTATTTGAGGAAATTCATTTATATATTTAATTCTCTACTCTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATATTTTATTTGAGGAAATTCATTTATATATTTAATTCTCTACTCTT  442

seq1  AATCTAAACTGTTGCTATAATTTACATAGAAGGTAGTTCCTTTCTTTTAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAAACTGTTGCTATAATTTACATAGAAGGTAGTTCCTTTCTTTTAG  492

seq1  ATCACAGTGATGTGTTTCTGGTAAAATGTAGTTTAATGGAACTTATTTAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGTGATGTGTTTCTGGTAAAATGTAGTTTAATGGAACTTATTTAG  542

seq1  TATATTGAGATGAAATTATTTTCACGCAGAAACAAAGTGGAAGCATAGAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTGAGATGAAATTATTTTCACGCAGAAACAAAGTGGAAGCATAGAT  592

seq1  TTTAATATACAACTCTTGAAAATACTGCCCATGAATCAAATGAGTTCTGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATACAACTCTTGAAAATACTGCCCATGAATCAAATGAGTTCTGA  642

seq1  GTGTTGCATGAACAAAAGAGTGTATCATGATGGTGTCAAATGTCCCCACT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCATGAACAAAAGAGTGTATCATGATGGTGTCAAATGTCCCCACT  692

seq1  GAATGTGCTTGGGTATTTTTATGATTAGGAGAAATCATTCTAGACTGTTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGCTTGGGTATTTTTATGATTAGGAGAAATCATTCTAGACTGTTA  742

seq1  GATCAAAAAGAAATACAATAAGGCATTTTCACTGTCTTGCAAAAATATCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAAAAGAAATACAATAAGGCATTTTCACTGTCTTGCAAAAATATCA  792

seq1  CCTTCTATAATTAAATTAGCAAACTGAGAATAATGTGAAGGAAAGATGAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTATAATTAAATTAGCAAACTGAGAATAATGTGAAGGAAAGATGAT  842

seq1  TAAATATCCATAAATATTAAAATATATTTACAAGAAAATTATTAAAATAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATCCATAAATATTAAAATATATTTACAAGAAAATTATTAAAATAT  892

seq1  ACCAAACATTGACTAATTTTCCTGAAAGCCAAATTCAAATAAACCAATTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAACATTGACTAATTTTCCTGAAAGCCAAATTCAAATAAACCAATTT  942

seq1  CTTTATATTGAAATACTATACATGTCTGTTAGGTATATAACAGAATGTGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATATTGAAATACTATACATGTCTGTTAGGTATATAACAGAATGTGC  992

seq1  ATTTCTTACTAAAATAAACTATGTAATATTTGATAGGGTTCAAGTGAAAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTACTAAAATAAACTATGTAATATTTGATAGGGTTCAAGTGAAAC  1042

seq1  TATGCTTTATATCATAAATAAATGTTATTTATATGATGAAATGAACAGAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTTATATCATAAATAAATGTTATTTATATGATGAAATGAACAGAT  1092

seq1  AAGCAACAATGACAAAACCTAGAATTC  1123
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACAATGACAAAACCTAGAATTC  1119


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |