BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320K16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 117,419,704 - 117,555,871
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC227506
Downstream geneCntnap5a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320K16.bB6Ng01-320K16.g
ACCGA109979GA109980
length1,1961,139
definitionB6Ng01-320K16.b B6Ng01-320K16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,554,664 - 117,555,871)(117,419,704 - 117,420,843)
sequence
gaattctcaggtacttgtccagcaccttgtctacttgcatgcatcctacc
atggtgacaatggactaaatcagatgagaaaggttggaataaatactaaa
tcagtgctttgagcttctaacaaagagaatgaacagataaaaggtgagtg
gaataaccttaaatttcctaatttgcctggtgtctggaagctggccttct
tccatttgaacagaggagccctctgaagttagaagtctgcagagacctgg
ttgttggaaacaatccttttggcccatagatgccctgccatggctccact
ctgcctgtgaaggaggagaaggccattcctgagagagcacctattagcag
gttggagcaagcccagcaacacagactgccttgttattaatggcaaatga
gctgtggctgatgttttcagagagcctttctctactctggccaatccctg
tatcctgctactttaagaattctgccaaggccattctcaaatctgctctc
ccgagttctctaacgggcaggtagccaaagtactttatgtatggagaact
aattcagggtgaagcaaggtgatgtggtcagttcctggagcgagagcaaa
ggaaaatgtctagagaacctatttttagtttccatggcgcctaaattagt
ctctcagcaaaagggaggctgagagcagtcactaagtaggtccctaaatg
cttcacacctgatcccaaattgcatttgctcctgtgtacttcattataga
aagggcatgctccttgctatggtatagtccagggccctctacatacttag
cacttcttggttactgggtgcaacagtccagtacaacaatgcagaaacaa
tgatcaacaccatatgttgtcggcttgggtttgaataacagtgtagcccc
tttccatatacatgatttattgcctacattctacatgcttcagtgttctc
atctatcaattgatgataataaattttctagtcaagacatttttggtaag
attatttaaattaaaatgtcattatctagcagatgaaattgtttgattac
acatttcccagatacatccccttctcatgctactcccttatttttggctg
tgatttcagaattcaatgggtatgggaatgaacttgaattgattaaattg
gacatgaagtgaagaatgcctcagttgttaaagatctgggcctata
gaattctcatggaagttaaaaccagttcaaaagcaagaaaaatatcagat
gatcagacaaatagagacaaactgatatatgcacaaatgtctgctaataa
gagttaggagagataaaacatgtctttgttgtttggggtttttatttgtt
ttgttttttatgaaagtaatcttacactacctctgctatgaggtatttca
cttattttctgttatcaaaaagtacaggaaacactctctagtcatatatg
agttcatacttgactcttttttttttttacaagacaaataggtaagcatg
gtcatgtccatatgttgagcaaataaatacctaacttttgcagatgtatg
caccttgcttttgatgttaattcttctaaaaccctgcttttgtttaagga
agaagtttgctatatgcactcaggctatgcttgaatataagatccttctg
cctcagctgtttagtgaatagattaaaatgaggaacactacatttttatg
tgcaatttaaatgtttatgacatagtatgacaggtgaagatgcagccttc
caaagcagtggcatttggctaaccaatttaataatgattaggagaaggtc
tgatgatctgaagtggcatttcccacattctgggtgcatggaagactgga
aaataggagagacttcgtttctcttctttatcaccaaatcatttgcatac
aacactctaagacagaaagcaatatttcttgtatatttttcaacacagcg
aagaaaaattcacagctgtaaatgtgacatttacatcacaacccttactt
ccaaggctaaagggatgattgtagatgagggtaggtcaatgatttcaagg
ggcagtggagaatttgcaaaggaaacagtactctctagacagagcagggc
agatgcacatatacattcacagcagctgagacagcatgcacaagaccaaa
acaaagtttcacttctatctgaagagtattgataattgatagctgctgcg
aaagggaacaatagttttctttaccttgtgtcacacttgtggagttaccc
ctctctagtgaagacacatattcacgagtatattgttagcacagaggtac
attaatctctaaaaaggtagagcatagactacgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_117554664_117555871
seq2: B6Ng01-320K16.b_49_1244 (reverse)

seq1  TATATGCCCAGTACTTTAACAACTGAGGCATCTCTCCAACCTCATGGTGC  50
      |||| ||||||  |||||||||||||||||| ||| | || |||||   |
seq2  TATAGGCCCAGATCTTTAACAACTGAGGCAT-TCTTC-ACTTCATG--TC  46

seq1  CAATTTAAATCAAATTCAAGTTCTATTCCCATACCAATTGAATTCTGAAA  100
      |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CAATTT-AATC-AATTCAAGTTC-ATTCCCATACCCATTGAATTCTGAAA  93

seq1  TCACAGCAAAAATTAAGGGAGTAGCATGAGAAGGGGAATGTATCCTTGGG  150
      ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||
seq2  TCACAGCCAAAAATAAGGGAGTAGCATGAGAAGGGG-ATGTATC--TGGG  140

seq1  GAATGTGTAATCAAACAATTTCATCTGCTAGATAATGACATTTTAATTTA  200
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGTAATCAAACAATTTCATCTGCTAGATAATGACATTTTAATTTA  190

seq1  AATTAATTCTTACCAAAAATGTCTTGACTAGAAAATTTATTATCATCAAT  250
      |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAT--AATCTTACCAAAAATGTCTTGACTAGAAAATTTATTATCATCAAT  238

seq1  TGATAGATGAGAACACTGAAGCATGTAGAATGTAGGCAATAAATCATGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGATGAGAACACTGAAGCATGTAGAATGTAGGCAATAAATCATGTA  288

seq1  TATGGAAAGGGGCTACACTGTTATTCAAACCCAAGCCGACAACATATGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAAAGGGGCTACACTGTTATTCAAACCCAAGCCGACAACATATGGT  338

seq1  GTTGATCATTGTTTCTGCATTGTTGTACTGGACTGTTGCACCCAGTAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATCATTGTTTCTGCATTGTTGTACTGGACTGTTGCACCCAGTAACC  388

seq1  AAGAAGTGCTAAGTATGTAGAGGGCCCTGGACTATACCATAGCAAGGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTGCTAAGTATGTAGAGGGCCCTGGACTATACCATAGCAAGGAGC  438

seq1  ATGCCCTTTCTATAATGAAGTACACAGGAGCAAATGCAATTTGGGATCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTTTCTATAATGAAGTACACAGGAGCAAATGCAATTTGGGATCAG  488

seq1  GTGTGAAGCATTTAGGGACCTACTTAGTGACTGCTCTCAGCCTCCCTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAGCATTTAGGGACCTACTTAGTGACTGCTCTCAGCCTCCCTTTT  538

seq1  GCTGAGAGACTAATTTAGGCGCCATGGAAACTAAAAATAGGTTCTCTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAGACTAATTTAGGCGCCATGGAAACTAAAAATAGGTTCTCTAGA  588

seq1  CATTTTCCTTTGCTCTCGCTCCAGGAACTGACCACATCACCTTGCTTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCCTTTGCTCTCGCTCCAGGAACTGACCACATCACCTTGCTTCAC  638

seq1  CCTGAATTAGTTCTCCATACATAAAGTACTTTGGCTACCTGCCCGTTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAATTAGTTCTCCATACATAAAGTACTTTGGCTACCTGCCCGTTAGA  688

seq1  GAACTCGGGAGAGCAGATTTGAGAATGGCCTTGGCAGAATTCTTAAAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCGGGAGAGCAGATTTGAGAATGGCCTTGGCAGAATTCTTAAAGTA  738

seq1  GCAGGATACAGGGATTGGCCAGAGTAGAGAAAGGCTCTCTGAAAACATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATACAGGGATTGGCCAGAGTAGAGAAAGGCTCTCTGAAAACATCA  788

seq1  GCCACAGCTCATTTGCCATTAATAACAAGGCAGTCTGTGTTGCTGGGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGCTCATTTGCCATTAATAACAAGGCAGTCTGTGTTGCTGGGCTT  838

seq1  GCTCCAACCTGCTAATAGGTGCTCTCTCAGGAATGGCCTTCTCCTCCTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAACCTGCTAATAGGTGCTCTCTCAGGAATGGCCTTCTCCTCCTTC  888

seq1  ACAGGCAGAGTGGAGCCATGGCAGGGCATCTATGGGCCAAAAGGATTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAGAGTGGAGCCATGGCAGGGCATCTATGGGCCAAAAGGATTGTT  938

seq1  TCCAACAACCAGGTCTCTGCAGACTTCTAACTTCAGAGGGCTCCTCTGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACAACCAGGTCTCTGCAGACTTCTAACTTCAGAGGGCTCCTCTGTT  988

seq1  CAAATGGAAGAAGGCCAGCTTCCAGACACCAGGCAAATTAGGAAATTTAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGAAGAAGGCCAGCTTCCAGACACCAGGCAAATTAGGAAATTTAA  1038

seq1  GGTTATTCCACTCACCTTTTATCTGTTCATTCTCTTTGTTAGAAGCTCAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATTCCACTCACCTTTTATCTGTTCATTCTCTTTGTTAGAAGCTCAA  1088

seq1  AGCACTGATTTAGTATTTATTCCAACCTTTCTCATCTGATTTAGTCCATT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGATTTAGTATTTATTCCAACCTTTCTCATCTGATTTAGTCCATT  1138

seq1  GTCACCATGGTAGGATGCATGCAAGTAGACAAGGTGCTGGACAAGTACCT  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCATGGTAGGATGCATGCAAGTAGACAAGGTGCTGGACAAGTACCT  1188

seq1  GAGAATTC  1208
      ||||||||
seq2  GAGAATTC  1196

seq1: chr1_117419704_117420843
seq2: B6Ng01-320K16.g_66_1204

seq1  GAATTCTCATGGAAGTTAAAACCAGTTCAAAAGCAAGAAAAATATCAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATGGAAGTTAAAACCAGTTCAAAAGCAAGAAAAATATCAGAT  50

seq1  GATCAGACAAATAGAGACAAACTGATATATGCACAAATGTCTGCTAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGACAAATAGAGACAAACTGATATATGCACAAATGTCTGCTAATAA  100

seq1  GAGTTAGGAGAGATAAAACATGTCTTTGTTGTTTGGGGTTTTTATTTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAGGAGAGATAAAACATGTCTTTGTTGTTTGGGGTTTTTATTTGTT  150

seq1  TTGTTTTTTATGAAAGTAATCTTACACTACCTCTGCTATGAGGTATTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTTATGAAAGTAATCTTACACTACCTCTGCTATGAGGTATTTCA  200

seq1  CTTATTTTCTGTTATCAAAAAGTACAGGAAACACTCTCTAGTCATATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTTCTGTTATCAAAAAGTACAGGAAACACTCTCTAGTCATATATG  250

seq1  AGTTCATACTTGACTCTTTTTTTTTTTTACAAGACAAATAGGTAAGCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATACTTGACTCTTTTTTTTTTTTACAAGACAAATAGGTAAGCATG  300

seq1  GTCATGTCCATATGTTGAGCAAATAAATACCTAACTTTTGCAGATGTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTCCATATGTTGAGCAAATAAATACCTAACTTTTGCAGATGTATG  350

seq1  CACCTTGCTTTTGATGTTAATTCTTCTAAAACCCTGCTTTTGTTTAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGCTTTTGATGTTAATTCTTCTAAAACCCTGCTTTTGTTTAAGGA  400

seq1  AGAAGTTTGCTATATGCACTCAGGCTATGCTTGAATATAAGATCCTTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTTGCTATATGCACTCAGGCTATGCTTGAATATAAGATCCTTCTG  450

seq1  CCTCAGCTGTTTAGTGAATAGATTAAAATGAGGAACACTACATTTTTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTGTTTAGTGAATAGATTAAAATGAGGAACACTACATTTTTATG  500

seq1  TGCAATTTAAATGTTTATGACATAGTATGACAGGTGAAGATGCAGCCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTTAAATGTTTATGACATAGTATGACAGGTGAAGATGCAGCCTTC  550

seq1  CAAAGCAGTGGCATTTGGCTAACCAATTTAATAATGATTAGGAGAAGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAGTGGCATTTGGCTAACCAATTTAATAATGATTAGGAGAAGGTC  600

seq1  TGATGATCTGAAGTGGCATTTCCCACATTCTGGGTGCATGGAAGACTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATCTGAAGTGGCATTTCCCACATTCTGGGTGCATGGAAGACTGGA  650

seq1  AAATAGGAGAGACTTCGTTTCTCTTCTTTATCACCAAATCATTTGCATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGAGAGACTTCGTTTCTCTTCTTTATCACCAAATCATTTGCATAC  700

seq1  AACACTCTAAGACAGAAAGCAATATTTCTTGTATATTTTTCAACACAGCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCTAAGACAGAAAGCAATATTTCTTGTATATTTTTCAACACAGCG  750

seq1  AAG-AAAATTCACAGCTGTAAATGTGACATTTACATCACAACCCTTACTT  799
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAATTCACAGCTGTAAATGTGACATTTACATCACAACCCTTACTT  800

seq1  CCAAGGCT-AAGGGATGATTGTAGATGAGGGTAGGTCAATGATTTCAAGG  848
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGCTAAAGGGATGATTGTAGATGAGGGTAGGTCAATGATTTCAAGG  850

seq1  GGCAGTGGAGAA-TTGC-AAGGAAACAGTACTCTCTAGACAGAGCAGGGC  896
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGGAGAATTTGCAAAGGAAACAGTACTCTCTAGACAGAGCAGGGC  900

seq1  AGATGCACATATACATTCACAGCAGCTGAGACAGCATGCACAAGACCAAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCACATATACATTCACAGCAGCTGAGACAGCATGCACAAGACCAAA  950

seq1  ACAAAGTTTCACTTCTATCTGAAGAGTTATTGATAATTGATAGCTGCTGC  996
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTTTCACTTCTATCTGAAGAG-TATTGATAATTGATAGCTGCTGC  999

seq1  GAAAGGGACCATTAGTTTTCTTTA-CTTGTGTCACCACTTGTGGAGTTAC  1045
      |||||||| || |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAAAGGGAACAATAGTTTTCTTTACCTTGTGTCA-CACTTGTGGAGTTAC  1048

seq1  CCCTCTCTAGTGAAAGACACATATTCACGAGTATATTGGTAGCACAAGAA  1095
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| 
seq2  CCCTCTCTAGTG-AAGACACATATTCACGAGTATATTGTTAGCAC-AGAG  1096

seq1  GTACATAATTCTCTAAAAAGTTAGAGATAAGACTACAGTTGTGTG  1140
      |||||| | ||||||||||| |||||   |||||||   ||||||
seq2  GTACATTAATCTCTAAAAAGGTAGAGCATAGACTAC--GTGTGTG  1139