BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321M05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 52,386,216 - 52,487,858
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383504, Obfc2a, Myo1b, EG667010, LOC667014, Stat4, LOC100042634, Stat1, Gls, LOC546735
Downstream geneNab1, LOC546736, Gm553, LOC100042094, EG433305, 5330401P04Rik, 2210010L05Rik, Inpp1, Hibch, 1700019D03Rik, Gdf8, 1700019A02Rik, Pms1, LOC671024, Ormdl1, Osgepl1, Asnsd1, EG627858, EG627866, LOC100042162
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321M05.bB6Ng01-321M05.g
ACCGA110785GA110786
length919758
definitionB6Ng01-321M05.b B6Ng01-321M05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,486,942 - 52,487,858)(52,386,216 - 52,386,973)
sequence
gaattctacataacacaaatagaacatgtatataattgaataatctaaac
ctttttaaaaattctattaatttaattatgttagcatttcaaatatgatc
tttttcattataatacaacagccacactgaatgttcttaaaacaggaagt
agagaaaccaaccatgattttttcagtttcaaagcgaccacctgcaagct
cacgtgatttttactctcctcatcatgagtctctctctctctctctccct
ctctctcacacacacacacacacacatgattttattttatgtgtatttca
tttgcccatatgcatgtatgtatgtgtaccaggtgcacacatgatgtcct
caaaggccagaagaagtcagatccctataactggacttacagatggctat
gagctattgtgtgggtgttgggaagtgaactccaatgcgctacaaaagca
tcgagtgttcttaatcactaagccatgtatgtatgtggctagaatggaaa
aagaattaaaaagactgataaaggtttgttatacccctttagttgatagg
gtttttttttaaacccccctgaagttgaagcagcagaggctgggaccaca
gtggtgggtggtgaaggaagggagtttgcagagcagacactcatcacagt
ggctgtgggaagtgaccaaaaagctgaacttcactttcaggcagtgtctc
cagtcagcaaaccttctgcaaaagacagataagagatgagtcgcagtgag
agaatttggggaattctccaacagcatcttatactggttgtccactgatc
tccatcttggactaaataaaaaagctttaagcttagagggaaaacttcct
ctgatgttcctctaccaagtctgaaactgaattggagagaaagttggaca
ggaggaaggtaggttgggg
gaattctgaatgcttgggagaacactccaagtaaagaaaagtcttgtggc
ctcagttttttcaaaaacaagaaattgctcttggaatatggtgtccaggt
gttgtggacaaaagtgagtttgctttagattactcattattgcccactga
tgttattaaattaaatgtatttatgttcctctatgaaaaaatttgctttt
tccatgtgtggctggcttttccttgtaattatagacagctcaaactcagg
agaactctactaattcgacttttcttaaccttcagagtatatgtcttccg
agactctgaataagttgactaatgtgtgaggctttagtctgcctcattta
cccattttgttctcccaagtcccactgaatctaaagtggtgacagtcttc
cagttttcatcgtctaatttctgaggcataggttagcaacataagttggt
ctttgtttaaaagcagattccctcattctgagtaaagtagaattgagcag
catacatatcctgagcttggttggagtggttgggatagggcacaacaatc
cccagtagacccgttggaattaggacctgttgacttgttttgtggggtag
aggtggccttgccaccaaacgaatacaacagcaggttcaaacagcagggg
aaaaaagtacaaaagaaactgaaaaccctatgtctctgttatggaagaaa
accatccctaatgttatcaatactcaaataacagcagcactggggtgggg
gtgggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_52486942_52487858
seq2: B6Ng01-321M05.b_48_966 (reverse)

seq1  CCCCCACCT-CCTTCCTCCTGTCC-ACTTTCTCTCC-ATTCAGTTTCAGA  47
      |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCCCAACCTACCTTCCTCCTGTCCAACTTTCTCTCCAATTCAGTTTCAGA  50

seq1  CTTGGTAGAGGAAACATCAGAGGAAGTTTTCCCTCTAAGCTTAAAGCTTT  97
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTAGAGG-AACATCAGAGGAAGTTTTCCCTCTAAGCTTAAAGCTTT  99

seq1  TTTATTTAGTCCAAGATGGAGATCAGTGGACAACCAGTATAAGATGCTGT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTAGTCCAAGATGGAGATCAGTGGACAACCAGTATAAGATGCTGT  149

seq1  TGGAGAATTCCCCAAATTCTCTCACTGCGACTCATCTCTTATCTGTCTTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAATTCCCCAAATTCTCTCACTGCGACTCATCTCTTATCTGTCTTT  199

seq1  TGCAGAAGGTTTGCTGACTGGAGACACTGCCTGAAAGTGAAGTTCAGCTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAAGGTTTGCTGACTGGAGACACTGCCTGAAAGTGAAGTTCAGCTT  249

seq1  TTTGGTCACTTCCCACAGCCACTGTGATGAGTGTCTGCTCTGCAAACTCC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCACTTCCCACAGCCACTGTGATGAGTGTCTGCTCTGCAAACTCC  299

seq1  CTTCCTTCACCACCCACCACTGTGGTCCCAGCCTCTGCTGCTTCAACTTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTCACCACCCACCACTGTGGTCCCAGCCTCTGCTGCTTCAACTTC  349

seq1  AGGGGGGTTTAAAAAAAAACCCTATCAACTAAAGGGGTATAACAAACCTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGGTTTAAAAAAAAACCCTATCAACTAAAGGGGTATAACAAACCTT  399

seq1  TATCAGTCTTTTTAATTCTTTTTCCATTCTAGCCACATACATACATGGCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGTCTTTTTAATTCTTTTTCCATTCTAGCCACATACATACATGGCT  449

seq1  TAGTGATTAAGAACACTCGATGCTTTTGTAGCGCATTGGAGTTCACTTCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATTAAGAACACTCGATGCTTTTGTAGCGCATTGGAGTTCACTTCC  499

seq1  CAACACCCACACAATAGCTCATAGCCATCTGTAAGTCCAGTTATAGGGAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCCACACAATAGCTCATAGCCATCTGTAAGTCCAGTTATAGGGAT  549

seq1  CTGACTTCTTCTGGCCTTTGAGGACATCATGTGTGCACCTGGTACACATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTCTTCTGGCCTTTGAGGACATCATGTGTGCACCTGGTACACATA  599

seq1  CATACATGCATATGGGCAAATGAAATACACATAAAATAAAATCATGTGTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATGCATATGGGCAAATGAAATACACATAAAATAAAATCATGTGTG  649

seq1  TGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGACTCATGATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGACTCATGATG  699

seq1  AGGAGAGTAAAAATCACGTGAGCTTGCAGGTGGTCGCTTTGAAACTGAAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGTAAAAATCACGTGAGCTTGCAGGTGGTCGCTTTGAAACTGAAA  749

seq1  AAATCATGGTTGGTTTCTCTACTTCCTGTTTTAAGAACATTCAGTGTGGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATGGTTGGTTTCTCTACTTCCTGTTTTAAGAACATTCAGTGTGGC  799

seq1  TGTTGTATTATAATGAAAAAGATCATATTTGAAATGCTAACATAATTAAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTATTATAATGAAAAAGATCATATTTGAAATGCTAACATAATTAAA  849

seq1  TTAATAGAATTTTTAAAAAGGTTTAGATTATTCAATTATATACATGTTCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGAATTTTTAAAAAGGTTTAGATTATTCAATTATATACATGTTCT  899

seq1  ATTTGTGTTATGTAGAATTC  917
      ||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGTTATGTAGAATTC  919

seq1: chr1_52386216_52386973
seq2: B6Ng01-321M05.g_67_824

seq1  GAATTCTGAATGCTTGGGAGAACACTCCAAGTAAAGAAAAGTCTTGTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAATGCTTGGGAGAACACTCCAAGTAAAGAAAAGTCTTGTGGC  50

seq1  CTCAGTTTTTTCAAAAACAAGAAATTGCTCTTGGAATATGGTGTCCAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTTTTTCAAAAACAAGAAATTGCTCTTGGAATATGGTGTCCAGGT  100

seq1  GTTGTGGACAAAAGTGAGTTTGCTTTAGATTACTCATTATTGCCCACTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGGACAAAAGTGAGTTTGCTTTAGATTACTCATTATTGCCCACTGA  150

seq1  TGTTATTAAATTAAATGTATTTATGTTCCTCTATGAAAAAATTTGCTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTAAATTAAATGTATTTATGTTCCTCTATGAAAAAATTTGCTTTT  200

seq1  TCCATGTGTGGCTGGCTTTTCCTTGTAATTATAGACAGCTCAAACTCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTGTGGCTGGCTTTTCCTTGTAATTATAGACAGCTCAAACTCAGG  250

seq1  AGAACTCTACTAATTCGACTTTTCTTAACCTTCAGAGTATATGTCTTCCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCTACTAATTCGACTTTTCTTAACCTTCAGAGTATATGTCTTCCG  300

seq1  AGACTCTGAATAAGTTGACTAATGTGTGAGGCTTTAGTCTGCCTCATTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTGAATAAGTTGACTAATGTGTGAGGCTTTAGTCTGCCTCATTTA  350

seq1  CCCATTTTGTTCTCCCAAGTCCCACTGAATCTAAAGTGGTGACAGTCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTTGTTCTCCCAAGTCCCACTGAATCTAAAGTGGTGACAGTCTTC  400

seq1  CAGTTTTCATCGTCTAATTTCTGAGGCATAGGTTAGCAACATAAGTTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTCATCGTCTAATTTCTGAGGCATAGGTTAGCAACATAAGTTGGT  450

seq1  CTTTGTTTAAAAGCAGATTCCCTCATTCTGAGTAAAGTAGAATTGAGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTAAAAGCAGATTCCCTCATTCTGAGTAAAGTAGAATTGAGCAG  500

seq1  CATACATATCCTGAGCTTGGTTGGAGTGGTTGGGATAGGGCACAACAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATATCCTGAGCTTGGTTGGAGTGGTTGGGATAGGGCACAACAATC  550

seq1  CCCAGTAGACCCGTTGGAATTAGGACCTGTTGACTTGTTTTGTGGGGTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTAGACCCGTTGGAATTAGGACCTGTTGACTTGTTTTGTGGGGTAG  600

seq1  AGGTGGCCTTGCCACCAAACGAATACAACAGCAGGTTCAAACAGCAGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCCTTGCCACCAAACGAATACAACAGCAGGTTCAAACAGCAGGGG  650

seq1  AAAAAAGTACAAAAGAAACTGAAAACCCTATGTCTCTGTTATGGAAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGTACAAAAGAAACTGAAAACCCTATGTCTCTGTTATGGAAGAAA  700

seq1  ACCATCCCTAATGTTATCAATACTCAAATAACAGCAGCACTGGGGTGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCCCTAATGTTATCAATACTCAAATAACAGCAGCACTGGGGTGGGG  750

seq1  GTGGGGGG  758
      ||||||||
seq2  GTGGGGGG  758