BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-323I23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 100,066,161 - 100,221,520
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666153, LOC100040887
Upstream geneEG634331, EG634346, D1Ertd622e, Hisppd1, Zh2c2, Pam, LOC100041823
Downstream geneSlco6d1, LOC100041868, EG666182
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-323I23.bB6Ng01-323I23.g
ACCGA112105GA112106
length1,1671,088
definitionB6Ng01-323I23.b B6Ng01-323I23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,220,366 - 100,221,520)(100,066,161 - 100,067,255)
sequence
gaattcaatgaagcctcaatattttatcaccccttgcattcagtttccaa
ttactgagccagtacttgagcacaggctatatggatttattgctgctgaa
attagatgaaagtgtgttccaagagttaattcagttcaactcaacaaaat
aggtcacaggatctattaaaagaaatctagtcgtgttgagtaacatgaat
cactgccctccagaaattccagtcgtattgagaaagatgtacatacacag
attaccctagcaattgtcaaattctagtgtgtgcaatgaaggaaacccca
aacacatgaagaagttaagagagaaattgattcagagtctgcatagtgtc
tcaaatgttgaagtttaaatatgaagttcaaacatatgaaggaaatgaag
tactgagtgaatgtgtattgttgtcatgggatgatcatggccatgtcaag
aactccaagggtatgtatggtaaagccttcccttaatctttgtgtaaatg
tgggcagggtgtcctgaaagtattgatcacaatttcttcctcctggctaa
ccctcttccttattcagctgcatataataaagcctcttccttaattcaaa
ggtgtaaaatggactgagtttctgggttcctgctgctgtgtctccatcta
agtgcatggctcacctgataacagcttttctgtccatgtgtctgtgtcta
tcctttattcattccctcattgtcctattcacggtaatccttaaaacctt
gcctgtcatagaatacaaatcttagggtttttttactgcaatgttaatat
aactcattagggaatataataacacaaaatgctttaaattgaaaataaaa
taactgattttaacttatagactattcttatctttcctatatgtcaatat
gattacagcttaaacataatttacccagtaatatgtattcctgagtaatt
ctttcttttcccttatacatatacattgaacatttttctctgatactaga
attcttaatacggtaggtctagctcattaaacctaacacctccttttatt
ttcttatttctggtatattattctagagctttgaattctagaactatata
attctaggagaaatgtttgaaatctataaaggacattgtcctttcagtcc
ataatatatacttggta

gaattccaagtctatgtagaaataggggagacagctgcctgttctttctc
tcactgacagactgctgtagcttctggaactttcccttttataaaatttg
gaacattacttttgtgaaattgtcaatgctttatctaaatgtttttcaca
agcaaaaagaaaattgtagggagtgctttttatgtcggtttactttattg
gatggctacactgtcttgcaattcctgactatctgtcttttggtgcataa
gtcacaaagattattaaaaacaaagtaaagctatcgattataatttctgg
cctacacaataccatttgccaagtccttctttctatcgggttggcctatg
gctaccatagtttgacagctatgagcccagtgttggcttatatttggaat
tggtggcttcaaggaggtcctcactggtacacactatgcaagttgcgtga
cttcagcttacaaggtaagacagcatcaaaaccaagctaccactgatctc
taacaggatgtgtactcagtttattcaacagaacaaatgtctgtgctgag
atctgccttaaagcttggagtgtggggcaaatgcaaagcagaaagtcagt
ggtctcttcagaaagatagtatgcctaatctatggcagatttaggctgag
tctggacattgaatgtgagagaagaggaaagaagggatccaaatgagaaa
atgggctcagatccaacagggagcacactgaggttttgcccataatttta
aggcaattaataatcaaacaattcctgaagtttgatgttatactcctttt
tgttggcatcaaaatgttacatgtggtcaaacaaccttgtttaaagattt
tttttttttaattttgatgtataatgagagttaacgggttggggatgata
tgtatagctattttgcaccataaatcctccactagtggaaaatgtggaaa
ccaggagaaagagtgtatgaccaggggcaacagcctgagtagtctgaagt
tttatatttgttctttcccatgtgaatatgctaaaatgtcctgtaatggg
ccttgtgcttaaatgtagattggtctttgtgagatgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_100220366_100221520
seq2: B6Ng01-323I23.b_47_1213 (reverse)

seq1  TACCAAG--TATATTATGGACTTGGAAAGACAATG--CTTTATAGATTT-  45
      |||||||  |||||||||||| || || |||||||  |||||||||||| 
seq2  TACCAAGTATATATTATGGAC-TGAAAGGACAATGTCCTTTATAGATTTC  49

seq1  AAACATT--TCCTCTAAGAATATAG-TCTAGAAT--CAAGCTCTAAGGAA  90
      |||||||  ||||  ||  |||||| ||||||||   ||||||||  |||
seq2  AAACATTTCTCCTAGAATTATATAGTTCTAGAATTCAAAGCTCTA--GAA  97

seq1  TAATATACCAG-AATA--GAAATAAAAGGAGGTG-TAGGGTTTATGAGCT  136
      ||||||||||| ||||   ||||||||||||||| |||| || |||||||
seq2  TAATATACCAGAAATAAGAAAATAAAAGGAGGTGTTAGGTTTAATGAGCT  147

seq1  AGACCTACCGTA-TAAGAATTCTAGTATCAGAGAAAAATGTTCAATGTAT  185
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTACCGTATTAAGAATTCTAGTATCAGAGAAAAATGTTCAATGTAT  197

seq1  ATTGTATAAGGGAAAAGAAAGAATTACTCAGGAATACATATTACTGGGTA  235
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TGTATAAGGGAAAAGAAAGAATTACTCAGGAATACATATTACTGGGTA  246

seq1  AATTATGTTTAAGCTGTAATCATATTGACATATAGG-AAGATAAGAATAG  284
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATTATGTTTAAGCTGTAATCATATTGACATATAGGAAAGATAAGAATAG  296

seq1  TCTATAAGTTAAAATCAGTTATTTTATTTTCAATTTAAAGCATTTTGTGT  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAGTTAAAATCAGTTATTTTATTTTCAATTTAAAGCATTTTGTGT  346

seq1  TATTATATTCCCTAATGAGTTATATTAACATTGCAGTAAAAAAACCCTAA  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATATTCCCTAATGAGTTATATTAACATTGCAGTAAAAAAACCCTAA  396

seq1  GATTTGTATTCTATGACAGGCAAGGTTTTAAGGATTACCGTGAATAGGAC  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTATTCTATGACAGGCAAGGTTTTAAGGATTACCGTGAATAGGAC  446

seq1  AATGAGGGAATGAATAAAGGATAGACACAGACACATGGACAGAAAAGCTG  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGGAATGAATAAAGGATAGACACAGACACATGGACAGAAAAGCTG  496

seq1  TTATCAGGTGAGCCATGCACTTAGATGGAGACACAGCAGCAGGAACCCAG  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGGTGAGCCATGCACTTAGATGGAGACACAGCAGCAGGAACCCAG  546

seq1  AAACTCAGTCCATTTTACACCTTTGAATTAAGGAAGAGGCTTTATTATAT  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCAGTCCATTTTACACCTTTGAATTAAGGAAGAGGCTTTATTATAT  596

seq1  GCAGCTGAATAAGGAAGAGGGTTAGCCAGGAGGAAGAAATTGTGATCAAT  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGAATAAGGAAGAGGGTTAGCCAGGAGGAAGAAATTGTGATCAAT  646

seq1  ACTTTCAGGACACCCTGCCCACATTTACACAAAGATTAAGGGAAGGCTTT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCAGGACACCCTGCCCACATTTACACAAAGATTAAGGGAAGGCTTT  696

seq1  ACCATACATACCCTTGGAGTTCTTGACATGGCCATGATCATCCCATGACA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACATACCCTTGGAGTTCTTGACATGGCCATGATCATCCCATGACA  746

seq1  ACAATACACATTCACTCAGTACTTCATTTCCTTCATATGTTTGAACTTCA  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATACACATTCACTCAGTACTTCATTTCCTTCATATGTTTGAACTTCA  796

seq1  TATTTAAACTTCAACATTTGAGACACTATGCAGACTCTGAATCAATTTCT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAACTTCAACATTTGAGACACTATGCAGACTCTGAATCAATTTCT  846

seq1  CTCTTAACTTCTTCATGTGTTTGGGGTTTCCTTCATTGCACACACTAGAA  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAACTTCTTCATGTGTTTGGGGTTTCCTTCATTGCACACACTAGAA  896

seq1  TTTGACAATTGCTAGGGTAATCTGTGTATGTACATCTTTCTCAATACGAC  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAATTGCTAGGGTAATCTGTGTATGTACATCTTTCTCAATACGAC  946

seq1  TGGAATTTCTGGAGGGCAGTGATTCATGTTACTCAACACGACTAGATTTC  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTTCTGGAGGGCAGTGATTCATGTTACTCAACACGACTAGATTTC  996

seq1  TTTTAATAGATCCTGTGACCTATTTTGTTGAGTTGAACTGAATTAACTCT  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATAGATCCTGTGACCTATTTTGTTGAGTTGAACTGAATTAACTCT  1046

seq1  TGGAACACACTTTCATCTAATTTCAGCAGCAATAAATCCATATAGCCTGT  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACACACTTTCATCTAATTTCAGCAGCAATAAATCCATATAGCCTGT  1096

seq1  GCTCAAGTACTGGCTCAGTAATTGGAAACTGAATGCAAGGGGTGATAAAA  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAGTACTGGCTCAGTAATTGGAAACTGAATGCAAGGGGTGATAAAA  1146

seq1  TATTGAGGCTTCATTGAATTC  1155
      |||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGGCTTCATTGAATTC  1167


seq1: chr1_100066161_100067255
seq2: B6Ng01-323I23.g_63_1150

seq1  GAATTCCAAGTCTATGTAGAAATAGGGGAGACAGCTGCCTGTTCTTTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGTCTATGTAGAAATAGGGGAGACAGCTGCCTGTTCTTTCTC  50

seq1  TCACTGACAGACTGCTGTAGCTTCTGGAACTTTCCCTTTTATAAAATTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGACAGACTGCTGTAGCTTCTGGAACTTTCCCTTTTATAAAATTTG  100

seq1  GAACATTACTTTTGTGAAATTGTCAATGCTTTATCTAAATGTTTTTCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTACTTTTGTGAAATTGTCAATGCTTTATCTAAATGTTTTTCACA  150

seq1  AGCAAAAAGAAAATTGTAGGGAGTGCTTTTTATGTCGGTTTACTTTATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAAAGAAAATTGTAGGGAGTGCTTTTTATGTCGGTTTACTTTATTG  200

seq1  GATGGCTACACTGTCTTGCAATTCCTGACTATCTGTCTTTTGGTGCATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCTACACTGTCTTGCAATTCCTGACTATCTGTCTTTTGGTGCATAA  250

seq1  GTCACAAAGATTATTAAAAACAAAGTAAAGCTATCGATTATAATTTCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAAAGATTATTAAAAACAAAGTAAAGCTATCGATTATAATTTCTGG  300

seq1  CCTACACAATACCATTTGCCAAGTCCTTCTTTCTATCGGGTTGGCCTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACACAATACCATTTGCCAAGTCCTTCTTTCTATCGGGTTGGCCTATG  350

seq1  GCTACCATAGTTTGACAGCTATGAGCCCAGTGTTGGCTTATATTTGGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCATAGTTTGACAGCTATGAGCCCAGTGTTGGCTTATATTTGGAAT  400

seq1  TGGTGGCTTCAAGGAGGTCCTCACTGGTACACACTATGCAAGTTGCGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCTTCAAGGAGGTCCTCACTGGTACACACTATGCAAGTTGCGTGA  450

seq1  CTTCAGCTTACAAGGTAAGACAGCATCAAAACCAAGCTACCACTGATCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCTTACAAGGTAAGACAGCATCAAAACCAAGCTACCACTGATCTC  500

seq1  TAACAGGATGTGTACTCAGTTTATTCAACAGAACAAATGTCTGTGCTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGGATGTGTACTCAGTTTATTCAACAGAACAAATGTCTGTGCTGAG  550

seq1  ATCTGCCTTAAAGCTTGGAGTGTGGGGCAAATGCAAAGCAGAAAGTCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCCTTAAAGCTTGGAGTGTGGGGCAAATGCAAAGCAGAAAGTCAGT  600

seq1  GGTCTCTTCAGAAAGATAGTATGCCTAATCTATGGCAGATTTAGGCTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTTCAGAAAGATAGTATGCCTAATCTATGGCAGATTTAGGCTGAG  650

seq1  TCTGGACATTGAATGTGAGAGAAGAGGAAAGAAGGGATCCAAATGAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGACATTGAATGTGAGAGAAGAGGAAAGAAGGGATCCAAATGAGAAA  700

seq1  ATGGGCTCAGATCCAACAGGGAGCACACTGAGGTTTTGCCCATAATTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCTCAGATCCAACAGGGAGCACACTGAGGTTTTGCCCATAATTTTA  750

seq1  AGGCAATTAATAATCAAACAATTCCTGAAGTTTGATGTTATACTCCTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATTAATAATCAAACAATTCCTGAAGTTTGATGTTATACTCCTTTT  800

seq1  TGTTGGCATCAAAATGTTACATGTGGTCAAACAACCTTGTTTAAAGA-TT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGTTGGCATCAAAATGTTACATGTGGTCAAACAACCTTGTTTAAAGATTT  850

seq1  TTTTTTTTTAATTTTGATGTATAATGAGAGTTAACGG--TTGGGATGATA  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||
seq2  TTTTTTTTTAATTTTGATGTATAATGAGAGTTAACGGGTTGGGGATGATA  900

seq1  TGTATAGCTATTTTGCACCATAAATCCTCCACTAGTGGAAAATGTGGAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGCTATTTTGCACCATAAATCCTCCACTAGTGGAAAATGTGGAAA  950

seq1  CCAGGAGAAAAGAGTGTATGACCAGGGGCAACAGCCTGAGTAGGTCTTGA  997
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
seq2  CCAGGAG-AAAGAGTGTATGACCAGGGGCAACAGCCTGAGTA-GTC-TGA  997

seq1  AGTTTTATATTTGTTCTTTCCCCATGTTGAAATATGCTAAAAATGTCCTG  1047
      ||||||||||||||||||| |||||||   |||||||| |||||||||||
seq2  AGTTTTATATTTGTTCTTT-CCCATGT--GAATATGCT-AAAATGTCCTG  1043

seq1  TAATGGGGCCCTTGTGCTAAAATGTAGATTTGGTCTTTGTGAGTTGTG  1095
      |||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  TAATGGG--CCTTGTGCTTAAATGTAGA-TTGGTCTTTGTGAGATGTG  1088


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |