BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325I15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 44,572,499 - 44,704,129
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGulp1
Upstream geneNck2, 1500015O10Rik, Uxs1, LOC666676, LOC100042303, EG666690, Tpp2, A530098C11Rik, EG666713, 1700029F09Rik, Kdelc1, Bivm, Ercc5, 4832428D23Rik, LOC435619, Txn-ps1
Downstream geneLOC100041738, LOC100041752, LOC383640, Col3a1, Col5a2, EG666799, LOC631429, LOC666814
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325I15.bB6Ng01-325I15.g
ACCGA113572GA113573
length1,1431,046
definitionB6Ng01-325I15.b B6Ng01-325I15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,702,971 - 44,704,129)(44,572,499 - 44,573,553)
sequence
gaattcattgctctagcagaaggctgaactgtaacctttatacagtcact
catttgccagggttataggattgtgatatcatagctagaagcatagctca
aagttgcacacatttatagttttcaaaatatcttccactattatcagctt
ctaatttcatgtgactgtagtcggaaaagatatccgatgtggtttcagac
ttcttaaattcactgatatatgctctgtggcataacacacaatccctcct
gaagaagaccccacatgtgtttaagcagagggccaaggtctatatcgata
gaatctaagggctcatgtggtctggagtgcagtctagatccaacacatcc
ctctaaagttttctgtccaaatcaaagtagtatatgaaagtagcacatag
tttaatatgaatgtgctgcacagaatgtgtctcttctgatgtatatgagt
actttgtatatatgagtacatcaatctgagtgcatatttataactgttta
atcaccaaggtgaatggtacctttatcattatgaatggattttctttatc
tcactttagagttaacatctatttttatcaaataaataggagcgctatta
ctactgctctcttctagcttccattgtatagaatgattttgcccatcttt
cagtgcccttgaaaattaagtgttttgtaaagagcacagagttggatatt
ttaagaaaataactcagttgggctggagagacagctcagattttaagagc
atccactgctcttgcagaggacctatagttcaatttccaacacccacatg
gtggctaacacctgtctataactgtcatactcataatagctaatgaggca
gagatgctgttgtgttatattctgtgttgtgaagcatgtgcttccttctc
tctgtcttcctttgtaagcagatttttggatgaatccttgcctctttgta
tttaatgtgtatatactatagggttttttttctgtgtacttacctgtggc
tcacataatactactaaggctttgacatgataatagcttaattttgatta
cataccacacttctggtttacttctttgtcaacaattttatttccatgtt
aaaatgattaagtgctcttaacctctatgctaagcaatagcta
gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaaacacctgaaaaaaat
gttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaacactgaga
ttccacttcactccagtcagaatggctaagatcaaaaactcaggtaacag
cagatgctggcgaggatgtggagaaaggggaacactcctccattgttggt
gggactgcaagcttgtacaaccactctggaaatcagtccggcggttcctc
agaaaattggacatagtactactggaggatcccgcaatacctctcctggg
catatatccagaagatgtcccaactggtaagaaggacacatgctccacta
tgttcatagcatccttgtttataatagccagaagctcgattcttttagtc
ttaataaatagaaaattcacataatcatcattttatatgatgaaagaatg
tatcatataatcgaatctacctactatttctagatgacagcatttatcta
acacacaaatgcgatatcattgcacatgaaattgctggggatttgggtga
tgtgtcaaggaacttaaagggattggcttgcaaggttcatataatgcttt
gaaactatgttgtcttgagagataatgatatccctgatatgccaggaagc
acagtcactggtggagtacaagtgacactgcggaggtacttccatgaaga
acctctatgacctcctgttctctattgtcctcttgacttcatgctgtttg
catgtcagatgcagatccaaacttctaggagattatggaccattcattag
gaattattcttttcaaagctaacactcaatcatatcaatttaccttttcg
aatgcttaagataccatttcctttttcattactcaaaagaaatctgagta
ataatgaatacaattaagatgattttttcttacaaaatccaacttcctta
tttcttaaatattttattaactttttattgatttgtgagtttatatatgg
accccagtccactcatctcctgtccctgtatctcctctgctttgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_44702971_44704129
seq2: B6Ng01-325I15.b_43_1185 (reverse)

seq1  TAGCTATGTGCTTAGCATAGAGGTTAAAAGAGAAAACAACATAAAAATCA  50
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||        || |   |||||
seq2  TAGCTAT-TGCTTAGCATAGAGGTTAAGAG-------CACTT---AATCA  39

seq1  TTTTTACATGGAAAATAAAATGTTTGAC-AAGAAGTAAAACCAG-AGTGT  98
      |||| |||||| |||||||||  ||||| ||||||| ||||||| |||| 
seq2  TTTTAACATGG-AAATAAAATTGTTGACAAAGAAGT-AAACCAGAAGTG-  86

seq1  TGGTATGTAATCAAAATTAAGCTATTATTCATTGTTCAAAGCCTTAGTAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||
seq2  TGGTATGTAATCAAAATTAAGCTATTA-TCAT--GTCAAAGCCTTAGTAG  133

seq1  TTATTATGTGAGCCACAGGTAAGTACACAGAAAAAAAACCCTATAGTATA  198
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TATTATGTGAGCCACAGGTAAGTACACAGAAAAAAAACCCTATAGTATA  182

seq1  TACACATTAAATACAAAGAGGCAAGGATTCATCCAAAAATCTGCTTACAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATTAAATACAAAGAGGCAAGGATTCATCCAAAAATCTGCTTACAA  232

seq1  AGGAAGACAGAGAGAAGGAAGCACATGCTTCACAACACAGAATATAACAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGACAGAGAGAAGGAAGCACATGCTTCACAACACAGAATATAACAC  282

seq1  AACAGCATCTCTGCCTCATTAGCTATTATGAGTATGACAGTTATAGACAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCATCTCTGCCTCATTAGCTATTATGAGTATGACAGTTATAGACAG  332

seq1  GTGTTAGCCACCATGTGGGTGTTGGAAATTGAACTATAGGTCCTCTGCAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAGCCACCATGTGGGTGTTGGAAATTGAACTATAGGTCCTCTGCAA  382

seq1  GAGCAGTGGATGCTCTTAAAATCTGAGCTGTCTCTCCAGCCCAACTGAGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTGGATGCTCTTAAAATCTGAGCTGTCTCTCCAGCCCAACTGAGT  432

seq1  TATTTTCTTAAAATATCCAACTCTGTGCTCTTTACAAAACACTTAATTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTTAAAATATCCAACTCTGTGCTCTTTACAAAACACTTAATTTT  482

seq1  CAAGGGCACTGAAAGATGGGCAAAATCATTCTATACAATGGAAGCTAGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGCACTGAAAGATGGGCAAAATCATTCTATACAATGGAAGCTAGAA  532

seq1  GAGAGCAGTAGTAATAGCGCTCCTATTTATTTGATAAAAATAGATGTTAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCAGTAGTAATAGCGCTCCTATTTATTTGATAAAAATAGATGTTAA  582

seq1  CTCTAAAGTGAGATAAAGAAAATCCATTCATAATGATAAAGGTACCATTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAAGTGAGATAAAGAAAATCCATTCATAATGATAAAGGTACCATTC  632

seq1  ACCTTGGTGATTAAACAGTTATAAATATGCACTCAGATTGATGTACTCAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGGTGATTAAACAGTTATAAATATGCACTCAGATTGATGTACTCAT  682

seq1  ATATACAAAGTACTCATATACATCAGAAGAGACACATTCTGTGCAGCACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAAAGTACTCATATACATCAGAAGAGACACATTCTGTGCAGCACA  732

seq1  TTCATATTAAACTATGTGCTACTTTCATATACTACTTTGATTTGGACAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATTAAACTATGTGCTACTTTCATATACTACTTTGATTTGGACAGA  782

seq1  AAACTTTAGAGGGATGTGTTGGATCTAGACTGCACTCCAGACCACATGAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTAGAGGGATGTGTTGGATCTAGACTGCACTCCAGACCACATGAG  832

seq1  CCCTTAGATTCTATCGATATAGACCTTGGCCCTCTGCTTAAACACATGTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAGATTCTATCGATATAGACCTTGGCCCTCTGCTTAAACACATGTG  882

seq1  GGGTCTTCTTCAGGAGGGATTGTGTGTTATGCCACAGAGCATATATCAGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTTCTTCAGGAGGGATTGTGTGTTATGCCACAGAGCATATATCAGT  932

seq1  GAATTTAAGAAGTCTGAAACCACATCGGATATCTTTTCCGACTACAGTCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTAAGAAGTCTGAAACCACATCGGATATCTTTTCCGACTACAGTCA  982

seq1  CATGAAATTAGAAGCTGATAATAGTGGAAGATATTTTGAAAACTATAAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAATTAGAAGCTGATAATAGTGGAAGATATTTTGAAAACTATAAAT  1032

seq1  GTGTGCAACTTTGAGCTATGCTTCTAGCTATGATATCACAATCCTATAAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCAACTTTGAGCTATGCTTCTAGCTATGATATCACAATCCTATAAC  1082

seq1  CCTGGCAAATGAGTGACTGTATAAAGGTTACAGTTCAGCCTTCTGCTAGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCAAATGAGTGACTGTATAAAGGTTACAGTTCAGCCTTCTGCTAGA  1132

seq1  GCAATGAATTC  1159
      |||||||||||
seq2  GCAATGAATTC  1143

seq1: chr1_44572499_44573553
seq2: B6Ng01-325I15.g_65_1110

seq1  GAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAACACCTGAAAAAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAACACCTGAAAAAAAT  50

seq1  GTTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACACTGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACACTGAGA  100

seq1  TTCCACTTCACTCCAGTCAGAATGGCTAAGATCAAAAACTCAGGTAACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTTCACTCCAGTCAGAATGGCTAAGATCAAAAACTCAGGTAACAG  150

seq1  CAGATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGGGGAACACTCCTCCATTGTTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGGGGAACACTCCTCCATTGTTGGT  200

seq1  GGGACTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCCGGCGGTTCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCCGGCGGTTCCTC  250

seq1  AGAAAATTGGACATAGTACTACTGGAGGATCCCGCAATACCTCTCCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATTGGACATAGTACTACTGGAGGATCCCGCAATACCTCTCCTGGG  300

seq1  CATATATCCAGAAGATGTCCCAACTGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATCCAGAAGATGTCCCAACTGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTA  350

seq1  TGTTCATAGCATCCTTGTTTATAATAGCCAGAAGCTCGATTCTTTTAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATAGCATCCTTGTTTATAATAGCCAGAAGCTCGATTCTTTTAGTC  400

seq1  TTAATAAATAGAAAATTCACATAATCATCATTTTATATGATGAAAGAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAATAGAAAATTCACATAATCATCATTTTATATGATGAAAGAATG  450

seq1  TATCATATAATCGAATCTACCTACTATTTCTAGATGACAGCATTTATCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATATAATCGAATCTACCTACTATTTCTAGATGACAGCATTTATCTA  500

seq1  ACACACAAATGCGATATCATTGCACATGAAATTGCTGGGGATTTGGGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAATGCGATATCATTGCACATGAAATTGCTGGGGATTTGGGTGA  550

seq1  TGTGTCAAGGAACTTAAAGGGATTGGCTTGCAAGGTTCATATAATGCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCAAGGAACTTAAAGGGATTGGCTTGCAAGGTTCATATAATGCTTT  600

seq1  GAAACTATGTTGTCTTGAGAGATAATGATATCCCTGATATGCCAGGAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTATGTTGTCTTGAGAGATAATGATATCCCTGATATGCCAGGAAGC  650

seq1  ACAGTCACTGGTGGAGTACAAGTGACACTGCGGAGGTACTTCCATGAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCACTGGTGGAGTACAAGTGACACTGCGGAGGTACTTCCATGAAGA  700

seq1  ACCTCTATGACCTCCTGTTCTCTATTGTCCTCTTGACTTCATGCTGTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTATGACCTCCTGTTCTCTATTGTCCTCTTGACTTCATGCTGTTTG  750

seq1  CATGTCAGATGCAGATCCAAACTTCTAGGAGATTATGGACCATTCATTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCAGATGCAGATCCAAACTTCTAGGAGATTATGGACCATTCATTAG  800

seq1  GAATTATTCTTTTCAAAGCTAACACTCAATCATATCAATTTACCTTTTCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATTCTTTTCAAAGCTAACACTCAATCATATCAATTTACCTTTTCG  850

seq1  AATGCTTAAGATACCATTTCCTTTTTCATTACTCAAAAGAAATCTGAGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTAAGATACCATTTCCTTTTTCATTACTCAAAAGAAATCTGAGTA  900

seq1  ATAATGAATACAATTAAGATGATTTTTTTCTTACAAAAATCCAACTTCCT  950
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATAATGAATACAATTAAGATGA-TTTTTTCTTAC-AAAATCCAACTTCCT  948

seq1  TATTTCTTAAATATTTTTATTAACTTTTTATTGATTTGTGAGTTTTATAT  1000
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATTTCTTAAATA-TTTTATTAACTTTTTATTGATTTGTGAG-TTTATAT  996

seq1  ATGGACCCCAGTCCCACTCATCTCCCTGTCCCTGTATCTTCCCTCTGCCT  1050
      |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||
seq2  ATGGACCCCAGT-CCACTCATCT-CCTGTCCCTGTATCT--CCTCTG-CT  1041

seq1  TTGCA  1055
      |||||
seq2  TTGCA  1046