BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327A15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 11,481,213 - 11,597,111
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA830018L16Rik
Upstream geneCpa6, LOC433271, C030045D06Rik
Downstream geneLOC665262, LOC100039709
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327A15.bB6Ng01-327A15.g
ACCGA114688GA114689
length9721,119
definitionB6Ng01-327A15.b B6Ng01-327A15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,481,213 - 11,482,069)(11,595,993 - 11,597,111)
sequence
gaattcagtttttaagaaatttattgaagacttttgtgtctatacttatc
agataatagcttatatttttaagctcatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
atgagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagaaagagaaagagagagagagactagcttaacaattgcttcagagaat
gaatttgaaaatagccttttcttgttttgtgatgggatgttttgaggcat
attgttgtgactgtttaaagggctagtttgcagtgtactgctgtgactac
gtgatggcacagcgggaagtatattgttgtaactatgtagaggcatagtg
caaggtatattgctgtaactgtttggtggaatcttatggggcttattggg
gtgacctcttgcttacaaaatatctggtagaattcagtcatgcaaattcc
tgttcttgaggtcctctgttgggagattcttattgttgcttcaatctcct
tgctcatcatagatctatttatgttgtttctatacttcaggatcaatttt
ggtagttcacatgtgtcaggaaattgtatagttctttaagaacttccaaa
tgtactggaatataaattttcaaaatgtctaatgtgctctgcattccagt
ggcatcttttcacaatattttttgagaaagttgtttccttctttaatttc
tagatttttctgtctctgtgttttatctttcttttggttagttttgctaa
taaatttgccaatttgattgacctttagaaatgtaactctttgtttcact
gattatattacttttagtttctattttgttactttcagccatgatcttga
ttatttctccttttctctctttattttatattaggctcgcttcttccctg
tagaacttgaggtctcactgcatagtttacttgagatctctttaattatc
agttagtcattcagtagcacta
gtgatttttagaattacaaagtgcaatgaaatacacctacaatgtatata
caattttgtgagttggacacatatatgcatcgttataaagccttctatca
cccaggagacttccttgtatcaatatcaatttggtctatcaccttctact
attctaatctattgaccattaaatttacctgttcataaatgaattactat
taaattaatttagaatataattattggtgtctggtttcctaggctcaaca
gcatttgtgaaggccttgggtcactcacagtcctgcaggtttaagtgccc
aaggtcacagttctaaaaagagtcagcgtccagttagtacacacttagct
gtgtactcaaacatcctgtccttcatgtgtatatggtgattgtgagggaa
ctttctctcataacaaatgccaatcctacccaattagcaaacaccacata
gagtttatttaatggtgattattttctaagagtcatatctcaggatacaa
tcatgttgagctaggctatcaataacatatccgtttctggggaacagact
cagtttttggcagtgaagatcattcataccttttgcatgccttgagactt
tatttcacttttaactgctacctagtattctgctctatggatataccaca
actcttgcttggcacttgaatggttcctactggattattttaagtagccc
agtttttgacacagtgtagttgtggagacaagttttattgccttggaagc
atgcaaggaattttaggtcacaggataagtacatatttaaatatacaaga
ttctgtccagatgtgtttcctaacctcttctcagcaatgctggagggagc
tggttgctgcacactccaatgtttgctatttggtctttaatttcaagtgc
tgtagcttggaggaggtggcatctcatgtcttaaatcatagttccctagc
ggctaatgatgttgtgccattcccttatgtgtattataaatttgcctact
tcattttgcttattttttctgagcttctgttccactgaaaattcatttgg
tgttatgtgcatactctcttcgtgccagctctgttctgtcatgtcattat
acattttcctggctactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_11481213_11482069
seq2: B6Ng01-327A15.b_45_903

seq1  GAATTCAGTTTTTAAGAAATTTATTGAAGACTTTTGTGTCTATACTTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTTTAAGAAATTTATTGAAGACTTTTGTGTCTATACTTATC  50

seq1  AGATAATAGCTTATATTTTTAAGCTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATAGCTTATATTTTTAAGCTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  100

seq1  ATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  150

seq1  GAGAAAGAGAAAGAGAGAGAGAGACTAGCTTAACAATTGCTTCAGAGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGAGAAAGAGAGAGAGAGACTAGCTTAACAATTGCTTCAGAGAAT  200

seq1  GAATTTGAAAATAGCCTTTTCTTGTTTTGTGATGGGATGTTTTGAGGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGAAAATAGCCTTTTCTTGTTTTGTGATGGGATGTTTTGAGGCAT  250

seq1  ATTGTTGTGACTGTTTAAAGGGCTAGTTTGCAGTGTACTGCTGTGACTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTGTGACTGTTTAAAGGGCTAGTTTGCAGTGTACTGCTGTGACTAC  300

seq1  GTGATGGCACAGCGGGAAGTATATTGTTGTAACTATGTAGAGGCATAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGCACAGCGGGAAGTATATTGTTGTAACTATGTAGAGGCATAGTG  350

seq1  CAAGGTATATTGCTGTAACTGTTTGGTGGAATCTTATGGGGCTTATTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTATATTGCTGTAACTGTTTGGTGGAATCTTATGGGGCTTATTGGG  400

seq1  GTGACCTCTTGCTTACAAAATATCTGGTAGAATTCAGTCATGCAAATTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTCTTGCTTACAAAATATCTGGTAGAATTCAGTCATGCAAATTCC  450

seq1  TGTTCTTGAGGTCCTCTGTTGGGAGATTCTTATTGTTGCTTCAATCTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTGAGGTCCTCTGTTGGGAGATTCTTATTGTTGCTTCAATCTCCT  500

seq1  TGCTCATCATAGATCTATTTATGTTGTTTCTATACTTCAGGATCAATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATCATAGATCTATTTATGTTGTTTCTATACTTCAGGATCAATTTT  550

seq1  GGTAGTTCACATGTGTCAGGAAATTGTATAGTTCTTTAAGAACTTCC-AA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGTAGTTCACATGTGTCAGGAAATTGTATAGTTCTTTAAGAACTTCCAAA  600

seq1  TGTACTGGAATATAAATTTTCAAAATGTCTAATGTGCTCTGCATTCCAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTGGAATATAAATTTTCAAAATGTCTAATGTGCTCTGCATTCCAGT  650

seq1  GGCATC-TTTCACAATATTTTTTGAGAAAGTTGTTTCCTTCTTTTAATTT  698
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGCATCTTTTCACAATATTTTTTGAGAAAGTTGTTTCCTTC-TTTAATTT  699

seq1  CTAGATTTTTCTGTCTCTGTGTTTTATCTTTCTTTTGGTTAGTTTTGCTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATTTTTCTGTCTCTGTGTTTTATCTTTCTTTTGGTTAGTTTTGCTA  749

seq1  AT-AATTTGCCAATTTGATTGACCTTTAGAAATGTAACTCTTTGTTTCAC  797
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTGCCAATTTGATTGACCTTTAGAAATGTAACTCTTTGTTTCAC  799

seq1  TGATTATATTACTTTTAGTTTCTATTTTGTTACTTTCAGCCATGATCTTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATATTACTTTTAGTTTCTATTTTGTTACTTTCAGCCATGATCTTG  849

seq1  ATTATTTCTC  857
      ||||||||||
seq2  ATTATTTCTC  859

seq1: chr1_11595993_11597111
seq2: B6Ng01-327A15.g_75_1193 (reverse)

seq1  TCAGTAG-CAGG-AAATGTATAAATGACATGACAG-ACAGAGCTTGCACG  47
      ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  TCAGTAGCCAGGAAAATGTAT-AATGACATGACAGAACAGAGCTGGCACG  49

seq1  -AGAGAGTATGCACAATTAACA-CAAATGAATTTTTCAGTGGAACAAGAA  95
       ||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  AAGAGAGTATGCACA--TAACACCAAATGAA-TTTTCAGTGGAAC-AGAA  95

seq1  GCTCAAGAAAAATAAGCAAAATGAAAGTAGGCAAATTTATAATACACATA  145
      |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAAAAAATAAGCAAAATG-AAGTAGGCAAATTTATAATACACATA  144

seq1  A-GGAATGGCACAACATCATTAGCCGCTAGGGAACTATGATTTAAGACAT  194
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATGGCACAACATCATTAGCCGCTAGGGAACTATGATTTAAGACAT  194

seq1  GAGATGCCACCTCCTCCAAGCTACAGCACTTGAAATTAAAGACCAAATAG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGCCACCTCCTCCAAGCTACAGCACTTGAAATTAAAGACCAAATAG  244

seq1  CAAACATTGGAGTGTGCAGCAACCAGCTCCCTCCAGCATTGCTGAGAAGA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATTGGAGTGTGCAGCAACCAGCTCCCTCCAGCATTGCTGAGAAGA  294

seq1  GGTTAGGAAACACATCTGGACAGAATCTTGTATATTTAAATATGTACTTA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGGAAACACATCTGGACAGAATCTTGTATATTTAAATATGTACTTA  344

seq1  TCCTGTGACCTAAAATTCCTTGCATGCTTCCAAGGCAATAAAACTTGTCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGACCTAAAATTCCTTGCATGCTTCCAAGGCAATAAAACTTGTCT  394

seq1  CCACAACTACACTGTGTCAAAAACTGGGCTACTTAAAATAATCCAGTAGG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAACTACACTGTGTCAAAAACTGGGCTACTTAAAATAATCCAGTAGG  444

seq1  AACCATTCAAGTGCCAAGCAAGAGTTGTGGTATATCCATAGAGCAGAATA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTCAAGTGCCAAGCAAGAGTTGTGGTATATCCATAGAGCAGAATA  494

seq1  CTAGGTAGCAGTTAAAAGTGAAATAAAGTCTCAAGGCATGCAAAAGGTAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTAGCAGTTAAAAGTGAAATAAAGTCTCAAGGCATGCAAAAGGTAT  544

seq1  GAATGATCTTCACTGCCAAAAACTGAGTCTGTTCCCCAGAAACGGATATG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGATCTTCACTGCCAAAAACTGAGTCTGTTCCCCAGAAACGGATATG  594

seq1  TTATTGATAGCCTAGCTCAACATGATTGTATCCTGAGATATGACTCTTAG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATAGCCTAGCTCAACATGATTGTATCCTGAGATATGACTCTTAG  644

seq1  AAAATAATCACCATTAAATAAACTCTATGTGGTGTTTGCTAATTGGGTAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATCACCATTAAATAAACTCTATGTGGTGTTTGCTAATTGGGTAG  694

seq1  GATTGGCATTTGTTATGAGAGAAAGTTCCCTCACAATCACCATATACACA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGCATTTGTTATGAGAGAAAGTTCCCTCACAATCACCATATACACA  744

seq1  TGAAGGACAGGATGTTTGAGTACACAGCTAAGTGTGTACTAACTGGACGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGACAGGATGTTTGAGTACACAGCTAAGTGTGTACTAACTGGACGC  794

seq1  TGACTCTTTTTAGAACTGTGACCTTGGGCACTTAAACCTGCAGGACTGTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTTTTTAGAACTGTGACCTTGGGCACTTAAACCTGCAGGACTGTG  844

seq1  AGTGACCCAAGGCCTTCACAAATGCTGTTGAGCCTAGGAAACCAGACACC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACCCAAGGCCTTCACAAATGCTGTTGAGCCTAGGAAACCAGACACC  894

seq1  AATAATTATATTCTAAATTAATTTAATAGTAATTCATTTATGAACAGGTA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTATATTCTAAATTAATTTAATAGTAATTCATTTATGAACAGGTA  944

seq1  AATTTAATGGTCAATAGATTAGAATAGTAGAAGGTGATAGACCAAATTGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAATGGTCAATAGATTAGAATAGTAGAAGGTGATAGACCAAATTGA  994

seq1  TATTGATACAAGGAAGTCTCCTGGGTGATAGAAGGCTTTATAACGATGCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGATACAAGGAAGTCTCCTGGGTGATAGAAGGCTTTATAACGATGCA  1044

seq1  TATATGTGTCCAACTCACAAAATTGTATATACATTGTAGGTGTATTTCAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGTCCAACTCACAAAATTGTATATACATTGTAGGTGTATTTCAT  1094

seq1  TGCACTTTGTAATTCTAAAAATCAC  1119
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTTGTAATTCTAAAAATCAC  1119