BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328O01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 127,156,388 - 127,308,499
singlet/doubletdoublet
Overlap geneActr3
Upstream geneLOC666998
Downstream geneSlc35f5, Lypd1, E030049G20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328O01.bB6Ng01-328O01.g
ACCGA116018GA116019
length1,1451,150
definitionB6Ng01-328O01.b B6Ng01-328O01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,156,388 - 127,157,539)(127,307,343 - 127,308,499)
sequence
gaattcctacttccttctctgttccttgttcctcatgagttctgtgggca
ggaaagttaaataccatctccagctccaagatgactttccccaggtgggc
cagggtggcaccagctggtctgtctcctctctgtgttgagtggggagaac
agcagagttttcctcctttcaaaaagtcttcagcggggtctttatttcca
aactgccagagagaatttcatgaaaagacagatgctcaaatcaatagcag
catcaaagcaactatttccacactggggagaaccaccagggctgccagac
tgggaggaggaaagagttgctttgcaaagaatgagccctttccacagaca
cctgtttaagttctgagtccctcctctgttggtggttgccttcagtctcc
ctgtgctgcttatcctggaggataaaaagccttctctcatggcttccaca
gcaggttgctgctatccccagcatacaagtgtccccagcatccccttctc
tcccatcagactgagtcagggacatgctcaaacaaacctcaggtctacta
ttgtgcccaagtcgcaggaacctcaaagaccactgaggagccaatttcaa
tgcaaacccataagggtctttattaagagctctcaagcaagccaggcagt
ggtggtgcatgcctttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggcggat
ttctgagttcaaggccagcctggtctacagagtgagttccaggacagcca
gggctatacagaaaaaaacttgtctcaaagcaaggactttcaccatcgct
gtcacacctggttagagtgagagccctggatctaggggtatggggtactg
acaaataggatggttagattatctattttctgcaggatatcttagttatc
tatatgtaccttgaccctgttgttgtaacttgactggctgttgctaaggt
ggtgaggagggttgccatagatgtttgctcaagtggacttgtgcaccctc
aaaatggaattggtttggctttataactaacacatccaatccctcccctc
cacatcaccagctgctgaatcctctttcatctagtcccacattcttggtc
ctagaccaggcataaagatgcctgaagaatgttgtctttaaggtg

gaattccttgattcaacacaaacctatttagctttctaaagtaaatccta
aatccttaattattattctagtattaaatattatatatttaacaatgttt
ttatttactgatttgcactattattattttgaggtgacatttcactgttg
cccagagtactctcaaagttgtgagcagtcctcgtgtttcaacctcctta
gtagccaacacagtaagtgtgtgttaccatatcagataccaagtgtgtac
tatgttagatatacaacagataccagttaacaagctaataattaaagatt
aagaaaattaggataaagtttaacatttttgacaacattcatcttacgtt
tcaaccacctggatatatattgtaaaaataatttcatttctctaagtatg
tacatttctacttaagcatgtatagcctcaggatgaccttgtgttataaa
gaaatacatctttttctagtatctactaatgagctaatagtctctgcttc
aaatttttaacattaataagacttaatttctgaattttattttaatagtg
gccaattcgccatggtatagttgaagactgggacttaatggaaaggttta
tggagcaagtgatttttaaatatttaagggcagaacctgaagatcattac
tttcttttggtaagtacacattctgatttattggagactccccctttttc
tacatgggatatataagctcaggatggctttaaactcagtatcattctct
cttaccttcccaaatgctgggttatcaggcctgtgccttgatgcctagcc
tactaggaaaatttttaaggaacattttaatgtttctggtgtaattagca
agcatacttaatcatttaagttgtcttgtctgaaagactttgttacataa
aactaggtcattcttaaaaccgactggctgcaggtagagtaacaatgtgg
ccaagcactaaagtgtaatcttgtaatgcttttggtggttaatatgtaat
cattacgctatcacccgaaaatacttgtttattccgtcactgacaaaatc
atgggagggtagaaagtttgcttcagctcagtttctgagctacctccaca
gttgtttgctctattgctctggccttgtgcctagtgggaatagcatctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_127156388_127157539
seq2: B6Ng01-328O01.b_48_1192

seq1  GAATTCCTACTTCCTTCTCTGTTCCTTGTTCCTCATGAGTTCTGTGGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACTTCCTTCTCTGTTCCTTGTTCCTCATGAGTTCTGTGGGCA  50

seq1  GGAAAGTTAAATACCATCTCCAGCTCCAAGATGACTTTCCCCAGGTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTTAAATACCATCTCCAGCTCCAAGATGACTTTCCCCAGGTGGGC  100

seq1  CAGGGTGGCACCAGCTGGTCTGTCTCCTCTCTGTGTTGAGTGGGGAGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGGCACCAGCTGGTCTGTCTCCTCTCTGTGTTGAGTGGGGAGAAC  150

seq1  AGCAGAGTTTTCCTCCTTTCAAAAAGTCTTCAGCGGGGTCTTTATTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGTTTTCCTCCTTTCAAAAAGTCTTCAGCGGGGTCTTTATTTCCA  200

seq1  AACTGCCAGAGAGAATTTCATGAAAAGACAGATGCTCAAATCAATAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCCAGAGAGAATTTCATGAAAAGACAGATGCTCAAATCAATAGCAG  250

seq1  CATCAAAGCAACTATTTCCACACTGGGGAGAACCACCAGGGCTGCCAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAGCAACTATTTCCACACTGGGGAGAACCACCAGGGCTGCCAGAC  300

seq1  TGGGAGGAGGAAAGAGTTGCTTTGCAAAGAATGAGCCCTTTCCACAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGAGGAAAGAGTTGCTTTGCAAAGAATGAGCCCTTTCCACAGACA  350

seq1  CCTGTTTAAGTTCTGAGTCCCTCCTCTGTTGGTGGTTGCCTTCAGTCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTAAGTTCTGAGTCCCTCCTCTGTTGGTGGTTGCCTTCAGTCTCC  400

seq1  CTGTGCTGCTTATCCTGGAGGATAAAAAGCCTTCTCTCATGGCTTCCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTGCTTATCCTGGAGGATAAAAAGCCTTCTCTCATGGCTTCCACA  450

seq1  GCAGGTTGCTGCTATCCCCAGCATACAAGTGTCCCCAGCATCCCCTTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTTGCTGCTATCCCCAGCATACAAGTGTCCCCAGCATCCCCTTCTC  500

seq1  TCCCATCAGACTGAGTCAGGGACATGCTCAAACAAACCTCAGGTCTACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCAGACTGAGTCAGGGACATGCTCAAACAAACCTCAGGTCTACTA  550

seq1  TTGTGCCCAAGTCGCAGGAACCTCAAAGACCACTGAGGAGCCAATTTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCCAAGTCGCAGGAACCTCAAAGACCACTGAGGAGCCAATTTCAA  600

seq1  TGCAAACCCATAAGGGTCTTTATTAAGAGCTCTCAAGCAAGCCAGGCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACCCATAAGGGTCTTTATTAAGAGCTCTCAAGCAAGCCAGGCAGT  650

seq1  GGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGAT  700

seq1  TTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCA  750

seq1  GGGCTATACAGAAAAAAACTTGTCTCAAAGCAAGGACTTTCACCATCGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTATACAGAAAAAAACTTGTCTCAAAGCAAGGACTTTCACCATCGCT  800

seq1  GTCACACCTGGTTAGAGTGAGAGCCCTGGATCTAGGGGTATGGGGTACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACACCTGGTTAGAGTGAGAGCCCTGGATCTAGGGGTATGGGGTACTG  850

seq1  ACAAATAGGATGGTTAGATTATCTATTTTCTGCAGGATATCTTAGGTTAT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACAAATAGGATGGTTAGATTATCTATTTTCTGCAGGATATCTTA-GTTAT  899

seq1  CTATATGTACCTTGACCCTGTTGTTGTAACTTGACTGGCTGTTGCTAAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATGTACCTTGACCCTGTTGTTGTAACTTGACTGGCTGTTGCTAAGG  949

seq1  GTGGGTGAGGAGGGTTGCCATAGGATGTTTGCTCAAGTGGACTTTGTGCA  1000
         ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  --TGGTGAGGAGGGTTGCCATA-GATGTTTGCTCAAGTGGAC-TTGTGCA  995

seq1  CCCTCAAAAATGGAATTGGTTGGGCTTTAT-ACTACCACATCCCATCCCT  1049
      ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||
seq2  CCCTC-AAAATGGAATTGGTTTGGCTTTATAACTAACACATCCAATCCCT  1044

seq1  CCCCTCCACATCACCAGCTGCTGAAT-CTC-TTCATCTTAGTCCCCACAA  1097
      |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||| |
seq2  CCCCTCCACATCACCAGCTGCTGAATCCTCTTTCATC-TAGT-CCCAC-A  1091

seq1  TTCTCTGTCACTAGACCAGGCATAAAGAGTGCTGAGGAATGTTGTCCTTT  1147
      ||||  ||| ||||||||||||||||||   |||| |||||||||| || 
seq2  TTCTTGGTC-CTAGACCAGGCATAAAGATGCCTGAAGAATGTTGTCTTTA  1140

seq1  AGGTG  1152
      |||||
seq2  AGGTG  1145


seq1: chr1_127307343_127308499
seq2: B6Ng01-328O01.g_66_1215 (reverse)

seq1  AGAGATGCTCTATCTCACTAGGCACAGGCTCAGAAGCAATAGAGCCAAAC  50
      ||||||||| | || ||||||||||| |  ||| |||||||||| |||||
seq2  AGAGATGCTAT-TCCCACTAGGCACAAGGCCAG-AGCAATAGAG-CAAAC  47

seq1  AACTGTGGAGGTTAGCCTCAGAAACTGAGCTGAAAGCAAACTTTCTTCCC  100
      ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  AACTGTGGAGG-TAG-CTCAGAAACTGAGCTG-AAGCAAACTTTCTACCC  94

seq1  TCCCATGATTTTGTCAGTGACGGAATAAACAAGTATTTTCGGGTGATAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATGATTTTGTCAGTGACGGAATAAACAAGTATTTTCGGGTGATAGC  144

seq1  GTAATGATTACATATTAACCACCAAAAGCATTTACAAGATTACACTTTAG  200
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTAATGATTACATATTAACCACCAAAAGCA-TTACAAGATTACACTTTAG  193

seq1  TGCTTGGCCACATTGTTACTCTACCTGCAGCCAGTCGGTTTTAAGAATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGGCCACATTGTTACTCTACCTGCAGCCAGTCGGTTTTAAGAATGA  243

seq1  CCTAGTTTTATGTAACAAAGTCTTTCAGACAAGACAACTTAAATGATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTTTATGTAACAAAGTCTTTCAGACAAGACAACTTAAATGATTAA  293

seq1  GTATGCTTGCTAATTACACCAGAAACATTAAAATGTTCCTTAAAAATTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCTTGCTAATTACACCAGAAACATTAAAATGTTCCTTAAAAATTTT  343

seq1  CCTAGTAGGCTAGGCATCAAGGCACAGGCCTGATAACCCAGCATTTGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTAGGCTAGGCATCAAGGCACAGGCCTGATAACCCAGCATTTGGGA  393

seq1  AGGTAAGAGAGAATGATACTGAGTTTAAAGCCATCCTGAGCTTATATATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAGAGAGAATGATACTGAGTTTAAAGCCATCCTGAGCTTATATATC  443

seq1  CCATGTAGAAAAAGGGGGAGTCTCCAATAAATCAGAATGTGTACTTACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTAGAAAAAGGGGGAGTCTCCAATAAATCAGAATGTGTACTTACCA  493

seq1  AAAGAAAGTAATGATCTTCAGGTTCTGCCCTTAAATATTTAAAAATCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGTAATGATCTTCAGGTTCTGCCCTTAAATATTTAAAAATCACT  543

seq1  TGCTCCATAAACCTTTCCATTAAGTCCCAGTCTTCAACTATACCATGGCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCATAAACCTTTCCATTAAGTCCCAGTCTTCAACTATACCATGGCG  593

seq1  AATTGGCCACTATTAAAATAAAATTCAGAAATTAAGTCTTATTAATGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGCCACTATTAAAATAAAATTCAGAAATTAAGTCTTATTAATGTTA  643

seq1  AAAATTTGAAGCAGAGACTATTAGCTCATTAGTAGATACTAGAAAAAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTGAAGCAGAGACTATTAGCTCATTAGTAGATACTAGAAAAAGAT  693

seq1  GTATTTCTTTATAACACAAGGTCATCCTGAGGCTATACATGCTTAAGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCTTTATAACACAAGGTCATCCTGAGGCTATACATGCTTAAGTAG  743

seq1  AAATGTACATACTTAGAGAAATGAAATTATTTTTACAATATATATCCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTACATACTTAGAGAAATGAAATTATTTTTACAATATATATCCAGG  793

seq1  TGGTTGAAACGTAAGATGAATGTTGTCAAAAATGTTAAACTTTATCCTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGAAACGTAAGATGAATGTTGTCAAAAATGTTAAACTTTATCCTAA  843

seq1  TTTTCTTAATCTTTAATTATTAGCTTGTTAACTGGTATCTGTTGTATATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTAATCTTTAATTATTAGCTTGTTAACTGGTATCTGTTGTATATC  893

seq1  TAACATAGTACACACTTGGTATCTGATATGGTAACACACACTTACTGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATAGTACACACTTGGTATCTGATATGGTAACACACACTTACTGTGT  943

seq1  TGGCTACTAAGGAGGTTGAAACACGAGGACTGCTCACAACTTTGAGAGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACTAAGGAGGTTGAAACACGAGGACTGCTCACAACTTTGAGAGTA  993

seq1  CTCTGGGCAACAGTGAAATGTCACCTCAAAATAATAATAGTGCAAATCAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGCAACAGTGAAATGTCACCTCAAAATAATAATAGTGCAAATCAG  1043

seq1  TAAATAAAAACATTGTTAAATATATAATATTTAATACTAGAATAATAATT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAAACATTGTTAAATATATAATATTTAATACTAGAATAATAATT  1093

seq1  AAGGATTTAGGATTTACTTTAGAAAGCTAAATAGGTTTGTGTTGAATCAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTTAGGATTTACTTTAGAAAGCTAAATAGGTTTGTGTTGAATCAA  1143

seq1  GGAATTC  1157
      |||||||
seq2  GGAATTC  1150


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |