BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343L14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 114,283,828 - 114,413,032
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666578, Dsel, LOC547247, EG626897, LOC666615
Downstream geneLOC666635
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343L14.bB6Ng01-343L14.g
ACCGA126429GA126430
length1,2041,050
definitionB6Ng01-343L14.b B6Ng01-343L14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,411,829 - 114,413,032)(114,283,828 - 114,284,883)
sequence
gaattcactctgtagactagacagaccttgaatgcagagttctgcctgcc
tctacttctgcctcttgaatgctgggataaagggtatgctccaccaccaa
ctagcatagacttgacccattaaaatggccctctggttgtgtctgcatag
aggtagacaagtgtataggatttcaacatgtggcagaagtactgatgaat
aagtgctggcagatatgttgctggttgtggtaggcaaaatagttggtgga
gactgaatcttgttttctagattagtgtttcttgatgggaacaaaaataa
catttaaccttatcacagtgaaaaatgaatttacaagttgttgtagacat
agggaattttttttccagagtaataaaatgtagggatgggaaatttctac
ttggtatacagggctaggaatagttcattggtacggagggacagcaaata
ccaacttgactcatagagacagaaaatacctgttatgcagaaataggaag
tatgcatttggctgcagacatcaagaaaatttagtgtgatttcttggcaa
aaaaatttaaattgaattaaaaagtgaacagatatatgggctgaaattct
gtatgctaaagatgcttaaataaatggttctgtgtatggagtcatagcta
gcttcacccagggcacagtctgttaattctggaactgtataatgtttcct
ttcctttttgaagcaggataaatgtcacttactatgggttgattgtacaa
atagtttggtaacttgctgtggtcctaggatgccatttctgtgatggaga
aaatctacagggagcaaatcttccaagaacactgtctcatcgatattggc
ctcagggctccacagcctgtacacattcatctcttcttgtcccatgtcac
tttcaagagtgaagtatgccatggggctgaaagagatacaatttcaagat
gaatcaatgtcctataggcccagttgctctgcctttaaggaagacagaac
aattattatccacacactgccccttccttttttcaaggacaagtagaatt
gaattcccttcataggcctgcaatttaaaaatatgctttatttctgtagt
gcttcctctgcacaccattcctccacacaccactgctgttgctcattcca
atgtaccttgtagcaggacttcaagaaacaactgtcctatcttaaggtaa
actg

gaattctactgctgcaacttttaaactgcagttattcatttctcaaggtt
gaagggatggaccagacattattagacataaccgtatagggtcaataaga
gcgtctatattgcttcaagctgaggacctaagaaaattcactatttgcaa
ctaatatcaaaagtgcagacttggaaatgaacaaagctttaagtacattt
gactcaactgccttttcagagccaaagaagcaataccatatccaggtgag
tggaggacatgtcagaaaaaaaggggaggggagctatgggcttcctggac
aaagcatcaaggttgctagaaaatgtattctacattatattaattatatt
atatttattatgctacaaaagtattggtgtacatcaagacgttcatttcc
ttaggcgtataaagatttaagaacaggtaagatgaggccccaggtaggca
ggggaaatgggtttcaacacagaggtgtgtgggattccactcttgctgat
attacaccaggcaggacttcagagaaggcagaagcacatccagagctgct
caacattcaggagaaaagatccaagaccataaattaacacttgtcctgat
ccgtcactaagaatatttaatggaggtgagttaagttaaaagactttgag
caaaaccctgtaacttgtctcatccttggccttgggaaggcttaacctac
acagaccccaaagaggcactgcaacacttgccttgatggtctattacatc
tgaaattgcgtctctactttgtctccaatgctgaccacatgctgaagttc
agtgtcactaaagttcagcaagcgaatactgcttaacttaaattttttat
tcgtgtgggtttttggtttgggttttgtttgctttggcatttgggttgtt
gttccattagtttgaggttttgatattattttctctggtcattatttcga
tattttgctgtagctacatacactgtgtatattgattcagctaagtaggg
actcttttaagccctatgatgaaatggctatattattttttgactaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_114411829_114413032
seq2: B6Ng01-343L14.b_48_1251 (reverse)

seq1  CAGTTTACCTTTAAAGATAGGACAGTTTGTTTCTTTTATGTCCTTGCTAC  50
      |||||||||||  |||||||||||| ||||||| || | |||| ||||||
seq2  CAGTTTACCTT--AAGATAGGACAG-TTGTTTC-TTGAAGTCC-TGCTAC  45

seq1  AAAGTACATTGG-ATGAGCAACAGCAAGTGTGTGTGGAGGATGGTTGTGC  99
      || ||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||  | |||||
seq2  AAGGTACATTGGAATGAGCAACAGCAGTGGTGTGTGGAGGAATGGTGTGC  95

seq1  AGAGGAAGCACTACAG-AATAAAGCATA-TTTTAAATTGCAGGCCTATGA  147
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAGCACTACAGAAATAAAGCATATTTTTAAATTGCAGGCCTATGA  145

seq1  --GGAATTCAATTCTACTTGTCCTTGAAAAAAGGAAGGGGCAGTGTGTTG  195
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGGGAATTCAATTCTACTTGTCCTTGAAAAAAGGAAGGGGCAGTGTG-TG  194

seq1  GATAATAATTGTTCTGTCTTCCTTAAAGGCAGAGC-ACTTGGCCTATAGG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  GATAATAATTGTTCTGTCTTCCTTAAAGGCAGAGCAACTGGGCCTATAGG  244

seq1  ACATTGATTCATCTTGAAATTGTATCTCTTTCAGCCCCATGGCATACTTC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGATTCATCTTGAAATTGTATCTCTTTCAGCCCCATGGCATACTTC  294

seq1  ACTCTTGAAAGTGACATGGGACAAGAAGAGATGAATGTGTACAGGCTGTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGAAAGTGACATGGGACAAGAAGAGATGAATGTGTACAGGCTGTG  344

seq1  GAGCCCTGAGGCCAATATCGATGAGACAGTGTTCTTGGAAGATTTGCTCC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTGAGGCCAATATCGATGAGACAGTGTTCTTGGAAGATTTGCTCC  394

seq1  CTGTAGATTTTCTCCATCACAGAAATGGCATCCTAGGACCACAGCAAGTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGATTTTCTCCATCACAGAAATGGCATCCTAGGACCACAGCAAGTT  444

seq1  ACCAAACTATTTGTACAATCAACCCATAGTAAGTGACATTTATCCTGCTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAACTATTTGTACAATCAACCCATAGTAAGTGACATTTATCCTGCTT  494

seq1  CAAAAAGGAAAGGAAACATTATACAGTTCCAGAATTAACAGACTGTGCCC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGGAAAGGAAACATTATACAGTTCCAGAATTAACAGACTGTGCCC  544

seq1  TGGGTGAAGCTAGCTATGACTCCATACACAGAACCATTTATTTAAGCATC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGAAGCTAGCTATGACTCCATACACAGAACCATTTATTTAAGCATC  594

seq1  TTTAGCATACAGAATTTCAGCCCATATATCTGTTCACTTTTTAATTCAAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCATACAGAATTTCAGCCCATATATCTGTTCACTTTTTAATTCAAT  644

seq1  TTAAATTTTTTTGCCAAGAAATCACACTAAATTTTCTTGATGTCTGCAGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTTTTTGCCAAGAAATCACACTAAATTTTCTTGATGTCTGCAGC  694

seq1  CAAATGCATACTTCCTATTTCTGCATAACAGGTATTTTCTGTCTCTATGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCATACTTCCTATTTCTGCATAACAGGTATTTTCTGTCTCTATGA  744

seq1  GTCAAGTTGGTATTTGCTGTCCCTCCGTACCAATGAACTATTCCTAGCCC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGTTGGTATTTGCTGTCCCTCCGTACCAATGAACTATTCCTAGCCC  794

seq1  TGTATACCAAGTAGAAATTTCCCATCCCTACATTTTATTACTCTGGAAAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACCAAGTAGAAATTTCCCATCCCTACATTTTATTACTCTGGAAAA  844

seq1  AAAATTCCCTATGTCTACAACAACTTGTAAATTCATTTTTCACTGTGATA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCCCTATGTCTACAACAACTTGTAAATTCATTTTTCACTGTGATA  894

seq1  AGGTTAAATGTTATTTTTGTTCCCATCAAGAAACACTAATCTAGAAAACA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAAATGTTATTTTTGTTCCCATCAAGAAACACTAATCTAGAAAACA  944

seq1  AGATTCAGTCTCCACCAACTATTTTGCCTACCACAACCAGCAACATATCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCAGTCTCCACCAACTATTTTGCCTACCACAACCAGCAACATATCT  994

seq1  GCCAGCACTTATTCATCAGTACTTCTGCCACATGTTGAAATCCTATACAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCACTTATTCATCAGTACTTCTGCCACATGTTGAAATCCTATACAC  1044

seq1  TTGTCTACCTCTATGCAGACACAACCAGAGGGCCATTTTAATGGGTCAAG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTACCTCTATGCAGACACAACCAGAGGGCCATTTTAATGGGTCAAG  1094

seq1  TCTATGCTAGTTGGTGGTGGAGCATACCCTTTATCCCAGCATTCAAGAGG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGCTAGTTGGTGGTGGAGCATACCCTTTATCCCAGCATTCAAGAGG  1144

seq1  CAGAAGTAGAGGCAGGCAGAACTCTGCATTCAAGGTCTGTCTAGTCTACA  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTAGAGGCAGGCAGAACTCTGCATTCAAGGTCTGTCTAGTCTACA  1194

seq1  GAGTGAATTC  1204
      ||||||||||
seq2  GAGTGAATTC  1204


seq1: chr1_114283828_114284883
seq2: B6Ng01-343L14.g_68_1117

seq1  GAATTCTACTGCTGCAACTTTTAAACTGCAGTTATTCATTTCTCAAGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTGCTGCAACTTTTAAACTGCAGTTATTCATTTCTCAAGGTT  50

seq1  GAAGGGATGGACCAGACATTATTAGACATAACCGTATAGGGTCAATAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGATGGACCAGACATTATTAGACATAACCGTATAGGGTCAATAAGA  100

seq1  GCGTCTATATTGCTTCAAGCTGAGGACCTAAGAAAATTCACTATTTGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCTATATTGCTTCAAGCTGAGGACCTAAGAAAATTCACTATTTGCAA  150

seq1  CTAATATCAAAAGTGCAGACTTGGAAATGAACAAAGCTTTAAGTACATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATCAAAAGTGCAGACTTGGAAATGAACAAAGCTTTAAGTACATTT  200

seq1  GACTCAACTGCCTTTTCAGAGCCAAAGAAGCAATACCATATCCAGGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAACTGCCTTTTCAGAGCCAAAGAAGCAATACCATATCCAGGTGAG  250

seq1  TGGAGGACATGTCAGAAAAAAAGGGGAGGGGAGCTATGGGCTTCCTGGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGACATGTCAGAAAAAAAGGGGAGGGGAGCTATGGGCTTCCTGGAC  300

seq1  AAAGCATCAAGGTTGCTAGAAAATGTATTCTACATTATATTAATTATATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATCAAGGTTGCTAGAAAATGTATTCTACATTATATTAATTATATT  350

seq1  ATATTTATTATGCTACAAAAGTATTGGTGTACATCAAGACGTTCATTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATTATGCTACAAAAGTATTGGTGTACATCAAGACGTTCATTTCC  400

seq1  TTAGGCGTATAAAGATTTAAGAACAGGTAAGATGAGGCCCCAGGTAGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCGTATAAAGATTTAAGAACAGGTAAGATGAGGCCCCAGGTAGGCA  450

seq1  GGGGAAATGGGTTTCAACACAGAGGTGTGTGGGATTCCACTCTTGCTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAATGGGTTTCAACACAGAGGTGTGTGGGATTCCACTCTTGCTGAT  500

seq1  ATTACACCAGGCAGGACTTCAGAGAAGGCAGAAGCACATCCAGAGCTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACCAGGCAGGACTTCAGAGAAGGCAGAAGCACATCCAGAGCTGCT  550

seq1  CAACATTCAGGAGAAAAGATCCAAGACCATAAATTAACACTTGTCCTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTCAGGAGAAAAGATCCAAGACCATAAATTAACACTTGTCCTGAT  600

seq1  CCGTCACTAAGAATATTTAATGGAGGTGAGTTAAGTTAAAAGACTTTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCACTAAGAATATTTAATGGAGGTGAGTTAAGTTAAAAGACTTTGAG  650

seq1  CAAAACCCTGTAACTTGTCTCATCCTTGGCCTTGGGAAGGCTTAACCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACCCTGTAACTTGTCTCATCCTTGGCCTTGGGAAGGCTTAACCTAC  700

seq1  ACAGACCCCAAAGAGGCACTGCAACACTTGCCTTGATGGTCTATTACATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACCCCAAAGAGGCACTGCAACACTTGCCTTGATGGTCTATTACATC  750

seq1  TGAAATTGCGTCTCTACTTTGTCTCCAATGCTGACCACATGCTGAAGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTGCGTCTCTACTTTGTCTCCAATGCTGACCACATGCTGAAGTTC  800

seq1  AGTGTCACTAAAGTTCAGCAAGCGAATACTGCTTAACTTAAATTTTTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCACTAAAGTTCAGCAAGCGAATACTGCTTAACTTAAATTTTTTAT  850

seq1  TCGTGT-GGTTTTTGGTTTGGGTTTTGTTTGCTTTGGCATTTGGGTTGTT  899
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCGTGTGGGTTTTTGGTTTGGGTTTTGTTTGCTTTGGCATTTGGGTTG-T  899

seq1  TGTTCCATTAGTTTGAGGTTTTGATATTTATTTTCTCTGGTCATTATTTC  949
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCATTAGTTTGAGGTTTTGATA-TTATTTTCTCTGGTCATTATTTC  948

seq1  GATATTTTGCTGTAGCTACATACACTGTGTATATTGATTCAGCTAAGTAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTTGCTGTAGCTACATACACTGTGTATATTGATTCAGCTAAGTAG  998

seq1  GGACTCTTTTAAAGCCCCTATTGAATGAAATGGCTATATATTTTTTTGAA  1049
      ||||||||||||   ||||||   |||||||||||||||  ||||||| |
seq2  GGACTCTTTTAA--GCCCTAT--GATGAAATGGCTATATTATTTTTTG-A  1043

seq1  CTAAAAA  1056
      |||||||
seq2  CTAAAAA  1050


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |