BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344K03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 44,252,545 - 44,380,217
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4832428D23Rik
Upstream geneEG666644, LOC100041644, Nck2, 1500015O10Rik, Uxs1, LOC666676, LOC100042303, EG666690, Tpp2, A530098C11Rik, EG666713, 1700029F09Rik, Kdelc1, Bivm, Ercc5
Downstream geneLOC435619, Txn-ps1, Gulp1, LOC100041738, LOC100041752, LOC383640, Col3a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344K03.bB6Ng01-344K03.g
ACCGA127069GA127070
length1,1081,165
definitionB6Ng01-344K03.b B6Ng01-344K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,379,096 - 44,380,217)(44,252,545 - 44,253,714)
sequence
gaattctttctatcccatgcaatatgtattctcatgacacaagggagaag
gtaaaacaatgtctgttcctgtttgtctattttcccctctgtgaaatcat
agggagtcactgagaatgttcaaatagaaagatgaaattacttatagaca
ataaagcataagacagacaacagtgaatgcctattgtaatgtgaaagact
aaaaattcaatatttcttatagaattatgacagcatagctatgaccaagg
tgaaagtgatattattaaatgtagatcataaaatgatcacacacagggtc
aaacacacacagagagagagagagagagagagatgcttaccttgtcaatc
tattcattcactcgcttgttttatcctatatttttttgtcaacatatgtt
tactactattctggtttctatgaacaccaaaatggacatttgggtcttta
ccctaaattattgcacggtgtagaaaagatgtatacactattaacacagt
ataatattcataaaaaatagcaacaatcctcaattaaagtttgacttaat
gtttaaaggtggtgaagaagatttctgaaatgttgaaatgttcagacaat
gaatacaatgcttgtcagatgacaaaggcatacaaaactccctctagagt
caccttttaatgtctatgtgaaactttgctagaggatttaaatgcatgaa
acatcaatactctattatttaaaatggttttaaaagttataaataagcag
tgaatatttatcataggcaaaatgatgtattgatatgtttttatactgtg
aatcagttcgatctgggtacttatgatatataccttgacatacttaatta
tcatgatgattctcccttataaagtttgaaaatacaattcattgcatcct
taacttttcttctgttgccttatgagacactcaatagagtcctcacaaaa
tttgtaggtttaatcagcaaatgtatttttaatgaggatgtattatatac
cagagtaaggactacatagtttgtacggtcacagacttacctaaagttta
aatggttttattggcatcaggctactgattctgttttctgctgagggaaa
caaactta
gaattcagagtccctaagccagaatttcaagaaatttactctttagactt
tgactataaagtcatgtctgtaaggtttctcttcattgcaactctcaaat
ggacgtaaacagcaaaagaccatatttgagtacaagccaacaatgagggg
tgggctagcctgtgtaatggtagaatataaactaaagaggtctccccaga
aacttgaaaagggcggaaactcaaggcattaactacacaggggttggaga
aggccttcaggtcagagtattcattcttctttaagttcattctttcagtg
tatcctggggggaaggatgctcaggaagagatttgccttcagatgatgca
gacttgttgactaaaggactaagcagagaggcaacttggaagcacatctg
catctacctcagcaccaaaatgcccagactttagtggttcctgctttagg
ttgttgtgaaatgcatgagaacactagggtacagagtgagctctggggct
ggcaggatcagcatcaaatgtgaacatagagcagataaaaacctgttcca
gacccaacaagtcagcaaccctagactgggtcttagcaaattgggtttta
acaaaattaccagttggctcacatatatgctggcgaataccagattacaa
acaactgaggtcagggagtagggagatggaccagtgggtggagtaagtgt
ggagaccttagtttggagctccaggatcacctaaaagacgagtgtgtgcc
cataattccagttctggtaggctatgtcctgaagcaaagacaggaagatc
ctgatgcttgctatccagttctagctaaaatagtgagcttcacgctcagt
gacagacccagtcttaaaaatctaaggtaaaacaggatgaaaaatttagc
caacatgtctccaagtctcactcatgtatcacacagtagcacacacacat
gtacgtatgtacgttgtgtgaatctcaacccaaatatgctccagcaatga
aaacacaacttcagttaatatgattcatgctgtgcacgtagattgggcag
atctaccgcctacactacatctccattctatgagatcccttagaactgca
gtttcttccaggccatggtgcttctattgcttcattcttctccttccttt
ctggattctctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_44379096_44380217
seq2: B6Ng01-344K03.b_45_1152 (reverse)

seq1  TAAGTTTTTTTTTCCCCTCTAGCAGAAAACAGAATCAGTAAGCCTGATGC  50
      ||||||| |||   ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAAGTTTGTTT---CCCTC-AGCAGAAAACAGAATCAGT-AGCCTGATGC  45

seq1  CAATAAAATAATTTAAACTTTA-GTAAGTCTGTGACCCTGACAAACTATT  99
      ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||  
seq2  CAATAAAACCATTTAAACTTTAGGTAAGTCTGTGACCGT-ACAAACTA--  92

seq1  TTTGGTCCTTACTCTGGTATATAATACATTCTTCATTAAATAATACATTT  149
      | | |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||
seq2  TGTAGTCCTTACTCTGGTATATAATACA-TCCTCATTAAA-AATACA-TT  139

seq1  TACTGATTAAACCTACAAATTCTTGTGAGGACTTCTATTGAGTGTCTCAT  199
      | ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGCTGATTAAACCTACAAATT-TTGTGAGGAC-TCTATTGAGTGTCTCAT  187

seq1  AAGGCAACAGAAGAAAAGTTAAGGATGCAATGAATTGTATTTTCAAACTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAACAGAAGAAAAGTTAAGGATGCAATGAATTGTATTTTCAAACTT  237

seq1  TATAAGGGAGAATCATCATGATAATTAAGTATGTCAAGGTATATATCATA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGGAGAATCATCATGATAATTAAGTATGTCAAGGTATATATCATA  287

seq1  AGTACCCAGATCGAACTGATTCACAGTATAAAAACATATCAATACATCAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCCAGATCGAACTGATTCACAGTATAAAAACATATCAATACATCAT  337

seq1  TTTGCCTATGATAAATATTCACTGCTTATTTATAACTTTTAAAACCATTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTATGATAAATATTCACTGCTTATTTATAACTTTTAAAACCATTT  387

seq1  TAAATAATAGAGTATTGATGTTTCATGCATTTAAATCCTCTAGCAAAGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAATAGAGTATTGATGTTTCATGCATTTAAATCCTCTAGCAAAGTT  437

seq1  TCACATAGACATTAAAAGGTGACTCTAGAGGGAGTTTTGTATGCCTTTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATAGACATTAAAAGGTGACTCTAGAGGGAGTTTTGTATGCCTTTGT  487

seq1  CATCTGACAAGCATTGTATTCATTGTCTGAACATTTCAACATTTCAGAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGACAAGCATTGTATTCATTGTCTGAACATTTCAACATTTCAGAAA  537

seq1  TCTTCTTCACCACCTTTAAACATTAAGTCAAACTTTAATTGAGGATTGTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTCACCACCTTTAAACATTAAGTCAAACTTTAATTGAGGATTGTT  587

seq1  GCTATTTTTTATGAATATTATACTGTGTTAATAGTGTATACATCTTTTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTTTTATGAATATTATACTGTGTTAATAGTGTATACATCTTTTCT  637

seq1  ACACCGTGCAATAATTTAGGGTAAAGACCCAAATGTCCATTTTGGTGTTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCGTGCAATAATTTAGGGTAAAGACCCAAATGTCCATTTTGGTGTTC  687

seq1  ATAGAAACCAGAATAGTAGTAAACATATGTTGACAAAAAAATATAGGATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAACCAGAATAGTAGTAAACATATGTTGACAAAAAAATATAGGATA  737

seq1  AAACAAGCGAGTGAATGAATAGATTGACAAGGTAAGCATCTCTCTCTCTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  AAACAAGCGAGTGAATGAATAGATTGACAAGGTAAGCA--TCTCTCTCTC  785

seq1  TCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTTTGACCCTGTGTGTGATCATTTTATGATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTTTGACCCTGTGTGTGATCATTTTATGATC  835

seq1  TACATTTAATAATATCACTTTCACCTTGGTCATAGCTATGCTGTCATAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTAATAATATCACTTTCACCTTGGTCATAGCTATGCTGTCATAAT  885

seq1  TCTATAAGAAATATTGAATTTTTAGTCTTTCACATTACAATAGGCATTCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAGAAATATTGAATTTTTAGTCTTTCACATTACAATAGGCATTCA  935

seq1  CTGTTGTCTGTCTTATGCTTTATTGTCTATAAGTAATTTCATCTTTCTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTCTGTCTTATGCTTTATTGTCTATAAGTAATTTCATCTTTCTAT  985

seq1  TTGAACATTCTCAGTGACTCCCTATGATTTCACAGAGGGGAAAATAGACA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACATTCTCAGTGACTCCCTATGATTTCACAGAGGGGAAAATAGACA  1035

seq1  AACAGGAACAGACATTGTTTTACCTTCTCCCTTGTGTCATGAGAATACAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAACAGACATTGTTTTACCTTCTCCCTTGTGTCATGAGAATACAT  1085

seq1  ATTGCATGGGATAGAAAGAATTC  1122
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCATGGGATAGAAAGAATTC  1108

seq1: chr1_44252545_44253714
seq2: B6Ng01-344K03.g_66_1230

seq1  GAATTCAGAGTCCCTAAGCCAGAATTTCAAGAAATTTACTCTTTAGACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGTCCCTAAGCCAGAATTTCAAGAAATTTACTCTTTAGACTT  50

seq1  TGACTATAAAGTCATGTCTGTAAGGTTTCTCTTCATTGCAACTCTCAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATAAAGTCATGTCTGTAAGGTTTCTCTTCATTGCAACTCTCAAAT  100

seq1  GGACGTAAACAGCAAAAGACCATATTTGAGTACAAGCCAACAATGAGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGTAAACAGCAAAAGACCATATTTGAGTACAAGCCAACAATGAGGGG  150

seq1  TGGGCTAGCCTGTGTAATGGTAGAATATAAACTAAAGAGGTCTCCCCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTAGCCTGTGTAATGGTAGAATATAAACTAAAGAGGTCTCCCCAGA  200

seq1  AACTTGAAAAGGGCGGAAACTCAAGGCATTAACTACACAGGGGTTGGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAAAAGGGCGGAAACTCAAGGCATTAACTACACAGGGGTTGGAGA  250

seq1  AGGCCTTCAGGTCAGAGTATTCATTCTTCTTTAAGTTCATTCTTTCAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTCAGGTCAGAGTATTCATTCTTCTTTAAGTTCATTCTTTCAGTG  300

seq1  TATCCTGGGGGGAAGGATGCTCAGGAAGAGATTTGCCTTCAGATGATGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGGGGGGAAGGATGCTCAGGAAGAGATTTGCCTTCAGATGATGCA  350

seq1  GACTTGTTGACTAAAGGACTAAGCAGAGAGGCAACTTGGAAGCACATCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGTTGACTAAAGGACTAAGCAGAGAGGCAACTTGGAAGCACATCTG  400

seq1  CATCTACCTCAGCACCAAAATGCCCAGACTTTAGTGGTTCCTGCTTTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTACCTCAGCACCAAAATGCCCAGACTTTAGTGGTTCCTGCTTTAGG  450

seq1  TTGTTGTGAAATGCATGAGAACACTAGGGTACAGAGTGAGCTCTGGGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTGAAATGCATGAGAACACTAGGGTACAGAGTGAGCTCTGGGGCT  500

seq1  GGCAGGATCAGCATCAAATGTGAACATAGAGCAGATAAAAACCTGTTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGATCAGCATCAAATGTGAACATAGAGCAGATAAAAACCTGTTCCA  550

seq1  GACCCAACAAGTCAGCAACCCTAGACTGGGTCTTAGCAAATTGGGTTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAACAAGTCAGCAACCCTAGACTGGGTCTTAGCAAATTGGGTTTTA  600

seq1  ACAAAATTACCAGTTGGCTCACATATATGCTGGCGAATACCAGATTACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATTACCAGTTGGCTCACATATATGCTGGCGAATACCAGATTACAA  650

seq1  ACAACTGAGGTCAGGGAGTAGGGAGATGGACCAGTGGGTGGAGTAAGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGAGGTCAGGGAGTAGGGAGATGGACCAGTGGGTGGAGTAAGTGT  700

seq1  GGAGACCTTAGTTTGGAGCTCCAGGATCACCTAAAAGACGAGTGTGTGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACCTTAGTTTGGAGCTCCAGGATCACCTAAAAGACGAGTGTGTGCC  750

seq1  CATAATTCCAGTTCTGGTAGGCTATGTCCTGAAGCAAAGACAGGAAGATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTCCAGTTCTGGTAGGCTATGTCCTGAAGCAAAGACAGGAAGATC  800

seq1  CTGATGCTTGCTATCCAGTTCTAGCTAAAATAGTGAGCTTCAGGCTCAGT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGATGCTTGCTATCCAGTTCTAGCTAAAATAGTGAGCTTCACGCTCAGT  850

seq1  GACAGACCCAGTCTTAAAAATCTAAGGTAAAACAGGATGAAAAATTTAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACCCAGTCTTAAAAATCTAAGGTAAAACAGGATGAAAAATTTAGC  900

seq1  CAACATGTCTCCAAGTCTCACTCATGTATCACACAGTAGCACACACACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATGTCTCCAAGTCTCACTCATGTATCACACAGTAGCACACACACAT  950

seq1  GTACGTATGTACGTTGTGGTGAATCTCCAACCCAAATATGCTCCAGCAAT  1000
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTACGTATGTACGTTGT-GTGAATCT-CAACCCAAATATGCTCCAGCAAT  998

seq1  GAAAACACAAC-TCAGTTAATATGAATCCATGCTGTGCACGTAGATTGGG  1049
      ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACACAACTTCAGTTAATATG-ATTCATGCTGTGCACGTAGATTGGG  1047

seq1  CAGATCTACCG-CTACACTACCATCTCCA-TCTATGAGATCCCTTAGAAC  1097
      ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  CAGATCTACCGCCTACACTA-CATCTCCATTCTATGAGATCCCTTAGAA-  1095

seq1  CTGCAGTTTC-TCCAGGCCAT-GTGCTTCTATTTTGCTTTCCTTCTTCTC  1145
      |||||||||| |||||||||| |||||||||  |||| ||| ||||||||
seq2  CTGCAGTTTCTTCCAGGCCATGGTGCTTCTA--TTGC-TTCATTCTTCTC  1142

seq1  CTCCTTCTCTGCATCCTCTCTCTCT  1170
      || | | |||| || ||||||||  
seq2  CTTCCTTTCTGGATTCTCTCTCT--  1165