BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349O20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 68,142,284 - 68,245,976
singlet/doubletdoublet
Overlap geneErbb4
Upstream geneCps1, Kif22-ps
Downstream geneLOC667842
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349O20.bB6Ng01-349O20.g
ACCGA130763GA130764
length1,1721,084
definitionB6Ng01-349O20.b B6Ng01-349O20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,244,813 - 68,245,976)(68,142,284 - 68,143,367)
sequence
gaattcactttgtggtatagaccatttcttcctttgcttcatttaattat
atcagtctaagcaggaaaggagttaataaatatatttacatagttagttg
agtctactgatgtttcttttgaaactgggtcttattccactgccataact
gacctcgaactcagtgtgtaaaataggctggcttcaaacacacagagctt
cactgacctctgcttcctgaatgttggcttaaaagcttaagtaagcacta
tgtctgacttacggagtatgttgttaatctattatacaccttttctccaa
tgtatttaaaatactgaggaatgctgagttgaagttatgatattctgttt
tttcttgctattgttgctgctacaggaggctctgatcatggcaagtatgg
atcacccacacctagttcgcctattgggagtgtgtctgagtcccactatc
cagttggttacgcagctgatgccgcatggctgcctactggactatgttca
tgaacacaaggataacattggatcacagctgctgttgaactggtgtgtcc
agattgctaaggtaagtgttgtcatttcctatgaaaatgatatttgagga
tttagttgatctagaagaatccgacaattgaaattgtgccgtagctttga
acattttaatatcactaacttctattgctactttcaatgacattgttata
agtactttgctgtagaccatggatcagatacataagctaggtatgtttgc
ttttggattattattccaaggcattcgtattagattgactagatgacaca
atacatagcacactagtcaagtggaataattgaagtgctaaacctgttta
actcactgtttttcttctctcgtacatgacagcccaaccactgtctcctg
cccctcctctcctccagtcagtcactctaatctccctgacatttttttct
aatggagtcaagttagcccaacaaaatcaagaaaataagattcccatgtc
ataaatgttcccaattttttatttttatttaaaatgtctatagattatcg
aaatcataaatggtgggcttctggttactcatcttattgtgctgaaccat
ctcccctgactagttaataggcttcaagcctggttgtttggcagtgcttg
ctgcctgtatttgtctaaagcc

gaattccaaaggaagtgtttcatcttcaacctgaagatcattaaaaaaaa
tgtctttggggatcaccatcagcacttttataaactgcatactgttgtca
caataataaatacaaaacggtgcccatgttagtgtaaagactcaatgaag
gtgcttagccaacagaaagcatatgcctcccaaattcataaatatatcca
tcattgaatgcaaaattaagagtgttaaaaacttgaaaagaatccagccc
ctgcagcttccacaaggacttcctacagaagagagtatgtcggcccgtgt
gcctcaagatcacagcagagtcagtacagcagtgactcctggagcccgtg
gagcaggaagcaacatcaaatgcacagcagtctcagattacagtatgtaa
atcattcttagtcaaaggaagtgttttcattaaaatatgtattgaatcca
gtccaaaaatttaaataaataagggatgccagagcaaactgacatgatca
aaattagcagctgtgtggagacgagagtaaaggcagaaagaaacaagaag
ttcaattactgtgtgatgagttcagacagctacggccactgagaatgaca
ataacttggagaataaaatgtagacagagagcagcagacagagacagtcc
tcatcagtgattacaaacatcaaacagcaagcaggatcctgcagtttccc
aagttgaaactcaagaaaaacatcattatcatataggtaggtaacaaaca
taaaagtcaagctagtgaaaaatgagtggaatagatctgtttgtagtaga
aggtcaaaaccagataggtattgtggcattgtagaagagatgaagaactt
ttaagaatgaaaagtgtcactgtcaagtactgtagggtccaaatgggtaa
ctaaagagggacagaccttgacttggaaatggtcatactgggtgtgatat
ctaatagtagtagcaattgacacacttgggaaggagggaatttaatctga
ggagttgaattgtcttcaatcagctgggctgtgaggcatttttgaataac
tgctcacatgatatggacccgaatcgctgcctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_68244813_68245976
seq2: B6Ng01-349O20.b_50_1221 (reverse)

seq1  GGCTTT--ACAAATACA-GCAGC-AGCAACAGCAAACAACAAGGCTTGAA  46
      ||||||  ||||||||| ||||| ||||    |||||||| |||||||||
seq2  GGCTTTAGACAAATACAGGCAGCAAGCACTGCCAAACAACCAGGCTTGAA  50

seq1  G-CTA-TAACTAGTCAGGGGAGATGGTTCAGCACA--TAGATGGAGTTAC  92
      | ||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||| ||
seq2  GCCTATTAACTAGTCAGGGGAGATGGTTCAGCACAATAAGAT-GAGTAAC  99

seq1  CAGGAAGCCCAACCATTTATGATTTCGATAATTCTATAGACATTTTAAAT  142
      || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CA-GAAGCCC-ACCATTTATGATTTCGATAA-TCTATAGACATTTTAAAT  146

seq1  AAAAATAAAAAATT-GGAACATTTATGACAT-GGAATCTTTATTTTCTTG  190
      |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  AAAAATAAAAAATTGGGAACATTTATGACATGGGAATC-TTATTTTCTTG  195

seq1  ATTTTGTT-GGCTAACTTGACTCCATTAG--AAAAATGTCAGGGAGATTA  237
      |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTTGGGCTAACTTGACTCCATTAGAAAAAAATGTCAGGGAGATTA  245

seq1  GAGTGACTGACTGGAGGAGAGGAGGGGCAGGAGACAGTGGTTGGGCTGTC  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGACTGACTGGAGGAGAGGAGGGGCAGGAGACAGTGGTTGGGCTGTC  295

seq1  ATGTACGAGAGAAGAAAAACAGTGAGTTAAACAGGTTTAGCACTTCAATT  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACGAGAGAAGAAAAACAGTGAGTTAAACAGGTTTAGCACTTCAATT  345

seq1  ATTCCACTTGACTAGTGTGCTATGTATTGTGTCATCTAGTCAATCTAATA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCACTTGACTAGTGTGCTATGTATTGTGTCATCTAGTCAATCTAATA  395

seq1  CGAATGCCTTGGAATAATAATCCAAAAGCAAACATACCTAGCTTATGTAT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATGCCTTGGAATAATAATCCAAAAGCAAACATACCTAGCTTATGTAT  445

seq1  CTGATCCATGGTCTACAGCAAAGTACTTATAACAATGTCATTGAAAGTAG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCATGGTCTACAGCAAAGTACTTATAACAATGTCATTGAAAGTAG  495

seq1  CAATAGAAGTTAGTGATATTAAAATGTTCAAAGCTACGGCACAATTTCAA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGAAGTTAGTGATATTAAAATGTTCAAAGCTACGGCACAATTTCAA  545

seq1  TTGTCGGATTCTTCTAGATCAACTAAATCCTCAAATATCATTTTCATAGG  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCGGATTCTTCTAGATCAACTAAATCCTCAAATATCATTTTCATAGG  595

seq1  AAATGACAACACTTACCTTAGCAATCTGGACACACCAGTTCAACAGCAGC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACAACACTTACCTTAGCAATCTGGACACACCAGTTCAACAGCAGC  645

seq1  TGTGATCCAATGTTATCCTTGTGTTCATGAACATAGTCCAGTAGGCAGCC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCCAATGTTATCCTTGTGTTCATGAACATAGTCCAGTAGGCAGCC  695

seq1  ATGCGGCATCAGCTGCGTAACCAACTGGATAGTGGGACTCAGACACACTC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGGCATCAGCTGCGTAACCAACTGGATAGTGGGACTCAGACACACTC  745

seq1  CCAATAGGCGAACTAGGTGTGGGTGATCCATACTTGCCATGATCAGAGCC  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAGGCGAACTAGGTGTGGGTGATCCATACTTGCCATGATCAGAGCC  795

seq1  TCCTGTAGCAGCAACAATAGCAAGAAAAAACAGAATATCATAACTTCAAC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAGCAGCAACAATAGCAAGAAAAAACAGAATATCATAACTTCAAC  845

seq1  TCAGCATTCCTCAGTATTTTAAATACATTGGAGAAAAGGTGTATAATAGA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATTCCTCAGTATTTTAAATACATTGGAGAAAAGGTGTATAATAGA  895

seq1  TTAACAACATACTCCGTAAGTCAGACATAGTGCTTACTTAAGCTTTTAAG  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAACATACTCCGTAAGTCAGACATAGTGCTTACTTAAGCTTTTAAG  945

seq1  CCAACATTCAGGAAGCAGAGGTCAGTGAAGCTCTGTGTGTTTGAAGCCAG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATTCAGGAAGCAGAGGTCAGTGAAGCTCTGTGTGTTTGAAGCCAG  995

seq1  CCTATTTTACACACTGAGTTCGAGGTCAGTTATGGCAGTGGAATAAGACC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTTACACACTGAGTTCGAGGTCAGTTATGGCAGTGGAATAAGACC  1045

seq1  CAGTTTCAAAAGAAACATCAGTAGACTCAACTAACTATGTAAATATATTT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCAAAAGAAACATCAGTAGACTCAACTAACTATGTAAATATATTT  1095

seq1  ATTAACTCCTTTCCTGCTTAGACTGATATAATTAAATGAAGCAAAGGAAG  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTCCTTTCCTGCTTAGACTGATATAATTAAATGAAGCAAAGGAAG  1145

seq1  AAATGGTCTATACCACAAAGTGAATTC  1164
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTCTATACCACAAAGTGAATTC  1172


seq1: chr1_68142284_68143367
seq2: B6Ng01-349O20.g_65_1148

seq1  GAATTCCAAAGGAAGTGTTTCATCTTCAACCTGAAGATCATTAAAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGGAAGTGTTTCATCTTCAACCTGAAGATCATTAAAAAAAA  50

seq1  TGTCTTTGGGGATCACCATCAGCACTTTTATAAACTGCATACTGTTGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTGGGGATCACCATCAGCACTTTTATAAACTGCATACTGTTGTCA  100

seq1  CAATAATAAATACAAAACGGTGCCCATGTTAGTGTAAAGACTCAATGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATAAATACAAAACGGTGCCCATGTTAGTGTAAAGACTCAATGAAG  150

seq1  GTGCTTAGCCAACAGAAAGCATATGCCTCCCAAATTCATAAATATATCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTAGCCAACAGAAAGCATATGCCTCCCAAATTCATAAATATATCCA  200

seq1  TCATTGAATGCAAAATTAAGAGTGTTAAAAACTTGAAAAGAATCCAGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGAATGCAAAATTAAGAGTGTTAAAAACTTGAAAAGAATCCAGCCC  250

seq1  CTGCAGCTTCCACAAGGACTTCCTACAGAAGAGAGTATGTCGGCCCGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCTTCCACAAGGACTTCCTACAGAAGAGAGTATGTCGGCCCGTGT  300

seq1  GCCTCAAGATCACAGCAGAGTCAGTACAGCAGTGACTCCTGGAGCCCGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAAGATCACAGCAGAGTCAGTACAGCAGTGACTCCTGGAGCCCGTG  350

seq1  GAGCAGGAAGCAACATCAAATGCACAGCAGTCTCAGATTACAGTATGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGAAGCAACATCAAATGCACAGCAGTCTCAGATTACAGTATGTAA  400

seq1  ATCATTCTTAGTCAAAGGAAGTGTTTTCATTAAAATATGTATTGAATCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTCTTAGTCAAAGGAAGTGTTTTCATTAAAATATGTATTGAATCCA  450

seq1  GTCCAAAAATTTAAATAAATAAGGGATGCCAGAGCAAACTGACATGATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAAAATTTAAATAAATAAGGGATGCCAGAGCAAACTGACATGATCA  500

seq1  AAATTAGCAGCTGTGTGGAGACGAGAGTAAAGGCAGAAAGAAACAAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGCAGCTGTGTGGAGACGAGAGTAAAGGCAGAAAGAAACAAGAAG  550

seq1  TTCAATTACTGTGTGATGAGTTCAGACAGCTACGGCCACTGAGAATGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTACTGTGTGATGAGTTCAGACAGCTACGGCCACTGAGAATGACA  600

seq1  ATAACTTGGAGAATAAAATGTAGACAGAGAGCAGCAGACAGAGACAGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTGGAGAATAAAATGTAGACAGAGAGCAGCAGACAGAGACAGTCC  650

seq1  TCATCAGTGATTACAAACATCAAACAGCAAGCAGGATCCTGCAGTTTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGTGATTACAAACATCAAACAGCAAGCAGGATCCTGCAGTTTCCC  700

seq1  AAGTTGAAACTCAAGAAAAACATCATTATCATATAGGTAGGTAACAAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGAAACTCAAGAAAAACATCATTATCATATAGGTAGGTAACAAACA  750

seq1  TAAAAGTCAAGCTAGTGAAAAATGAGTGGAATAGATCTGTTTGTAGTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTCAAGCTAGTGAAAAATGAGTGGAATAGATCTGTTTGTAGTAGA  800

seq1  AGGTCAAAACCAGATAGGTATTGTGGCATTGTAGAAGAGATGAAGAACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAAAACCAGATAGGTATTGTGGCATTGTAGAAGAGATGAAGAACTT  850

seq1  TTAAAGAATGAAAAGTGTCACTGTCAAGTACTGTAGGGTCCAAATGGGTA  900
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT-AAGAATGAAAAGTGTCACTGTCAAGTACTGTAGGGTCCAAATGGGTA  899

seq1  ACTAAAGAGGGACAGACCTTGACTTTGAAATGGTCATACT-GGTGTGATA  949
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  ACTAAAGAGGGACAGACCTTGACTTGGAAATGGTCATACTGGGTGTGATA  949

seq1  TCTAATAGTAGTTAGCAATTGACACACTTGGGAA-GAGGGAAATTTATCT  998
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||
seq2  TCTAATAGTAG-TAGCAATTGACACACTTGGGAAGGAGGGAATTTAATCT  998

seq1  GAGGAGTTGAATTGTC-TCAATCAGCTGGGCCTGTGAGGCATTTTTTGAT  1047
      |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  ||
seq2  GAGGAGTTGAATTGTCTTCAATCAGCTGGG-CTGTGAGGCATTTTTGAAT  1047

seq1  AACTGCTCACATGATATGGACCCCGATCGCTGCCTCC  1084
      |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  AACTGCTCACATGATATGGACCCGAATCGCTGCCTCC  1084


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |