Query= MSMg01no211_a14.b1 MSMg01no211_a14.b1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no211_a14.b1 PHD_FILE: MSMg01no211_a14.b1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 20:35:50 2005
(420 letters)
>mm_chr1_17582273_17583088
Length = 816
Score = 514 bits (266), Expect = e-150
Identities = 346/404 (85%), Gaps = 51/404 (12%)
Strand = Plus / Plus
Query: 16 gaattctcttcttc-atttttcaagtattcactttttattccctattcctacaaatagca 74
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 261 gaattctcttcttcaatttttcaagttttcactttttattccctattcctacaaatagca 320
Query: 75 tataaataattaagaagatgattgtaggcctgtgaattggctcagtgtgtaaaggtcttt 134
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 321 gataaataattaagaagatggttgtaggcctgtgaattggctcagtgtgtaaaggtcttt 380
Query: 135 actgccaagcttgataccttgtgtttaattcctaagacccacatgatacaaggatgtaat 194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 381 actgccaagcttgataccttgtgtttaattcctaagacccacatgatacaaggatgtaat 440
Query: 195 caattctctcaggatgtcttctggatatcaacctggtatgcacacacagaaacattatat 254
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct: 441 caattctctcaggatgtcttctggatatcaacctggtacgcacacacagagaca------ 494
Query: 255 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatcctaaatt 314
||||||||||| ||||||||
Sbjct: 495 ----------------------------------------atatatatataccctaaatt 514
Query: 315 aaaatgtaaacaaaagtttaaaggaagataatccaatattttttaaatgttgttgtcatt 374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct: 515 aaaatgtaaacaaaagtttaaaggaagataatccaatattttttaaatgttat---catt 571
Query: 375 tttagaactcacagaaggactgaaaaccaagtttttcatattct 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct: 572 tttagaactcacagaaggactgaaaaccaagtttt-catattct 614
Score = 89.7 bits (46), Expect = 3e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 260 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 807 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 762
Score = 89.7 bits (46), Expect = 3e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 258 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 807 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 762
Score = 89.7 bits (46), Expect = 3e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 256 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 807 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 762
Score = 89.7 bits (46), Expect = 3e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 254 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 807 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 762
Score = 89.7 bits (46), Expect = 3e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 252 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 807 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 762
Score = 89.7 bits (46), Expect = 3e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 250 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 295
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 807 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 762
Score = 89.7 bits (46), Expect = 3e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 250 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 295
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 762 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 807
Score = 89.7 bits (46), Expect = 3e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 252 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 762 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 807
Score = 89.7 bits (46), Expect = 3e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 254 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 762 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 807
Score = 89.7 bits (46), Expect = 3e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 256 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 762 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 807
Score = 89.7 bits (46), Expect = 3e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 258 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 762 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 807
Score = 89.7 bits (46), Expect = 3e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 260 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 762 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 807
Score = 87.7 bits (45), Expect = 1e-21
Identities = 45/45 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 262 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 306
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 762 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 806
Score = 87.7 bits (45), Expect = 1e-21
Identities = 45/45 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 262 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 306
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 807 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 763
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 112
Number of extensions: 51
Number of successful extensions: 51
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 25
Number of HSP's successfully gapped: 25
Length of query: 420
Length of database: 816
Length adjustment: 9
Effective length of query: 411
Effective length of database: 807
Effective search space: 331677
Effective search space used: 331677
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
| Query= MSMg01no211_a14.g1 MSMg01no211_a14.g1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no211_a14.g1 PHD_FILE: MSMg01no211_a14.g1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 20:35:51 2005
(375 letters)
>mm_chr1_17613323_17614097
Length = 775
Score = 661 bits (342), Expect = 0.0
Identities = 366/374 (97%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1 tcctgtttgcctagaggataagattcctagagggtcattttggtggcatcacatgataat 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 406 tcctgtttgcctagaggataagattcctagagggtcattttggtggcatcacatgataat 347
Query: 61 ctagaagcactccaagcctgtttcctatcatgtgacccatgtgttctcatcttctcttga 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 346 ctagaagcactccaagcctgtttcctatcatgtgacccatgtgttctcatcttctcttga 287
Query: 121 ctcctcctaccctgtaataaaaatattatctattactacatatttattcaaagctatatg 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 286 ctcctcctaccctgtaataaaaatattatctattactacatatttattcaaagctatatg 227
Query: 181 agaataatgtgcagaatccgcctatgttatataatttcatattttctacttatttttaat 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 226 agaataatgtgcagaatccgcctatgttatataatttcatattttctacttatttttaat 167
Query: 241 ttttaaaaactatcaggaacttagtttgggaaataaagcactgaactagagtttattaca 300
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct: 166 tttttaaaactatcaggaacttagtttgggaaataaagcacagaactagagtttattaca 107
Query: 301 agtggatgggggaggggccatggttatttacagggaagatagagggggctgtgattgtga 360
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct: 106 agtggatgggggaggggccatggggacggacagggaagatagagggggctgtgattggga 47
Query: 361 tggaaagtggataa 374
||||||||||||||
Sbjct: 46 tggaaagtggataa 33
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 18
Number of extensions: 2
Number of successful extensions: 2
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 1
Number of HSP's successfully gapped: 1
Length of query: 375
Length of database: 775
Length adjustment: 9
Effective length of query: 366
Effective length of database: 766
Effective search space: 280356
Effective search space used: 280356
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
|
