Query= MSMg01no410_f08.b1 MSMg01no410_f08.b1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no410_f08.b1 PHD_FILE: MSMg01no410_f08.b1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Wed May 18 18:27:02 2005
(539 letters)
>mm_chr1_98267000_98267938
Length = 939
Score = 315 bits (163), Expect = 4e-90
Identities = 229/253 (90%), Gaps = 7/253 (2%)
Strand = Plus / Plus
Query: 5 gaattccattgtttctcagacttaaatgctgagcagttgtctgaagacaccgatctcagg 64
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 205 gaattccattgtttctcagacttaaatgctgagcagttgtctgaagacaccgatctcagg 264
Query: 65 tattcaggattagggctccatacctagatccagagtttgagttagcatagtcagagaaac 124
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 265 tattcatgattagggctccatacctagatccagagtttgagttagcatagtcagagaaac 324
Query: 125 cagtatatatctatatctctatctctatctctatctctatctctatctctatctctatct 184
|||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct: 325 cagtatatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatct 384
Query: 185 ctatctctatctctatctctatctctatctctatctctatctctatcatctctatctcat 244
||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| || | ||| ||
Sbjct: 385 atatctatatctatatctatatctatatctatatct--atctatat-atttatat---at 438
Query: 245 ctatattatctat 257
|||||| ||||||
Sbjct: 439 ctatat-atctat 450
Score = 250 bits (129), Expect = 2e-70
Identities = 145/153 (94%), Gaps = 7/153 (4%)
Strand = Plus / Plus
Query: 387 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 330 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 389
Query: 447 tatatcatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatctatatatctat 506
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||
Sbjct: 390 tatatc---tatatctatatctatatctatatctat--ctatat--atttatatatctat 442
Query: 507 atatctatgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtg 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 443 atatctatgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtg 475
Score = 194 bits (100), Expect = 2e-53
Identities = 116/122 (95%), Gaps = 3/122 (2%)
Strand = Plus / Plus
Query: 339 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 330 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 389
Query: 399 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatat--ctatatcatct 456
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||| ||||
Sbjct: 390 tatatctatatctatatctatatctatatctatctatatatttatatatctatat-atct 448
Query: 457 at 458
||
Sbjct: 449 at 450
Score = 194 bits (100), Expect = 2e-53
Identities = 112/116 (96%), Gaps = 1/116 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 345 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 330 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 389
Query: 405 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatcatctatat 460
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||
Sbjct: 390 tatatctatatctatatctatatctatatctatctatatatttatat-atctatat 444
Score = 192 bits (99), Expect = 7e-53
Identities = 113/119 (94%), Gaps = 4/119 (3%)
Strand = Plus / Plus
Query: 255 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 330 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 389
Query: 315 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatat 373
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||
Sbjct: 390 tatatctatatctatatctatatctatatctat--ctatatatttat--atatctatat 444
Score = 192 bits (99), Expect = 7e-53
Identities = 113/119 (94%), Gaps = 4/119 (3%)
Strand = Plus / Plus
Query: 267 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 330 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 389
Query: 327 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatat 385
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||
Sbjct: 390 tatatctatatctatatctatatctatatctat--ctatatatttat--atatctatat 444
Score = 192 bits (99), Expect = 7e-53
Identities = 113/119 (94%), Gaps = 4/119 (3%)
Strand = Plus / Plus
Query: 279 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 330 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 389
Query: 339 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatat 397
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||
Sbjct: 390 tatatctatatctatatctatatctatatctat--ctatatatttat--atatctatat 444
Score = 192 bits (99), Expect = 7e-53
Identities = 113/119 (94%), Gaps = 4/119 (3%)
Strand = Plus / Plus
Query: 291 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 330 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 389
Query: 351 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatat 409
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||
Sbjct: 390 tatatctatatctatatctatatctatatctat--ctatatatttat--atatctatat 444
Score = 192 bits (99), Expect = 7e-53
Identities = 113/119 (94%), Gaps = 4/119 (3%)
Strand = Plus / Plus
Query: 303 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 330 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 389
Query: 363 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatat 421
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||
Sbjct: 390 tatatctatatctatatctatatctatatctat--ctatatatttat--atatctatat 444
Score = 192 bits (99), Expect = 7e-53
Identities = 113/119 (94%), Gaps = 4/119 (3%)
Strand = Plus / Plus
Query: 315 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 330 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 389
Query: 375 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatat 433
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||
Sbjct: 390 tatatctatatctatatctatatctatatctat--ctatatatttat--atatctatat 444
Score = 192 bits (99), Expect = 7e-53
Identities = 113/119 (94%), Gaps = 4/119 (3%)
Strand = Plus / Plus
Query: 327 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 330 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatc 389
Query: 387 tatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatat 445
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||
Sbjct: 390 tatatctatatctatatctatatctatatctat--ctatatatttat--atatctatat 444
Score = 97.4 bits (50), Expect = 2e-24
Identities = 59/62 (95%), Gaps = 1/62 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 447 tatatcatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatctatatatctat 506
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct: 328 tatat-atctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctat 386
Query: 507 at 508
||
Sbjct: 387 at 388
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 257
Number of extensions: 55
Number of successful extensions: 55
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 43
Number of HSP's successfully gapped: 17
Length of query: 539
Length of database: 939
Length adjustment: 10
Effective length of query: 529
Effective length of database: 929
Effective search space: 491441
Effective search space used: 491441
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
| |