BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003B06
Chromosome10 (Build37)
Map Location 58,634,699 - 58,778,399
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSept10, Ankrd57
Upstream geneEG664783, 4933403O03Rik, EG245263, Gcc2, Lims1, Ranbp2, 6230424H07Rik, LOC100038981, Edar, LOC624335, LOC100039099, Sh3md4
Downstream geneLOC664892, P4ha1, LOC100039174, Pla2g12b, Oit3, Ccdc109a, LOC100039225, Cbara1, EG664907, LOC664936, Dnajb12, Ddit4, D10Ertd641e, Ascc1, Spock2, Chst3, LOC100039080, Psap, Cdh23
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003B06.bB6Ng01-003B06.g
ACCDH840905DH840906
length1,1761,122
definitionDH840905|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003B06, 5' end.DH840906|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003B06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,777,222 - 58,778,399)(58,634,699 - 58,635,830)
sequence
gaattctctcctcagctagccttctacactgtgtataggctagcacagtg
gttctcaacctgtgggtcaggacccttttacaggagttgcctaagaccat
cagaaagcgcagatattatgattcaaaacagtagcagttatgagggggca
atgaaagtgattttatggctggggtcaccaaacatgaggcactgaattaa
aggtctgcagcattaggaagattgagaaccaccggtttagcacatcccac
acacgtcttagcagactcacatacaaccaggagggaggcatggaaaggag
tggctggactctcaggtaagggtctgatgacccttcctatccacttcttt
gaggaacatcgatagggcaggctctaaaatttgactggaagttgctgcag
ctgctctgaagatgacaataatggatgctatgctcagagagcattgtcct
acaacacctgactcaaacaaacacaaccaagatgaaactacccattctgc
cactgagcaagtaaacaataaacaaatcctagaagacaacaggctccacc
atgacagtctttataaggtatgccacttgagtgaaagataaaatcatatg
gagattgtaccaaggcactcaagtttggggttgcttataactgcagcatc
accttgcctgatttaagttgtgtgtaatttcaaaaacccacgatagctct
ggctaagctctagatcaatatccgccattccaccttgcccaatgccaaaa
acagccgtctcaccctggttcctgaggctggcttgctaagtcccccaaac
ctgtcctttctgtgaatgcctgtagctaacgctcgagttccacagacgac
caccctggtagttggctataccgaccaccaaggactgctccacagttctg
ccctctctcttgcccacctaaatcatctcaaatgggaaaacaccagacaa
ctttaattatttaataccagcccagatttgtattgtaaatcctccaaccc
cattatgcccatgcaaagaacaccccactcagtaatactatgtattacgt
ttgcatgcctagattggcagatctaccactaaccctgctctatccctgct
atgacatccctgctacttgcagctcctctggttacaagtctacccaatct
cccacctcgcttcttccagcttcctt
gaattctatgactagttctctttgcctacttgtaaaattccagagctaca
acaataaccttccaatatatgagaaatgccaagcccttccattcagctta
ttgtgtgaatatcccaagatttaacagagaatacaaattctctttcctct
tatatcagtaagaaatttctattgcgttcaaaaagacattaagtatacct
ggattttaaaattcatattttaattaataattttattaatatttgataag
ctgaagaaaaacagcaagaaatgccacatgatagctatcatggctgagag
ctaagttatacacatcaggttttctaagatcacaccctaaacactgtaag
aacatcattaagaacaaaacacatcattgtgcaaaataccctacgtacta
gatgactgcctcaaatacccaggaggcaatgtacatgggattaggggttt
tttgtttttttgtttgtgtctcatttttaaaaatcttctaaatatattag
ctattttgacaaacttcagaaatttcactccattttgaaggtagaattga
tacatcttttataccaagacataaagtaataaatagtgactcaacgtatc
aattgacagttaaaataatgctttgttactttatctgtacatacacccag
gaagaaaataaataaaagtggtaaacagaaaaggcacttttagtgactgt
atgccatcagcagcagattcttcatgtctgcagcaaacctcaacaacaaa
cattgacactctaatttccaggtgggggagcaagagcttagcaaatttac
taacacagctggatagttagaagctggggtgtgaactagatcagacttct
ttaaagcccacattcaaccatactagatttcagcagaaaggaaagaggtg
tgctgctcctacatgcttctcaccatactgactttctaggatatatatta
tgagaccaactctaatttagagattgttgtattactctaaggtaaaagaa
actcttatagatctgaggacatgtgtggtgcagttagtactctgaactat
gacctctactaatgacatgagaagtcctgctacactgtgccctctctggg
atcaattagctggtgtcatgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_58777222_58778399
seq2: B6Ng01-003B06.b_49_1224 (reverse)

seq1  AAGGAAGATGGAAGAAGAGGAGGTGGAAGATGGGGTAGAACCTTGTAACC  50
      ||||||| |||||||||  ||||||| |||| |||||||  ||||||| |
seq2  AAGGAAGCTGGAAGAAG-CGAGGTGGGAGATTGGGTAGA--CTTGTAA-C  46

seq1  CCGAGGAGCTGCAAGTAGCAAGGGATGTCATAGCAGGGGATAGAGCAGTG  100
      | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  CAGAGGAGCTGCAAGTAGC-AGGGATGTCATAGCA-GGGATAGAGCAGGG  94

seq1  -TAGTGGTAGATCTGCCCAATCTAGGCATGC-AACGT-ATACATAGTATA  147
       |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| 
seq2  TTAGTGGTAGATCTG-CCAATCTAGGCATGCAAACGTAATACATAGTATT  143

seq1  ACTGAGTTGGGTGTTCTTTGCATGGGCATATTGGGGTTGGAGATTTAACA  197
      ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  || |||
seq2  ACTGAGTGGGGTGTTCTTTGCATGGGCATAATGGGGTTGGAGGATTTACA  193

seq1  ATACAAATCTGGGCTGGTATTAAAT-ATTAAGGTTGTCTGGTGTTTT-CC  245
      ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||
seq2  ATACAAATCTGGGCTGGTATTAAATAATTAAAGTTGTCTGGTGTTTTCCC  243

seq1  ATTTGAGATGATTTAGGTGGGCAAGAGAGAGGGCAGAACTGTGGAGCAGT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGATGATTTAGGTGGGCAAGAGAGAGGGCAGAACTGTGGAGCAGT  293

seq1  CCTTGGTGGTCGGTATAGCCAACTACCAGGGTGGTCGTCTGTGGAACTCG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTGGTCGGTATAGCCAACTACCAGGGTGGTCGTCTGTGGAACTCG  343

seq1  AGCGTTAGCTACAGGCATTCACAGAAAGGACAGGTTTGGGGGACTTAGCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTTAGCTACAGGCATTCACAGAAAGGACAGGTTTGGGGGACTTAGCA  393

seq1  AGCCAGCCTCAGGAACCAGGGTGAGACGGCTGTTTTTGGCATTGGGCAAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCCTCAGGAACCAGGGTGAGACGGCTGTTTTTGGCATTGGGCAAG  443

seq1  GTGGAATGGCGGATATTGATCTAGAGCTTAGCCAGAGCTATCGTGGGTTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAATGGCGGATATTGATCTAGAGCTTAGCCAGAGCTATCGTGGGTTT  493

seq1  TTGAAATTACACACAACTTAAATCAGGCAAGGTGATGCTGCAGTTATAAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATTACACACAACTTAAATCAGGCAAGGTGATGCTGCAGTTATAAG  543

seq1  CAACCCCAAACTTGAGTGCCTTGGTACAATCTCCATATGATTTTATCTTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCCAAACTTGAGTGCCTTGGTACAATCTCCATATGATTTTATCTTT  593

seq1  CACTCAAGTGGCATACCTTATAAAGACTGTCATGGTGGAGCCTGTTGTCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAAGTGGCATACCTTATAAAGACTGTCATGGTGGAGCCTGTTGTCT  643

seq1  TCTAGGATTTGTTTATTGTTTACTTGCTCAGTGGCAGAATGGGTAGTTTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGATTTGTTTATTGTTTACTTGCTCAGTGGCAGAATGGGTAGTTTC  693

seq1  ATCTTGGTTGTGTTTGTTTGAGTCAGGTGTTGTAGGACAATGCTCTCTGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGTTGTGTTTGTTTGAGTCAGGTGTTGTAGGACAATGCTCTCTGA  743

seq1  GCATAGCATCCATTATTGTCATCTTCAGAGCAGCTGCAGCAACTTCCAGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGCATCCATTATTGTCATCTTCAGAGCAGCTGCAGCAACTTCCAGT  793

seq1  CAAATTTTAGAGCCTGCCCTATCGATGTTCCTCAAAGAAGTGGATAGGAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTTAGAGCCTGCCCTATCGATGTTCCTCAAAGAAGTGGATAGGAA  843

seq1  GGGTCATCAGACCCTTACCTGAGAGTCCAGCCACTCCTTTCCATGCCTCC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATCAGACCCTTACCTGAGAGTCCAGCCACTCCTTTCCATGCCTCC  893

seq1  CTCCTGGTTGTATGTGAGTCTGCTAAGACGTGTGTGGGATGTGCTAAACC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGTTGTATGTGAGTCTGCTAAGACGTGTGTGGGATGTGCTAAACC  943

seq1  GGTGGTTCTCAATCTTCCTAATGCTGCAGACCTTTAATTCAGTGCCTCAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTCTCAATCTTCCTAATGCTGCAGACCTTTAATTCAGTGCCTCAT  993

seq1  GTTTGGTGACCCCAGCCATAAAATCACTTTCATTGCCCCCTCATAACTGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGTGACCCCAGCCATAAAATCACTTTCATTGCCCCCTCATAACTGC  1043

seq1  TACTGTTTTGAATCATAATATCTGCGCTTTCTGATGGTCTTAGGCAACTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTTTGAATCATAATATCTGCGCTTTCTGATGGTCTTAGGCAACTC  1093

seq1  CTGTAAAAGGGTCCTGACCCACAGGTTGAGAACCACTGTGCTAGCCTATA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAAAGGGTCCTGACCCACAGGTTGAGAACCACTGTGCTAGCCTATA  1143

seq1  CACAGTGTAGAAGGCTAGCTGAGGAGAGAATTC  1178
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGTAGAAGGCTAGCTGAGGAGAGAATTC  1176

seq1: chr10_58634699_58635830
seq2: B6Ng01-003B06.g_68_1189

seq1  GAATTCTATGACTAGTTCTCTTTGCCTACTTGTAAAATTCCAGAGCTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGACTAGTTCTCTTTGCCTACTTGTAAAATTCCAGAGCTACA  50

seq1  ACAATAACCTTCCAATATATGAGAAATGCCAAGCCCTTCCATTCAGCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAACCTTCCAATATATGAGAAATGCCAAGCCCTTCCATTCAGCTTA  100

seq1  TTGTGTGAATATCCCAAGATTTAACAGAGAATACAAATTCTCTTTCCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGAATATCCCAAGATTTAACAGAGAATACAAATTCTCTTTCCTCT  150

seq1  TATATCAGTAAGAAATTTCTATTGCGTTCAAAAAGACATTAAGTATACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCAGTAAGAAATTTCTATTGCGTTCAAAAAGACATTAAGTATACCT  200

seq1  GGATTTTAAAATTCATATTTTAATTAATAATTTTATTAATATTTGATAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTTAAAATTCATATTTTAATTAATAATTTTATTAATATTTGATAAG  250

seq1  CTGAAGAAAAACAGCAAGAAATGCCACATGATAGCTATCATGGCTGAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAAAAACAGCAAGAAATGCCACATGATAGCTATCATGGCTGAGAG  300

seq1  CTAAGTTATACACATCAGGTTTTCTAAGATCACACCCTAAACACTGTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTTATACACATCAGGTTTTCTAAGATCACACCCTAAACACTGTAAG  350

seq1  AACATCATTAAGAACAAAACACATCATTGTGCAAAATACCCTACGTACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCATTAAGAACAAAACACATCATTGTGCAAAATACCCTACGTACTA  400

seq1  GATGACTGCCTCAAATACCCAGGAGGCAATGTACATGGGATTAGGGGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTGCCTCAAATACCCAGGAGGCAATGTACATGGGATTAGGGGTTT  450

seq1  TTTGTTTTTTTGTTTGTGTCTCATTTTTAAAAATCTTCTAAATATATTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTTTGTTTGTGTCTCATTTTTAAAAATCTTCTAAATATATTAG  500

seq1  CTATTTTGACAAACTTCAGAAATTTCACTCCATTTTGAAGGTAGAATTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTGACAAACTTCAGAAATTTCACTCCATTTTGAAGGTAGAATTGA  550

seq1  TACATCTTTTATACCAAGACATAAAGTAATAAATAGTGACTCAACGTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTTTTATACCAAGACATAAAGTAATAAATAGTGACTCAACGTATC  600

seq1  AATTGACAGTTAAAATAATGCTTTGTTACTTTATCTGTACATACACCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACAGTTAAAATAATGCTTTGTTACTTTATCTGTACATACACCCAG  650

seq1  GAAGAAAATAAATAAAAGTGGTAAACAGAAAAGGCACTTTTAGTGACTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAATAAATAAAAGTGGTAAACAGAAAAGGCACTTTTAGTGACTGT  700

seq1  ATGCCATCAGCAGCAGATTCTTCATGTCTGCAGCAAACCTCAACAACAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATCAGCAGCAGATTCTTCATGTCTGCAGCAAACCTCAACAACAAA  750

seq1  CATTGACACTCTAATTTCCAGGTGGGGGAGCAAGAGCTTAGCAAATTTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACACTCTAATTTCCAGGTGGGGGAGCAAGAGCTTAGCAAATTTAC  800

seq1  TAACACAGCTGGATAGTTAGAAGCTGGGATGTGAACTAGATCAGACTTCT  850
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAACACAGCTGGATAGTTAGAAGCTGGGGTGTGAACTAGATCAGACTTCT  850

seq1  TTAAAGCCCACATTCAACCATACTAGATTTCAGCAG-AAGGAAAGAGGTG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTAAAGCCCACATTCAACCATACTAGATTTCAGCAGAAAGGAAAGAGGTG  900

seq1  TGCTGCTCCTACATGCTTCCCACCATACTGACTTCCTAGGATATATATTT  949
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  TGCTGCTCCTACATGCTTCTCACCATACTGACTTTCTAGGATATATA-TT  949

seq1  ATGAGACCAACTCTAATTTTAGAGATTTGTTGTATTACTCTAAGGTAAAA  999
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACCAACTCTAA-TTTAGAGA-TTGTTGTATTACTCTAAGGTAAAA  997

seq1  GAAACTCTTAATAGATCTGAAGAACATGGTGT-GTGCAGTTAGTACTCTG  1048
      ||||||||| ||||||||| || |||| |||| |||||||||||||||||
seq2  GAAACTCTT-ATAGATCTG-AGGACAT-GTGTGGTGCAGTTAGTACTCTG  1044

seq1  AACTATGACCTCTACTAAATGAACATGAGAAGTTCCTGCTACACTGTGCC  1098
      |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  AACTATGACCTCTACT-AATG-ACATGAGAAG-TCCTGCTACACTGTG-C  1090

seq1  CCTCTCTGGGATCCAATTAGCTTGTTGTCATGAG  1132
      |||||||||||| |||||||| || |||||||||
seq2  CCTCTCTGGGAT-CAATTAGC-TGGTGTCATGAG  1122