BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003M14
Chromosome10 (Build37)
Map Location 66,017,946 - 66,122,467
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700023F02Rik, 4930407I19Rik
Downstream geneReep3, Jmjd1c, Nrbf2, Egr2, Gm237, LOC100040081
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003M14.bB6Ng01-003M14.g
ACCDH841389DH841390
length1,1611,110
definitionDH841389|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003M14, 5' end.DH841390|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003M14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,017,946 - 66,019,122)(66,121,351 - 66,122,467)
sequence
gaattcttgtgttagaagtacattataaactaaataaaatttcctgtcct
gatgaaatttataaaaaaataattaagtctaattatatagttataactat
aatatatatgtgtgtgtgtgtaatgtatataatacatatatataattata
gttgaggaagatggatatcaatcacagtctggaagaagatgactcctgtc
tacttctcagactgaagggtgagcatggtaacagaatgcttacctagtat
atggggggctctgagtttaatcccaattatcatcaaaaaatataagaaaa
aaaataagccaatgggagaaggcttggtaagtcattgtgaggtttttgac
tatactcaggatgaaacagagagctggagaagctttggacagaggagggg
aacgacttacttgtattgtcagagggcaccaccaccacccctcccgtggg
cttgctatgtggagagtagtttggacagaggttatcaaaggaaactactc
aagagactcttgcagtaatccaaaagaaagagagatggtggcgactccag
ccaaggtggccagctccaggtgaccactgcagaaactagagaagtaatta
aaggtggaatcaacctatttgaagtgctcagcctcacatgctaatattta
taaatgtgggacgggacctgtggttattcagatgatgataggcatgatgg
ttatattcgagtcagaaagaaaaattgacagagttcattaggcatggaca
catactgttggttaagtctatgaaaatgtataaagtttgtgaatgccatc
taagacgtgcattaaggcagaaagaaaaagaaaaagttgagaaccgtact
gttgaactgtgcacctgttaaagtaggggcttttccatgcccacaactgc
tctgaatagtgacattatatttataaagcttcagtactatagctaggcag
atactcagctattctagctcactatgctgacgggcctacttcccagccat
gtggccatatcagccactgagtttcagcctgagactgactgactgtctct
tgtcttcctctgcttctttgtctctctctgccctccctccggaagtacct
ccatttccttctggctgctattggcctacgtctttattaacccaatctga
agtgatgggga
gaattcctaattgtccaccctatgctcacacataattgggcatgtttatg
gttaaagtcagatgcattgtggaaagtaacaagtgaacaaaggcttacat
gacccaagcccatctgtcagaacagagttctaagttgcttccttttgaat
cccataaaaagaagctcccataaatgatcgggactcaagaatcaagtgac
ccattgttcctcttgatggaatattcccgtgtggcctggaccactttgct
ttgaaaaaaatgtcctcactactttgcaatccttgaaagagtttatttca
atccttcatataagaggtcacgaacctggaaagacccactcagataccaa
ctaccggtaacagttctgttgctcttgggaatgctgactaggacttaaga
caaagttgttgagccggtggatggtgataccttgcttcctttgtagcaaa
ctgatgggttttgggtgattgagtttgtgcttctgtttatgtgagctgtt
tatttgtgctgtggagataggacagggaagtgttttcctacacaggatgg
cttagtgaggggtagaagtctgctggcaagtaggacaactccccacagtc
tgaggtgagagcttgtattgagccttctgtttctttggatgcctgtggga
tgcagctgaacttggcttcccatcactaggaagtttgaccccagttgggg
tcaagttagaggtcaagaggactcattgtgtaaattgcttgttgcagcca
tttcagaggagtccctaaaaagatacagtattggtacaaaagactacagt
ggaatgcatgccagtcaacgttgctgtgccctttcgtcttttcttctgac
ttttggtggcatgggtgaagagcaatagtctcattctgccctcatctgtt
gagttaactcagggattgctgagaattcttcctaggacatggttgccgct
tggtagaagctctgtctaatcagaattctgcctgatcagaaggactacct
cttctttgttttcttttcctcccccacagagtcaggtttctttcttcttt
catctggtagtgtggtgtaagggcagggtcctatgtaactcaggctggcc
tccagcttgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_66017946_66019122
seq2: B6Ng01-003M14.b_44_1204

seq1  GAATTCTTGTGTTAGAAGTACATTATAAACTAAATAAAATTTCCTGTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTGTTAGAAGTACATTATAAACTAAATAAAATTTCCTGTCCT  50

seq1  GATGAAATTTATAAAAAAATAATTAAGTCTAATTATATAGTTATAACTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAATTTATAAAAAAATAATTAAGTCTAATTATATAGTTATAACTAT  100

seq1  AATATATATGTGTGTGTGTGTAATGTATATAATACATATATATAATTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATATGTGTGTGTGTGTAATGTATATAATACATATATATAATTATA  150

seq1  GTTGAGGAAGATGGATATCAATCACAGTCTGGAAGAAGATGACTCCTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGGAAGATGGATATCAATCACAGTCTGGAAGAAGATGACTCCTGTC  200

seq1  TACTTCTCAGACTGAAGGGTGAGCATGGTAACAGAATGCTTACCTAGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTCAGACTGAAGGGTGAGCATGGTAACAGAATGCTTACCTAGTAT  250

seq1  ATGGGGGGCTCTGAGTTTAATCCCAATTATCATCAAAAAATATAAGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGGGCTCTGAGTTTAATCCCAATTATCATCAAAAAATATAAGAAAA  300

seq1  AAAATAAGCCAATGGGAGAAGGCTTGGTAAGTCATTGTGAGGTTTTTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGCCAATGGGAGAAGGCTTGGTAAGTCATTGTGAGGTTTTTGAC  350

seq1  TATACTCAGGATGAAACAGAGAGCTGGAGAAGCTTTGGACAGAGGAGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTCAGGATGAAACAGAGAGCTGGAGAAGCTTTGGACAGAGGAGGGG  400

seq1  AACGACTTACTTGTATTGTCAGAGGGCACCACCACCACCCCTCCCGTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGACTTACTTGTATTGTCAGAGGGCACCACCACCACCCCTCCCGTGGG  450

seq1  CTTGCTATGTGGAGAGTAGTTTGGACAGAGGTTATCAAAGGAAACTACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTATGTGGAGAGTAGTTTGGACAGAGGTTATCAAAGGAAACTACTC  500

seq1  AAGAGACTCTTGCAGTAATCCAAAAGAAAGAGAGATGGTGGCGACTCCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACTCTTGCAGTAATCCAAAAGAAAGAGAGATGGTGGCGACTCCAG  550

seq1  CCAAGGTGGCCAGCTCCAGGTGACCACTGCAGAAACTAGAGAAGTAATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTGGCCAGCTCCAGGTGACCACTGCAGAAACTAGAGAAGTAATTA  600

seq1  AAGGTGGAATCAACCTATTTGAAGTGCTCAGCCTCACATGCTAATATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGAATCAACCTATTTGAAGTGCTCAGCCTCACATGCTAATATTTA  650

seq1  TAAATGTGGGACGGGACCTGTGGTTATTCAGATGATGATAGGCATGATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTGGGACGGGACCTGTGGTTATTCAGATGATGATAGGCATGATGG  700

seq1  TTATATTCGAGTCAGAAAGAAAAATTGACAGAGTTCATTAGGCATGGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTCGAGTCAGAAAGAAAAATTGACAGAGTTCATTAGGCATGGACA  750

seq1  CATACTGTTGGTTAAGTCTATGAAAATGTATAAAGTTTGTGAATGCCATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTGTTGGTTAAGTCTATGAAAATGTATAAAGTTTGTGAATGCCATC  800

seq1  TAAGACGTGCATTAAGGCAGAAAGAAAAAGAAAAAGTTGAGAACCGTACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACGTGCATTAAGGCAGAAAGAAAAAGAAAAAGTTGAGAACCGTACT  850

seq1  GTTGAACTGTGCACCTGTAAAAGTAGGGGCTTTTCCATGCCCACAACTGC  900
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAACTGTGCACCTGTTAAAGTAGGGGCTTTTCCATGCCCACAACTGC  900

seq1  TCTGAATAGTGACATTTATATTTATTAAAAGCTTCAGGTACTATAGCTAG  950
      |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTGAATAGTGACA-TTATATTTAT--AAAGCTTCA-GTACTATAGCTAG  946

seq1  GCAGATACTCAGCTATTCTAGCTCAACTATGCTGACGGGGCCTACTTCCC  1000
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCAGATACTCAGCTATTCTAGCTC-ACTATGCTGAC-GGGCCTACTTCCC  994

seq1  AGCCATGTGGCCCATTATCAGCCAACTGAGTTTCAGCCTGAGACTGACTG  1050
      ||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGTGGCC--ATATCAGCC-ACTGAGTTTCAGCCTGAGACTGACTG  1041

seq1  ACTGTCTCTTGTCTCTCTCTGCTTCTCTGTCTCTCTCTGCCCTCCCCCCA  1100
      ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| || 
seq2  ACTGTCTCTTGTCTTCCTCTGCTTCTTTGTCTCTCTCTGCCCTCCCTCCG  1091

seq1  GAAGTACCTCCCTTTCCTCTCCTGCCCTGCTATTGGCTTTTCAGCTCTTT  1150
      ||||||||||| ||||  || |||  ||||||||||| |   |  |||||
seq2  GAAGTACCTCCATTTC--CTTCTG-GCTGCTATTGGCCT---ACGTCTTT  1135

seq1  ATTTAACCAATCAGAAAGTGATGGGGA  1177
      ||| | |||||| | ||||||||||||
seq2  ATTAACCCAATCTG-AAGTGATGGGGA  1161

seq1: chr10_66121351_66122467
seq2: B6Ng01-003M14.g_68_1177 (reverse)

seq1  GCAAGCTTGAGGCCAGCCTGAGCTACATAGGACCCTGCCCTAACAACA-A  49
      ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || |
seq2  GCAAGCTGGAGGCCAGCCTGAGTTACATAGGACCCTGCCCTTACACCACA  50

seq1  CAACAAAACAGAAATGGAAGAAAGAAAGAAAACTGACTCTGTGGGGGAGG  99
      | ||    |||  ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTAC----CAG--ATGAAAG-AAGAAAGAAACCTGACTCTGTGGGGGAGG  93

seq1  AAAAGAAAACAAAAGAAGAGGTAAGTCC-TCTGATCAGGCAGAATTCTGA  148
      |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAAC-AAAGAAGAGGT-AGTCCTTCTGATCAGGCAGAATTCTGA  141

seq1  TTAGACAAGAGC-TCTACCAAGCGGCAACCATGTCCTAGGAAGAATTCTC  197
      |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAC-AGAGCTTCTACCAAGCGGCAACCATGTCCTAGGAAGAATTCTC  190

seq1  AGCAATCCCTGAGTTAACTCAACAGATGAGGGCAGAATGAGACTATTGCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATCCCTGAGTTAACTCAACAGATGAGGGCAGAATGAGACTATTGCT  240

seq1  CTTCACCCATGCCACCAAAAGTCAGAAGAAAAGACGAAAGGGCACAGCAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCCATGCCACCAAAAGTCAGAAGAAAAGACGAAAGGGCACAGCAA  290

seq1  CGTTGACTGGCATGCATTCCACTGTAGTCTTTTGTACCAATACTGTATCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGACTGGCATGCATTCCACTGTAGTCTTTTGTACCAATACTGTATCT  340

seq1  TTTTAGGGACTCCTCTGAAATGGCTGCAACAAGCAATTTACACAATGAGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGGACTCCTCTGAAATGGCTGCAACAAGCAATTTACACAATGAGT  390

seq1  CCTCTTGACCTCTAACTTGACCCCAACTGGGGTCAAACTTCCTAGTGATG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTGACCTCTAACTTGACCCCAACTGGGGTCAAACTTCCTAGTGATG  440

seq1  GGAAGCCAAGTTCAGCTGCATCCCACAGGCATCCAAAGAAACAGAAGGCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCAAGTTCAGCTGCATCCCACAGGCATCCAAAGAAACAGAAGGCT  490

seq1  CAATACAAGCTCTCACCTCAGACTGTGGGGAGTTGTCCTACTTGCCAGCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACAAGCTCTCACCTCAGACTGTGGGGAGTTGTCCTACTTGCCAGCA  540

seq1  GACTTCTACCCCTCACTAAGCCATCCTGTGTAGGAAAACACTTCCCTGTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTACCCCTCACTAAGCCATCCTGTGTAGGAAAACACTTCCCTGTC  590

seq1  CTATCTCCACAGCACAAATAAACAGCTCACATAAACAGAAGCACAAACTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCCACAGCACAAATAAACAGCTCACATAAACAGAAGCACAAACTC  640

seq1  AATCACCCAAAACCCATCAGTTTGCTACAAAGGAAGCAAGGTATCACCAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACCCAAAACCCATCAGTTTGCTACAAAGGAAGCAAGGTATCACCAT  690

seq1  CCACCGGCTCAACAACTTTGTCTTAAGTCCTAGTCAGCATTCCCAAGAGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCGGCTCAACAACTTTGTCTTAAGTCCTAGTCAGCATTCCCAAGAGC  740

seq1  AACAGAACTGTTACCGGTAGTTGGTATCTGAGTGGGTCTTTCCAGGTTCG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAACTGTTACCGGTAGTTGGTATCTGAGTGGGTCTTTCCAGGTTCG  790

seq1  TGACCTCTTATATGAAGGATTGAAATAAACTCTTTCAAGGATTGCAAAGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTCTTATATGAAGGATTGAAATAAACTCTTTCAAGGATTGCAAAGT  840

seq1  AGTGAGGACATTTTTTTCAAAGCAAAGTGGTCCAGGCCACACGGGAATAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGACATTTTTTTCAAAGCAAAGTGGTCCAGGCCACACGGGAATAT  890

seq1  TCCATCAAGAGGAACAATGGGTCACTTGATTCTTGAGTCCCGATCATTTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCAAGAGGAACAATGGGTCACTTGATTCTTGAGTCCCGATCATTTA  940

seq1  TGGGAGCTTCTTTTTATGGGATTCAAAAGGAAGCAACTTAGAACTCTGTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCTTCTTTTTATGGGATTCAAAAGGAAGCAACTTAGAACTCTGTT  990

seq1  CTGACAGATGGGCTTGGGTCATGTAAGCCTTTGTTCACTTGTTACTTTCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGATGGGCTTGGGTCATGTAAGCCTTTGTTCACTTGTTACTTTCC  1040

seq1  ACAATGCATCTGACTTTAACCATAAACATGCCCAATTATGTGTGAGCATA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGCATCTGACTTTAACCATAAACATGCCCAATTATGTGTGAGCATA  1090

seq1  GGGTGGACAATTAGGAATTC  1117
      ||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGACAATTAGGAATTC  1110