BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-023F12
Chromosome10 (Build37)
Map Location 83,180,018 - 83,350,162
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1500009L16Rik
Upstream geneHcfc2, Nfyb, 1700028I16Rik, Txnrd1, Eid3, EG216185, Chst11, Slc41a2, D10Wsu102e, LOC666748, Aldh1l2, A230046K03Rik, Appl2
Downstream geneLOC100041225, C230099D08Rik, LOC432482, Nuak1, Ckap4, Tcp11l2, Polr3b, Rfx4, EG625690
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-023F12.bB6Ng01-023F12.g
ACCDH855290DH855291
length1,0901,161
definitionDH855290|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023F12, 5' end.DH855291|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023F12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,349,061 - 83,350,162)(83,180,018 - 83,181,293)
sequence
gaattcctggcatatcgctgtcacctgacagttcaagactccaagtccca
aggagatgacatggtcctactgctgtctatagcagagctgccattagagc
caaggctctggctcctgaacaacacaacagcttgctgggactgtttgaaa
ggtgactgcacaaactactgttcatggttttttagtcctcgagtctcttt
cttagctttaaccctcacccatgctacaaatatgtcctgttacatcacca
atttctttaggctcctctgccttgcttttccttgcacacacgtggatgta
atcacaatacctgttaggaactttagaggaagtgatacatgaagcagcca
ggctggtgcactcagtaactggcaatcagcctgctgttatcaacccagta
cagcaactcacctctccagcaatgcatcctcaacaagcaaaaccagggca
tagaggggaaaccatacaattaactcagccaaggaaagcattactcctat
ctcaggatgacagagattaatagaacccggagatcatatcatatcttgga
gaaagaattctaaacaagaagacacagtgctgagccctggcatctctcac
tgccctgcccccactcctagataccaacacagcactcttcagcaagtgca
cgcataaaccaggaagctaagactaggattttgcttctcttcaaggtgag
aaattgctcagtctgtagatatcatgacggcagccattcatggagaattg
ttagtgggttaataaagtattggaattccgagacttgggtagatataaag
gaccctttcagttcccagctagacctcttttatttttcctctcatggagc
ctggtccttgtagtcttatattgccttgaacctctcaagtagccagtcca
tagaagggaattctgagggaaagagagtcacacatggggttggagtccta
gggcaacaggaatagataggcatgttttctcataggacatcagacaaact
ttcagcacttgtcccacttcacatttcacgacttggggaatcctgtgatt
aggccaggagaggatgcttattcatctgcttgacttctat
gaattctttgttcagctctgagccccattttttaatggggttatttgatt
ttctgaagtccaccttcttgagttctttatatatgttggatattagtccc
ctatctgatttaggataggtaaagatcctttcccaatctgttggtggtct
ttttgtcttattgacggtgtcttttgccttgcagaaactttggagtttca
ttaggtcccatttgtcaattcttgatcttacagcacaagccattgctgtt
ctgttcaggaatttttcccctgtgcccatatcttcaaggcttttccccac
tttctcttctataagtttcagtgtctctggttttatgtgaagttccttga
tccacttaactgcctttctaagtacccagaaaacgagcattcttctaagg
gtctcgggaaaatcatcctgtcctgtttaaatccccagtggccgccagca
tttcaacttaagggtcaacagcttctctttctttctgacctcagcagtca
tgtcaccttgggtcttccttttggggctttgaacctgaagagagtagcgt
gtgttcaaggacaggtggcattggggggtaaaagctaaatgcggtggagc
aagtctgtaatctaaagccctgggaaattagagagtagaccggaagttaa
aggccatccttgggctgtaaagtgaactagagggcagcctgggttacatg
agaccctatctcaagtcacaccccccacccccacccccaaattaactacg
gtagtctctggatctttgcttactttatcaaagactccctgtggatgcct
ggaagaacaagctcatttgtctatgtttttcacacacacacacgcacacg
cacacgcacacgcgcacgcatatacacatacacatgagtttaaaataagc
acactggaagcttaaatacatattaataataaaacttgacattcaagcga
ttatttttcattttactgtatgaatgctttgccggcatgtgtgtatgtgc
atcatgatacgtctgtgcctatggaggtcccagaaggcatcgaattccct
cgaactggaatttgatgctgttgaccaactggggggtctgggaatggaac
cctcactggacactggtttagaacaatataagccgaatgcctgggaagtg
aacgagatccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_83349061_83350162
seq2: B6Ng01-023F12.b_37_1126 (reverse)

seq1  ATAGAAGTCAAGCAGAATTGATTATAGCATCCCTTCTCCTGGCCTAATCA  50
      ||||||||||||||||  ||| || |||||||  ||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGTCAAGCAGA--TGAATA-AGCATCC--TCTCCTGGCCTAATCA  45

seq1  CAAGATTTCACAAGTCGTGAAATGTGGAAGTGGTGACCAGTGCTTGAAGG  100
      || |||| | ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||| |
seq2  CAGGATTCCCCAAGTCGTGAAATGT-GAAGTGG-GACAAGTGC-TGAAAG  92

seq1  TTTGTCTTGATGTCCTATGAGAAACACATGCCTATCTATTCTTGTTGCCC  150
      |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTGTC-TGATGTCCTATGAGAAA-ACATGCCTATCTATTCCTGTTGCCC  140

seq1  TAGGACTCCAACCCCATGTGCTGACTCTCTTTTCCCTCAGAATTCCCTTT  200
      |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  TAGGACTCCAACCCCATGTG-TGACTCTC-TTTCCCTCAGAATTCCC-TT  187

seq1  CTATGGACTGGCTACTTGAGAGGTTCAAGGCAATATAAGACTACAAGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGACTGGCTACTTGAGAGGTTCAAGGCAATATAAGACTACAAGGAC  237

seq1  CAGGCTCCATGAGAGGAAAAATAAAAGAGGTCTAGCTGGGAACTG-AAGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGGCTCCATGAGAGGAAAAATAAAAGAGGTCTAGCTGGGAACTGAAAGG  287

seq1  GTCCTTTATATCTACCCAAGTCTCGGAATTCCAATACTTTATTAACCCAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTATATCTACCCAAGTCTCGGAATTCCAATACTTTATTAACCCAC  337

seq1  TAACAATTCTCCATGAATGGCTGCCGTCCTGATATCTACAGACTGAGCAA  399
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATTCTCCATGAATGGCTGCCGTCATGATATCTACAGACTGAGCAA  387

seq1  TTTCTCACCTTGAAGAGAAGCAAAATCCTAGTCTTAGCTTCCTGGTTTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCACCTTGAAGAGAAGCAAAATCCTAGTCTTAGCTTCCTGGTTTAT  437

seq1  GCGTGCACTTGCTGAAGAGTGCTGTGTTGGTATCTAGGAGTGGGGGCAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGCACTTGCTGAAGAGTGCTGTGTTGGTATCTAGGAGTGGGGGCAGG  487

seq1  GCAGTGAGAGATGCCAGGGCTCAGCACTGTGTCTTCTTGTTTAGAATTCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGAGAGATGCCAGGGCTCAGCACTGTGTCTTCTTGTTTAGAATTCT  537

seq1  TTCTCCAAGATATGATATGATCTCCGGGTTCTATTAATCTCTGTCATCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAAGATATGATATGATCTCCGGGTTCTATTAATCTCTGTCATCCT  587

seq1  GAGATAGGAGTAATGCTTTCCTTGGCTGAGTTAATTGTATGGTTTCCCCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGGAGTAATGCTTTCCTTGGCTGAGTTAATTGTATGGTTTCCCCT  637

seq1  CTATGCCCTGGTTTTGCTTGTTGAGGATGCATTGCTGGAGAGGTGAGTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCCCTGGTTTTGCTTGTTGAGGATGCATTGCTGGAGAGGTGAGTTG  687

seq1  CTGTACTGGGTTGATAACAGCAGGCTGATTGCCAGTTACTGAGTGCACCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTGGGTTGATAACAGCAGGCTGATTGCCAGTTACTGAGTGCACCA  737

seq1  GCCTGGCTGCTTCATGTATCACTTCCTCTAAAGTTCCTAACAGGTATTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCTGCTTCATGTATCACTTCCTCTAAAGTTCCTAACAGGTATTGT  787

seq1  GATTACATCCACGTGTGTGCAAGGAAAAGCAAGGCAGAGGAGCCTAAAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACATCCACGTGTGTGCAAGGAAAAGCAAGGCAGAGGAGCCTAAAGA  837

seq1  AATTGGTGATGTAACAGGACATATTTGTAGCATGGGTGAGGGTTAAAGCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGTGATGTAACAGGACATATTTGTAGCATGGGTGAGGGTTAAAGCT  887

seq1  AAGAAAGAGACTCGAGGACTAAAAAACCATGAACAGTAGTTTGTGCAGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGAGACTCGAGGACTAAAAAACCATGAACAGTAGTTTGTGCAGTC  937

seq1  ACCTTTCAAACAGTCCCAGCAAGCTGTTGTGTTGTTCAGGAGCCAGAGCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTCAAACAGTCCCAGCAAGCTGTTGTGTTGTTCAGGAGCCAGAGCC  987

seq1  TTGGCTCTAATGGCAGCTCTGCTATAGACAGCAGTAGGACCATGTCATCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCTAATGGCAGCTCTGCTATAGACAGCAGTAGGACCATGTCATCT  1037

seq1  CCTTGGGACTTGGAGTCTTGAACTGTCAGGTGACAGCGATATGCCAGGAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGACTTGGAGTCTTGAACTGTCAGGTGACAGCGATATGCCAGGAA  1087

seq1  TTC  1102
      |||
seq2  TTC  1090

seq1: chr10_83180018_83181293
seq2: B6Ng01-023F12.g_69_1229

seq1  GAATTCTTTGTTCAGCTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTCAGCTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGATT  50

seq1  TTCTGAAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCC  100

seq1  CTATCTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCT  150

seq1  TTTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAACTTTGGAGTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAACTTTGGAGTTTCA  200

seq1  TTAGGTCCCATTTGTCAATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTCCCATTTGTCAATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTT  250

seq1  CTGTTCAGGAATTTTTCCCCTGTGCCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCAGGAATTTTTCCCCTGTGCCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCCAC  300

seq1  TTTCTCTTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGAAGTTCCTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGAAGTTCCTTGA  350

seq1  TCCACTTAACTGCCTTTCTAAGTACCCAGAAAACGAGCATTCTTCTAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTAACTGCCTTTCTAAGTACCCAGAAAACGAGCATTCTTCTAAGG  400

seq1  GTCTCGGGAAAATCATCCTGTCCTGTTTAAATCCCCAGTGGCCGCCAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCGGGAAAATCATCCTGTCCTGTTTAAATCCCCAGTGGCCGCCAGCA  450

seq1  TTTCAACTTAAGGGTCAACAGCTTCTCTTTCTTTCTGACCTCAGCAGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACTTAAGGGTCAACAGCTTCTCTTTCTTTCTGACCTCAGCAGTCA  500

seq1  TGTCACCTTGGGTCTTCCTTTTGGGGCTTTGAACCTGAAGAGAGTAGCGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCTTGGGTCTTCCTTTTGGGGCTTTGAACCTGAAGAGAGTAGCGT  550

seq1  GTGTTCAAGGACAGGTGGCATTGGGGGGTAAAAGCTAAATGCGGTGGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCAAGGACAGGTGGCATTGGGGGGTAAAAGCTAAATGCGGTGGAGC  600

seq1  AAGTCTGTAATCTAAAGCCCTGGGAAATTAGAGAGTAGACCGGAAGTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGTAATCTAAAGCCCTGGGAAATTAGAGAGTAGACCGGAAGTTAA  650

seq1  AGGCCATCCTTGGGCTGTAAAGTGAACTAGAGGGCAGCCTGGGTTACATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATCCTTGGGCTGTAAAGTGAACTAGAGGGCAGCCTGGGTTACATG  700

seq1  AGACCCTATCTCAAGTCACACCCCCCACCCCCACCCCCAAATTAACTACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTATCTCAAGTCACACCCCCCACCCCCACCCCCAAATTAACTACG  750

seq1  GTAGTCTCTGGATCTTTGCTTACTTTATCAAAGACTCCCTGTGGATGCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCTCTGGATCTTTGCTTACTTTATCAAAGACTCCCTGTGGATGCCT  800

seq1  GGAAGAACAAGCTCATTTGTCTATGTTTTTCACACACACACACGCACACG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAACAAGCTCATTTGTCTATGTTTTTCACACACACACACGCACACG  850

seq1  CACACGCACACGCGCACGCATATACACATACACATGAGTTTAAAATTAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CACACGCACACGCGCACGCATATACACATACACATGAGTTTAAAA-TAAG  899

seq1  CACACTGGAAGCTTAATTACAATATTAATAATAAAACTTGACATTCAAAG  950
      |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CACACTGGAAGCTTAAATAC-ATATTAATAATAAAACTTGACATTC-AAG  947

seq1  CGATTATTTTTCATTTTACTTGTATGAATGCTTTGCCGGCATGTGTGTAT  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTATTTTTCATTTTAC-TGTATGAATGCTTTGCCGGCATGTGTGTAT  996

seq1  GTGCATCATGTATACGTCTGGTGCCTATGGAGGTCACAAGAGGGCATCAG  1050
      |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||  
seq2  GTGCATCATG-ATACGTCT-GTGCCTATGGAGGTC-CCAGAAGGCATCGA  1043

seq1  ATCCCCTCGAACTGGATTTGGATGCTTGTGAGCCACTGTGTGTGCTGGGA  1100
      || ||||||||||||| || ||||||  ||| | |||| | |  ||||||
seq2  ATTCCCTCGAACTGGAATTTGATGCTGTTGACCAACTGGGGGGTCTGGGA  1093

seq1  ATGGAGCCCTCTCCTGGA-ACTGGGGTTATGAGCAGTTATGAGCCGACAT  1149
      ||||| |||||  ||||| |||  ||||  || ||  ||| |||||| ||
seq2  ATGGAACCCTC-ACTGGACACT--GGTTTAGAACA-ATATAAGCCGA-AT  1138

seq1  G-CTGGGAAGTGAACTGGGGTCTTCCTCAAGAACACCAAGTGTTCTTAAC  1198
      | ||||||||||||| | | ||  ||                        
seq2  GCCTGGGAAGTGAAC-GAGATC--CC------------------------  1161

seq1  CACTGAGCCATCTCTCCACGCCCGAATCAGGACAAGTTTAATCATATGTT  1248
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1161

seq1  GTCATAGGTGATGTAAGCGTGAGATCCC  1276
                                  
seq2  ----------------------------  1161