BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-030J01
Chromosome10 (Build37)
Map Location 98,881,688 - 98,964,350
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGad1-ps, LOC100042232
Upstream geneEG432494, Atp2b1, Wdr51b, Galnt4, Dusp6, LOC100042222
Downstream geneLOC667502, Csl, LOC100042246, Kitl, LOC100043208, LOC100043211, EG667532, LOC670007, LOC235966, LOC667556, LOC100043224, LOC100043227, LOC100043231, LOC100043235, LOC667580, LOC100043239, LOC100043242, LOC100043244, LOC667607, LOC100043247, EG213051, Tmtc3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-030J01.bB6Ng01-030J01.g
ACCDH860431DH860432
length917179
definitionDH860431|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030J01, 5' end.DH860432|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030J01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,963,433 - 98,964,350)(98,881,688 - 98,881,868)
sequence
gaattcatctagcttatgccctgagcacatagcaagatagagggtagtca
ctcagctcaaattcaaggtcacaatgcacttagagagtctagacttaagt
gttttcttcctagattgatctcagtcctgcccttttagtcaaaaccattt
gacttgaatcttccaaatccttcacccagaaagaaaagacatgtcacttt
gcaatcaaattggacacggaagaaacttagaactacaactaagaaagatt
ctgaaactgttgaggtcattgaaatcagcttatcctacttagcattcatt
gtcaacttgacacaggctggtcatctgagaagggactcacaattgaggga
ttgcctagatcacactgtgccataggcatatctgtggaagattgtcttga
ttgctaattgatgtaggacagtacagcccactgtgggtggcaccattcct
tagcaggtattcctttttggttttggttttggttttcgagacagggtttc
tctgtatgcagttctgtctatcctggaactcactctgttccaaggctatc
ctcaaactcacagagattcacttgcctctgtctcctaaatgctaggatta
aaggcatatgcaactactgcctggtctaggtagtctttttgttgtctaag
aaagttgctaagcttggatctgtgagcaagacagcaagcagtattcctct
gggacttctgcttcaagttcttgcttgaattcctgctataacttccctca
atgatgaactatgacccagaattccaggctcagcttccatgaattgtatt
ggtatgacagacccttgatcacaaccagcagatcctgagaggggctgccc
agtaacagctcagtgagacagcccatttaatgattgggaacaaaggctac
ttaaccactggaggagg
agtattaatttatactgattatattaatttacattaaattgtatctccaa
atatgaggttcttcatatttcctagaatgttcaacaagatacaaagttat
atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatatat
acatatatatatgtatatatatatatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_98963433_98964350
seq2: B6Ng01-030J01.b_44_960 (reverse)

seq1  CCTCCTCCAGTGGTTTAAGTAGCCTTTGTTCCC-ATCATTAAATGGGCTG  49
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCAGTGG-TTAAGTAGCCTTTGTTCCCAATCATTAAATGGGCTG  49

seq1  TCTCACTGAAGCTGTTCTTGGGCAGCCCCTCTCAGGATCTGCTGGTTGTG  99
      |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTG-AGCTGTTACTGGGCAGCCCCTCTCAGGATCTGCTGGTTGTG  98

seq1  ATCAAGGGTCTGTCATACCAATACAATTCATGGAAGCTGAGCCTGGATTT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATCAAGGGTCTGTCATACCAATACAATTCATGGAAGCTGAGCCTGGAATT  148

seq1  CTGGGTCATAGTTCATCATTGAGGGAAGTTATAGCAGGAATTCAAGCAAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCATAGTTCATCATTGAGGGAAGTTATAGCAGGAATTCAAGCAAG  198

seq1  AACTTGAAGCAGAAGTCCCAGAGGAATACTGCTTGCTGTCTTGCTCACAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAAGCAGAAGTCCCAGAGGAATACTGCTTGCTGTCTTGCTCACAG  248

seq1  ATCCAAGCTTAGCAACTTTCTTAGACAACAAAAAGACTACCTAGACCAGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAGCTTAGCAACTTTCTTAGACAACAAAAAGACTACCTAGACCAGG  298

seq1  CAGTAGTTGCATATGCCTTTAATCCTAGCATTTAGGAGACAGAGGCAAGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGTTGCATATGCCTTTAATCCTAGCATTTAGGAGACAGAGGCAAGT  348

seq1  GAATCTCTGTGAGTTTGAGGATAGCCTTGGAACAGAGTGAGTTCCAGGAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTCTGTGAGTTTGAGGATAGCCTTGGAACAGAGTGAGTTCCAGGAT  398

seq1  AGACAGAACTGCATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAACCAAAACCAAAAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAACTGCATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAACCAAAACCAAAAC  448

seq1  CAAAAAGGAATACCTGCTAAGGAATGGTGCCACCCACAGTGGGCTGTACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGGAATACCTGCTAAGGAATGGTGCCACCCACAGTGGGCTGTACT  498

seq1  GTCCTACATCAATTAGCAATCAAGACAATCTTCCACAGATATGCCTATGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTACATCAATTAGCAATCAAGACAATCTTCCACAGATATGCCTATGG  548

seq1  CACAGTGTGATCTAGGCAATCCCTCAATTGTGAGTCCCTTCTCAGATGAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGTGATCTAGGCAATCCCTCAATTGTGAGTCCCTTCTCAGATGAC  598

seq1  CAGCCTGTGTCAAGTTGACAATGAATGCTAAGTAGGATAAGCTGATTTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGTGTCAAGTTGACAATGAATGCTAAGTAGGATAAGCTGATTTCA  648

seq1  ATGACCTCAACAGTTTCAGAATCTTTCTTAGTTGTAGTTCTAAGTTTCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTCAACAGTTTCAGAATCTTTCTTAGTTGTAGTTCTAAGTTTCTT  698

seq1  CCGTGTCCAATTTGATTGCAAAGTGACATGTCTTTTCTTTCTGGGTGAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTCCAATTTGATTGCAAAGTGACATGTCTTTTCTTTCTGGGTGAAG  748

seq1  GATTTGGAAGATTCAAGTCAAATGGTTTTGACTAAAAGGGCAGGACTGAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGGAAGATTCAAGTCAAATGGTTTTGACTAAAAGGGCAGGACTGAG  798

seq1  ATCAATCTAGGAAGAAAACACTTAAGTCTAGACTCTCTAAGTGCATTGTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCTAGGAAGAAAACACTTAAGTCTAGACTCTCTAAGTGCATTGTG  848

seq1  ACCTTGAATTTGAGCTGAGTGACTACCCTCTATCTTGCTATGTGCTCAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGAATTTGAGCTGAGTGACTACCCTCTATCTTGCTATGTGCTCAGG  898

seq1  GCATAAGCTAGATGAATTC  918
      |||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGCTAGATGAATTC  917

seq1: chr10_98881688_98881868
seq2: B6Ng01-030J01.g_73_251

seq1  AGTATTAATTTATACTGATTATATTAATTTACATTAAATTGTATCTCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTAATTTATACTGATTATATTAATTTACATTAAATTGTATCTCCAA  50

seq1  ATATGAGGTTCTTCATATTTCCTAGAATGTTCAACAAGATACAAAGT---  97
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
seq2  ATATGAGGTTCTTCATATTTCCTAGAATGTTCAACAAGATACAAAGTTAT  100

seq1  ---TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTATATAT  144
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTATATAT  150

seq1  ACATATATATATGTGTATATACATTTATAGATATATA  181
      |||||||||||||| |||||| || ||||        
seq2  ACATATATATATGTATATATATATATATA--------  179