BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038N17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 92,050,187 - 92,226,860
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNedd1
Upstream geneLOC100041799, LOC667203, LOC216229, LOC100041814
Downstream geneGm872, 4930485B16Rik, EG667314, Pctk2, Elk3, LOC100041854, Lta4h, Hal, Amdhd1, Ccdc38, Snrpf, LOC100041873, Ntn4, LOC667338
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038N17.bB6Ng01-038N17.g
ACCDH866297DH866298
length1,1491,070
definitionDH866297|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038N17, 5' end.DH866298|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038N17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,225,703 - 92,226,860)(92,050,187 - 92,051,263)
sequence
gaattcccatctgccagtaacacctcgaaactcttgaccataaaacaggg
caagcaattataaaattggaattaaaataattgttcagagctaccgaggg
gatgactgaacaggcagagcctggaggaagcatgatccttgaaatctggg
aacaaactaagtgagatccacatttatcaactctctctccgaggaccttc
ctccttgtctcgtgaagtgcagttgtgtgctgcttaatgacagaggtgca
tgcagagcgatgcattgttaggcagtttcatcatgctctcgtcattatag
gtgagtttacagaagcctggatgttacagcctaccacacacacaggacat
ataattgaatttgctctattctcatataacagcaagcaatgggtatgtct
agacaacgatcctcacacacataggagtcatgtatagtgtcatcagttta
caatgactcctggatcaccaagcaataggaatttctcagcgttatcgtag
tcttatgtggttgttgtggtatatagttgaacaggcatcaggaatatggc
tctacaaaggatcaggaagagggaaagtggttggactgaaggttcagtcc
tgctgagcagaatcaggaccctccctgctgaaagagatgacctggaatca
tgcaaattggtgaacacattgtactcaaattattgcttgatgaccacaat
gcacagcacctgacgagcctgtagggagctcaatgacaggcgatggctgt
aagaactggacagatgtgggcctgggtaccagaggctttccgcggagatc
tctggcttggcctggtgtgagagttccggcgaagggaagcgagtgttggc
agggagagaaaggtcacttctgctgcttctgcttctgttggttcgctcca
cttccatctctgccgtgccttccaggttaacttggctattctgggcagcc
ttgcactgagtcgggtcgggctgggccacttaaagtctgactagtcgtga
gagtgcagaggagcttcaggcagcatttcggaaagcagacctctttctaa
ggtttacactctttgacgatgctcagcgactgatgatttttccacacctc
tattccttcgacagattcttttatataggttgggggtgggtaaggtctg
gaattctaaagttttgcaataatatgacctgattaaatgacaggagtcat
ggtcatctacaggtcagctcaacaacagagtaagaatcaaaagaaaatga
ctaagggaacaaggaaaggaaaggacccaaaaagttcatttttatcttgg
actaccagtggcctggcccataatcagtactgactatcaactgatctaaa
cacacattctgcccacccgggtatctgtccaggtatgcaatggacaaata
tgcccaatgtctacttaatctcaagatgcctatcaagtggcaggaagaga
agcagccaggcatgatgtctgatcatgaataaccctgcccagcagaacga
acggagacagacaaagtaaaacagaaccaaaccattaccatgcagtgtaa
gctcagtgtctacagattccccagatactgtgaaagtattttcactttac
tgataaacagggaggaagtcattccgtgcagagtgaatagcacacaccag
gagcagggtgattaggtccaaaggcttcctgtggctggaatctaggtaac
acggaaggaggaaaataaggggatcagacaagccaggtgttctagtttca
tttatgttgtggtgataaaatactgtgaccaaaaaaagcaacttagagga
tagggtgtttcttttagcaaacaacttgaggttgcagtctatagcaggga
cgttaaggcagcaggaagttaacatagctatatatcgacatcatatctgc
agtcaagagcacagagaaacaatgcttacatgcttatgtgcctggctgtt
cacactcagctcaatatctccactcacacagttcaggatacctcttagtc
agtgtcactgcccacagtgggttggatcttcccacaccaattaattaaga
cgaacctggacagacatgcccatagaccaaccaaatgtagacaatccctc
attgagactctcttctatggatgattctagattggatcaagtagacgaac
acacatagcaaggtttccaacttcagctccattgaatttttggactacac
ggtctttgtgtggagctgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_92225703_92226860
seq2: B6Ng01-038N17.b_46_1194 (reverse)

seq1  CAGACCCTTACCCACCCCAAAACTGTATATAAGAATCCTGTCTGGAAGGA  50
      |||| ||||||||||||| || || |||| |||||| |||||  ||||||
seq2  CAGA-CCTTACCCACCCCCAACCTATATAAAAGAAT-CTGTC--GAAGGA  46

seq1  TTAGAGGTGTGTGAGAACTACTCAGTCGCTGAGCCTTCTGTCCAAAGAGC  100
       |||||||||| || || |  ||||||||||||| |  |   ||||||| 
seq2  ATAGAGGTGTG-GAAAAATCATCAGTCGCTGAGCATCGT---CAAAGAG-  91

seq1  TGTAACCCTTGGGAAGAGGTCTGCTTTCCCGAAATGCTGCCTGAAGCTCC  150
      ||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAACCTTAGAAAGAGGTCTGCTTT-CCGAAATGCTGCCTGAAGCTCC  140

seq1  TCTGCACTCCTCACCGACTAGTCAGACTTTAGTTGGCCCAGCCCGACCCG  200
      |||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  TCTGCACT-CTCA-CGACTAGTCAGACTTTAAGTGGCCCAGCCCGACCCG  188

seq1  ACTCAGTGCAAGGCTGCCCAGAGTAGCCAAG-TAACCTGGAAGGCACGGC  249
      |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTGCAAGGCTGCCCAGAATAGCCAAGTTAACCTGGAAGGCACGGC  238

seq1  AGAGATGGAAGTGGAGCGAACC-ACAGAAGCAGAAGCAGCAGAAGTGACC  298
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGAAGTGGAGCGAACCAACAGAAGCAGAAGCAGCAGAAGTGACC  288

seq1  -TTCTCTCCCTGCCCACACTCGCTTCCCTTCGCCGGAACTCTCACACCAG  347
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTCCCTGCCAACACTCGCTTCCCTTCGCCGGAACTCTCACACCAG  338

seq1  GCCAAGCCAGAGATCTCCGCGGAAAGCCTCTGGTACCCAGGCCCACATCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGCCAGAGATCTCCGCGGAAAGCCTCTGGTACCCAGGCCCACATCT  388

seq1  GTCCAGTTCTTACAGCCATCGCCTGTCATTGAGCTCCCTACAGGCTCGTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGTTCTTACAGCCATCGCCTGTCATTGAGCTCCCTACAGGCTCGTC  438

seq1  AGGTGCTGTGCATTGTGGTCATCAAGCAATAATTTGAGTACAATGTGTTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTGTGCATTGTGGTCATCAAGCAATAATTTGAGTACAATGTGTTC  488

seq1  ACCAATTTGCATGATTCCAGGTCATCTCTTTCAGCAGGGAGGGTCCTGAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATTTGCATGATTCCAGGTCATCTCTTTCAGCAGGGAGGGTCCTGAT  538

seq1  TCTGCTCAGCAGGACTGAACCTTCAGTCCAACCACTTTCCCTCTTCCTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCAGCAGGACTGAACCTTCAGTCCAACCACTTTCCCTCTTCCTGA  588

seq1  TCCTTTGTAGAGCCATATTCCTGATGCCTGTTCAACTATATACCACAACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTAGAGCCATATTCCTGATGCCTGTTCAACTATATACCACAACA  638

seq1  ACCACATAAGACTACGATAACGCTGAGAAATTCCTATTGCTTGGTGATCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATAAGACTACGATAACGCTGAGAAATTCCTATTGCTTGGTGATCC  688

seq1  AGGAGTCATTGTAAACTGATGACACTATACATGACTCCTATGTGTGTGAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTCATTGTAAACTGATGACACTATACATGACTCCTATGTGTGTGAG  738

seq1  GATCGTTGTCTAGACATACCCATTGCTTGCTGTTATATGAGAATAGAGCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGTTGTCTAGACATACCCATTGCTTGCTGTTATATGAGAATAGAGCA  788

seq1  AATTCAATTATATGTCCTGTGTGTGTGGTAGGCTGTAACATCCAGGCTTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAATTATATGTCCTGTGTGTGTGGTAGGCTGTAACATCCAGGCTTC  838

seq1  TGTAAACTCACCTATAATGACGAGAGCATGATGAAACTGCCTAACAATGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAACTCACCTATAATGACGAGAGCATGATGAAACTGCCTAACAATGC  888

seq1  ATCGCTCTGCATGCACCTCTGTCATTAAGCAGCACACAACTGCACTTCAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCTCTGCATGCACCTCTGTCATTAAGCAGCACACAACTGCACTTCAC  938

seq1  GAGACAAGGAGGAAGGTCCTCGGAGAGAGAGTTGATAAATGTGGATCTCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAAGGAGGAAGGTCCTCGGAGAGAGAGTTGATAAATGTGGATCTCA  988

seq1  CTTAGTTTGTTCCCAGATTTCAAGGATCATGCTTCCTCCAGGCTCTGCCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTTGTTCCCAGATTTCAAGGATCATGCTTCCTCCAGGCTCTGCCT  1038

seq1  GTTCAGTCATCCCCTCGGTAGCTCTGAACAATTATTTTAATTCCAATTTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTCATCCCCTCGGTAGCTCTGAACAATTATTTTAATTCCAATTTT  1088

seq1  ATAATTGCTTGCCCTGTTTTATGGTCAAGAGTTTCGAGGTGTTACTGGCA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTGCTTGCCCTGTTTTATGGTCAAGAGTTTCGAGGTGTTACTGGCA  1138

seq1  GATGGGAATTC  1158
      |||||||||||
seq2  GATGGGAATTC  1149

seq1: chr10_92050187_92051263
seq2: B6Ng01-038N17.g_70_1139

seq1  GAATTCTAAAGTTTTGCAATAATATGACCTGATTAAATGACAGGAGTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAGTTTTGCAATAATATGACCTGATTAAATGACAGGAGTCAT  50

seq1  GGTCATCTACAGGTCAGCTCAACAACAGAGTAAGAATCAAAAGAAAATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATCTACAGGTCAGCTCAACAACAGAGTAAGAATCAAAAGAAAATGA  100

seq1  CTAAGGGAACAAGGAAAGGAAAGGACCCAAAAAGTTCATTTTTATCTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGGAACAAGGAAAGGAAAGGACCCAAAAAGTTCATTTTTATCTTGG  150

seq1  ACTACCAGTGGCCTGGCCCATAATCAGTACTGACTATCAACTGATCTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCAGTGGCCTGGCCCATAATCAGTACTGACTATCAACTGATCTAAA  200

seq1  CACACATTCTGCCCACCCGGGTATCTGTCCAGGTATGCAATGGACAAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATTCTGCCCACCCGGGTATCTGTCCAGGTATGCAATGGACAAATA  250

seq1  TGCCCAATGTCTACTTAATCTCAAGATGCCTATCAAGTGGCAGGAAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAATGTCTACTTAATCTCAAGATGCCTATCAAGTGGCAGGAAGAGA  300

seq1  AGCAGCCAGGCATGATGTCTGATCATGAATAACCCTGCCCAGCAGAACGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCAGGCATGATGTCTGATCATGAATAACCCTGCCCAGCAGAACGA  350

seq1  ACGGAGACAGACAAAGTAAAACAGAACCAAACCATTACCATGCAGTGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAGACAGACAAAGTAAAACAGAACCAAACCATTACCATGCAGTGTAA  400

seq1  GCTCAGTGTCTACAGATTCCCCAGATACTGTGAAAGTATTTTCACTTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTGTCTACAGATTCCCCAGATACTGTGAAAGTATTTTCACTTTAC  450

seq1  TGATAAACAGGGAGGAAGTCATTCCGTGCAGAGTGAATAGCACACACCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAACAGGGAGGAAGTCATTCCGTGCAGAGTGAATAGCACACACCAG  500

seq1  GAGCAGGGTGATTAGGTCCAAAGGCTTCCTGTGGCTGGAATCTAGGTAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGGTGATTAGGTCCAAAGGCTTCCTGTGGCTGGAATCTAGGTAAC  550

seq1  ACGGAAGGAGGAAAATAAGGGGATCAGACAAGCCAGGTGTTCTAGTTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAAGGAGGAAAATAAGGGGATCAGACAAGCCAGGTGTTCTAGTTTCA  600

seq1  TTTATGTTGTGGTGATAAAATACTGTGACCAAAAAAAGCAACTTAGAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTTGTGGTGATAAAATACTGTGACCAAAAAAAGCAACTTAGAGGA  650

seq1  TAGGGTGTTTCTTTTAGCAAACAACTTGAGGTTGCAGTCTATAGCAGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTGTTTCTTTTAGCAAACAACTTGAGGTTGCAGTCTATAGCAGGGA  700

seq1  CGTTAAGGCAGCAGGAAGTTAACATAGCTATATATCGACATCATATCTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTAAGGCAGCAGGAAGTTAACATAGCTATATATCGACATCATATCTGC  750

seq1  AGTCAAGAGCACAGAGAAACAATGCTTACATGCTTATGTGCCTGGCTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGAGCACAGAGAAACAATGCTTACATGCTTATGTGCCTGGCTGTT  800

seq1  CACACTCAGCTCAATATCTCCACTCACACAGTTCAGGATACCTCTTAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCAGCTCAATATCTCCACTCACACAGTTCAGGATACCTCTTAGTC  850

seq1  AGTGTCACTGCCCACAGTGGGTTGGATCTTCCCACACCAATTAATTAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCACTGCCCACAGTGGGTTGGATCTTCCCACACCAATTAATTAAGA  900

seq1  CGAACCTGGACAGACATGCCCATAGACCAACCAAATGTAGACAATCCCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACCTGGACAGACATGCCCATAGACCAACCAAATGTAGACAATCCCTC  950

seq1  ATTGAGACTCTCTTCTATGGATGATTCTAGATTGGATCAAGTAGACGAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGACTCTCTTCTATGGATGATTCTAGATTGGATCAAGTAGACGAAC  1000

seq1  CAACCACCATAGCAAGGTTTCCAAACTTCAGCTCCATTGAAATTTTGGAC  1050
        |    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACA----CATAGCAAGGTTTCC-AACTTCAGCTCCATTGAATTTTTGGAC  1045

seq1  TACACAGTTCTTTGTTGTGGAGCTGTC  1077
      ||||| | |||||| ||||||||||||
seq2  TACAC-GGTCTTTG-TGTGGAGCTGTC  1070