BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042F02
Chromosome10 (Build37)
Map Location 56,146,719 - 56,314,387
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668347
Upstream geneLOC100041927, D630037F22Rik, 1700060H10Rik, EG629732, Gja1
Downstream geneLOC100042622, LOC668355, LOC100042628, EG629739, LOC629742, LOC668363, Hsf2, Serinc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042F02.bB6Ng01-042F02.g
ACCDH868731DH868732
length1,1731,135
definitionDH868731|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042F02, 5' end.DH868732|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042F02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,313,196 - 56,314,387)(56,146,719 - 56,147,852)
sequence
gaattcagtaaaccaagtctttttcagttctttattgaatgaaaaatatc
gaatgtatagcaaagcttaacgtgtcatccaatgccatcctcctaaccct
tcccacctggactcagtgatgttaccatattgctatcacttactatgtct
gtctatcaaataaatgcagccatgtgacataagtacaaaaattgtataag
tacaaaacttccctctaattttgtgtgttacataatggatataatatgtg
gttaaaaacaagaatccataaatgttcttttttccttttagtgggttttt
tttttatgttgttgggtacttttgtttgttgtttgtttctgagacagagt
ttctctatgtgtctctggctattctggaacttgctatgtaaaccaagttg
gcatcaaaatcatagtgatagatgggcctgcttctgcctcctaggtgctg
ggattaaaggtttgtgtcaccacacatggttttatacgtagtttacaaag
gctactttgatattttcctcatatttcttccacagtctatgcaccctaag
gaagaatttttcctaaatcatttaatagatttttcatcctgttgcagata
ctttgttgctatatataatttgattgaaagaaagggtacaatacatcaat
tacaatgtatattataattctaaatgttgatataacatataaccaaggca
caatctgaaaggaagtaatacagacaggaaaaaaaaaaagaaagctaatg
ttcaggaagtttggacccatgtcttaaaggaaacaatatcactctgtgtg
gaacagagaaaaatgtttgttccacagatgcagctatcttttctgacctt
aagcatcttaacccagagatgtaagaccctgaagacagagcgagtagtaa
gaagactgattctgtcctcactgttaaagataactactcaaggccaaacc
atgaggtgcagacatattagcatagtcacagacaaggcatggctacattt
tccaataactttcaggaggattgcaaagtctagtctgaagtaaaatacac
cataaattttgggtcttcctagttgatttctttgcccactattccgataa
cctaaactttttctgtattgtagagtgactggaatggagcaaatactata
taactaagaaagcaactggtttg
gaattctcttatgtaagtcccaagataaaggaaattcttatctcccattt
ctatatatttaccaaactcataagatttaatgttgcacacattccctgtt
acatttctcaatagctccagtgatgtatgtgtgtaagcatgcataccaat
tttatttgttagtctacctatctatctatggttagttgagataaggtctt
tttatttagttctggctgagaactagctatgtagaccaccaggctggcca
taaatccatggagatcctcctgcctctttctggctagtgctgggatcaaa
ggagtatgcctgcctcaaaccctttgaaggctcaatcatttgcttgtcaa
ctcctttagcatctttacatttgatgtagcacctcatcttgttagatagc
gctgtcattttatagcgtttatcatgttcagtttggttgtctggtagaag
atcctgttttgctttttcttattgtttctgtcatggtgagatttttggta
aatcttcctgatggtgccgtgtactgcccactgaatctttccaaggaccc
aaaatacgagcttctcccattattggtatgggtgacaggaagtctgatca
cttgtttaaagtggtgtattccagattaccccattgtcaagttgccattt
ccttttgcagttgttaagcaatctgtgggatgacagtattttaaacatgt
ctctagtgtgccccaagaatcctccaccctatacatttagccatccttga
atgaccacaccatgacttggttcattgttttatttattttgctagttgag
acaaggtctcacacaattagcactgtcctcaaactcattatgtaggcaaa
gataattttgaacttttgatccttctgtgtcttcccgctacatgatgcct
ggcttgccatgtttttaaaattaaaaaattgttcacaaatatctgaattt
caaaactcttattgagaattggatatttaatatcactagagccaggtttc
taaactgaataacgctagcactgaagcaacgatcactccttaaaaaaaca
gcctgttgacttccttttttttttttcatggaaatagaattatttggata
cagatatatctgattggtcctctcagctcccttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_56313196_56314387
seq2: B6Ng01-042F02.b_42_1214 (reverse)

seq1  CAAACCCAGTTGCCTATCTCTTAGTTTAATGATTAGTAATTTGCTTCCAT  50
      |||| ||||||||   | ||||||||  |    |||| |||||| |||||
seq2  CAAA-CCAGTTGC---TTTCTTAGTTATA----TAGT-ATTTGC-TCCAT  40

seq1  TCAAGTCCAACTCTACAATACAGAAAAAGTTCTAGGTTATCTGAATAGTG  100
      || ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  TCCAGTC--ACTCTACAATACAGAAAAAGTT-TAGGTTATCGGAATAGTG  87

seq1  TGCAAAGAAATCAACTAAGGAAAGAACCCAAAATTTATAGTGTATTTTAA  150
       ||||||||||||||| |||||   ||||||||||||| ||||||||| |
seq2  GGCAAAGAAATCAACT-AGGAA--GACCCAAAATTTATGGTGTATTTT-A  133

seq1  CTTCAGACTAGACTTTGCAATCCTCCTGAAAGTATTTGGAAAATGTAGCC  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  CTTCAGACTAGACTTTGCAATCCTCCTGAAAGTTATTGGAAAATGTAGCC  183

seq1  ATGCCTTGTCTGTGACTATGCTAATTATGTCTGCACCTCATGGTTTGGCC  250
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTGTCTGTGACTATGCTAA-TATGTCTGCACCTCATGGTTTGGCC  232

seq1  TTGAGTAGTTATCTTTAACAGTGAGGACAGAAATCAGTCTTCTTACTACT  300
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTAGTTATCTTTAACAGTGAGGACAG-AATCAGTCTTCTTACTACT  281

seq1  CGCTCTGTCTTCAGGGTCTTACATCTCTGGGTTAAGATGCTTAAGGTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCTGTCTTCAGGGTCTTACATCTCTGGGTTAAGATGCTTAAGGTCAG  331

seq1  AAAAGATAGCTGCATCTGTGGAACAAACATTTTTCTCTGTTCCACACAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATAGCTGCATCTGTGGAACAAACATTTTTCTCTGTTCCACACAGA  381

seq1  GTGATATTGTTTCCTTTAAGACATGGGTCCAAACTTCCTGAACATTAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATATTGTTTCCTTTAAGACATGGGTCCAAACTTCCTGAACATTAGCT  431

seq1  TTCTTTTTTTTTTTCCTGTCTGTATTACTTCCTTTCAGATTGTGCCTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTTTTTTTCCTGTCTGTATTACTTCCTTTCAGATTGTGCCTTGG  481

seq1  TTATATGTTATATCAACATTTAGAATTATAATATACATTGTAATTGATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGTTATATCAACATTTAGAATTATAATATACATTGTAATTGATGT  531

seq1  ATTGTACCCTTTCTTTCAATCAAATTATATATAGCAACAAAGTATCTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTACCCTTTCTTTCAATCAAATTATATATAGCAACAAAGTATCTGCA  581

seq1  ACAGGATGAAAAATCTATTAAATGATTTAGGAAAAATTCTTCCTTAGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATGAAAAATCTATTAAATGATTTAGGAAAAATTCTTCCTTAGGGT  631

seq1  GCATAGACTGTGGAAGAAATATGAGGAAAATATCAAAGTAGCCTTTGTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGACTGTGGAAGAAATATGAGGAAAATATCAAAGTAGCCTTTGTAA  681

seq1  ACTACGTATAAAACCATGTGTGGTGACACAAACCTTTAATCCCAGCACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACGTATAAAACCATGTGTGGTGACACAAACCTTTAATCCCAGCACCT  731

seq1  AGGAGGCAGAAGCAGGCCCATCTATCACTATGATTTTGATGCCAACTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCAGAAGCAGGCCCATCTATCACTATGATTTTGATGCCAACTTGG  781

seq1  TTTACATAGCAAGTTCCAGAATAGCCAGAGACACATAGAGAAACTCTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATAGCAAGTTCCAGAATAGCCAGAGACACATAGAGAAACTCTGTC  831

seq1  TCAGAAACAAACAACAAACAAAAGTACCCAACAACATAAAAAAAAAACCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAACAAACAACAAACAAAAGTACCCAACAACATAAAAAAAAAACCC  881

seq1  ACTAAAAGGAAAAAAGAACATTTATGGATTCTTGTTTTTAACCACATATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAGGAAAAAAGAACATTTATGGATTCTTGTTTTTAACCACATATT  931

seq1  ATATCCATTATGTAACACACAAAATTAGAGGGAAGTTTTGTACTTATACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCATTATGTAACACACAAAATTAGAGGGAAGTTTTGTACTTATACA  981

seq1  ATTTTTGTACTTATGTCACATGGCTGCATTTATTTGATAGACAGACATAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGTACTTATGTCACATGGCTGCATTTATTTGATAGACAGACATAG  1031

seq1  TAAGTGATAGCAATATGGTAACATCACTGAGTCCAGGTGGGAAGGGTTAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGATAGCAATATGGTAACATCACTGAGTCCAGGTGGGAAGGGTTAG  1081

seq1  GAGGATGGCATTGGATGACACGTTAAGCTTTGCTATACATTCGATATTTT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGGCATTGGATGACACGTTAAGCTTTGCTATACATTCGATATTTT  1131

seq1  TCATTCAATAAAGAACTGAAAAAGACTTGGTTTACTGAATTC  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCAATAAAGAACTGAAAAAGACTTGGTTTACTGAATTC  1173

seq1: chr10_56146719_56147852
seq2: B6Ng01-042F02.g_66_1200

seq1  GAATTCTCTTATGTAAGTCCCAAGATAAAGGAAATTCTTATCTCCCATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTATGTAAGTCCCAAGATAAAGGAAATTCTTATCTCCCATTT  50

seq1  CTATATATTTACCAAACTCATAAGATTTAATGTTGCACACATTCCCTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATATTTACCAAACTCATAAGATTTAATGTTGCACACATTCCCTGTT  100

seq1  ACATTTCTCAATAGCTCCAGTGATGTATGTGTGTAAGCATGCATACCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCTCAATAGCTCCAGTGATGTATGTGTGTAAGCATGCATACCAAT  150

seq1  TTTATTTGTTAGTCTACCTATCTATCTATGGTTAGTTGAGATAAGGTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTGTTAGTCTACCTATCTATCTATGGTTAGTTGAGATAAGGTCTT  200

seq1  TTTATTTAGTTCTGGCTGAGAACTAGCTATGTAGACCACCAGGCTGGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTAGTTCTGGCTGAGAACTAGCTATGTAGACCACCAGGCTGGCCA  250

seq1  TAAATCCATGGAGATCCTCCTGCCTCTTTCTGGCTAGTGCTGGGATCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCATGGAGATCCTCCTGCCTCTTTCTGGCTAGTGCTGGGATCAAA  300

seq1  GGAGTATGCCTGCCTCAAACCCTTTGAAGGCTCAATCATTTGCTTGTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTATGCCTGCCTCAAACCCTTTGAAGGCTCAATCATTTGCTTGTCAA  350

seq1  CTCCTTTAGCATCTTTACATTTGATGTAGCACCTCATCTTGTTAGATAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTAGCATCTTTACATTTGATGTAGCACCTCATCTTGTTAGATAGC  400

seq1  GCTGTCATTTTATAGCGTTTATCATGTTCAGTTTGGTTGTCTGGTAGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCATTTTATAGCGTTTATCATGTTCAGTTTGGTTGTCTGGTAGAAG  450

seq1  ATCCTGTTTTGCTTTTTCTTATTGTTTCTGTCATGGTGAGATTTTTGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTTTTGCTTTTTCTTATTGTTTCTGTCATGGTGAGATTTTTGGTA  500

seq1  AATCTTCCTGATGGTGCCGTGTACTGCCCACTGAATCTTTCCAAGGACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTCCTGATGGTGCCGTGTACTGCCCACTGAATCTTTCCAAGGACCC  550

seq1  AAAATACGAGCTTCTCCCATTATTGGTATGGGTGACAGGAAGTCTGATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACGAGCTTCTCCCATTATTGGTATGGGTGACAGGAAGTCTGATCA  600

seq1  CTTGTTTAAAGTGGTGTATTCCAGATTACCCCATTGTCAAGTTGCCATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTAAAGTGGTGTATTCCAGATTACCCCATTGTCAAGTTGCCATTT  650

seq1  CCTTTTGCAGTTGTTAAGCAATCTGTGGGATGACAGTATTTTAAACATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGCAGTTGTTAAGCAATCTGTGGGATGACAGTATTTTAAACATGT  700

seq1  CTCTAGTGTGCCCCAAGAATCCTCCACCCTATACATTTAGCCATCCTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGTGTGCCCCAAGAATCCTCCACCCTATACATTTAGCCATCCTTGA  750

seq1  ATGACCACACCATGACTTGGTTCATTGTTTTATTTATTTTGCTAGTTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCACACCATGACTTGGTTCATTGTTTTATTTATTTTGCTAGTTGAG  800

seq1  ACAAGGTCTCACACAATTAGCACTGTCCTCAAACTCATTATGTAGGCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTCTCACACAATTAGCACTGTCCTCAAACTCATTATGTAGGCAAA  850

seq1  GATAATTTTGAACTTTTGATCCTTCTGTGTCTTCCCGCTACATGATGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTTTGAACTTTTGATCCTTCTGTGTCTTCCCGCTACATGATGCCT  900

seq1  GGCTTGCCATGTTTTTAAAATTAAAAAATTGTTCACAAATATCTGAATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCCATGTTTTTAAAATTAAAAAATTGTTCACAAATATCTGAATTT  950

seq1  CAAAACTCTTATTGAGAATTGGATAATTTAATATCACTAGAGCCAGGTTT  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTCTTATTGAGAATTGGAT-ATTTAATATCACTAGAGCCAGGTTT  999

seq1  CTAAACTGAATAACCGCTAGCACTGAAGCAACGATCACTCCCTTAAAAAA  1050
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTAAACTGAATAA-CGCTAGCACTGAAGCAACGATCACT-CCTTAAAAAA  1047

seq1  ACAAGCCTG-TGACTTCCTTTTTTTTTTCTTTCATTGAAAATAG-ATTAT  1098
      || |||||| |||||||||||||||||  ||||| || |||||| |||||
seq2  AC-AGCCTGTTGACTTCCTTTTTTTTT--TTTCA-TGGAAATAGAATTAT  1093

seq1  TTGCATACAGTATAT-TCTGATTTTGGT--------TTCCCTTCC  1134
      ||| |||||| |||| |||||  |||||         ||||||||
seq2  TTGGATACAG-ATATATCTGA--TTGGTCCTCTCAGCTCCCTTCC  1135