BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042O12
Chromosome10 (Build37)
Map Location 52,418,609 - 52,520,634
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc35f1
Upstream geneRfxdc1, 4933411G06Rik, Vgll2, Ros1, Dcbld1, Gopc, LOC625811, EG668294, Nepn, D10Ertd438e, EG629689, Zfa
Downstream genePln, EG432460, Mcm9, Asf1a, LOC100042554, 4930589M24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042O12.bB6Ng01-042O12.g
ACCDH869132DH869133
length1,146848
definitionDH869132|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042O12, 5' end.DH869133|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042O12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,519,461 - 52,520,634)(52,418,609 - 52,419,455)
sequence
gaattcagacttggctacttaccaaaattcctttagtttatgcagatgtc
tacaatgagttcctacttcccatttcttccagccaatatattctgtttca
ttttcaaggtcttccccaatatctcctccttccctcaagtctatccaaat
gtatttcccaataatcatatgcgcaagttcttcaccacactatttcttga
ccccttccaccctgtcaagcacatgagttctaaatgcttctcttgtggtc
tttttgattaccttccagtcacttagtatatacttcctaagagtggatac
catgccacatctccatcagataaacttacaatatttggcacttaatgagc
acccaatatgacatataaactagctggtcatgggtgggttttacagcctg
cactgcttataggatggggtcagtgttccgtgtcagtgctatataataca
tgtaattagtatacatgtactatagtatacatatagcatacaggtattat
actagtagttagtgctataatacatgtagtacaaaattacatgtcctaat
tagatctcagagaaagggatcagaaacacagataccataacaacttgcta
tggctagtcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaggaatagcgtatctgt
tttcactacaatacaggttccagccttcacaattgtttcaaacaatgtgg
cattttgtagtgaaaaaaaaaaactcactgaagggaaaatgggtgaattt
cttaactgtgaggcaggcagggcacagcacaaataggatgagactattat
tttttaaaaatactcttaccgaatacaaatagcaatttaattaaaaatat
cactgttgtccaaccattacataaaaataaacctacatttttctcactga
cactgcctatggggctcggtctgaaatggggtagggtagagggtcagaac
gtgtcactattgagggcatacacagctgagacagaagtgtaagctattag
aaaatgcatatgaggtatgcatcccagaaactacgaagtatatgataatt
aagtttctctgtctctccttcccacttctctgctcatgatctacagaaac
ttcccaatgtggtatctatatcttggatggtgctgataccttatgc
gaattcagagtattaggagatgaagaaccagtttgaattccatcctgctg
ttgagtaaacagatcaaggtcattgctatacaactcaggaaaatggagtt
ttccagctgggtgtggtggcacacagctgtacttctatcactgaggagat
ggaggcaggagaatcctgaatctgaggctagtctgggcttcacagtgagt
tctaagttatgtagttcttggttatgtagctagaccttgtctagaactag
caaataaacaaaacaacaacaaataaacaaaacccctaaacccaaacaac
agctagaattttctgaaaatattgatgggtggacagtgcataggcaactc
tgcgtttgcatggtttgtgtgttgcagacaggagagattttatatatgat
cagaccacacatatcagtgggtggaaagactggatactttggtacatagc
atgatgtaattgaatgagactatttgagttaaaatcagcattcatttgga
tggtggcttcagtccttacattttgtactacaaaacatattttataccac
aaagcattatattatgtgcttttcaactgtttgctgttcttttctaaatg
gcaaaaggcactgatgtggtcaccttgccaagtactttgtcagacctcag
aagaggaagatggtagcaagtgaggtggatatttgcccttggcattgaaa
gacaagcagggacatccctaagaacagaaggagacaatggatgagttgtg
tgtggaggtcaaggactagggaaaggcagaggtgaagtttcctatgtgaa
gacattataggatgagaagaataaagggtgtggggggtgaatggggac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_52519461_52520634
seq2: B6Ng01-042O12.b_45_1190 (reverse)

seq1  GCATAAGTGTATCAGCACCATCAGAAGATAATTAGCACTACCACATGGTG  50
      ||||||| ||||||||||||||  ||||||  |||   |||||||| | |
seq2  GCATAAG-GTATCAGCACCATC-CAAGATA--TAG--ATACCACATTGGG  44

seq1  AAATGTTCTTGTAGATTCATTGAAGGCAAGAGAAGTGGGAA-GAGAGACA  99
      ||  |||  |||||| ||| |||  || ||||||||||||| ||||||||
seq2  AA--GTTTCTGTAGA-TCA-TGA--GC-AGAGAAGTGGGAAGGAGAGACA  87

seq1  GAGAAACTTTTAAATAATTCATATACTTTCTGTTAGTGTCTGGGAATGCA  149
      |||||||||   ||| | |||||||||   |  |||| |||||| |||||
seq2  GAGAAACTT---AATTA-TCATATACT---TCGTAGTTTCTGGG-ATGCA  129

seq1  TAACCCTCATATGCATGTTTCTAATAGCTTACACTTTCTGTCTCAGCCTG  199
      ||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  TA--CCTCATATGCAT-TTTCTAATAGCTTACAC-TTCTGTCTCAG-CTG  174

seq1  TGTAATGCCCTCAATAGTGACACGTTCCTGACCCTCTACCCTTACCCCAT  249
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  TGT-ATGCCCTCAATAGTGACACGTT-CTGACCCTCTACCC-TACCCCAT  221

seq1  TTCAGACCGAGCCCCATAGGCAGTGTCAGTGAGAAAAATGTAGGTTTATT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACCGAGCCCCATAGGCAGTGTCAGTGAGAAAAATGTAGGTTTATT  271

seq1  TTTATGTAATGGTTGGACAACAGTGATATTTTTAATTAAATTGCTATTTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTAATGGTTGGACAACAGTGATATTTTTAATTAAATTGCTATTTG  321

seq1  TATTCGGTAAGAGTATTTTTAAAAAATAATAGTCTCATCCTATTTGTGCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCGGTAAGAGTATTTTTAAAAAATAATAGTCTCATCCTATTTGTGCT  371

seq1  GTGCCCTGCCTGCCTCACAGTTAAGAAATTCACCCATTTTCCCTTCAGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTGCCTGCCTCACAGTTAAGAAATTCACCCATTTTCCCTTCAGTG  421

seq1  AGTTTTTTTTTTTCACTACAAAATGCCACATTGTTTGAAACAATTGTGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTTTTTTTCACTACAAAATGCCACATTGTTTGAAACAATTGTGAA  471

seq1  GGCTGGAACCTGTATTGTAGTGAAAACAGATACGCTATTCCTTTTTTTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGAACCTGTATTGTAGTGAAAACAGATACGCTATTCCTTTTTTTTT  521

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTGACTAGCCATAGCAAGTTGTTATGGTATCTGTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTTTGACTAGCCATAGCAAGTTGTTATGGTATCTGTGT  571

seq1  TTCTGATCCCTTTCTCTGAGATCTAATTAGGACATGTAATTTTGTACTAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATCCCTTTCTCTGAGATCTAATTAGGACATGTAATTTTGTACTAC  621

seq1  ATGTATTATAGCACTAACTACTAGTATAATACCTGTATGCTATATGTATA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTATAGCACTAACTACTAGTATAATACCTGTATGCTATATGTATA  671

seq1  CTATAGTACATGTATACTAATTACATGTATTATATAGCACTGACACGGAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTACATGTATACTAATTACATGTATTATATAGCACTGACACGGAA  721

seq1  CACTGACCCCATCCTATAAGCAGTGCAGGCTGTAAAACCCACCCATGACC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACCCCATCCTATAAGCAGTGCAGGCTGTAAAACCCACCCATGACC  771

seq1  AGCTAGTTTATATGTCATATTGGGTGCTCATTAAGTGCCAAATATTGTAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGTTTATATGTCATATTGGGTGCTCATTAAGTGCCAAATATTGTAA  821

seq1  GTTTATCTGATGGAGATGTGGCATGGTATCCACTCTTAGGAAGTATATAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATCTGATGGAGATGTGGCATGGTATCCACTCTTAGGAAGTATATAC  871

seq1  TAAGTGACTGGAAGGTAATCAAAAAGACCACAAGAGAAGCATTTAGAACT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGACTGGAAGGTAATCAAAAAGACCACAAGAGAAGCATTTAGAACT  921

seq1  CATGTGCTTGACAGGGTGGAAGGGGTCAAGAAATAGTGTGGTGAAGAACT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCTTGACAGGGTGGAAGGGGTCAAGAAATAGTGTGGTGAAGAACT  971

seq1  TGCGCATATGATTATTGGGAAATACATTTGGATAGACTTGAGGGAAGGAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGCATATGATTATTGGGAAATACATTTGGATAGACTTGAGGGAAGGAG  1021

seq1  GAGATATTGGGGAAGACCTTGAAAATGAAACAGAATATATTGGCTGGAAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATATTGGGGAAGACCTTGAAAATGAAACAGAATATATTGGCTGGAAG  1071

seq1  AAATGGGAAGTAGGAACTCATTGTAGACATCTGCATAAACTAAAGGAATT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGAAGTAGGAACTCATTGTAGACATCTGCATAAACTAAAGGAATT  1121

seq1  TTGGTAAGTAGCCAAGTCTGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAAGTAGCCAAGTCTGAATTC  1146

seq1: chr10_52418609_52419455
seq2: B6Ng01-042O12.g_68_915

seq1  GAATTCAGAGTATTAGGAGATGAAGAACCAGTTTGAATTCCATCCTGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGTATTAGGAGATGAAGAACCAGTTTGAATTCCATCCTGCTG  50

seq1  TTGAGTAAACAGATCAAGGTCATTGCTATACAACTCAGGAAAATGGAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTAAACAGATCAAGGTCATTGCTATACAACTCAGGAAAATGGAGTT  100

seq1  TTCCAGCTGGGTGTGGTGGCACACAGCTGTACTTCTATCACTGAGGAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCTGGGTGTGGTGGCACACAGCTGTACTTCTATCACTGAGGAGAT  150

seq1  GGAGGCAGGAGAATCCTGAATCTGAGGCTAGTCTGGGCTTCACAGTGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCAGGAGAATCCTGAATCTGAGGCTAGTCTGGGCTTCACAGTGAGT  200

seq1  TCTAAGTTATGTAGTTCTTGGTTATGTAGCTAGACCTTGTCTAGAACTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTTATGTAGTTCTTGGTTATGTAGCTAGACCTTGTCTAGAACTAG  250

seq1  CAAATAAACAAAACAACAACAAATAAACAAAACCCCTAAACCCAAACAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAACAAAACAACAACAAATAAACAAAACCCCTAAACCCAAACAAC  300

seq1  AGCTAGAATTTTCTGAAAATATTGATGGGTGGACAGTGCATAGGCAACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGAATTTTCTGAAAATATTGATGGGTGGACAGTGCATAGGCAACTC  350

seq1  TGCGTTTGCATGGTTTGTGTGTTGCAGACAGGAGAGATTTTATATATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTTTGCATGGTTTGTGTGTTGCAGACAGGAGAGATTTTATATATGAT  400

seq1  CAGACCACACATATCAGTGGGTGGAAAGACTGGATACTTTGGTACATAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCACACATATCAGTGGGTGGAAAGACTGGATACTTTGGTACATAGC  450

seq1  ATGATGTAATTGAATGAGACTATTTGAGTTAAAATCAGCATTCATTTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTAATTGAATGAGACTATTTGAGTTAAAATCAGCATTCATTTGGA  500

seq1  TGGTGGCTTCAGTCCTTACATTTTGTACTACAAAACATATTTTATACCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCTTCAGTCCTTACATTTTGTACTACAAAACATATTTTATACCAC  550

seq1  AAAGCATTATATTATGTGCTTTTCAACTGTTTGCTGTTCTTTTCTAAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATTATATTATGTGCTTTTCAACTGTTTGCTGTTCTTTTCTAAATG  600

seq1  GCAAAAGGCACTGATGTGGTCACCTTGCCAAGTACTTTGTCAGACCTCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGGCACTGATGTGGTCACCTTGCCAAGTACTTTGTCAGACCTCAG  650

seq1  AAGAGGAAGATGGTAGCAAGTGAGGTGGATATTTGCCCTTGGCATTGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGAAGATGGTAGCAAGTGAGGTGGATATTTGCCCTTGGCATTGAAA  700

seq1  GACAAGCAGGGACATCCCTAAGAACAGAAGGAGACAATGGATGAGTTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGCAGGGACATCCCTAAGAACAGAAGGAGACAATGGATGAGTTGTG  750

seq1  TGTGGAGGTCAAGGACTAGGGAAAGGCAGAGGTGAAGTTTCCTATGTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGGTCAAGGACTAGGGAAAGGCAGAGGTGAAGTTTCCTATGTGAA  800

seq1  GACATTATAGGATGAGAAGAATAAAGGGTGT-GGGGGTGAATGGGGAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GACATTATAGGATGAGAAGAATAAAGGGTGTGGGGGGTGAATGGGGAC  848