BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062I18
Chromosome10 (Build37)
Map Location 60,091,558 - 60,221,208
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh23, Slc29a3
Upstream geneCbara1, EG664907, LOC664936, Dnajb12, Ddit4, D10Ertd641e, Ascc1, Spock2, Chst3, LOC100039080, Psap, 4632428N05Rik
Downstream geneUnc5b, Pcbd1, Sgpl1, 1700021K02Rik, Adamts14, Prf1, EG237361, X99384, Nodal, Eif4ebp2, D830039M14Rik, Lrrc20, Npffr1, Ppa1, Sar1a, Tysnd1, Aifm2, H2afy2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062I18.bB6Ng01-062I18.g
ACCDH882909DH882910
length1,1241,172
definitionDH882909|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062I18, 5' end.DH882910|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062I18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,091,558 - 60,092,689)(60,219,996 - 60,221,208)
sequence
gaattctctgcaaagtcttcaggagaaagtcccaggcaggaggaccagcc
aagtgtgaagaccctgcagtgagaatatccttggctcacaccaaggccag
gcagagcaagcaggggaggaagtcagagttggttggcagctgggccagga
gccttacagcctggttttgagccttaagtggtccaactgctgtactctac
tatttccactagttccttgccccaggggtccctcttcctgttccctcttt
agccttcttagcttgccacactgcaacccacgtccagcctgggtggccca
gttagctgagaagtgagatatgcagaaccaagaggggattcgggaatggg
gcagaacaccaacacatggtgaccgtgctcattcagatcatgcgagggga
ttctcaggatccctgagggaaacacagtccagacgcaagttgtgtattac
caaagtagagaacctgccagactcctgcccatagaaccatccagacatgg
ggaacgtgcatcttggggaccagaacccttcagcttatccttgtgactat
gctatcttcactaacaaggaagcccaccctttgcaaagggccacagaaag
acagtagggttccggatgcactgagtgagcatggtgtcacaggagtgtat
gtgcacatagatgtgccctgtgcacaggctcctgtatctccatgcgtgtg
catggttagctggctccccagcttttctcccccatcccaacactccagat
aagcctcaagcttggcttcaaagtagcatagctgcaggggcaggtggtag
ccctgcaggggtatgtggtagcctgggcttcgctgcagagctgggagagt
gaagagtggtagagggtaagggtcaggtgacctatgggacttgtcctacc
acacttctttgctgagagggaagactaaggtctaagcctccaactcacac
acatcaccagaaaagagaagggagcttactgctgagaacgacaaggccaa
gcaagacccagcaaacaggaattgatgggcttcaggttggggcaggttgg
aggtgttcacctgaatgtgcagcatgacctctaaggtcaggtcattcacc
tgcaagtggaggtaactacacagc
gaattcatttaagctatagtgagcagaagagaagaccttctggggctcaa
gcattgctcagttgtgtgatggttaatactgagtctcatcttgacagaag
agacaagcgtgggaagggctacttgtaaaggattctctagacgcactatt
gaagcaggaagaccagcggtacagtcacatgggctggggtccctggctgg
gtaccattcattccactctgcccctaacaggcatgccatctgatgaagtg
actcagacttttcctgccaggccttacccatcatgacagaggactgggag
ccaccaaactaggagccaccagactgggagccaccaaactgagagccaag
aaaagccctccattaagttccttttgccctaacgcttaccacacgagtaa
gaaaggtaactaaggcaggtgtgcatgataccatgtgaagtcctttgcga
acgccatgtgaggtttgcatacagatctctatgtggattataggaagctg
gaacatgagagattaaaaaaaataaataaataataaacaaaggctgtggg
atggagactgtgacaaagaaagacaaggggcagtgggtccaggaggctcc
tgagcaggaaagggggtgggttctggagcacggtagggagcagtcagctg
gagaagcagaagagaggggaccaggctaaggaggcagaacgaggaaaggg
atatagggaagggtgaacaccctagttagtgatgttgatcttttctgtgg
ggacaggaggacagaccatgcccgtggggcgtgtccctggggtttgaaga
aggtgatagagaagctgaggtgcgcagggaatactgggaagccctggctt
gggttggtggtcatgtattcaaatggaccctcctgactgctggtgtctct
ctagacaccctcataaactgggtcaaagtgagccacccagagcaccagaa
aaacagagatatgggtgtttgggtatactagacttggctcttaagcagac
aagggtgtccccactcatggagcaggacgagctcaagggcacgtccgtaa
ggtcataactcccgagagactgatgacaaccatattcaaggaagtgactg
tactactggcaagactggattgactgtgtgggaatctaaatatcaatgca
tcaggccgtggaatcctgaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_60091558_60092689
seq2: B6Ng01-062I18.b_43_1166

seq1  GAATTCTCTGCAAAGTCTTCAGGAGAAAGTCCCAGGCAGGAGGACCAGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCAAAGTCTTCAGGAGAAAGTCCCAGGCAGGAGGACCAGCC  50

seq1  AAGTGTGAAGACCCTGCAGTGAGAATATCCTTGGCTCACACCAAGGCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGAAGACCCTGCAGTGAGAATATCCTTGGCTCACACCAAGGCCAG  100

seq1  GCAGAGCAAGCAGGGGAGGAAGTCAGAGTTGGTTGGCAGCTGGGCCAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCAAGCAGGGGAGGAAGTCAGAGTTGGTTGGCAGCTGGGCCAGGA  150

seq1  GCCTTACAGCCTGGTTTTGAGCCTTAAGTGGTCCAACTGCTGTACTCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTACAGCCTGGTTTTGAGCCTTAAGTGGTCCAACTGCTGTACTCTAC  200

seq1  TATTTCCACTAGTTCCTTGCCCCAGGGGTCCCTCTTCCTGTTCCCTCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCACTAGTTCCTTGCCCCAGGGGTCCCTCTTCCTGTTCCCTCTTT  250

seq1  AGCCTTCTTAGCTTGCCACACTGCAACCCACGTCCAGCCTGGGTGGCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCTTAGCTTGCCACACTGCAACCCACGTCCAGCCTGGGTGGCCCA  300

seq1  GTTAGCTGAGAAGTGAGATATGCAGAACCAAGAGGGGATTCGGGAATGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCTGAGAAGTGAGATATGCAGAACCAAGAGGGGATTCGGGAATGGG  350

seq1  GCAGAACACCAACACATGGTGACCGTGCTCATTCAGATCATGCGAGGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACACCAACACATGGTGACCGTGCTCATTCAGATCATGCGAGGGGA  400

seq1  TTCTCAGGATCCCTGAGGGAAACACAGTCCAGACGCAAGTTGTGTATTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGGATCCCTGAGGGAAACACAGTCCAGACGCAAGTTGTGTATTAC  450

seq1  CAAAGTAGAGAACCTGCCAGACTCCTGCCCATAGAACCATCCAGACATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTAGAGAACCTGCCAGACTCCTGCCCATAGAACCATCCAGACATGG  500

seq1  GGAACGTGCATCTTGGGGACCAGAACCCTTCAGCTTATCCTTGTGACTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACGTGCATCTTGGGGACCAGAACCCTTCAGCTTATCCTTGTGACTAT  550

seq1  GCTATCTTCACTAACAAGGAAGCCCACCCTTTGCAAAGGGCCACAGAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCTTCACTAACAAGGAAGCCCACCCTTTGCAAAGGGCCACAGAAAG  600

seq1  ACAGTAGGGTTCCGGATGCACTGAGTGAGCATGGTGTCACAGGAGTGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAGGGTTCCGGATGCACTGAGTGAGCATGGTGTCACAGGAGTGTAT  650

seq1  GTGCACATAGATGTGCCCTGTGCACAGGCTCCTGTATCTCCATGCGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACATAGATGTGCCCTGTGCACAGGCTCCTGTATCTCCATGCGTGTG  700

seq1  CATGGTTAGCTGGCTCCCCAGCTTTTCTCCCCCATCCCAACACTCCAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTAGCTGGCTCCCCAGCTTTTCTCCCCCATCCCAACACTCCAGAT  750

seq1  AAGCCTCAAGCTTGGCTTCAAAGTAGCATAGCTGCAGGGGCAGGTGGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTCAAGCTTGGCTTCAAAGTAGCATAGCTGCAGGGGCAGGTGGTAG  800

seq1  CCCTGCAGGGGTATGTGGTAGCCTGGGCTTCGCTGCAGAGCTGGGAGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCAGGGGTATGTGGTAGCCTGGGCTTCGCTGCAGAGCTGGGAGAGT  850

seq1  GAAGAGTGGTAGAGGGTAAGGGTCAGGGTGACCTATGGGACTTGTCCTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTGGTAGAGGGTAAGGGTCA-GGTGACCTATGGGACTTGTCCTAC  899

seq1  CACACTTCTTTTGCTGAGAGGGAAGAACTAAGGTCTAAGCCCCCAACTCA  950
      |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACACTTC-TTTGCTGAGAGGGAAG-ACTAAGGTCTAAGCCTCCAACTCA  947

seq1  CACACATCACCAG-AAAGAGAAGGGAGCTTACCGCTGAGAACGGACAAAG  999
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||  
seq2  CACACATCACCAGAAAAGAGAAGGGAGCTTACTGCTGAGAAC-GACAA--  994

seq1  GGCCAAGCAAGACCCAAGCAAACAGGAATTGATGGGCTTCAGGGTTGGGG  1049
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | |||
seq2  GGCCAAGCAAGACCC-AGCAAACAGGAATTGATGGGCTTCAGG--TTGGG  1041

seq1  GCAGGGTGTGAGGTG-TCACCTGAATGTGCAGCATGACCTCTAAAGCTCA  1098
      ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||
seq2  GCAGGTTG-GAGGTGTTCACCTGAATGTGCAGCATGACCTCT-AAGGTCA  1089

seq1  GGTCATTCACCTGCAAAGTGGAGGTAAC--CACAGC  1132
      |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||
seq2  GGTCATTCACCTGC-AAGTGGAGGTAACTACACAGC  1124

seq1: chr10_60219996_60221208
seq2: B6Ng01-062I18.g_68_1239 (reverse)

seq1  TTTTCAGGATTCCACGGCCCCCAGATGAGGCACTTGTAATTCTAAGATTC  50
      |||||||||||||||||||      ||| ||| |  || ||   ||||||
seq2  TTTTCAGGATTCCACGGCC------TGATGCATTGATATTT---AGATTC  41

seq1  CCACAACAACTAGTTCTAATCCAAGTCCTTTCCCCAGTTGATGCCAGTCA  100
      |||||      |||   ||||| ||||   |  |||||  |   ||||||
seq2  CCACA-----CAGT--CAATCC-AGTC---TTGCCAGT--AGTACAGTCA  78

seq1  CCTCTCCTTGATATGTGCTGGTTCATCAGCTCTCTCGGGAAGTTATGACC  150
      |   ||||||| || || | | ||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  C--TTCCTTGA-ATATGGTTG-TCATCAG-TCTCTCGGG-AGTTATGACC  122

seq1  TTTACGGGACTGTGGCCCTTGAGCCCTCTGTCCCTGCTCCATGCGTGGGG  200
       |||| |||| || |||||||||| |   || ||||||||||| ||||||
seq2  -TTAC-GGAC-GT-GCCCTTGAGCTC---GT-CCTGCTCCATGAGTGGGG  164

seq1  ACACCCCTTTGTCTGCTT-AGAGCCCAAGGTCTTAGTAATACCCAAACAC  249
      ||||||  |||||||||| ||||||  | ||| |||| ||||||||||||
seq2  ACACCC--TTGTCTGCTTAAGAGCC--AAGTC-TAGT-ATACCCAAACAC  208

seq1  CCATATCTCTGTTTTTCTGGTGCTCTGGGTGGCTCACTTTGACCCAGTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATCTCTGTTTTTCTGGTGCTCTGGGTGGCTCACTTTGACCCAGTTT  258

seq1  ATGAGGGTGTCTAGAGAGACACCAGCAGTCAGGAGGGTCCATTTGAATAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGGTGTCTAGAGAGACACCAGCAGTCAGGAGGGTCCATTTGAATAC  308

seq1  ATGACCACCAACCCAAGCCAGGGCTTCCCAGTATTCCCTGCGCACCTCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCACCAACCCAAGCCAGGGCTTCCCAGTATTCCCTGCGCACCTCAG  358

seq1  CTTCTCTATCACCTTCTTCAAACCCCAGGGACACGCCCCACGGGCATGGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTATCACCTTCTTCAAACCCCAGGGACACGCCCCACGGGCATGGT  408

seq1  CTGTCCTCCTGTCCCCACAGAAAAGATCAACATCACTAACTAGGGTGTTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTCCTGTCCCCACAGAAAAGATCAACATCACTAACTAGGGTGTTC  458

seq1  ACCCTTCCCTATATCCCTTTCCTCGTTCTGCCTCCTTAGCCTGGTCCCCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCCCTATATCCCTTTCCTCGTTCTGCCTCCTTAGCCTGGTCCCCT  508

seq1  CTCTTCTGCTTCTCCAGCTGACTGCTCCCTACCGTGCTCCAGAACCCACC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTGCTTCTCCAGCTGACTGCTCCCTACCGTGCTCCAGAACCCACC  558

seq1  CCCTTTCCTGCTCAGGAGCCTCCTGGACCCACTGCCCCTTGTCTTTCTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCCTGCTCAGGAGCCTCCTGGACCCACTGCCCCTTGTCTTTCTTT  608

seq1  GTCACAGTCTCCATCCCACAGCCTTTGTTTATTATTTATTTATTTTTTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGTCTCCATCCCACAGCCTTTGTTTATTATTTATTTATTTTTTTT  658

seq1  AATCTCTCATGTTCCAGCTTCCTATAATCCACATAGAGATCTGTATGCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTCATGTTCCAGCTTCCTATAATCCACATAGAGATCTGTATGCAA  708

seq1  ACCTCACATGGCGTTCGCAAAGGACTTCACATGGTATCATGCACACCTGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACATGGCGTTCGCAAAGGACTTCACATGGTATCATGCACACCTGC  758

seq1  CTTAGTTACCTTTCTTACTCGTGTGGTAAGCGTTAGGGCAAAAGGAACTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTACCTTTCTTACTCGTGTGGTAAGCGTTAGGGCAAAAGGAACTT  808

seq1  AATGGAGGGCTTTTCTTGGCTCTCAGTTTGGTGGCTCCCAGTCTGGTGGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGGGCTTTTCTTGGCTCTCAGTTTGGTGGCTCCCAGTCTGGTGGC  858

seq1  TCCTAGTTTGGTGGCTCCCAGTCCTCTGTCATGATGGGTAAGGCCTGGCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTTTGGTGGCTCCCAGTCCTCTGTCATGATGGGTAAGGCCTGGCA  908

seq1  GGAAAAGTCTGAGTCACTTCATCAGATGGCATGCCTGTTAGGGGCAGAGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGTCTGAGTCACTTCATCAGATGGCATGCCTGTTAGGGGCAGAGT  958

seq1  GGAATGAATGGTACCCAGCCAGGGACCCCAGCCCATGTGACTGTACCGCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGAATGGTACCCAGCCAGGGACCCCAGCCCATGTGACTGTACCGCT  1008

seq1  GGTCTTCCTGCTTCAATAGTGCGTCTAGAGAATCCTTTACAAGTAGCCCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTCCTGCTTCAATAGTGCGTCTAGAGAATCCTTTACAAGTAGCCCT  1058

seq1  TCCCACGCTTGTCTCTTCTGTCAAGATGAGACTCAGTATTAACCATCACA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACGCTTGTCTCTTCTGTCAAGATGAGACTCAGTATTAACCATCACA  1108

seq1  CAACTGAGCAATGCTTGAGCCCCAGAAGGTCTTCTCTTCTGCTCACTATA  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGAGCAATGCTTGAGCCCCAGAAGGTCTTCTCTTCTGCTCACTATA  1158

seq1  GCTTAAATGAATTC  1213
      ||||||||||||||
seq2  GCTTAAATGAATTC  1172