BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066I10
Chromosome10 (Build37)
Map Location 102,380,336 - 102,520,805
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCart1
Upstream geneMgat4c, LOC667652, Nts, Pamci, LOC382413
Downstream geneLrriq1, LOC100043277, 6430590A10Rik, Slc6a15, EG667697, LOC667701
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066I10.bB6Ng01-066I10.g
ACCDH885680DH885681
length1,0751,070
definitionDH885680|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066I10, 5' end.DH885681|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066I10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,380,336 - 102,381,429)(102,519,720 - 102,520,805)
sequence
gaattcatgggtaagtctgcgttatgtcctgtgattgccatcgtagtagt
aattgtgatgaaggaaaaagaaatgtattgctaaaaatttgcagcactgt
taggtaaaaagatagacaggtacaaaacaaaaatttaaaagacagataaa
aatcacatggactttcagatcatagtccctcattgatgaaagtcagaaca
ggaactcaagcaaggcagaatcctggaggcaggagctgatgcagaaatcc
tggaggcaggagctgatgcagaaatgatagaggatgctgcttactggctg
actctccctgactggctcaacctgcattcttatagaacccaggactgcca
ggactgtgatctaaccacccacaatgggctggggccttctccatcaatta
cgaattatggaatgttgggtcattgagtagatggattttatatccttgaa
tttctcgagtggggccacaatctctttgtaatttctctttatttttctca
ctccttcataatgactttcaaagattaattaaatatgccactactggatt
tatttgaatctagtttacaaagatcttttctcttatccctgctatccatc
agtttggtgtactttgtcttacagataatgacctagttctcttagccagc
ctgttcatcttaaccaggattatttccctgctgatctcagttagcctctg
cctccctgtgtaacaaaagaaacattaattttttcatgttgattatcatg
ggatgttctcacttttttataattatctgtctttacaacatataataatg
tacattacatgaccacagaaccttagcctatcttgttaaattctgttctg
tctaagttctagaggtacagtgaatttaagagtatttcttgaatggttgt
ctaggccctggattctaaagggtgatgtcaattatgtcagagatatggat
ctcattgaagtttgtccttcaacattatatttttatagtatttattatta
aatttctaatgtctcttctgacttcaccatgaggatgtgatctgacgtta
agctataaccctttgtctcaaaaaa
gaattcaatgcttaagtattgtgatgtatatatttgggttcttatataaa
caacacatccctacagcagcttggatatctacaatgtgtcaaacactcct
acaagccactaataaatacaaagtcgtcttttatacaatgtttacacaga
gacacactgagaatatagatgtactgctaaacttataattgtatattttt
attactttatctttcagtgcatattttctgttgctaaacaaaacaactat
atacaactcttcaaagcatatatgtgatttagagtgataataaaaggttt
tcatgtaccagaactgggtttatgatggaattcaaccaaaatgaatctga
gatttttaagagtttggactctatagttgggaaaaatttctcccagactc
actaaacaggttctattggtcatagtcatgccacactaatttcttaagtt
aatggttcttgttctctactccaaaagtgcatgttccacattggggaatt
taatggaatattctcactagagtagatccttaatgtatattggctgtgtg
aatgtggagtgaaggtatgggccgatgagaaattcttgaatccattacaa
ccaagaaggatagcatctgacattttcttcttccttcactggaggtaaag
gtatgctgtcataggaagctaaaaaccttgatagaaatccaacagttgat
tccctagtgtccaagagtatctgccatgccctaagtattcacatttatca
gcattcatgacaacaacctgtcagtatatgaagggtttcatttcatgtaa
gtttttcaaataagccagtcatgaggtaccaacttctgtagttcctattt
atgtgaagtcaagccgtcatttgttcattcaaagggaattcgggttacac
ttagttgattgagtatatcacacaaagagagtacagagtaagaccaccct
gtctacccatcacagagtatgattatataaatatttgctggggatttggg
ctcatgatttggtaccaaactcaggagcttatggagggcatacttattac
cactctaaaaaaatccaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_102380336_102381429
seq2: B6Ng01-066I10.b_47_1121

seq1  GAATTCATGGGTAAGTCTGCGTTATGTCCTGTGATTGCCATCGTAGTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGGTAAGTCTGCGTTATGTCCTGTGATTGCCATCGTAGTAGT  50

seq1  AATTGTGATGAAGGAAAAAGAAATGTATTGCTAAAAATTTGCAGCACTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTGATGAAGGAAAAAGAAATGTATTGCTAAAAATTTGCAGCACTGT  100

seq1  TAGGTAAAAAGATAGACAGGTACAAAACAAAAATTTAAAAGACAGATAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAAAAAGATAGACAGGTACAAAACAAAAATTTAAAAGACAGATAAA  150

seq1  AATCACATGGACTTTCAGATCATAGTCCCTCATTGATGAAAGTCAGAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACATGGACTTTCAGATCATAGTCCCTCATTGATGAAAGTCAGAACA  200

seq1  GGAACTCAAGCAAGGCAGAATCCTGGAGGCAGGAGCTGATGCAGAAATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCAAGCAAGGCAGAATCCTGGAGGCAGGAGCTGATGCAGAAATCC  250

seq1  TGGAGGCAGGAGCTGATGCAGAAATGATAGAGGATGCTGCTTACTGGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCAGGAGCTGATGCAGAAATGATAGAGGATGCTGCTTACTGGCTG  300

seq1  ACTCTCCCTGACTGGCTCAACCTGCATTCTTATAGAACCCAGGACTGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCCTGACTGGCTCAACCTGCATTCTTATAGAACCCAGGACTGCCA  350

seq1  GGACTGTGATCTAACCACCCACAATGGGCTGGGGCCTTCTCCATCAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGTGATCTAACCACCCACAATGGGCTGGGGCCTTCTCCATCAATTA  400

seq1  CGAATTATGGAATGTTGGGTCATTGAGTAGATGGATTTTATATCCTTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATTATGGAATGTTGGGTCATTGAGTAGATGGATTTTATATCCTTGAA  450

seq1  TTTCTCGAGTGGGGCCACAATCTCTTTGTAATTTCTCTTTATTTTTCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCGAGTGGGGCCACAATCTCTTTGTAATTTCTCTTTATTTTTCTCA  500

seq1  CTCCTTCATAATGACTTTCAAAGATTAATTAAATATGCCACTACTGGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCATAATGACTTTCAAAGATTAATTAAATATGCCACTACTGGATT  550

seq1  TATTTGAATCTAGTTTACAAAGATCTTTTCTCTTATCCCTGCTATCCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAATCTAGTTTACAAAGATCTTTTCTCTTATCCCTGCTATCCATC  600

seq1  AGTTTGGTGTACTTTGTCTTACAGATAATGACCTAGTTCTCTTAGCCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGTGTACTTTGTCTTACAGATAATGACCTAGTTCTCTTAGCCAGC  650

seq1  CTGTTCATCTTAACCAGGATTATTTCCCTGCTGATCTCAGTTAGCCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCATCTTAACCAGGATTATTTCCCTGCTGATCTCAGTTAGCCTCTG  700

seq1  CCTCCCTGTGTAACAAAAGAAACATTAATTTTTTCATGTTGATTATCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTGTGTAACAAAAGAAACATTAATTTTTTCATGTTGATTATCATG  750

seq1  GGATGTTCTCACTTTTTTATAATTATCTGTCTTTACAACATATAATAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTTCTCACTTTTTTATAATTATCTGTCTTTACAACATATAATAATG  800

seq1  TACATTACATGACCACAGAACCTTAGCCTATCTTGTTAAATTCTGTTCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTACATGACCACAGAACCTTAGCCTATCTTGTTAAATTCTGTTCTG  850

seq1  TCTAAGTTCTAGAGGTACAGTGAATTTAAGAGTATTTCTTGAAATGGTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTAAGTTCTAGAGGTACAGTGAATTTAAGAGTATTTCTTG-AATGGTTG  899

seq1  TCTAGGCCCTGGATTCTAAAAGGGTGATGTCAATTATGTCAGAGATATGG  950
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGCCCTGGATTCT-AAAGGGTGATGTCAATTATGTCAGAGATATGG  948

seq1  ATCTCATTGAAGTTTGTCCTTCAACATTATATTTTTATTAGTTATTTTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||
seq2  ATCTCATTGAAGTTTGTCCTTCAACATTATATTTTTA-TAGT--ATTTAT  995

seq1  TTATTTACATTTCTAAATGTTCTCTTCTGACTTTCACCAATGAGGGATTG  1050
      |   ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||   ||
seq2  T--ATTAAATTTCT-AATG-TCTCTTCTGAC-TTCACC-ATGAGG--ATG  1037

seq1  TGATCTGAACGTTTAAGCTTAATAAACCCTTTTGTCTCAAAAAA  1094
      ||||||| ||| |||||||  ||||  || ||||||||||||||
seq2  TGATCTG-ACG-TTAAGCT--ATAA--CCCTTTGTCTCAAAAAA  1075

seq1: chr10_102519720_102520805
seq2: B6Ng01-066I10.g_67_1136 (reverse)

seq1  ATTTGGAATTTTTTTTTATGGAAGTGGTAATACAGTATGCCCTCCAATAA  50
      |||||||   ||||||||    |||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  ATTTGGA---TTTTTTTA---GAGTGGTAATA-AGTATGCCCTCC-ATAA  42

seq1  GCTTCCCTGAGTTTTGGTACCAAATCATGAGCCCAAATCCCCAGCAAATA  100
      |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCT--CCTGAG-TTTGGTACCAAATCATGAGCCCAAATCCCCAGCAAATA  89

seq1  TTTATATAAATCAATAACTCTGTGATGGGTAGACAGGGTGGTCTTACTCT  150
      ||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAT-AATCA--TACTCTGTGATGGGTAGACAGGGTGGTCTTACTCT  136

seq1  GTACTCTTCTTTGTGTGATATACTCAATCAACTAAGTGTAACCCGAATTC  200
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTC-TCTTTGTGTGATATACTCAATCAACTAAGTGTAACCCGAATTC  185

seq1  CCTTTTGAATGAACAAATGACGGCTTGACTTCACATAAATAGGAACTACA  250
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CC-TTTGAATGAACAAATGACGGCTTGACTTCACATAAATAGGAACTACA  234

seq1  GAAGTTGGTACCTCATGACTGGCTTATTTGAAAAACTTACATGAAATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTGGTACCTCATGACTGGCTTATTTGAAAAACTTACATGAAATGAA  284

seq1  ACCCTTCATATACTGACAGGTTGTTGTCATGAATGCTGATAAATGTGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCATATACTGACAGGTTGTTGTCATGAATGCTGATAAATGTGAAT  334

seq1  ACTTAGGGCATGGCAGATACTCTTGGACACTAGGGAATCAACTGTTGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGGGCATGGCAGATACTCTTGGACACTAGGGAATCAACTGTTGGAT  384

seq1  TTCTATCAAGGTTTTTAGCTTCCTATGACAGCATACCTTTACCTCCAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCAAGGTTTTTAGCTTCCTATGACAGCATACCTTTACCTCCAGTG  434

seq1  AAGGAAGAAGAAAATGTCAGATGCTATCCTTCTTGGTTGTAATGGATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGAAGAAAATGTCAGATGCTATCCTTCTTGGTTGTAATGGATTCA  484

seq1  AGAATTTCTCATCGGCCCATACCTTCACTCCACATTCACACAGCCAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTCTCATCGGCCCATACCTTCACTCCACATTCACACAGCCAATAT  534

seq1  ACATTAAGGATCTACTCTAGTGAGAATATTCCATTAAATTCCCCAATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAAGGATCTACTCTAGTGAGAATATTCCATTAAATTCCCCAATGTG  584

seq1  GAACATGCACTTTTGGAGTAGAGAACAAGAACCATTAACTTAAGAAATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGCACTTTTGGAGTAGAGAACAAGAACCATTAACTTAAGAAATTA  634

seq1  GTGTGGCATGACTATGACCAATAGAACCTGTTTAGTGAGTCTGGGAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCATGACTATGACCAATAGAACCTGTTTAGTGAGTCTGGGAGAAA  684

seq1  TTTTTCCCAACTATAGAGTCCAAACTCTTAAAAATCTCAGATTCATTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCCAACTATAGAGTCCAAACTCTTAAAAATCTCAGATTCATTTTG  734

seq1  GTTGAATTCCATCATAAACCCAGTTCTGGTACATGAAAACCTTTTATTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAATTCCATCATAAACCCAGTTCTGGTACATGAAAACCTTTTATTAT  784

seq1  CACTCTAAATCACATATATGCTTTGAAGAGTTGTATATAGTTGTTTTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTAAATCACATATATGCTTTGAAGAGTTGTATATAGTTGTTTTGTT  834

seq1  TAGCAACAGAAAATATGCACTGAAAGATAAAGTAATAAAAATATACAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAACAGAAAATATGCACTGAAAGATAAAGTAATAAAAATATACAATT  884

seq1  ATAAGTTTAGCAGTACATCTATATTCTCAGTGTGTCTCTGTGTAAACATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTTTAGCAGTACATCTATATTCTCAGTGTGTCTCTGTGTAAACATT  934

seq1  GTATAAAAGACGACTTTGTATTTATTAGTGGCTTGTAGGAGTGTTTGACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAAAGACGACTTTGTATTTATTAGTGGCTTGTAGGAGTGTTTGACA  984

seq1  CATTGTAGATATCCAAGCTGCTGTAGGGATGTGTTGTTTATATAAGAACC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTAGATATCCAAGCTGCTGTAGGGATGTGTTGTTTATATAAGAACC  1034

seq1  CAAATATATACATCACAATACTTAAGCATTGAATTC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATATACATCACAATACTTAAGCATTGAATTC  1070