BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088F15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 53,303,284 - 53,353,529
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMcm9, Asf1a, LOC100042554, 4930589M24Rik
Upstream geneSlc35f1, Pln, EG432460
Downstream geneMan1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088F15.bB6Ng01-088F15.g
ACCDH901225DH901226
length1,114864
definitionDH901225|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088F15, 5' end.DH901226|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088F15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,352,404 - 53,353,529)(53,303,284 - 53,304,134)
sequence
gaattcagtcctcctcagagtgaagcttccccagtggcttctccagaccc
ccagcgccaggagtggtttgcccggtacttcacattctgactgaattttg
ctggcacagctctgtgtggactgttccaagagcatgactgcataggaatc
attatgtggacaggcctttctatgtaaaacactgtgaatgagaaagtgtt
tgtctctccgatttgaaaatgcactgtattccctgtgatatttattggaa
tcactctctgaggtactatattatgtgtgtaattataacaattattttta
ttttagatggaagtcttaatctttgtaattactgcataataaattttgtt
agaacaaatgtttttcgtggttgttttctatcaagtgtgctttaaacact
ttttaataccaggtataagacttgtcaataagttttactgcactaatgat
cataaattgttacttcaagagtcttaatatcaatatagggaaatttatta
ttatcttacattgttgtgtataattctaactatataattgttaacattta
taaatccagaataaaagaatttatgtaaattgtgtacttccaagtatatg
aattcttgttggtttgtagctttttcttttttgattccaatagatgagat
gtaaaccttcaataaagttagtatctatgagtaatattacttagggctaa
agttggtatgtaaaaaaggtctactataatttgtcttaaaaggaaggtta
tgccaggaatagtgtatgtactttaatctcaacacttgagattactgtgc
actggaggccaacatggtctattagtgccagctaggctatatagtgagac
cttgtcttcaaaacaaaacacacaaacgcctgcttgccagttttcatagt
agcatggtttctgttgacatataagatgtcatattggggggttttatcca
cttttatgagtgcctatgtctatgtgcatgtattttgagtgcacgtatat
gcacatacatgagaggcttaagttgacgtcagaatcatcatgcatcccct
tttacgattatttacagaaactagagtcactgagtgatgagtcttattac
tgatctcttcttcc
gaattcctaataccactctaaaaaaaaaagaggaaaattgtgactgtaaa
gattttgtaaatatgacatggaaagaaaaatgataagctgagcttcatca
aaataaagtcagtagttaggagcactggctactctttcagaagatccagg
tttgattctcagcacctacgtggcaggtcaccattatccctacctctagt
tccaagggttatgatggtctcgtctggccttcataggcaccaggcatatg
tgtattgcacagacacacatgaaaccaccaaaagacaaatataaaattag
aaaaaaaaatcaaattaagagtacgtgttcttccaaagacaatgttgaga
aaaagtgaatgaccctgacttctcaatggagactcttacaagccagaggg
cctggacagatgtgctgcagactctaagagaccagatatgtcagcccaca
gtactgtacccagcaaaaatttcaatcactacagatgaagaaaataagat
attccatgacataaagccactgttaaacaatatttatctgccaggccaga
cctacagaccgtgttagaaaaaaactttccaacctaaggaggttaaacta
tgaccatgaaaatgcagaaatagttaatctcaacagcaaagtcaaaagaa
ggaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
ccagtattaccaccaacaagaagattaaaaaaaaagatcaacaattattt
ggtcattgatatctctaaatattaatggtctcagtccctaataaaaagtc
acagaataatagaaatgaaagcaaaaacaggactcatcccttctttgctg
catccaaaaacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_53352404_53353529
seq2: B6Ng01-088F15.b_47_1160 (reverse)

seq1  GGAAG--GAGATCAGCTAATAAGACTCATCACCTCAGTGAACTCTAGGTT  48
      |||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||
seq2  GGAAGAAGAGATCAG-TAATAAGACTCATCA-CTCAGTG-ACTCTA-GTT  46

seq1  TCTGTAAAATAAATTCTGTAAAAGGGGGATGCATGATGATTCCTGACGTC  98
      ||||| ||||||  || |||||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTGT-AAATAA--TC-GTAAAA-GGGGATGCATGATGATT-CTGACGTC  90

seq1  AACTTTAGGCCTCTTCATGTATGTGCATATACGTGCACTCAAAATACATG  148
      ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAC-TTAAGCCTC-TCATGTATGTGCATATACGTGCACTCAAAATACATG  138

seq1  CACATAGACATAGGCACTCATAAAAAGTGGATAAAACCCCCCAAATATGA  198
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CACATAGACATAGGCACTCAT-AAAAGTGGATAAAACCCCCC-AATATGA  186

seq1  CATCTTATATGTCAACAGAAACCATGCTACTATGAAAACTGGCAAGCAGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTATATGTCAACAGAAACCATGCTACTATGAAAACTGGCAAGCAGG  236

seq1  CGTTTGTGTGTTTTGTTTTGAAGACAAGGTCTCACTATATAGCCTAGCTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGTGTGTTTTGTTTTGAAGACAAGGTCTCACTATATAGCCTAGCTG  286

seq1  GCACTAATAGACCATGTTGGCCTCCAGTGCACAGTAATCTCAAGTGTTGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTAATAGACCATGTTGGCCTCCAGTGCACAGTAATCTCAAGTGTTGA  336

seq1  GATTAAAGTACATACACTATTCCTGGCATAACCTTCCTTTTAAGACAAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAGTACATACACTATTCCTGGCATAACCTTCCTTTTAAGACAAAT  386

seq1  TATAGTAGACCTTTTTTACATACCAACTTTAGCCCTAAGTAATATTACTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTAGACCTTTTTTACATACCAACTTTAGCCCTAAGTAATATTACTC  436

seq1  ATAGATACTAACTTTATTGAAGGTTTACATCTCATCTATTGGAATCAAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATACTAACTTTATTGAAGGTTTACATCTCATCTATTGGAATCAAAA  486

seq1  AAGAAAAAGCTACAAACCAACAAGAATTCATATACTTGGAAGTACACAAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAGCTACAAACCAACAAGAATTCATATACTTGGAAGTACACAAT  536

seq1  TTACATAAATTCTTTTATTCTGGATTTATAAATGTTAACAATTATATAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATAAATTCTTTTATTCTGGATTTATAAATGTTAACAATTATATAGT  586

seq1  TAGAATTATACACAACAATGTAAGATAATAATAAATTTCCCTATATTGAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTATACACAACAATGTAAGATAATAATAAATTTCCCTATATTGAT  636

seq1  ATTAAGACTCTTGAAGTAACAATTTATGATCATTAGTGCAGTAAAACTTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGACTCTTGAAGTAACAATTTATGATCATTAGTGCAGTAAAACTTA  686

seq1  TTGACAAGTCTTATACCTGGTATTAAAAAGTGTTTAAAGCACACTTGATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAAGTCTTATACCTGGTATTAAAAAGTGTTTAAAGCACACTTGATA  736

seq1  GAAAACAACCACGAAAAACATTTGTTCTAACAAAATTTATTATGCAGTAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAACCACGAAAAACATTTGTTCTAACAAAATTTATTATGCAGTAA  786

seq1  TTACAAAGATTAAGACTTCCATCTAAAATAAAAATAATTGTTATAATTAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAGATTAAGACTTCCATCTAAAATAAAAATAATTGTTATAATTAC  836

seq1  ACACATAATATAGTACCTCAGAGAGTGATTCCAATAAATATCACAGGGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAATATAGTACCTCAGAGAGTGATTCCAATAAATATCACAGGGAA  886

seq1  TACAGTGCATTTTCAAATCGGAGAGACAAACACTTTCTCATTCACAGTGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGCATTTTCAAATCGGAGAGACAAACACTTTCTCATTCACAGTGT  936

seq1  TTTACATAGAAAGGCCTGTCCACATAATGATTCCTATGCAGTCATGCTCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATAGAAAGGCCTGTCCACATAATGATTCCTATGCAGTCATGCTCT  986

seq1  TGGAACAGTCCACACAGAGCTGTGCCAGCAAAATTCAGTCAGAATGTGAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAGTCCACACAGAGCTGTGCCAGCAAAATTCAGTCAGAATGTGAA  1036

seq1  GTACCGGGCAAACCACTCCTGGCGCTGGGGGTCTGGAGAAGCCACTGGGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCGGGCAAACCACTCCTGGCGCTGGGGGTCTGGAGAAGCCACTGGGG  1086

seq1  AAGCTTCACTCTGAGGAGGACTGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTCACTCTGAGGAGGACTGAATTC  1114

seq1: chr10_53303284_53304134
seq2: B6Ng01-088F15.g_69_921

seq1  GAATTCCTAATACCACTCTAAAAAAAAAAGAGGAAAATTGTGACTGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAATACCACTCTAAAAAAAAAAGAGGAAAATTGTGACTGTAAA  50

seq1  GATTTTGTAAATATGACATGGAAAGAAAAATGATAAGCTGAGCTTCATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGTAAATATGACATGGAAAGAAAAATGATAAGCTGAGCTTCATCA  100

seq1  AAATAAAGTCAGTAGTTAGGAGCACTGGCTACTCTTTCAGAAGATCCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAGTCAGTAGTTAGGAGCACTGGCTACTCTTTCAGAAGATCCAGG  150

seq1  TTTGATTCTCAGCACCTACGTGGCAGGTCACCATTATCCCTACCTCTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTCTCAGCACCTACGTGGCAGGTCACCATTATCCCTACCTCTAGT  200

seq1  TCCAAGGGTTATGATGGTCTCGTCTGGCCTTCATAGGCACCAGGCATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGGTTATGATGGTCTCGTCTGGCCTTCATAGGCACCAGGCATATG  250

seq1  TGTATTGCACAGACACACATGAAACCACCAAAAGACAAATATAAAATTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTGCACAGACACACATGAAACCACCAAAAGACAAATATAAAATTAG  300

seq1  AAAAAAAAATCAAATTAAGAGTACGTGTTCTTCCAAAGACAATGTTGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAATCAAATTAAGAGTACGTGTTCTTCCAAAGACAATGTTGAGA  350

seq1  AAAAGTGAATGACCCTGACTTCTCAATGGAGACTCTTACAAGCCAGAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGAATGACCCTGACTTCTCAATGGAGACTCTTACAAGCCAGAGGG  400

seq1  CCTGGACAGATGTGCTGCAGACTCTAAGAGACCAGATATGTCAGCCCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGACAGATGTGCTGCAGACTCTAAGAGACCAGATATGTCAGCCCACA  450

seq1  GTACTGTACCCAGCAAAAATTTCAATCACTACAGATGAAGAAAATAAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGTACCCAGCAAAAATTTCAATCACTACAGATGAAGAAAATAAGAT  500

seq1  ATTCCATGACATAAAGCCACTGTTAAACAATATTTATCTGCCAGGCCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCATGACATAAAGCCACTGTTAAACAATATTTATCTGCCAGGCCAGA  550

seq1  CCTACAGACCGTGTTAGAAAAAAACTTTCCAACCTAAGGAGGTTAAACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGACCGTGTTAGAAAAAAACTTTCCAACCTAAGGAGGTTAAACTA  600

seq1  TGACCATGAAAATGCAGAAATAGTTAATCTCAACAGCAAAGTCAAAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATGAAAATGCAGAAATAGTTAATCTCAACAGCAAAGTCAAAAGAA  650

seq1  GGAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  700

seq1  CCAGTATTACCACCAACAAGAAGATTAAAAAAAAAGATCAACAATTATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTATTACCACCAACAAGAAGATTAAAAAAAAAGATCAACAATTATTT  750

seq1  GGTCATTGATATCTCTAAATATTAATGGTCTCAGTCCCTAATAAAAAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATTGATATCTCTAAATATTAATGGTCTCAGTCCCTAATAAAAAGTC  800

seq1  ACAGAATAATAG-AATGAAAGCAAAAACAGGACTCAT-CCTTCTTTGCTG  848
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACAGAATAATAGAAATGAAAGCAAAAACAGGACTCATCCCTTCTTTGCTG  850

seq1  CAT  851
      |||
seq2  CAT  853