BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-095K16
Chromosome10 (Build37)
Map Location 43,496,356 - 43,552,776
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668192
Upstream geneSec63, Scml4, EG666569, C230040G06, Sobp, 9030612E09Rik, Pdss2, LOC100042155, AK122525, LOC100042179, 1700021F05Rik, Cd24a, EG668190, LOC100041418, 1700027J07Rik
Downstream geneQrsl1, Rtn4ip1, Aim1, LOC546475, Speer5-ps1, Atg5, LOC100041506, Prdm1, LOC546476, 4930431F10Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-095K16.bB6Ng01-095K16.g
ACCDH906542DH906543
length9641,080
definitionDH906542|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095K16, 5' end.DH906543|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095K16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,551,806 - 43,552,776)(43,496,356 - 43,497,443)
sequence
gaattctcttccccaggaagtgttacagctcctataagacagaagttctc
agaaaacccttgatggagtaattctcacaactttactccttctgaacagg
ttcttacgtacattttgcggtgggttggggtctgacagcagatgctttct
actggcttggtctaagatgttagggatgcctcactgcctgtggaggggct
tggggcactgcccctatgtgactgattgtcaccacttgtctccaccgggt
gctgtggtcacgtgacaggtccagctgctcactgatgcttttacctgttt
ctgtaaagaatgaaagtgtaaataagtgtaaataagtaactgcaaataaa
gatactgctaggtttgatcagttttcaaactatcgaaacatttccaccat
ctgagaggtcagagagtctagctgagacctggaagtgaaatctagtctgc
ttgtaatccctgtgttgtgcaaatatgtctccccagctaccccagcctca
tcccttccagtcactcttagctgaggcacagagagcccatttacaagctc
actgacaagaggcaatatatctatcctgtcgagtgttcagggagcacatg
agagactaaaatagcaatgtgagaatgtttgcatccttggaaaaagagtg
ttctttcattaagtatactaatctttttgttttaagaaaatcagagtatg
ctggtgaattaaaggaagaaatttgtaatcttataatctgaagaaaatat
ggatgtttgttgtacaacctttcacactgctgtgtaatcttctgtacctc
agtaaaaaaaaaaaaaaaaaatggatagaatacagggaaaaactattaga
gaaacaggattaaatcctgctcttatttggggctttaatccagagactgt
gacataaactagtttcactgcacatacacctgtgggggtttttggtgaga
tcttagggggtgga
gaattcacatgaaaggattgaagcggggcatagaacactgactgtcttgc
ctgacattaataaattgacttctccccatcagtctcagcttactagagga
ttattaaccactttaagatgtactgctcattatacaaagatccaaccacc
agaagtactggagagatgtaactctggtatgattacctgaagttgcaatt
aggcagttgttatggactgactgtgtgtacatgaagcattaggcagttgt
tatggtctgactgtgtgtacatgaagcattaggcagttgttatggactga
ctgtgtgtacatgaagcattaggcagttgttatggactgactgtgtgtac
atgaagcattaggcagttgttatggtctgactgtgtgtacatgaagcatt
aggcagttgttatggactgactgtgtgtacatgaagcattaggcagttgt
tatggacttactgtgtgtacatgaagcattaggcagttgttatggtctga
ctgtgtgtacatgaagcattaggcagttgttatggactgactgtgtgtac
atgaagcattaggcagttgttatggactgactgtgtgtattctctctaaa
cctctaagttagaaccctaacccctcctgtgatgacatttagaccagggg
cctttgggaggtaattaagcttagatgagatcataagagttttcatgatg
agattagcacctttataagaagaaaccagagagctcattttcacctccct
gagtgagcacaaaaaaacctctgagtgcatgccacaatggtgcttgtcta
gaaaccaagaaaaaaaaacctcagaaagaagtctaccttgcttgtgcctt
gattttggatgccccagccttcagagctgtgaggaatggactggttgctg
ttaaacaccccactgttgtataacagcagcctggattaactaatgtacta
taagcaaatagtacatcagattaattaattctatgatgttattgctttgt
tttgacaggagcttcagttatggaagaaaatgggctagtggggacatcca
ctcagctctgaccgcatgctacatgtggct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_43551806_43552776
seq2: B6Ng01-095K16.b_47_1010 (reverse)

seq1  TCCACCCC--TAGATCTCCACCAAAAAACCCACCACAGGTGTATGTGCAG  48
      ||||||||   |||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||
seq2  TCCACCCCCTAAGATCT-CACCAAAAA--CCCCCACAGGTGTATGTGCAG  47

seq1  TTGAAACTAGTTTATGTCACAGTCTCTGGAATTAAAGCCCCAAATAAAGA  98
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  -TGAAACTAGTTTATGTCACAGTCTCTGG-ATTAAAGCCCCAAAT-AAGA  94

seq1  GCAGGATTTAATCCTGTTTCTCTAATAGTTTTTTCCCTGTATTCTATCCA  148
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATTTAATCCTGTTTCTCTAATAG-TTTTTCCCTGTATTCTATCCA  143

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTGAGGTACAGAAGATTACACAGCAGTGT  198
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  --TTTTTTTTTTTTTTTTTTACTGAGGTACAGAAGATTACACAGCAGTGT  191

seq1  GGAAGGTTGTACAACAAACATCCATATTTTCTTCAGATTATAAGATTACA  248
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTTGTACAACAAACATCCATATTTTCTTCAGATTATAAGATTACA  241

seq1  AATTTCTTCCTTTAATTCACCAGCATACTCTGATTTTCTTAAAACAAAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTTCCTTTAATTCACCAGCATACTCTGATTTTCTTAAAACAAAAA  291

seq1  GATTAGTATACTTAATGAAAGAACACTCTTTTTCCAAGGATGCAAACATT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGTATACTTAATGAAAGAACACTCTTTTTCCAAGGATGCAAACATT  341

seq1  CTCACATTGCTATTTTAGTCTCTCATGTGCTCCCTGAACACTCGACAGGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATTGCTATTTTAGTCTCTCATGTGCTCCCTGAACACTCGACAGGA  391

seq1  TAGATATATTGCCTCTTGTCAGTGAGCTTGTAAATGGGCTCTCTGTGCCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATATTGCCTCTTGTCAGTGAGCTTGTAAATGGGCTCTCTGTGCCT  441

seq1  CAGCTAAGAGTGACTGGAAGGGATGAGGCTGGGGTAGCTGGGGAGACATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAAGAGTGACTGGAAGGGATGAGGCTGGGGTAGCTGGGGAGACATA  491

seq1  TTTGCACAACACAGGGATTACAAGCAGACTAGATTTCACTTCCAGGTCTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCACAACACAGGGATTACAAGCAGACTAGATTTCACTTCCAGGTCTC  541

seq1  AGCTAGACTCTCTGACCTCTCAGATGGTGGAAATGTTTCGATAGTTTGAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGACTCTCTGACCTCTCAGATGGTGGAAATGTTTCGATAGTTTGAA  591

seq1  AACTGATCAAACCTAGCAGTATCTTTATTTGCAGTTACTTATTTACACTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATCAAACCTAGCAGTATCTTTATTTGCAGTTACTTATTTACACTT  641

seq1  ATTTACACTTTCATTCTTTACAGAAACAGGTAAAAGCATCAGTGAGCAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACACTTTCATTCTTTACAGAAACAGGTAAAAGCATCAGTGAGCAGC  691

seq1  TGGACCTGTCACGTGACCACAGCACCCGGTGGAGACAAGTGGTGACAATC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCTGTCACGTGACCACAGCACCCGGTGGAGACAAGTGGTGACAATC  741

seq1  AGTCACATAGGGGCAGTGCCCCAAGCCCCTCCACAGGCAGTGAGGCATCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACATAGGGGCAGTGCCCCAAGCCCCTCCACAGGCAGTGAGGCATCC  791

seq1  CTAACATCTTAGACCAAGCCAGTAGAAAGCATCTGCTGTCAGACCCCAAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATCTTAGACCAAGCCAGTAGAAAGCATCTGCTGTCAGACCCCAAC  841

seq1  CCACCGCAAAATGTACGTAAGAACCTGTTCAGAAGGAGTAAAGTTGTGAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCGCAAAATGTACGTAAGAACCTGTTCAGAAGGAGTAAAGTTGTGAG  891

seq1  AATTACTCCATCAAGGGTTTTCTGAGAACTTCTGTCTTATAGGAGCTGTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTCCATCAAGGGTTTTCTGAGAACTTCTGTCTTATAGGAGCTGTA  941

seq1  ACACTTCCTGGGGAAGAGAATTC  971
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCCTGGGGAAGAGAATTC  964

seq1: chr10_43496356_43497443
seq2: B6Ng01-095K16.g_66_1145

seq1  GAATTCACATGAAAGGATTGAAGCGGGGCATAGAACACTGACTGTCTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATGAAAGGATTGAAGCGGGGCATAGAACACTGACTGTCTTGC  50

seq1  CTGACATTAATAAATTGACTTCTCCCCATCAGTCTCAGCTTACTAGAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATTAATAAATTGACTTCTCCCCATCAGTCTCAGCTTACTAGAGGA  100

seq1  TTATTAACCACTTTAAGATGTACTGCTCATTATACAAAGATCCAACCACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAACCACTTTAAGATGTACTGCTCATTATACAAAGATCCAACCACC  150

seq1  AGAAGTACTGGAGAGATGTAACTCTGGTATGATTACCTGAAGTTGCAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTACTGGAGAGATGTAACTCTGGTATGATTACCTGAAGTTGCAATT  200

seq1  AGGCAGTTGTTATGGACTGACTGTGTGTACATGAAGCATTAGGCAGTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTTGTTATGGACTGACTGTGTGTACATGAAGCATTAGGCAGTTGT  250

seq1  TATGGTCTGACTGTGTGTACATGAAGCATTAGGCAGTTGTTATGGACTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTCTGACTGTGTGTACATGAAGCATTAGGCAGTTGTTATGGACTGA  300

seq1  CTGTGTGTACATGAAGCATTAGGCAGTTGTTATGGACTGACTGTGTGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTACATGAAGCATTAGGCAGTTGTTATGGACTGACTGTGTGTAC  350

seq1  ATGAAGCATTAGGCAGTTGTTATGGTCTGACTGTGTGTACATGAAGCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGCATTAGGCAGTTGTTATGGTCTGACTGTGTGTACATGAAGCATT  400

seq1  AGGCAGTTGTTATGGACTGACTGTGTGTACATGAAGCATTAGGCAGTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTTGTTATGGACTGACTGTGTGTACATGAAGCATTAGGCAGTTGT  450

seq1  TATGGACTTACTGTGTGTACATGAAGCATTAGGCAGTTGTTATGGTCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGACTTACTGTGTGTACATGAAGCATTAGGCAGTTGTTATGGTCTGA  500

seq1  CTGTGTGTACATGAAGCATTAGGCAGTTGTTATGGACTGACTGTGTGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTACATGAAGCATTAGGCAGTTGTTATGGACTGACTGTGTGTAC  550

seq1  ATGAAGCATTAGGCAGTTGTTATGGACTGACTGTGTGTATTCTCTCTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGCATTAGGCAGTTGTTATGGACTGACTGTGTGTATTCTCTCTAAA  600

seq1  CCTCTAAGTTAGAACCCTAACCCCTCCTGTGATGACATTTAGACCAGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAAGTTAGAACCCTAACCCCTCCTGTGATGACATTTAGACCAGGGG  650

seq1  CCTTTGGGAGGTAATTAAGCTTAGATGAGATCATAAGAGTTTTCATGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGGAGGTAATTAAGCTTAGATGAGATCATAAGAGTTTTCATGATG  700

seq1  AGATTAGCACCTTTATAAGAAGAAACCAGAGAGCTCATTTTCACCTCCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGCACCTTTATAAGAAGAAACCAGAGAGCTCATTTTCACCTCCCT  750

seq1  GAGTGAGCACAAAAAAACCTCTGAGTGCATGCCACAATGGTGCTTGTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGCACAAAAAAACCTCTGAGTGCATGCCACAATGGTGCTTGTCTA  800

seq1  GAAACCAAG-AAAAAAAACCTCAGAAAGAAGTCTACCTTGCTTGTGCCTT  849
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAAGAAAAAAAAACCTCAGAAAGAAGTCTACCTTGCTTGTGCCTT  850

seq1  GATTTTGGATGCCCCAGCCTTCAGAGCTGTGAGGAATGGACTGGTTGCTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGGATGCCCCAGCCTTCAGAGCTGTGAGGAATGGACTGGTTGCTG  900

seq1  TTTAAACA-CCCACTGTTGTATAACAGCAGCCTGGATTAACTAATGTACT  948
       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTAAACACCCCACTGTTGTATAACAGCAGCCTGGATTAACTAATGTACT  949

seq1  AATAAGGCAAAATAGTACATCAGATATATTAAATTCTATGATGTTATTGC  998
       |||||   |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||
seq2  -ATAAG--CAAATAGTACATCAGAT-TAATTAATTCTATGATGTTATTGC  995

seq1  TTTGTTTTTGACAGGGAGCTTCAG-TATGGAAGAAAAATGGGGCTAGTTG  1047
      |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||   ||||||| ||
seq2  TTTG-TTTTGACA-GGAGCTTCAGTTATGGAAGAAAA--TGGGCTAG-TG  1040

seq1  TGGACATCCACTCAGCTCTGACCGCATGCTACATGTTGGCT  1088
       |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGGACATCCACTCAGCTCTGACCGCATGCTACATG-TGGCT  1080