BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099H03
Chromosome10 (Build37)
Map Location 93,596,842 - 93,758,705
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFgd6, Nr2c1, Ndufa12, EG215472
Upstream geneEG667314, Pctk2, Elk3, LOC100041854, Lta4h, Hal, Amdhd1, Ccdc38, Snrpf, LOC100041873, Ntn4, LOC667338, LOC100041907, Usp44, Metap2, Vezt
Downstream geneLOC100041955, Tmcc3, EG667315, 4921537D05Rik, Plxnc1, Cradd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099H03.bB6Ng01-099H03.g
ACCDH909236DH909237
length1,132884
definitionDH909236|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099H03, 5' end.DH909237|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099H03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,757,561 - 93,758,705)(93,596,842 - 93,597,727)
sequence
gaattcatccctgcagactccataatggatgtattttctctctcctctcc
ctccccacttctcctctctaatggccatgaggtcaccctaggaagctccc
cgtccaagtctcagaccatgacagaatcaagagatggaagacatcttaga
gaccatctgttcttgcccattcgggaatattctctctctgaaaccttggt
caaggtgtcttgactcctgcttaaacacatactagtcacgctttctaaag
cccattctacaccagccactccatcactggttattggaaaggtctttttg
gcagggcaccagagtctgtttctctcttccctctgcctgctgctccatct
gttgggatcagaggaaacagggtgactcacttcaaatgacggccgacaat
gaatgatatacaattaagcgtgtgggccccaggggcagactgcatggaca
gagtcctggctttgtgattttgggcaattgaatcttcttgtgcctcagat
tcttcatttgcaaaccaggaaccctaatgctgcctatccttggagactag
gatgggaaaggaagcctgctacatatgactcagcagcagaattgtcaccc
tgatggtcatgggagtctgcttgcttggactaaacctttttatttctctc
cttattccaggactgcttgtgcccctcccccacacagcccagtggccagg
attcctgcctaactatatcccaagaattgagcctaggactctctttggtc
tgctctggctcataaaagccaagacgaggtgaggcactcctttctgtttc
tgcttctccgttcactcaccaattcacaaatgattttctgcatgtgtgtt
tgtgtaatagagaactgtccctttaaatgtgtgtgtcacagatcttgtct
cctgctgggattgcagtggcctgaaggcagggaacaaatactgccacaaa
agccttagctttgtagtacacatggtctcagttgcaactgctagctcagc
tgacaaagcatgagtagccttagacagatgagagatttcgtttacaagag
caagccactggcctgaatttgcttcatgagcaatagtttcttacttcagg
ctaaagcaattttaaaatgttttcatcctcat
gaattcaccctgacctggagaagacaccactgcagggcctgtgggaaggt
cagaggggcagcggttgtccctgtcgtgatgtgtgtggctctgggctatg
cacagtgaggaaggacttccctcagaagttactgtagtacacaaaccagg
aagggcagtgctagtgaaggcagagatgtcgtctgatctgtgtttggagt
tggagtggggaatattgttagggactctcttcctctactctctgcccatg
atttactttggcttacgctttgggactttaagcttaagacaattggcctg
tagtattggggttaagacaacatgtcatggtgagagcatgtagtaagcaa
agccactaacttgatagttatgaatgaaaaaagtggaagaaatgacccca
gcaccccttcgaaggtccaccaccctagtgaccttttaaagttcctgtca
cctcccaggaactttaaaacacatgagtccttagaagagatttccagtcc
ataccaacgtataagctttcacgatgtctttagcagaacgaacatagtaa
cagagctcctttgactggtggtgttgcaggggagtagttgttgctatggc
aataatgcttagggatgctaagtgatgatgcttaggctcaagggtggtca
gtgagactgacagaagttccttgcacactaagccgtgttctgaaggctta
tgttagcacattacttacgaagcaagcccctcgggacttatgtgtagcct
ctcaagtgtggtcacgtaagcttgttccctacatgccgaaatgccatgcg
ataagtgagattagtcatgtcaactgttttgtaaaaaagacattgctata
atctgcagcctttttttatagccggtaatcaagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_93757561_93758705
seq2: B6Ng01-099H03.b_48_1179 (reverse)

seq1  ATGAGAGATGAAAAACAATTTTTTAAAATATGCTTTAGCTTGGAAGTTAG  50
      ||||| |||| ||||||   ||||||||| ||||||||| | |||| || 
seq2  ATGAG-GATG-AAAACA---TTTTAAAAT-TGCTTTAGCCT-GAAG-TAA  42

seq1  GAAACTATGGCTCATGAAGCAAATTCA-GCCAGTGGCCTGCTCTTTGTAA  99
      |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||
seq2  GAAACTATTGCTCATGAAGCAAATTCAGGCCAGTGGCTTGCTC-TTGTAA  91

seq1  ACGAAATCTCTCATCTTGTCTAAGGCTACCTCATGCTTTGTCAGCTGAGC  149
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  ACGAAATCTCTCATC-TGTCTAAGGCTA-CTCATGCTTTGTCAGCTGAG-  138

seq1  CTAGCAGTTGCAACTGAGACCATGTGTACTACAAAGCCTAAGGCCTTTTG  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  CTAGCAGTTGCAACTGAGACCATGTGTACTACAAAG-CTAAGG-CTTTTG  186

seq1  TGGCAGTATTTGTTCCCTGCCTTCAGGCCACTGCAATCCCAGCAGGAGAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTATTTGTTCCCTGCCTTCAGGCCACTGCAATCCCAGCAGGAGAC  236

seq1  AAGATCTGTGACACACACATTTAAAGGGACAGTTCTCTATTACACAAACA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCTGTGACACACACATTTAAAGGGACAGTTCTCTATTACACAAACA  286

seq1  CACATGCAGAAAATCATTTGTGAATTGGTGAGTGAACGGAGAAGCAGAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCAGAAAATCATTTGTGAATTGGTGAGTGAACGGAGAAGCAGAAA  336

seq1  CAGAAAGGAGTGCCTCACCTCGTCTTGGCTTTTATGAGCCAGAGCAGACC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGGAGTGCCTCACCTCGTCTTGGCTTTTATGAGCCAGAGCAGACC  386

seq1  AAAGAGAGTCCTAGGCTCAATTCTTGGGATATAGTTAGGCAGGAATCCTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGTCCTAGGCTCAATTCTTGGGATATAGTTAGGCAGGAATCCTG  436

seq1  GCCACTGGGCTGTGTGGGGGAGGGGCACAAGCAGTCCTGGAATAAGGAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGGGCTGTGTGGGGGAGGGGCACAAGCAGTCCTGGAATAAGGAGA  486

seq1  GAAATAAAAAGGTTTAGTCCAAGCAAGCAGACTCCCATGACCATCAGGGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAAAAGGTTTAGTCCAAGCAAGCAGACTCCCATGACCATCAGGGT  536

seq1  GACAATTCTGCTGCTGAGTCATATGTAGCAGGCTTCCTTTCCCATCCTAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATTCTGCTGCTGAGTCATATGTAGCAGGCTTCCTTTCCCATCCTAG  586

seq1  TCTCCAAGGATAGGCAGCATTAGGGTTCCTGGTTTGCAAATGAAGAATCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAGGATAGGCAGCATTAGGGTTCCTGGTTTGCAAATGAAGAATCT  636

seq1  GAGGCACAAGAAGATTCAATTGCCCAAAATCACAAAGCCAGGACTCTGTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACAAGAAGATTCAATTGCCCAAAATCACAAAGCCAGGACTCTGTC  686

seq1  CATGCAGTCTGCCCCTGGGGCCCACACGCTTAATTGTATATCATTCATTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGTCTGCCCCTGGGGCCCACACGCTTAATTGTATATCATTCATTG  736

seq1  TCGGCCGTCATTTGAAGTGAGTCACCCTGTTTCCTCTGATCCCAACAGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCCGTCATTTGAAGTGAGTCACCCTGTTTCCTCTGATCCCAACAGAT  786

seq1  GGAGCAGCAGGCAGAGGGAAGAGAGAAACAGACTCTGGTGCCCTGCCAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGCAGGCAGAGGGAAGAGAGAAACAGACTCTGGTGCCCTGCCAAA  836

seq1  AAGACCTTTCCAATAACCAGTGATGGAGTGGCTGGTGTAGAATGGGCTTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTTTCCAATAACCAGTGATGGAGTGGCTGGTGTAGAATGGGCTTT  886

seq1  AGAAAGCGTGACTAGTATGTGTTTAAGCAGGAGTCAAGACACCTTGACCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCGTGACTAGTATGTGTTTAAGCAGGAGTCAAGACACCTTGACCA  936

seq1  AGGTTTCAGAGAGAGAATATTCCCGAATGGGCAAGAACAGATGGTCTCTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCAGAGAGAGAATATTCCCGAATGGGCAAGAACAGATGGTCTCTA  986

seq1  AGATGTCTTCCATCTCTTGATTCTGTCATGGTCTGAGACTTGGACGGGGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCTTCCATCTCTTGATTCTGTCATGGTCTGAGACTTGGACGGGGA  1036

seq1  GCTTCCTAGGGTGACCTCATGGCCATTAGAGAGGAGAAGTGGGGAGGGAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTAGGGTGACCTCATGGCCATTAGAGAGGAGAAGTGGGGAGGGAG  1086

seq1  AGGAGAGAGAAAATACATCCATTATGGAGTCTGCAGGGATGAATTC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGAGAAAATACATCCATTATGGAGTCTGCAGGGATGAATTC  1132

seq1: chr10_93596842_93597727
seq2: B6Ng01-099H03.g_66_949

seq1  GAATTCACCCTGACCTGGAGAAGACACCACTGCAGGGCCTGTGGGAAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCTGACCTGGAGAAGACACCACTGCAGGGCCTGTGGGAAGGT  50

seq1  CAGAGGGGCAGCGGTTGTCCCTGTCGTGATGTGTGTGGCTCTGGGCTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGGCAGCGGTTGTCCCTGTCGTGATGTGTGTGGCTCTGGGCTATG  100

seq1  CACAGTGAGGAAGGACTTCCCTCAGAAGTTACTGTAGTACACAAACCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGAGGAAGGACTTCCCTCAGAAGTTACTGTAGTACACAAACCAGG  150

seq1  AAGGGCAGTGCTAGTGAAGGCAGAGATGTCGTCTGATCTGTGTTTGGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCAGTGCTAGTGAAGGCAGAGATGTCGTCTGATCTGTGTTTGGAGT  200

seq1  TGGAGTGGGGAATATTGTTAGGGACTCTCTTCCTCTACTCTCTGCCCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTGGGGAATATTGTTAGGGACTCTCTTCCTCTACTCTCTGCCCATG  250

seq1  ATTTACTTTGGCTTACGCTTTGGGACTTTAAGCTTAAGACAATTGGCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTTGGCTTACGCTTTGGGACTTTAAGCTTAAGACAATTGGCCTG  300

seq1  TAGTATTGGGGTTAAGACAACATGTCATGGTGAGAGCATGTAGTAAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATTGGGGTTAAGACAACATGTCATGGTGAGAGCATGTAGTAAGCAA  350

seq1  AGCCACTAACTTGATAGTTATGAATGAAAAAAGTGGAAGAAATGACCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTAACTTGATAGTTATGAATGAAAAAAGTGGAAGAAATGACCCCA  400

seq1  GCACCCCTTCGAAGGTCCACCACCCTAGTGACCTTTTAAAGTTCCTGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCCTTCGAAGGTCCACCACCCTAGTGACCTTTTAAAGTTCCTGTCA  450

seq1  CCTCCCAGGAACTTTAAAACACATGAGTCCTTAGAAGAGATTTCCAGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAGGAACTTTAAAACACATGAGTCCTTAGAAGAGATTTCCAGTCC  500

seq1  ATACCAACGTATAAGCTTTCACGATGTCTTTAGCAGAACGAACATAGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAACGTATAAGCTTTCACGATGTCTTTAGCAGAACGAACATAGTAA  550

seq1  CAGAGCTCCTTTGACTGGTGGTGTTGCAGGGGAGTAGTTGTTGCTATGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTCCTTTGACTGGTGGTGTTGCAGGGGAGTAGTTGTTGCTATGGC  600

seq1  AATAATGCTTAGGGATGCTAAGTGATGATGCTTAGGCTCAAGGGTGGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGCTTAGGGATGCTAAGTGATGATGCTTAGGCTCAAGGGTGGTCA  650

seq1  GTGAGACTGACAGAAGTTCC-TGCACACTAAGCCGTGTTCTGAAGGCTTA  699
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACTGACAGAAGTTCCTTGCACACTAAGCCGTGTTCTGAAGGCTTA  700

seq1  TGTTAGCACATTACTTACGAAGCAAG-CCCTCGGGACTTATGTGTAGCCT  748
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGCACATTACTTACGAAGCAAGCCCCTCGGGACTTATGTGTAGCCT  750

seq1  CTCAAGTGTGGTCACGTAAGCTTGTTCCCTACATGCCGAAATGCCATGCG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTGTGGTCACGTAAGCTTGTTCCCTACATGCCGAAATGCCATGCG  800

seq1  ATAAGTGAGATTTAGTCATGTCAAACTGTTTTGTAAAAAAGGACAGTGCT  848
      |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  ATAAGTGAGA-TTAGTCATGTC-AACTGTTTTGTAAAAAA-GACATTGCT  847

seq1  ATAAACTGCAGCCTTTTTTTTATAGCCTGTAATCAAGT  886
      |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATAATCTGCAGCC-TTTTTTTATAGCCGGTAATCAAGT  884