BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105N19
Chromosome10 (Build37)
Map Location 13,652,574 - 13,823,867
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666859, Hivep2
Upstream geneStx11, Sf3b5, Plagl1, 4930519B02Rik, Ltv1, LOC666829, Phactr2, LOC100039475, Fuca2, Pex3, Deadc1, Aig1
Downstream geneGpr126, LOC100039571, LOC100039409, Vta1, D230044M03Rik, EG666904, Nmbr, LOC666917
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105N19.bB6Ng01-105N19.g
ACCDH913768DH913769
length1,1981,127
definitionDH913768|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105N19, 5' end.DH913769|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105N19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,652,574 - 13,653,787)(13,822,743 - 13,823,867)
sequence
gaattccaaactgtcaacagttactaataggctatgggacccaccccatt
ttttccccataagcccaggatctgaactctagacatctatttctatgaac
tacttttccctgaaaaatgtgaaggataaaaataacttgctctaccctat
aacaacaacatcaaacctgctgaagtatccattctttgatttagctgata
tttgttaagtacctactccaagtcaagaactttgctaggtgttagcttct
gtgggaagcactcaactgtgagaagcctatattagattgggggccaggga
gtgctatagagagttggattattggttaagagcacttgttgcttttgcag
aagatgcagggtcgattcccagcatccacattatagctcagaaccatctg
taactgcaccgtcaggtgatacaacaccttcttttaacctcagcaggcac
caggtatgcatgttgtgcacattcacacatacaagcacagcacatatata
cacaaaataattaaagaattatttagagcctaattaactaagtggacaaa
tagccaaacaatataggggaaagtacaggtttctatagcaacacagaaga
aaaaaaaaaccgcgtaattcaggctgatgaggatcagaggaaggtggtat
aaaagtctcctacgggggatctattaggttagatagggcatttaaaggaa
tagagagcagcagccatctggaggaagtggctttgttggaaagggacaag
aaagaggaagagtcatacattccgtgaagagtagcgcatttgtcatgatg
gcttaggacagaggttgtgtgtaagacagaagataaagagagagagacag
agacagagagaatgtgatactggcattaaatactgggcgttgtctatgta
taccaagcaagtgctccatcactgggctgtgtccccgcccctaaattgtt
tttatggaactctaattcattggccacttcttggtatgatgcaacattga
tgcttggttttttttttccttatagatggatattaaaataaagaagacct
gtttctaacaaaactgacttgtgtctatcttttgaataagcaaatttaat
ttccagtacttacccgaaaggaatgaacaaataccctctacagtggctta
acaagaaggtccacacaacttattaatatagcctatgaagaacacaaa
gaattcatgtttaataaggtggaacactgactaacagacagcatctttac
ttgatttattctctcctgtggaccacctggttcctttccacattgaaatt
tctcatgatttagcctctattttcatatatacccagtatgttcagggcga
aaaaaggcttcaccataatgggcaaatctatttctaaaaagaaattctac
ttaattagtacctattgcatgaggaagaatttaacctgtggagatattca
aatttaaagtcaagagatgaaatcttagacatggcttctttttatatcat
aatggatgagaaagaggactaaaaagaagaggaatgagagttttaggaag
agaaatcttcccaaatgtgtgggaagtatttatatctgcggaaacaatgc
aaaggagccattcaattttctaaaactcaaactgtccttcttcactaggg
ttgagatctcagtcctgactatgaatgtcacagggtggtctacccagcat
ctctgctttcccttgaaccctgttctgatgctggttcagatcagagggga
gaaggagaccctccctgggtctcactatgtatgaagtgaggtgcatccaa
agcaagtcacttcaagagagcccacaaaaatgcattacagtaagagatac
agtggtgctgtgataaagaacaccaattcagcaagtccgagcagacgtca
cagtgctttatccttcgtagttttcatgtgagaaggttagatggggtcaa
cagccatagaaagaggaaggccagggactggggattgccaaaacctctgt
gagcatactgattttcttttccactatgtaaccttagccacttcaactga
ctgagcaccctcacttaaaaataggtacactccatcctgctctgccaacc
ttgggttactgtaaaactaaaggaatcacatgctacacgagggcttcatc
aatgttatttcattctacaatgaaggccacatcaactcaccttgcctagt
agatcagaggctttttgtctatggaaggaactacattgttcatacaacaa
aagcaactgacagcacaccctcttccattacaatgcttccaccatggatc
gtgaagtggagtgaaaatttctggttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_13652574_13653787
seq2: B6Ng01-105N19.b_46_1243

seq1  GAATTCCAAACTGTCAACAGTTACTAATAGGCTATGGGACCCACCCCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAACTGTCAACAGTTACTAATAGGCTATGGGACCCACCCCATT  50

seq1  TTTTCCCCATAAGCCCAGGATCTGAACTCTAGACATCTATTTCTATGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCCATAAGCCCAGGATCTGAACTCTAGACATCTATTTCTATGAAC  100

seq1  TACTTTTCCCTGAAAAATGTGAAGGATAAAAATAACTTGCTCTACCCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTCCCTGAAAAATGTGAAGGATAAAAATAACTTGCTCTACCCTAT  150

seq1  AACAACAACATCAAACCTGCTGAAGTATCCATTCTTTGATTTAGCTGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAACATCAAACCTGCTGAAGTATCCATTCTTTGATTTAGCTGATA  200

seq1  TTTGTTAAGTACCTACTCCAAGTCAAGAACTTTGCTAGGTGTTAGCTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTAAGTACCTACTCCAAGTCAAGAACTTTGCTAGGTGTTAGCTTCT  250

seq1  GTGGGAAGCACTCAACTGTGAGAAGCCTATATTAGATTGGGGGCCAGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAGCACTCAACTGTGAGAAGCCTATATTAGATTGGGGGCCAGGGA  300

seq1  GTGCTATAGAGAGTTGGATTATTGGTTAAGAGCACTTGTTGCTTTTGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTATAGAGAGTTGGATTATTGGTTAAGAGCACTTGTTGCTTTTGCAG  350

seq1  AAGATGCAGGGTCGATTCCCAGCATCCACATTATAGCTCAGAACCATCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCAGGGTCGATTCCCAGCATCCACATTATAGCTCAGAACCATCTG  400

seq1  TAACTGCACCGTCAGGTGATACAACACCTTCTTTTAACCTCAGCAGGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGCACCGTCAGGTGATACAACACCTTCTTTTAACCTCAGCAGGCAC  450

seq1  CAGGTATGCATGTTGTGCACATTCACACATACAAGCACAGCACATATATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATGCATGTTGTGCACATTCACACATACAAGCACAGCACATATATA  500

seq1  CACAAAATAATTAAAGAATTATTTAGAGCCTAATTAACTAAGTGGACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAATAATTAAAGAATTATTTAGAGCCTAATTAACTAAGTGGACAAA  550

seq1  TAGCCAAACAATATAGGGGAAAGTACAGGTTTCTATAGCAACACAGAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAAACAATATAGGGGAAAGTACAGGTTTCTATAGCAACACAGAAGA  600

seq1  AAAAAAAAACCGCGTAATTCAGGCTGATGAGGATCAGAGGAAGGTGGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAACCGCGTAATTCAGGCTGATGAGGATCAGAGGAAGGTGGTAT  650

seq1  AAAAGTCTCCTACGGGGGATCTATTAGGTTAGATAGGGCATTTAAAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCTCCTACGGGGGATCTATTAGGTTAGATAGGGCATTTAAAGGAA  700

seq1  TAGAGAGCAGCAGCCATCTGGAGGAAGTGGCTTTGTTGGAAAGGGACAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGCAGCAGCCATCTGGAGGAAGTGGCTTTGTTGGAAAGGGACAAG  750

seq1  AAAGAGGAAGAGTCATACATTCCGTGAAGAGTAGCGCATTTGTCATGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGAAGAGTCATACATTCCGTGAAGAGTAGCGCATTTGTCATGATG  800

seq1  GCTTAGGACAGAGGTTGTGTGTAAGACAGAAGATAAAGAGAGAGAGACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGGACAGAGGTTGTGTGTAAGACAGAAGATAAAGAGAGAGAGACAG  850

seq1  AGACAGAGAGAATGTGATACTGGCATTAAATACTGGGCGTTGTCTATGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGAGAATGTGATACTGGCATTAAATACTGGGCGTTGTCTATGTA  900

seq1  TACCAAGCAAGTGCTCCATCACTGGGCTGTGGTCCCCGCCCCTAAAATTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  TACCAAGCAAGTGCTCCATCACTGGGCTGT-GTCCCCGCCCCT-AAATTG  948

seq1  TTTTTATGGAACTCTTAATTCATTGGCCAC-TCTTGGTATGATGCAACAA  999
      |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  TTTTTATGGAACTC-TAATTCATTGGCCACTTCTTGGTATGATGCAAC-A  996

seq1  TTGATGCTTTGGTTTTTTCTTTTCCTTATAGATGGAATATTAAAATACAG  1049
      ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  TTGATGC-TTGGTTTTTT-TTTTCCTTATAGATGG-ATATTAAAATAAAG  1043

seq1  -AGACCTTGTTTCTAACAAAACTTGACTTGTGTCTATCTTTTG-ATAAGC  1097
       ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGACC-TGTTTCTAACAAAAC-TGACTTGTGTCTATCTTTTGAATAAGC  1091

seq1  AATTTTATTTTCAGGTACTTACCCAGAAGAAATGAACACATACCTTCTCA  1147
      || |||| ||||  ||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||| |
seq2  AAATTTAATTTCCAGTACTTACCCGAAAGGAATGAACAAATACCCTCT-A  1140

seq1  CAGTGCTTTACACAAGAATGTCCAACACAATCTTATTTATTATAGCCCCA  1197
      |||||  ||| ||||||| |||| |||||| |||| ||| |||||||   
seq2  CAGTGGCTTA-ACAAGAAGGTCC-ACACAA-CTTA-TTAATATAGCC---  1183

seq1  AATGGAAAGAACACAAA  1214
       |||  |||||||||||
seq2  TATG--AAGAACACAAA  1198

seq1: chr10_13822743_13823867
seq2: B6Ng01-105N19.g_69_1195 (reverse)

seq1  AAACCAGAAATTTCCACTTCACACTCACGGATCATGGTGG-AGCA-TGTA  48
      ||||||||||||| |||| |||  |||||   |||||||| |||| ||||
seq2  AAACCAGAAATTTTCACTCCAC-TTCACGATCCATGGTGGAAGCATTGTA  49

seq1  ATGG-AGA-GGTGTGCTGTCAGTTGGCTTTGTTGTATGAACATTGTAGTT  96
      |||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGGAAGAGGGTGTGCTGTCAGTTGCTTTTGTTGTATGAACAATGTAGTT  99

seq1  CCTTCCATAGACAAAAAGCCTCTGATCTTACTAGGCAAGGTGAGTTGATG  146
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCATAGACAAAAAGCCTCTGATC-TACTAGGCAAGGTGAGTTGATG  148

seq1  TGGCCTTCATTGTAGATGGAATTAACATTGATGGAGCCCTCGTGTAGCAT  196
      ||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTCATTGTAGAATGAAATAACATTGATGAAGCCCTCGTGTAGCAT  198

seq1  GTAGATTCCTTTAGTTTTACAGTAA-CCAAGGTTGGCAGAGCAGGATGGA  245
      || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GT-GATTCCTTTAGTTTTACAGTAACCCAAGGTTGGCAGAGCAGGATGGA  247

seq1  GTGTACCTATTTTTAAGTGAGGGTGCTCAGTCAGTTGAAGTGGCTAAGGT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACCTATTTTTAAGTGAGGGTGCTCAGTCAGTTGAAGTGGCTAAGGT  297

seq1  TACATAGTGGAAAAGAAAATCAGTATGCTCACAGAGGTTTTGGCAATCCC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGTGGAAAAGAAAATCAGTATGCTCACAGAGGTTTTGGCAATCCC  347

seq1  CAGTCCCTGGCCTTCCTCTTTCTATGGCTGTTGACCCCATCTAACCTTCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCTGGCCTTCCTCTTTCTATGGCTGTTGACCCCATCTAACCTTCT  397

seq1  CACATGAAAACTACGAAGGATAAAGCACTGTGACGTCTGCTCGGACTTGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAAAACTACGAAGGATAAAGCACTGTGACGTCTGCTCGGACTTGC  447

seq1  TGAATTGGTGTTCTTTATCACAGCACCACTGTATCTCTTACTGTAATGCA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGGTGTTCTTTATCACAGCACCACTGTATCTCTTACTGTAATGCA  497

seq1  TTTTTGTGGGCTCTCTTGAAGTGACTTGCTTTGGATGCACCTCACTTCAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTGGGCTCTCTTGAAGTGACTTGCTTTGGATGCACCTCACTTCAT  547

seq1  ACATAGTGAGACCCAGGGAGGGTCTCCTTCTCCCCTCTGATCTGAACCAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTGAGACCCAGGGAGGGTCTCCTTCTCCCCTCTGATCTGAACCAG  597

seq1  CATCAGAACAGGGTTCAAGGGAAAGCAGAGATGCTGGGTAGACCACCCTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGAACAGGGTTCAAGGGAAAGCAGAGATGCTGGGTAGACCACCCTG  647

seq1  TGACATTCATAGTCAGGACTGAGATCTCAACCCTAGTGAAGAAGGACAGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTCATAGTCAGGACTGAGATCTCAACCCTAGTGAAGAAGGACAGT  697

seq1  TTGAGTTTTAGAAAATTGAATGGCTCCTTTGCATTGTTTCCGCAGATATA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTTTAGAAAATTGAATGGCTCCTTTGCATTGTTTCCGCAGATATA  747

seq1  AATACTTCCCACACATTTGGGAAGATTTCTCTTCCTAAAACTCTCATTCC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTTCCCACACATTTGGGAAGATTTCTCTTCCTAAAACTCTCATTCC  797

seq1  TCTTCTTTTTAGTCCTCTTTCTCATCCATTATGATATAAAAAGAAGCCAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTTTAGTCCTCTTTCTCATCCATTATGATATAAAAAGAAGCCAT  847

seq1  GTCTAAGATTTCATCTCTTGACTTTAAATTTGAATATCTCCACAGGTTAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAGATTTCATCTCTTGACTTTAAATTTGAATATCTCCACAGGTTAA  897

seq1  ATTCTTCCTCATGCAATAGGTACTAATTAAGTAGAATTTCTTTTTAGAAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCCTCATGCAATAGGTACTAATTAAGTAGAATTTCTTTTTAGAAA  947

seq1  TAGATTTGCCCATTATGGTGAAGCCTTTTTTCGCCCTGAACATACTGGGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTGCCCATTATGGTGAAGCCTTTTTTCGCCCTGAACATACTGGGT  997

seq1  ATATATGAAAATAGAGGCTAAATCATGAGAAATTTCAATGTGGAAAGGAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGAAAATAGAGGCTAAATCATGAGAAATTTCAATGTGGAAAGGAA  1047

seq1  CCAGGTGGTCCACAGGAGAGAATAAATCAAGTAAAGATGCTGTCTGTTAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGGTCCACAGGAGAGAATAAATCAAGTAAAGATGCTGTCTGTTAG  1097

seq1  TCAGTGTTCCACCTTATTAAACATGAATTC  1125
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTTCCACCTTATTAAACATGAATTC  1127