BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-137A18
Chromosome10 (Build37)
Map Location 28,221,734 - 28,374,281
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprk
Upstream geneLama2, LOC100040385, LOC100040961, LOC100040401
Downstream geneE430004N04Rik, 4930519F09Rik, 2310057J18Rik, LOC432447, 6330407J23Rik, Echdc1, Rnf146, Rspo3, EG630389
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-137A18.bB6Ng01-137A18.g
ACCDH936663DH936664
length1,146971
definitionDH936663|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137A18, 5' end.DH936664|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137A18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,373,124 - 28,374,281)(28,221,734 - 28,222,666)
sequence
gaattcattgcttttagaccctttcatagaagcccagaagaaatggtaga
gaccaagacttgcatggatacccaaagatatctttatcactatcctaagg
aaaatgtagattctttttcttgtcattttccatggtgactccctgatttc
agctaacagagaaaagaagagtgcttccaaatgcacctgtggtggtttga
atagggatggcaaccatagatgaatgtgtttgaatgcttatctcccaggg
tgtggcactattagaaagtgtggccttgttggagtaggtgtagtcttgtt
gaaggaagtatgtcactgtggagttgggctttgaggcgacatatgatgaa
cgagtgtggcacacagtctcgccttgctgtctgtggatcaggacgtagac
ccctcagtttctcttccaacaccatccctgcttgcagcccaccatgcctc
tcattatgataataatggactaaacctcttaaactgtaagccaaccccaa
ttaaatgttttcctttgtaagagttgccttggtaacaatgtctcttgaca
gccataacaccctatttaagacagcatccaaacactagcccctgctatgt
tctgcattttctatgttctctgcttttcataatagagaaaatgcataggc
ttttttgaaagtctattttgttgaaagaaaataataaatatagacaaaat
ctcagttataatactttattggcatgtctttatgtgtcaaaggtgtatct
aaggagctagtggttattaataaagaaacagtagcaatcctccatctttc
aaatttcaaatttctctgaacagctctttacagtgagtcttcttagccta
tcattaggaagtctgcttcaggaagaccatatcttatcatttttaaggct
ttgttgaggtatttaaagggtataatacaaccccccttagggacaaacaa
ctaaaacaaagtgaggatgacatacagtaccattttgtatctcatgtaca
ggcagctagagtataccattaccacaaactaaaattcagctttgaaacca
ccatctctaagtctaagaagttgaatgaacagtcaaagagctgaaatgcc
aagtttaagtcttagaaggatgccagcctctggcacagtcaaacct
gaattcattaggatatagttgatattttgacttgctttcagtaaagttcc
tgttttaatactaaaatataaattattaagttcagttaatgtaattaata
tcttgaaatattcaatagtttagcttggtgtggtggtatgtagctaaaat
gccaatattttagcaacagaaatagaaatattaccataacttaagggcca
gcctggcctatttagtttatatcaggccaacaaggggtactgagtaagag
tctctcaaaacaaacacaaaaatcaataaatttacagcaacaagcagaac
aacaattaatgaatatataatgtatccaataaaaactgtaatagtataga
taatagatgataaatagatgatcatcttatatcatagatacagattgata
gatgaagataattcatctgacctgaaaactaaaacacaaaaaatctttta
ataatatttaataattgtttttattattaaaatggtaaaataactaatca
tttttcttctctcctaacccttttatatacctccaattcatgtcctttct
ttttaattattgttacacacatgcacacacacacacacacacacacatgc
acgcatgcacacacgcatgtactcaacaaacattctaatacataaataca
acctgctcggtccttgtaacattacctgtatttatctgagtgatctcagg
gctttgggtattgggttgggaggctctttcctgaggaaggtcattcttcc
agtctcagcatcccttgtttgttgcgtagggtagagatcctctcccactt
ccatgttatcatgtccattagtgtcattgttcaagtcttatttcagcagc
cttggtgagacgtcatggatgtagtctttgtaacatttctaggaggtatg
accttttgtttacaaacatgttctgctggctctcagaacttcaacccttt
tcttccaatgatacctgtgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_28373124_28374281
seq2: B6Ng01-137A18.b_46_1191 (reverse)

seq1  AGGTCTGACTTGTGGCAGAGGCTGTGCATCCTTCTAAGACTTTAACTTGG  50
      |||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGGTTTGAC-TGTGCCAGAGGCTG-GCATCCTTCTAAGACTTAAACTTGG  48

seq1  CATTTCAGCTCTTTTGACTGTTCATTCCAACTTCCTAGACTTTAGAGATG  100
      ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||
seq2  CATTTCAGCTC-TTTGACTGTTCATT-CAACTTCTTAGAC-TTAGAGATG  95

seq1  GTGGTTTCAAAGCCTGAATTTTAGTTTGTGGTTAATGGTATACTCTAGCC  150
      |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  GTGGTTTCAAAG-CTGAATTTTAGTTTGTGG-TAATGGTATACTCTAG-C  142

seq1  TGCCTGTACAATGAGATAACAAAATGGTACTGTAATGTCATCCTCACTTT  200
      ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTAC-ATGAGAT-ACAAAATGGTACTGT-ATGTCATCCTCACTTT  189

seq1  GTTTTTAGTTGTTTGTCCCTAAGGGGGGTTGTATTATACCCTTTAAATAC  250
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-TTTTAGTTGTTTGTCCCTAAGGGGGGTTGTATTATACCCTTTAAATAC  238

seq1  CTCAACAAAGCCTTAAAAATGATAAGATATGGTCTTCCTGAAGCAGACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAAAGCCTTAAAAATGATAAGATATGGTCTTCCTGAAGCAGACTT  288

seq1  CCTAATGATAGGCTAAGAAGACTCACTGTAAAGAGCTGTTCAGAGAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATGATAGGCTAAGAAGACTCACTGTAAAGAGCTGTTCAGAGAAATT  338

seq1  TGAAATTTGAAAGATGGAGGATTGCTACTGTTTCTTTATTAATAACCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTTGAAAGATGGAGGATTGCTACTGTTTCTTTATTAATAACCACT  388

seq1  AGCTCCTTAGATACACCTTTGACACATAAAGACATGCCAATAAAGTATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTTAGATACACCTTTGACACATAAAGACATGCCAATAAAGTATTA  438

seq1  TAACTGAGATTTTGTCTATATTTATTATTTTCTTTCAACAAAATAGACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGAGATTTTGTCTATATTTATTATTTTCTTTCAACAAAATAGACTT  488

seq1  TCAAAAAAGCCTATGCATTTTCTCTATTATGAAAAGCAGAGAACATAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAAAGCCTATGCATTTTCTCTATTATGAAAAGCAGAGAACATAGAA  538

seq1  AATGCAGAACATAGCAGGGGCTAGTGTTTGGATGCTGTCTTAAATAGGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAGAACATAGCAGGGGCTAGTGTTTGGATGCTGTCTTAAATAGGGT  588

seq1  GTTATGGCTGTCAAGAGACATTGTTACCAAGGCAACTCTTACAAAGGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGGCTGTCAAGAGACATTGTTACCAAGGCAACTCTTACAAAGGAAA  638

seq1  ACATTTAATTGGGGTTGGCTTACAGTTTAAGAGGTTTAGTCCATTATTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAATTGGGGTTGGCTTACAGTTTAAGAGGTTTAGTCCATTATTAT  688

seq1  CATAATGAGAGGCATGGTGGGCTGCAAGCAGGGATGGTGTTGGAAGAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATGAGAGGCATGGTGGGCTGCAAGCAGGGATGGTGTTGGAAGAGAA  738

seq1  ACTGAGGGGTCTACGTCCTGATCCACAGACAGCAAGGCGAGACTGTGTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGGGTCTACGTCCTGATCCACAGACAGCAAGGCGAGACTGTGTGC  788

seq1  CACACTCGTTCATCATATGTCGCCTCAAAGCCCAACTCCACAGTGACATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCGTTCATCATATGTCGCCTCAAAGCCCAACTCCACAGTGACATA  838

seq1  CTTCCTTCAACAAGACTACACCTACTCCAACAAGGCCACACTTTCTAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTCAACAAGACTACACCTACTCCAACAAGGCCACACTTTCTAATA  888

seq1  GTGCCACACCCTGGGAGATAAGCATTCAAACACATTCATCTATGGTTGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCACACCCTGGGAGATAAGCATTCAAACACATTCATCTATGGTTGCC  938

seq1  ATCCCTATTCAAACCACCACAGGTGCATTTGGAAGCACTCTTCTTTTCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTATTCAAACCACCACAGGTGCATTTGGAAGCACTCTTCTTTTCTC  988

seq1  TGTTAGCTGAAATCAGGGAGTCACCATGGAAAATGACAAGAAAAAGAATC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGCTGAAATCAGGGAGTCACCATGGAAAATGACAAGAAAAAGAATC  1038

seq1  TACATTTTCCTTAGGATAGTGATAAAGATATCTTTGGGTATCCATGCAAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTTCCTTAGGATAGTGATAAAGATATCTTTGGGTATCCATGCAAG  1088

seq1  TCTTGGTCTCTACCATTTCTTCTGGGCTTCTATGAAAGGGTCTAAAAGCA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTCTCTACCATTTCTTCTGGGCTTCTATGAAAGGGTCTAAAAGCA  1138

seq1  ATGAATTC  1158
      ||||||||
seq2  ATGAATTC  1146

seq1: chr10_28221734_28222666
seq2: B6Ng01-137A18.g_67_999

seq1  GAATTCATTAGGATATAGTTGATATTTTGACTTGCTTTCAGTAAAGTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAGGATATAGTTGATATTTTGACTTGCTTTCAGTAAAGTTCC  50

seq1  TGTTTTAATACTAAAATATAAATTATTAAGTTCAGTTAATGTAATTAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAATACTAAAATATAAATTATTAAGTTCAGTTAATGTAATTAATA  100

seq1  TCTTGAAATATTCAATAGTTTAGCTTGGTGTGGTGGTATGTAGCTAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAATATTCAATAGTTTAGCTTGGTGTGGTGGTATGTAGCTAAAAT  150

seq1  GCCAATATTTTAGCAACAGAAATAGAAATATTACCATAACTTAAGGGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATATTTTAGCAACAGAAATAGAAATATTACCATAACTTAAGGGCCA  200

seq1  GCCTGGCCTATTTAGTTTATATCAGGCCAACAAGGGGTACTGAGTAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCCTATTTAGTTTATATCAGGCCAACAAGGGGTACTGAGTAAGAG  250

seq1  TCTCTCAAAACAAACACAAAAATCAATAAATTTACAGCAACAAGCAGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCAAAACAAACACAAAAATCAATAAATTTACAGCAACAAGCAGAAC  300

seq1  AACAATTAATGAATATATAATGTATCCAATAAAAACTGTAATAGTATAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATTAATGAATATATAATGTATCCAATAAAAACTGTAATAGTATAGA  350

seq1  TAATAGATGATAAATAGATGATCATCTTATATCATAGATACAGATTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGATGATAAATAGATGATCATCTTATATCATAGATACAGATTGATA  400

seq1  GATGAAGATAATTCATCTGACCTGAAAACTAAAACACAAAAAATCTTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAGATAATTCATCTGACCTGAAAACTAAAACACAAAAAATCTTTTA  450

seq1  ATAATATTTAATAATTGTTTTTATTATTAAAATGGTAAAATAACTAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATTTAATAATTGTTTTTATTATTAAAATGGTAAAATAACTAATCA  500

seq1  TTTTTCTTCTCTCCTAACCCTTTTATATACCTCCAATTCATGTCCTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTCTCTCCTAACCCTTTTATATACCTCCAATTCATGTCCTTTCT  550

seq1  TTTTAATTATTGTTACACACATGCACACACACACACACACACACACATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATTATTGTTACACACATGCACACACACACACACACACACACATGC  600

seq1  ACGCATGCACACACGCATGTACTCAACAAACATTCTAATACATAAATACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATGCACACACGCATGTACTCAACAAACATTCTAATACATAAATACA  650

seq1  ACCTGCTCGGTCCTTGTAACATTACCTGTATTTATCTGAGTGATCTCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTCGGTCCTTGTAACATTACCTGTATTTATCTGAGTGATCTCAGG  700

seq1  GCTTTGGGTATTGGGTTGGGAGGCTCTTTCCTGAGGAAGGTCATTCTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGGGTATTGGGTTGGGAGGCTCTTTCCTGAGGAAGGTCATTCTTCC  750

seq1  AGTCTCAGCATCCCTTGTTTGTTGCGTAGGGTAGAGATCCTCTCCCACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCAGCATCCCTTGTTTGTTGCGTAGGGTAGAGATCCTCTCCCACTT  800

seq1  CCATGTTATCATGTCCATTAGTGTCATTGTTCAAGTCTTATTTCAGCAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTATCATGTCCATTAGTGTCATTGTTCAAGTCTTATTTCAGCAGC  850

seq1  CTTGGTGAGACGTCATGGATGTAGTCTTTGTAACATTTCTAGGAGGTATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGAGACGTCATGGATGTAGTCTTTGTAACATTTCTAGGAGGTATG  900

seq1  ACCTTTTGTTTACAAACATGTTCTGCTGGCTCT  933
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTGTTTACAAACATGTTCTGCTGGCTCT  933