BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-146M03
Chromosome10 (Build37)
Map Location 55,494,587 - 55,657,310
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC382460, LOC100041927
Downstream geneD630037F22Rik, 1700060H10Rik, EG629732, Gja1, EG668347, LOC100042622, LOC668355, LOC100042628, EG629739
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-146M03.bB6Ng01-146M03.g
ACCDH943815DH943816
length9751,042
definitionDH943815|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146M03, 5' end.DH943816|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146M03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,656,328 - 55,657,310)(55,494,587 - 55,495,650)
sequence
gaattcttatctcctctgtgcacaaggctgaccctttttatgtgggcttt
cctcattccataactgtaagtataattcaaatatagaatcactctgtgtc
ttcatttcttgttgtacttctcatgaaaagtaggtttttatctgagctgg
ggggggggtgagttcagagaggagagaatggattcaaaacaagacttgca
gcacaaaataaagtgaatggttggctggctttgcttccaggcaaacaata
gccagtggaggtggagcagggggatgactgatctcagtggtcttcagagt
tgactcttggcaatgtattaaatggagcataaggagaataaactgccagg
gatattagcatcctcaactttttactgctcacctaaaccaccagtgaaac
tgctttgctccatttcaaagtgaagtttgtttttttggcaaagttgtaat
gcagcctctcacaacagggtaaagaaaccctacttttgccacacacacac
acacacacacacacacacacacacacaattgcacacatgcactcacatgt
gcacacacatgcacagacacgcacttgtatgtaaaagtctgcacacacac
atacaaaactcctatcagaatttaaatgctgatggatgaagtacaggagg
gcctgagtaggccactgatccacaagtctacagtggaaatgagaagaagc
ccctgtcatgtcagcccctttccattctctcctggttaattctgtctgat
acagtccagcttttctgattttgagccttgttcagttttcagttcctcta
cttctgcatgtctctttctttcacagcttaacttttttcttcagcgctgt
ctctagttcccacacttgcaccacacatttcaaatctatacaaattaact
ctaacatctggaatttcttcagcacttgtcttgcttttgattaatggttc
tgataggcatgagtaaaggcatgga
gaattctaaaagcagagggagggaaactgcattaactgatacaaattatt
taagtaactttatttgcagtgactttaaagttatagatttcaaagacagg
attacttgggggtagggagggcaggtgatgacgtaatactcaagtctctt
ctatgaactggtgaactcaattgagttaaattctttaaagtgccagtaga
aatgataaggtgtcttccctttgtttatatattgtattcaagcatcttaa
ggacatgggttaaaagatttttttttaatgagtataaatttaaggaactt
aaaagaacagtgtgatccagtcttgcagtatgtgccagagttcaaatgtc
tgcagtcggaagtctccaaaggatcttaagtaactgaaaagatatatgag
aaacgagatatatgtttcttgggagatagataaaacagtaacttatctct
tttctaatgcatttcatactaaaatatatctgttttagtggaagactggc
tttgataagtaattataacacatgcaaaaaggagtggggagacaagcaca
aagcttagatgattatatgctgtaattgcattaattaatagggattatta
tttaagatatgaatctgccactttggaagttcatatttcacatgaaagct
aaaagtaaattattaggtatgctgataaatactttgattttactctaaaa
aatgaatcatttgagaaaattctctctaaatgtttttgattactaagaag
cagagcaatgtaatgatttccttgcattgttagtcttccttccatataaa
aaagacaaacaatgagacagaaatattttaatttattttctaacttaacc
aaatattcatgacaggaaaggctgtggtgtatgatgtgtgtgtgtgtgtc
tgtctgctgtgtgtggtgcatgattttgcttggctatgcacgaactcatc
ctgcatgcaatgtgaagacagtgtcactaaccggttttcaacccaagtgg
agtcagatatgcattgttggcttgggtatatgtgatttgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_55656328_55657310
seq2: B6Ng01-146M03.b_46_1020 (reverse)

seq1  TCCATGCCTTTAGCTCATGGCCTTTCAGAGACATTCATCCAAAGCAAAGC  50
      |||||||||||| ||||| |||| |||||  |||| ||| |||||||  |
seq2  TCCATGCCTTTA-CTCAT-GCCTATCAGAACCATTAATCAAAAGCAAGAC  48

seq1  AAGTGCTGAAGAAATTCCAAGATGTTAGAGTTTAATTTGTATTAGATTTG  100
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| 
seq2  AAGTGCTGAAGAAATTCC-AGATGTTAGAG-TTAATTTGTA-TAGATTT-  94

seq1  GAAATGTGTGGTGCAAGTGTGGGGATCTAGAGACAGCGCTGAAGGAAAAA  150
      |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  GAAATGTGTGGTGCAAGTGT-GGGAACTAGAGACAGCGCTGAAGAAAAAA  143

seq1  GCTAAGCTGTGAAAGAAAGAGACATGCAGAAGTAGAGGAACTGAAAACTG  200
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGCTGTGAAAGAAAGAGACATGCAGAAGTAGAGGAACTGAAAACTG  193

seq1  AACAAGGCTCAAAATCAGAAAAGCTGGACTGTATCCTGACAGAATTAACC  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
seq2  AACAAGGCTCAAAATCAGAAAAGCTGGACTGTAT-CAGACAGAATTAACC  242

seq1  AGGAGAGAATGGAAAGGGGCTGACATGACAGGGGCTTCTTCTCATTTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGAATGGAAAGGGGCTGACATGACAGGGGCTTCTTCTCATTTCCA  292

seq1  CTGTAGACTTGTGGATCAGTGGCCTACTCAGGCCCTCCTGTACTTCATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGACTTGTGGATCAGTGGCCTACTCAGGCCCTCCTGTACTTCATCC  342

seq1  ATCAGCATTTAAATTCTGATAGGAGTTTTGTATGTGTGTGTGCAGACTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCATTTAAATTCTGATAGGAGTTTTGTATGTGTGTGTGCAGACTTT  392

seq1  TACATACAAGTGCGTGTCTGTGCATGTGTGTGCACATGTGAGTGCATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACAAGTGCGTGTCTGTGCATGTGTGTGCACATGTGAGTGCATGTG  442

seq1  TGCAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGCAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGCAAAA  492

seq1  GTAGGGTTTCTTTACCCTGTTGTGAGAGGCTGCATTACAACTTTGCCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGTTTCTTTACCCTGTTGTGAGAGGCTGCATTACAACTTTGCCAAA  542

seq1  AAAACAAACTTCACTTTGAAATGGAGCAAAGCAGTTTCACTGGTGGTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAACTTCACTTTGAAATGGAGCAAAGCAGTTTCACTGGTGGTTTA  592

seq1  GGTGAGCAGTAAAAAGTTGAGGATGCTAATATCCCTGGCAGTTTATTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGCAGTAAAAAGTTGAGGATGCTAATATCCCTGGCAGTTTATTCTC  642

seq1  CTTATGCTCCATTTAATACATTGCCAAGAGTCAACTCTGAAGACCACTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGCTCCATTTAATACATTGCCAAGAGTCAACTCTGAAGACCACTGA  692

seq1  GATCAGTCATCCCCCTGCTCCACCTCCACTGGCTATTGTTTGCCTGGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTCATCCCCCTGCTCCACCTCCACTGGCTATTGTTTGCCTGGAAG  742

seq1  CAAAGCCAGCCAACCATTCACTTTATTTTGTGCTGCAAGTCTTGTTTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCAGCCAACCATTCACTTTATTTTGTGCTGCAAGTCTTGTTTTGA  792

seq1  ATCCATTCTCTCCTCTCTGAACTCACCCCCCCCCCAGCTCAGATAAAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTCTCTCCTCTCTGAACTCACCCCCCCCCCAGCTCAGATAAAAAC  842

seq1  CTACTTTTCATGAGAAGTACAACAAGAAATGAAGACACAGAGTGATTCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTTCATGAGAAGTACAACAAGAAATGAAGACACAGAGTGATTCTA  892

seq1  TATTTGAATTATACTTACAGTTATGGAATGAGGAAAGCCCACATAAAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAATTATACTTACAGTTATGGAATGAGGAAAGCCCACATAAAAAG  942

seq1  GGTCAGCCTTGTGCACAGAGGAGATAAGAATTC  983
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGCCTTGTGCACAGAGGAGATAAGAATTC  975

seq1: chr10_55494587_55495650
seq2: B6Ng01-146M03.g_66_1107

seq1  GAATTCTAAAAGCAGAGGGAGGGAAACTGCATTAACTGATACAAATTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAAGCAGAGGGAGGGAAACTGCATTAACTGATACAAATTATT  50

seq1  TAAGTAACTTTATTTGCAGTGACTTTAAAGTTATAGATTTCAAAGACAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAACTTTATTTGCAGTGACTTTAAAGTTATAGATTTCAAAGACAGG  100

seq1  ATTACTTGGGGGTAGGGAGGGCAGGTGATGACGTAATACTCAAGTCTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTGGGGGTAGGGAGGGCAGGTGATGACGTAATACTCAAGTCTCTT  150

seq1  CTATGAACTGGTGAACTCAATTGAGTTAAATTCTTTAAAGTGCCAGTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAACTGGTGAACTCAATTGAGTTAAATTCTTTAAAGTGCCAGTAGA  200

seq1  AATGATAAGGTGTCTTCCCTTTGTTTATATATTGTATTCAAGCATCTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATAAGGTGTCTTCCCTTTGTTTATATATTGTATTCAAGCATCTTAA  250

seq1  GGACATGGGTTAAAAGATTTTTTTTTAATGAGTATAAATTTAAGGAACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGGGTTAAAAGATTTTTTTTTAATGAGTATAAATTTAAGGAACTT  300

seq1  AAAAGAACAGTGTGATCCAGTCTTGCAGTATGTGCCAGAGTTCAAATGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAACAGTGTGATCCAGTCTTGCAGTATGTGCCAGAGTTCAAATGTC  350

seq1  TGCAGTCGGAAGTCTCCAAAGGATCTTAAGTAACTGAAAAGATATATGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCGGAAGTCTCCAAAGGATCTTAAGTAACTGAAAAGATATATGAG  400

seq1  AAACGAGATATATGTTTCTTGGGAGATAGATAAAACAGTAACTTATCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGAGATATATGTTTCTTGGGAGATAGATAAAACAGTAACTTATCTCT  450

seq1  TTTCTAATGCATTTCATACTAAAATATATCTGTTTTAGTGGAAGACTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAATGCATTTCATACTAAAATATATCTGTTTTAGTGGAAGACTGGC  500

seq1  TTTGATAAGTAATTATAACACATGCAAAAAGGAGTGGGGAGACAAGCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAAGTAATTATAACACATGCAAAAAGGAGTGGGGAGACAAGCACA  550

seq1  AAGCTTAGATGATTATATGCTGTAATTGCATTAATTAATAGGGATTATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTAGATGATTATATGCTGTAATTGCATTAATTAATAGGGATTATTA  600

seq1  TTTAAGATATGAATCTGCCACTTTGGAAGTTCATATTTCACATGAAAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGATATGAATCTGCCACTTTGGAAGTTCATATTTCACATGAAAGCT  650

seq1  AAAAGTAAATTATTAGGTATGCTGATAAATACTTTGATTTTACTCTAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAAATTATTAGGTATGCTGATAAATACTTTGATTTTACTCTAAAA  700

seq1  AATGAATCATTTGAGAAAATTCTCTCTAAATGTTTTTGATTACTAAGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATCATTTGAGAAAATTCTCTCTAAATGTTTTTGATTACTAAGAAG  750

seq1  CAGAGCAATGTAATGATTTCCTTGCATTGTTAGTCTTCCTTCCATATAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAATGTAATGATTTCCTTGCATTGTTAGTCTTCCTTCCATATAAA  800

seq1  AAAGACAAACAATGAGACAGAAATATTTTTAATTTATTTTCTAACTTAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAAACAATGAGACAGAAATA-TTTTAATTTATTTTCTAACTTAAC  849

seq1  CAAAGTATTCATGACAGGAAAGGCTGTGGTGTATGATGTGTGTGTGTGTG  900
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAA-TATTCATGACAGGAAAGGCTGTGGTGTATGATGTGTGTGTGTGTG  898

seq1  TCTGTCTGTCTGTGTGTGTGTGCATGAGTTATGCATGGCTATGCACGTAA  950
      |||||||| ||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||  |
seq2  TCTGTCTG-CTGTGTGTG-GTGCATGA-TTTTGCTTGGCTATGCACG--A  943

seq1  ACTCATCCATGCATGCAAATGTGGAGACTAGTTGTCCACATAACCTGTTT  1000
      |||||||| ||||||| |||||| |||| || ||| ||| ||||| ||||
seq2  ACTCATCC-TGCATGC-AATGTGAAGAC-AG-TGT-CAC-TAACCGGTTT  987

seq1  TCTAACCCCAAAGTTGGAGTCACAGATATGCATTGTTGTGCTTAGGTTTT  1050
      || |||||  ||| ||||||  |||||||||||||||| |||| || | |
seq2  TC-AACCC--AAG-TGGAGT--CAGATATGCATTGTTG-GCTT-GGGTAT  1029

seq1  ATGTGGATTTGGGG  1064
      |||| |||||||||
seq2  ATGT-GATTTGGGG  1042