BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-195K16
Chromosome10 (Build37)
Map Location 125,214,539 - 125,322,079
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC671416, Slc16a7, LOC100042987, EG668313, LOC100042992, LOC668317, LOC100042994
Downstream geneLrig3, LOC100043547, LOC668336, Xrcc6bp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-195K16.bB6Ng01-195K16.g
ACCGA018024GA018025
length6401,150
definitionB6Ng01-195K16.b B6Ng01-195K16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,321,440 - 125,322,079)(125,214,539 - 125,215,688)
sequence
gaattcttcctacattaccaaaagtgggacaggcagaagaccccatgcaa
gcaaaaaaaagccacttgcacaagacagaagatcaatttttactcagtta
ctctgcataagctccatctgtcctttggctgagtacgacactgtaatggt
gtgtatacaacatgctacatatacagacacatgcaaagggccttgccaga
aatagagctggatggagcccaagcctggagctgcatggaagtattttctg
tttcagagccgagaaatcagttttctagccacctggcttttaccaatgca
taggctgctgtctgcatctactccaacagggggaggcttctcagcctgtg
tcatcctagggacaccagttctttttgtaagtgatttaaaaggtaacatt
tatatattagtgtgtcataggagtgcttgtatatgcgtgtgtatctatgt
gtataaatttgtgtatgtgaatgtacacacgtgtgaatgtgtatatgcat
gtgtgtacatgtatgtttctatgcatgtgtgtatatgtatgtgtacatga
atatatatgtgtgcatgtgtatgtgtgtgcctatgtgtatgtgtctatat
atgtgtgtatatttatgtatatgtatatgtatatgtatat

gaattcaaggccagctggtctacaaggctagttccgggacagcctgggct
acaccgagaaaccctgtgtcaaagaaccaaaagataaaaaggaagaaaga
aaagaaacaaagaatcaaaagaagaaagaaaagtttgagggatgttgaga
cacctattagaatcaatacctattctaaagttcttagctttaggtaaata
aaattgcaaaataagttatgttatgatataagtggcagacatcataaagt
tgcattgagtggcagatttcacacggaaggtttattggggagtgggtgta
cagaggatgcctcagggcgagggtggagaagaaaagagcaaaatgaggag
ggactggcctttaataaggggatgtaccacatgcgtgcgggggcggggct
tgcagctgcgactagactatcctgctatcgctggtccctggggcaggctg
cgaagatgcctgatggctaacaaggtacatcatgaaataaaacaagaata
agataatgcataaggatatcccatggttaaacatctgaaggtcatgtcag
gaattatactcagaagaaaacaatttccgattgatagcgtgctctgaaat
taaacagattaaatgactgctatttctgcactctccaaactcttacggat
taataaattgttgagagataagctacagacaacaggaggggcttctctgg
atgaagtggccagagaattctccacgagaccggatggacagagggagagc
catgaggcaagacagaaataaagaggagagctgaaggaatagtgttgttt
agagacaagtcctgagcctcctccacaccaggtggctgttagttgctaac
ctagaccactcatgttcactctaatacctgaaatgaatgtctccgtccta
aggcctctaattcccttgtctggtaagattgggtgccctttcttcctgga
agactgcatgcttctctcctgctgggtgtcagtgacattcgtttccgtat
aatgatcactacagcccagtcagactgtgaacgtgtctggctgattactt
gtgattaagatccacggattgtcatttttcagtttcttcctccatcctag
aacctacttgcaattgattgggtcctgggctctaaaggcaggaacgcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_125321440_125322079
seq2: B6Ng01-195K16.b_45_684 (reverse)

seq1  ATATACATATACATATACATATACATAAATATACACACATATATAGACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACATATACATATACATATACATAAATATACACACATATATAGACAC  50

seq1  ATACACATAGGCACACACATACACATGCACACATATATATTCATGTACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACATAGGCACACACATACACATGCACACATATATATTCATGTACAC  100

seq1  ATACATATACACACATGCATAGAAACATACATGTACACACATGCATATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATACACACATGCATAGAAACATACATGTACACACATGCATATAC  150

seq1  ACATTCACACGTGTGTACATTCACATACACAAATTTATACACATAGATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCACACGTGTGTACATTCACATACACAAATTTATACACATAGATAC  200

seq1  ACACGCATATACAAGCACTCCTATGACACACTAATATATAAATGTTACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGCATATACAAGCACTCCTATGACACACTAATATATAAATGTTACCT  250

seq1  TTTAAATCACTTACAAAAAGAACTGGTGTCCCTAGGATGACACAGGCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATCACTTACAAAAAGAACTGGTGTCCCTAGGATGACACAGGCTGA  300

seq1  GAAGCCTCCCCCTGTTGGAGTAGATGCAGACAGCAGCCTATGCATTGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTCCCCCTGTTGGAGTAGATGCAGACAGCAGCCTATGCATTGGTA  350

seq1  AAAGCCAGGTGGCTAGAAAACTGATTTCTCGGCTCTGAAACAGAAAATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAGGTGGCTAGAAAACTGATTTCTCGGCTCTGAAACAGAAAATAC  400

seq1  TTCCATGCAGCTCCAGGCTTGGGCTCCATCCAGCTCTATTTCTGGCAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGCAGCTCCAGGCTTGGGCTCCATCCAGCTCTATTTCTGGCAAGG  450

seq1  CCCTTTGCATGTGTCTGTATATGTAGCATGTTGTATACACACCATTACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGCATGTGTCTGTATATGTAGCATGTTGTATACACACCATTACAG  500

seq1  TGTCGTACTCAGCCAAAGGACAGATGGAGCTTATGCAGAGTAACTGAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGTACTCAGCCAAAGGACAGATGGAGCTTATGCAGAGTAACTGAGTA  550

seq1  AAAATTGATCTTCTGTCTTGTGCAAGTGGCTTTTTTTTGCTTGCATGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGATCTTCTGTCTTGTGCAAGTGGCTTTTTTTTGCTTGCATGGGG  600

seq1  TCTTCTGCCTGTCCCACTTTTGGTAATGTAGGAAGAATTC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGCCTGTCCCACTTTTGGTAATGTAGGAAGAATTC  640


seq1: chr10_125214539_125215688
seq2: B6Ng01-195K16.g_68_1217

seq1  GAATTCAAGGCCAGCTGGTCTACAAGGCTAGTTCCGGGACAGCCTGGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCCAGCTGGTCTACAAGGCTAGTTCCGGGACAGCCTGGGCT  50

seq1  ACACCGAGAAACCCTGTGTCAAAGAACCAAAAGATAAAAAGGAAGAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCGAGAAACCCTGTGTCAAAGAACCAAAAGATAAAAAGGAAGAAAGA  100

seq1  AAAGAAACAAAGAATCAAAAGAAGAAAGAAAAGTTTGAGGGATGTTGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAACAAAGAATCAAAAGAAGAAAGAAAAGTTTGAGGGATGTTGAGA  150

seq1  CACCTATTAGAATCAATACCTATTCTAAAGTTCTTAGCTTTAGGTAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTATTAGAATCAATACCTATTCTAAAGTTCTTAGCTTTAGGTAAATA  200

seq1  AAATTGCAAAATAAGTTATGTTATGATATAAGTGGCAGACATCATAAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCAAAATAAGTTATGTTATGATATAAGTGGCAGACATCATAAAGT  250

seq1  TGCATTGAGTGGCAGATTTCACACGGAAGGTTTATTGGGGAGTGGGTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTGAGTGGCAGATTTCACACGGAAGGTTTATTGGGGAGTGGGTGTA  300

seq1  CAGAGGATGCCTCAGGGCGAGGGTGGAGAAGAAAAGAGCAAAATGAGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGATGCCTCAGGGCGAGGGTGGAGAAGAAAAGAGCAAAATGAGGAG  350

seq1  GGACTGGCCTTTAATAAGGGGATGTACCACATGCGTGCGGGGGCGGGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGCCTTTAATAAGGGGATGTACCACATGCGTGCGGGGGCGGGGCT  400

seq1  TGCAGCTGCGACTAGACTATCCTGCTATCGCTGGTCCCTGGGGCAGGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTGCGACTAGACTATCCTGCTATCGCTGGTCCCTGGGGCAGGCTG  450

seq1  CGAAGATGCCTGATGGCTAACAAGGTACATCATGAAATAAAACAAGAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGATGCCTGATGGCTAACAAGGTACATCATGAAATAAAACAAGAATA  500

seq1  AGATAATGCATAAGGATATCCCATGGTTAAACATCTGAAGGTCATGTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATGCATAAGGATATCCCATGGTTAAACATCTGAAGGTCATGTCAG  550

seq1  GAATTATACTCAGAAGAAAACAATTTCCGATTGATAGCGTGCTCTGAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATACTCAGAAGAAAACAATTTCCGATTGATAGCGTGCTCTGAAAT  600

seq1  TAAACAGATTAAATGACTGCTATTTCTGCACTCTCCAAACTCTTACGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGATTAAATGACTGCTATTTCTGCACTCTCCAAACTCTTACGGAT  650

seq1  TAATAAATTGTTGAGAGATAAGCTACAGACAACAGGAGGGGCTTCTCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATTGTTGAGAGATAAGCTACAGACAACAGGAGGGGCTTCTCTGG  700

seq1  ATGAAGTGGCCAGAGAATTCTCCACGAGACCGGATGGACAGAGGGAGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTGGCCAGAGAATTCTCCACGAGACCGGATGGACAGAGGGAGAGC  750

seq1  CATGAGGCAAGACAGAAATAAAGAGGAGAGCTGAAGGAATAGTGTTGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGCAAGACAGAAATAAAGAGGAGAGCTGAAGGAATAGTGTTGTTT  800

seq1  AGAGACAAGTCCTGAGCCTCCTCCACACCAGGTGGCTGTTAGTTGCTAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAAGTCCTGAGCCTCCTCCACACCAGGTGGCTGTTAGTTGCTAAC  850

seq1  CTAGACCACTCATGTTCACTCTAATACCTGAAATGAATGTCTCCGTCCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACCACTCATGTTCACTCTAATACCTGAAATGAATGTCTCCGTCCTA  900

seq1  AGGCCTCTAATTCCCTTGTCTGGTAAGATTGGGTGCCCTTTCTTCCTGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTCTAATTCCCTTGTCTGGTAAGATTGGGTGCCCTTTCTTCCTGGA  950

seq1  AGACTGCATGCTTCTCTCCTGCTGGGTGTCAGTGACATTCGTTTCCGTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGCATGCTTCTCTCCTGCTGGGTGTCAGTGACATTCGTTTCCGTAT  1000

seq1  AATGATCACTACAGCCCAGTCCAGACTGTG-ACGTGGTCTTGGCTGATTA  1049
      |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||
seq2  AATGATCACTACAGCCCAGT-CAGACTGTGAACGT-GTC-TGGCTGATTA  1047

seq1  ACTGTGATTTAAGAT-CACGGATTGTCATTTTTCAGTTTTCTTCTTCCAT  1098
        ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  CTTGTGA-TTAAGATCCACGGATTGTCATTTTTCAG-TTTCTTCCTCCAT  1095

seq1  CTTAGAACCCACCTGCAA-TGAATGGG-CCTGGGCTCTAAAGGCAGGAA-  1145
      | ||||||| || ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  CCTAGAACCTACTTGCAATTGATTGGGTCCTGGGCTCTAAAGGCAGGAAC  1145

seq1  GCATT  1150
      |||||
seq2  GCATT  1150


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |