BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196P11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 97,299,845 - 97,437,829
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4930556N09Rik, EG667407, Dcn, Lum, Kera, Epyc, 4921510H08Rik
Downstream geneEG667438, EG432494, Atp2b1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196P11.bB6Ng01-196P11.g
ACCGA018964GA018965
length1,0941,060
definitionB6Ng01-196P11.b B6Ng01-196P11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,436,737 - 97,437,829)(97,299,845 - 97,300,916)
sequence
gaattcaatgctgactcaaattacatgccaggagatgaaataagaatttt
aaagacaaacacatgctgataaagtgtgaagatttcagcgtttgtcagag
gatgtgtttataagccgaaaggagaacaaaaaagaaggatttgcagagta
acaagctattcacacttcatccttaggtgccatcgtctttgctcattatt
tccataacagtgcttaaaataaataaagttgataaagagaagactaagaa
caatgcaatgcttacatgtagcagacacttttctgataatttaaatgcaa
ttacgaagtttaatcctcaaaggtgcatagaagctgaatgttgttatttt
cccctgtaccatatgaaattcagacacagagattcacctgttttctcatg
atgcatagatagtaagtgctagagcctcaatcccacctgaagttgctgga
ctgcagagtttggacagttagtacagacttctcagtcaacagtttcaagc
tagagactagcactacacatttaaatcatatttttatcaaatgtttaaaa
tcttcccagtgtataacaacttcattaatttgtagattagaaaataatac
attgaccatttgtttcttgtcttaatcatgttagacaggatatgcacttt
ccttgtatcataaaattaagggtagatgttatacatacattccgtgtaca
caagaaaagaagagggaaaagctatgagggcttcactgctgagttctcat
ttgtactagagggtaaagtacagcagttaccagctaaagcaagccacttt
ctcccttttgactctgcatcatttctgcaagtgtatacaaatacagcatc
tgaattcagttgtaacagtctattgaagaagttagtatctgtgaaaataa
tagtatgatcacctttctgtttccaacagtgaaattcagaatatgataga
atgctttgcaggcagaagagagagttaaagattaattgttatattagtga
atcacaaaatatagactttaataggtcttgaagcaaaaatttctgggttt
tctttggagactagtgtgtcatgtgatatttatatatatatata

gaattctaacctattcatggatgtttgaatgtcagagttatatatcatgt
gttttcctgccataatccatcactcactgaatgtgtagtctactgtttta
gctaaattggctgacccaaaagaccctagcatctacatcagttttgtact
taaattagcaagctcattgaattattcgttccttctaccaaaggtgtttg
tgttctactcaatttactttgagtttgtcttaccaagtggctatttcctg
ctttaattatgcaagtaaaaatttgacatttatctatcattttttagaca
atctgtagagggattgtaatccagcaacatggctactctggcaagggaca
catgtaaagacaagatttggctgaaatgcaaacatagcacacacctttaa
tccctctggctagaatacagatatgcctttagtacacacctttaatacca
atcgatgatgtctaattgaaaggcagacaaagtgaggaatcagagaaaga
tttgacagaatgagtcagataagacatgtccaactctaaggagaacagac
aggaaagggaggctactgaaagagcagtgagggagagtcagccctaggga
tagttagagagaaatgttctgaacataggtcaaatcatgtgatcttgaag
gttggatatggctctcatcccttaatccaaggaaataaaagcaacattta
cgtttacaagagtcagtatgtgcatttctgaaaattatgtaggaaaaatg
tatatactctaggcagaactcttggtactactgatcacgaattgaaagta
gagattttgtttcttatcaaaagttattagtccttaaggaaataccagca
tagctttctactccatgaccctgtggtctatcatttttataattagatat
tttaaattaatggaaagagaaagtaaaaagttacatagcagttacataca
aaagttacatacaaactatggcatgatgatggaaaatatcacttggcttt
agtactatgaattacatgggaagaagagagcatagatttatatttatttc
tcaaatcacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_97436737_97437829
seq2: B6Ng01-196P11.b_43_1136 (reverse)

seq1  TATATATATATATATATATCACATGACACAACTAAGTCTCCAAAGAAA--  48
      |||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||  
seq2  TATATATATATATAAATATCACATGACAC-ACT-AGTCTCCAAAGAAAAC  48

seq1  CCAGAAATTTTTGCTTCAAGACCTATT-AAGTCTATA-TTTGTGATTCAC  96
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  CCAGAAATTTTTGCTTCAAGACCTATTAAAGTCTATATTTTGTGATTCAC  98

seq1  TAATATAACAATTAATCTTTTAACTCTCTCTTCTGCCTGCAAAGCATTCT  146
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATAACAATTAATC-TTTAACTCTCTCTTCTGCCTGCAAAGCATTCT  147

seq1  ATCATATTCTGAATTTCACTGTTGGAAACAGAAAGGTGATCATACTATTA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATATTCTGAATTTCACTGTTGGAAACAGAAAGGTGATCATACTATTA  197

seq1  TTTTCACAGATACTAACTTCTTCAATAGACTGTTACAACTGAATTCAGAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACAGATACTAACTTCTTCAATAGACTGTTACAACTGAATTCAGAT  247

seq1  GCTGTATTTGTATACACTTGCAGAAATGATGCAGAGTCAAAAGGGAGAAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATTTGTATACACTTGCAGAAATGATGCAGAGTCAAAAGGGAGAAA  297

seq1  GTGGCTTGCTTTAGCTGGTAACTGCTGTACTTTACCCTCTAGTACAAATG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTGCTTTAGCTGGTAACTGCTGTACTTTACCCTCTAGTACAAATG  347

seq1  AGAACTCAGCAGTGAAGCCCTCATAGCTTTTCCCTCTTCTTTTCTTGTGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCAGCAGTGAAGCCCTCATAGCTTTTCCCTCTTCTTTTCTTGTGT  397

seq1  ACACGGAATGTATGTATAACATCTACCCTTAATTTTATGATACAAGGAAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGGAATGTATGTATAACATCTACCCTTAATTTTATGATACAAGGAAA  447

seq1  GTGCATATCCTGTCTAACATGATTAAGACAAGAAACAAATGGTCAATGTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATATCCTGTCTAACATGATTAAGACAAGAAACAAATGGTCAATGTA  497

seq1  TTATTTTCTAATCTACAAATTAATGAAGTTGTTATACACTGGGAAGATTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTCTAATCTACAAATTAATGAAGTTGTTATACACTGGGAAGATTT  547

seq1  TAAACATTTGATAAAAATATGATTTAAATGTGTAGTGCTAGTCTCTAGCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATTTGATAAAAATATGATTTAAATGTGTAGTGCTAGTCTCTAGCT  597

seq1  TGAAACTGTTGACTGAGAAGTCTGTACTAACTGTCCAAACTCTGCAGTCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTGTTGACTGAGAAGTCTGTACTAACTGTCCAAACTCTGCAGTCC  647

seq1  AGCAACTTCAGGTGGGATTGAGGCTCTAGCACTTACTATCTATGCATCAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTTCAGGTGGGATTGAGGCTCTAGCACTTACTATCTATGCATCAT  697

seq1  GAGAAAACAGGTGAATCTCTGTGTCTGAATTTCATATGGTACAGGGGAAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAACAGGTGAATCTCTGTGTCTGAATTTCATATGGTACAGGGGAAA  747

seq1  ATAACAACATTCAGCTTCTATGCACCTTTGAGGATTAAACTTCGTAATTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAACATTCAGCTTCTATGCACCTTTGAGGATTAAACTTCGTAATTG  797

seq1  CATTTAAATTATCAGAAAAGTGTCTGCTACATGTAAGCATTGCATTGTTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAATTATCAGAAAAGTGTCTGCTACATGTAAGCATTGCATTGTTC  847

seq1  TTAGTCTTCTCTTTATCAACTTTATTTATTTTAAGCACTGTTATGGAAAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCTTCTCTTTATCAACTTTATTTATTTTAAGCACTGTTATGGAAAT  897

seq1  AATGAGCAAAGACGATGGCACCTAAGGATGAAGTGTGAATAGCTTGTTAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCAAAGACGATGGCACCTAAGGATGAAGTGTGAATAGCTTGTTAC  947

seq1  TCTGCAAATCCTTCTTTTTTGTTCTCCTTTCGGCTTATAAACACATCCTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAATCCTTCTTTTTTGTTCTCCTTTCGGCTTATAAACACATCCTC  997

seq1  TGACAAACGCTGAAATCTTCACACTTTATCAGCATGTGTTTGTCTTTAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAACGCTGAAATCTTCACACTTTATCAGCATGTGTTTGTCTTTAAA  1047

seq1  ATTCTTATTTCATCTCCTGGCATGTAATTTGAGTCAGCATTGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTATTTCATCTCCTGGCATGTAATTTGAGTCAGCATTGAATTC  1094


seq1: chr10_97299845_97300916
seq2: B6Ng01-196P11.g_61_1120

seq1  GAATTCTAACCTATTCATGGATGTTTGAATGTCAGAGTTATATATCATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAACCTATTCATGGATGTTTGAATGTCAGAGTTATATATCATGT  50

seq1  GTTTTCCTGCCATAATCCATCACTCACTGAATGTGTAGTCTACTGTTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCTGCCATAATCCATCACTCACTGAATGTGTAGTCTACTGTTTTA  100

seq1  GCTAAATTGGCTGACCCAAAAGACCCTAGCATCTACATCAGTTTTGTACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATTGGCTGACCCAAAAGACCCTAGCATCTACATCAGTTTTGTACT  150

seq1  TAAATTAGCAAGCTCATTGAATTATTCGTTCCTTCTACCAAAGGTGTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTAGCAAGCTCATTGAATTATTCGTTCCTTCTACCAAAGGTGTTTG  200

seq1  TGTTCTACTCAATTTACTTTGAGTTTGTCTTACCAAGTGGCTATTTCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTACTCAATTTACTTTGAGTTTGTCTTACCAAGTGGCTATTTCCTG  250

seq1  CTTTAATTATGCAAGTAAAAATTTGACATTTATCTATCATTTTTTAGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATTATGCAAGTAAAAATTTGACATTTATCTATCATTTTTTAGACA  300

seq1  ATCTGTAGAGGGATTGTAATCCAGCAACATGGCTACTCTGGCAAGGGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTAGAGGGATTGTAATCCAGCAACATGGCTACTCTGGCAAGGGACA  350

seq1  CATGTAAAGACAAGATTTGGCTGAAATGCAAACATAGCACACACCTTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAAGACAAGATTTGGCTGAAATGCAAACATAGCACACACCTTTAA  400

seq1  TCCCTCTGGCTAGAATACAGATATGCCTTTAGTACACACCTTTAATACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTGGCTAGAATACAGATATGCCTTTAGTACACACCTTTAATACCA  450

seq1  ATCGATGATGTCTAATTGAAAGGCAGACAAAGTGAGGAATCAGAGAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGATGATGTCTAATTGAAAGGCAGACAAAGTGAGGAATCAGAGAAAGA  500

seq1  TTTGACAGAATGAGTCAGATAAGACATGTCCAACTCTAAGGAGAACAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAGAATGAGTCAGATAAGACATGTCCAACTCTAAGGAGAACAGAC  550

seq1  AGGAAAGGGAGGCTACTGAAAGAGCAGTGAGGGAGAGTCAGCCCTAGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGGGAGGCTACTGAAAGAGCAGTGAGGGAGAGTCAGCCCTAGGGA  600

seq1  TAGTTAGAGAGAAATGTTCTGAACATAGGTCAAATCATGTGATCTTGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAGAGAGAAATGTTCTGAACATAGGTCAAATCATGTGATCTTGAAG  650

seq1  GTTGGATATGGCTCTCATCCCTTAATCCAAGGAAATAAAAGCAACATTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGATATGGCTCTCATCCCTTAATCCAAGGAAATAAAAGCAACATTTA  700

seq1  CGTTTACAAGAGTCAGTATGTGCATTTCTGAAAATTATGTAGGAAAAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTACAAGAGTCAGTATGTGCATTTCTGAAAATTATGTAGGAAAAATG  750

seq1  TATATACTCTAGGCAGAACTCTTGGTACTACTGATCACGAATTGAAAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACTCTAGGCAGAACTCTTGGTACTACTGATCACGAATTGAAAGTA  800

seq1  GAGATTTTGTTTCTTATCAAAAGTTATTAGTCCTTAAGGAAATACCAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTTGTTTCTTATCAAAAGTTATTAGTCCTTAAGGAAATACCAGCA  850

seq1  TAGCTTTCTACTCCATGACCCTGTGGTCTATCATTTTTATAATTAGATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTCTACTCCATGACCCTGTGGTCTATCATTTTTATAATTAGATAT  900

seq1  TTTAAATTAATGGAAAGAGAAAGTAAAAAGTTACATAAGCAAGTTACATA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  TTTAAATTAATGGAAAGAGAAAGTAAAAAGTTACAT-AGC-AGTTACATA  948

seq1  CAAAAGTTACATACAAAACTATGGCAATGATGATGGAAAATAATCACTTT  1000
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||
seq2  CAAAAGTTACATAC-AAACTATGGC-ATGATGATGGAAAAT-ATCAC-TT  994

seq1  GGCTTTAAGGTACTTATGAAATTACATGGGAAG-AGAGAGCATAGATTTA  1049
      |||||||  |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  GGCTTTA--GTAC-TATG-AATTACATGGGAAGAAGAGAGCATAGATTT-  1039

seq1  ATATTTATTTCTTCAAAATCACC  1072
      ||||||||||||   ||||||||
seq2  ATATTTATTTCT--CAAATCACC  1060


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |