BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-204M17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 41,715,445 - 41,847,275
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700016J18Rik, LOC624784
Upstream geneGpr6, A530089I17Rik, LOC633979, Zbtb24, Mical1, Smpd2, Ppil6, Cd164, 5033413D22Rik, EG629461, 2410017P07Rik, Sesn1, Armc2
Downstream geneFoxo3a, Lace1, LOC666540, Snx3, Nr2e1, c222389, Ostm1, Sec63, Scml4, EG666569, C230040G06, Sobp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-204M17.bB6Ng01-204M17.g
ACCGA024640GA024641
length1,100638
definitionB6Ng01-204M17.b B6Ng01-204M17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,715,445 - 41,716,514)(41,846,638 - 41,847,275)
sequence
gaattccactgtggcccatgggtaagtaaacttcaagaggagacagccac
ctcctgtcaacgttatggcataggaacagctctgtctcgggaatcgtttg
cacagctacagaccacaagagatacagggaagcacgttgccagcggaggc
tgctgatctagtaggggagacacataacagaagcaagaggctgggcatgg
acctgggcaagatgcagagaggaggtggggcctcggagcgtctggagagg
caaaccggaagcaaacaactacgaaaaggagcctaagtccagagtcgagg
ccagcatctggtgtgcaggacacacagggcagatgggtaccttcctccag
ttgctgactttaaaatgaagttctccaaatttgtcttttgtactgagtcc
agaaaataatgcagagggttctgcttgacccttgacacagctgggtgcgt
ggggactgaagcaagggggggcgggagtccctggggtaccctgctagggt
ttgagtggcaaatgtccagcagaggttcctgtgtctgaacacttggttcc
cagctgggggtagtgttttgggaggtttcagaacttagtgggtagggtct
cgctgagagatgtgggctgccggccggtggtcaggcttctaggcttctag
tctaggacctgcttcctgcctcctctcttgcagaggtgtgaacaaggcag
gcgcctttctgctcctgctgccacagatagagctggcccacccaccacgc
cttccctgctgtgcctgtctcatgtccttttcaaacctatgagccaaagt
aaaacccttctttcccgtcctgactcagccattgggcatttttgtcacag
aaaaagtcactgatgggttgcattagatgctagatacaagaggagaggca
gccgggcctggagcatcgccaggctagggctagattcaccacagctgttc
tttacaaaggaggtgggactctgttctccttggggcagaagacaggaaga
tctatccctgtccttgttgactcttaatattaaccctgccaaaataaaga
agtgcctcttctcatagttttggagagtggccttggggaatgggggtggg

gaattccataggcagttcaccctcgccctgactctataaatgtaatcaaa
ctcttccatctacatcaggttgaccctacctttcatgtttagctcaagct
cttcaagtcagcccctccctaattaatgcacaagtagggtgacctgttga
gcttagtcctgacactgtggggcagctgggaaaagtgcctcaaatgccgc
tctgttggctgagccctccatgggagacttctagttggttgctgtgtgca
tctcccataagccaccaagataaatgacctagtaatacagtaaataaatc
catctcatgatttaattatttataattgtcctcatattcctgaagctaag
gaaaatgttgaggaggctcaatggtgcttagcttctgcaatctgttaact
gagtctgctgcacaccctggatgggcgtgggaggtggcatctatgtgtcc
cagagatggctgaaatggtagctgagaattctgagaccaactcctccact
gcagaccaaataaaatgtacagtcaccaaagggtgtcccatatccagtgc
ttgctgaaaggagccacttgaggtcatagaaggaggaagaagccagactc
tgagcaggtgcatgcctggggatctgggggggggggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_41715445_41716514
seq2: B6Ng01-204M17.b_45_1144

seq1  GAATTCCACTGTGGCCCATGGGTAAGTAAACTTCAAGAGGAGACAGCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGTGGCCCATGGGTAAGTAAACTTCAAGAGGAGACAGCCAC  50

seq1  CTCCTGTCAACGTTATGGCATAGGAACAGCTCTGTCTCGGGAATCGTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTCAACGTTATGGCATAGGAACAGCTCTGTCTCGGGAATCGTTTG  100

seq1  CACAGCTACAGACCACAAGAGATACAGGGAAGCACGTTGCCAGCGGAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTACAGACCACAAGAGATACAGGGAAGCACGTTGCCAGCGGAGGC  150

seq1  TGCTGATCTAGTAGGGGAGACACATAACAGAAGCAAGAGGCTGGGCATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGATCTAGTAGGGGAGACACATAACAGAAGCAAGAGGCTGGGCATGG  200

seq1  ACCTGGGCAAGATGCAGAGAGGAGGTGGGGCCTCGGAGCGTCTGGAGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGCAAGATGCAGAGAGGAGGTGGGGCCTCGGAGCGTCTGGAGAGG  250

seq1  CAAACCGGAAGCAAACAACTACGAAAAGGAGCCTAAGTCCAGAGTCGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCGGAAGCAAACAACTACGAAAAGGAGCCTAAGTCCAGAGTCGAGG  300

seq1  CCAGCATCTGGTGTGCAGGACACACAGGGCAGATGGGTACCTTCCTCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATCTGGTGTGCAGGACACACAGGGCAGATGGGTACCTTCCTCCAG  350

seq1  TTGCTGACTTTAAAATGAAGTTCTCCAAATTTGTCTTTTGTACTGAGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGACTTTAAAATGAAGTTCTCCAAATTTGTCTTTTGTACTGAGTCC  400

seq1  AGAAAATAATGCAGAGGGTTCTGCTTGACCCTTGACACAGCTGGGTGCGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATAATGCAGAGGGTTCTGCTTGACCCTTGACACAGCTGGGTGCGT  450

seq1  GGGGACTGAAGCAAGGGGGGGCGGGAGTCCCTGGGGTACCCTGCTAGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACTGAAGCAAGGGGGGGCGGGAGTCCCTGGGGTACCCTGCTAGGGT  500

seq1  TTGAGTGGCAAATGTCCAGCAGAGGTTCCTGTGTCTGAACACTTGGTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTGGCAAATGTCCAGCAGAGGTTCCTGTGTCTGAACACTTGGTTCC  550

seq1  CAGCTGGGGGTAGTGTTTTGGGAGGTTTCAGAACTTAGTGGGTAGGGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGGGGTAGTGTTTTGGGAGGTTTCAGAACTTAGTGGGTAGGGTCT  600

seq1  CGCTGAGAGATGTGGGCTGCCGGCCGGTGGTCAGGCTTCTAGGCTTCTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGAGAGATGTGGGCTGCCGGCCGGTGGTCAGGCTTCTAGGCTTCTAG  650

seq1  TCTAGGACCTGCTTCCTGCCTCCTCTCTTGCAGAGGTGTGAACAAGGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGACCTGCTTCCTGCCTCCTCTCTTGCAGAGGTGTGAACAAGGCAG  700

seq1  GCGCC-TTCTGCTCCTGCTGCCACAGATAGAGCTGGCCCACCCACCACGC  749
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCTTTCTGCTCCTGCTGCCACAGATAGAGCTGGCCCACCCACCACGC  750

seq1  CTTCCCTGCTGTGCCTGTCTCATGTCC-TTTCAAACCTATGAGCCAAAGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTGCTGTGCCTGTCTCATGTCCTTTTCAAACCTATGAGCCAAAGT  800

seq1  AAAA-CCTTC-TTCCCGTCCTGACTCAGCCATTGGGCA-TTTTGTCACAG  845
      |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAAACCCTTCTTTCCCGTCCTGACTCAGCCATTGGGCATTTTTGTCACAG  850

seq1  -AAAAGTCACTGATGGG-TGCATTAGATGCTAGGATACAAGAGGAGAGGC  893
       |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTCACTGATGGGTTGCATTAGATGCTA-GATACAAGAGGAGAGGC  899

seq1  AAGCCGGGCCTGGAGCATCGCCAGGCTAGGGCTAGA-TCACCACAGCTGT  942
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  -AGCCGGGCCTGGAGCATCGCCAGGCTAGGGCTAGATTCACCACAGCTGT  948

seq1  TC-TTACAAAGGAGGTGGGACTCTG-TCCCCTT-GGGCAGAAGACAGG-A  988
      || |||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| |
seq2  TCTTTACAAAGGAGGTGGGACTCTGTTCTCCTTGGGGCAGAAGACAGGAA  998

seq1  GATCTA---CTCTGCT--TTGTGTCTT-ATAATAA-CCTG-CAAAATAAA  1030
      ||||||   || | ||  |||  |||| ||| ||| |||| |||||||||
seq2  GATCTATCCCTGTCCTTGTTGACTCTTAATATTAACCCTGCCAAAATAAA  1048

seq1  GATG-GCC---TTTCATAGTTTT---GAGTGGC--TGGG--AT-GGGGTG  1068
      || | |||   | ||||||||||   |||||||  ||||  || ||||||
seq2  GAAGTGCCTCTTCTCATAGTTTTGGAGAGTGGCCTTGGGGAATGGGGGTG  1098

seq1  GG  1070
      ||
seq2  GG  1100

seq1: chr10_41846638_41847275
seq2: B6Ng01-204M17.g_70_707 (reverse)

seq1  AACCCCCCCCCCCAGATCCCCAGGCATGCACCTGCTCAGAGTCTGGCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCCCCCCCCAGATCCCCAGGCATGCACCTGCTCAGAGTCTGGCTTC  50

seq1  TTCCTCCTTCTATGACCTCAAGTGGCTCCTTTCAGCAAGCACTGGATATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCTTCTATGACCTCAAGTGGCTCCTTTCAGCAAGCACTGGATATG  100

seq1  GGACACCCTTTGGTGACTGTACATTTTATTTGGTCTGCAGTGGAGGAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACCCTTTGGTGACTGTACATTTTATTTGGTCTGCAGTGGAGGAGTT  150

seq1  GGTCTCAGAATTCTCAGCTACCATTTCAGCCATCTCTGGGACACATAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCAGAATTCTCAGCTACCATTTCAGCCATCTCTGGGACACATAGAT  200

seq1  GCCACCTCCCACGCCCATCCAGGGTGTGCAGCAGACTCAGTTAACAGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCTCCCACGCCCATCCAGGGTGTGCAGCAGACTCAGTTAACAGATT  250

seq1  GCAGAAGCTAAGCACCATTGAGCCTCCTCAACATTTTCCTTAGCTTCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGCTAAGCACCATTGAGCCTCCTCAACATTTTCCTTAGCTTCAGG  300

seq1  AATATGAGGACAATTATAAATAATTAAATCATGAGATGGATTTATTTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAGGACAATTATAAATAATTAAATCATGAGATGGATTTATTTACT  350

seq1  GTATTACTAGGTCATTTATCTTGGTGGCTTATGGGAGATGCACACAGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTACTAGGTCATTTATCTTGGTGGCTTATGGGAGATGCACACAGCAA  400

seq1  CCAACTAGAAGTCTCCCATGGAGGGCTCAGCCAACAGAGCGGCATTTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTAGAAGTCTCCCATGGAGGGCTCAGCCAACAGAGCGGCATTTGAG  450

seq1  GCACTTTTCCCAGCTGCCCCACAGTGTCAGGACTAAGCTCAACAGGTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTTTCCCAGCTGCCCCACAGTGTCAGGACTAAGCTCAACAGGTCAC  500

seq1  CCTACTTGTGCATTAATTAGGGAGGGGCTGACTTGAAGAGCTTGAGCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTTGTGCATTAATTAGGGAGGGGCTGACTTGAAGAGCTTGAGCTAA  550

seq1  ACATGAAAGGTAGGGTCAACCTGATGTAGATGGAAGAGTTTGATTACATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAAGGTAGGGTCAACCTGATGTAGATGGAAGAGTTTGATTACATT  600

seq1  TATAGAGTCAGGGCGAGGGTGAACTGCCTATGGAATTC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAGTCAGGGCGAGGGTGAACTGCCTATGGAATTC  638